Gemini 3のおかげで論文が爆速で書けます

ほぼ２年ぶりに記事を書きます。先月19日にリリースされたGemini 3の能力は本当にすごい。会う人ごとに、そのすさまじさを伝えていますが、知り合いの研究者で使い込んでいる人は、今のところほぼ皆無です（今のところ長年の友人のMIさんだけ）。具体的な例を紹介すれば、使い手が増えるだろうと思い、今日書き始めた論文の執筆経過を紹介します。

Gemini 3のCanvasという機能を立ち上げ、以下のように依頼しました。

 

＜ニワトコ属の日本産種は、ニワトコとソクズの2種に分類されてきました。しかし私は、日本全国でこの属の標本を採集し、MIG-seqにもとづく高精度系統解析の結果から、ニワトコが1種ではなく、少なくとも14種に分化しているという証拠を得ました。この結果を報告する論文の執筆を手伝ってください。まず、タイトルは以下の案で良いでしょうか？　

From one species to fourteen species: hidden diversity of Sambucus(Viburnaceae) from Japan revealed by genome-wide SNPs＞

 

Gemini 3の回答：

 

＜素晴らしい発見ですね！日本産のニワトコ（*Sambucus racemosa* subsp. *sieboldiana*）とされていたものが、実は14種もの別種に分かれるという結果は、植物分類学においても非常にインパクトの大きい成果です。MIG-seq（Multiplexed ISSR Genotyping by sequencing）を用いたゲノムワイドなSNP解析は、こうした隠蔽種の解明に非常に説得力を持ちます。

 

ご提案のタイトルは、発見の驚き（1種から14種へ）と手法（ゲノムワイドSNP）が明確で、非常に良い原案です。ただ、科学論文としてより正確かつインパクト強めるために、いくつかブラッシュアップする余地があります。

 

この発見を効果的に伝えるためのタイトルの改善案と、論文構成の計画案をまとめたドキュメントを作成しました。＞

 

Geminiが提案した３つの案のうち、採用したのは：

From one to fourteen: Unveiling the explosive radiation of the Sambucus racemosa complex (Viburnaceae) in Japan using MIG-seq

 

良いですねえ。ばっちりです。

 

次に以下のように質問。

 

＜案Aを使いたいと思います。次にIntroductionの組み立てについてアドバイスをください。以下の草案は、ややインパクトに欠けます。「分子系統解析によって1種と思われていたものが、複数種に分かれている例が次々に見つかってきた。しかし1種が10種以上に分かれているという事例はほとんどない（文献を調べる）。ここでわれわれは、1種が14種に分化しているという顕著なhidden diversityの発見について報告する」というような書きだしのほうが良いように思います。この案と、以下の版を比較して、Introductionの構成についてアドバイスをください。（以下、草案をコピペ）＞

 

Geminiが私の草稿を改訂するのに要した時間は1分未満。すみやかに、以下の回答が戻りました。

＜タイトル案Aの採用、承知いたしました。インパクトがあり、研究の核心を突く素晴らしいタイトルだと思います。

Introductionの構成について、おっしゃる通り、ご提示いただいた草案（手法先行型）よりも、ご自身で考えられた「生物学的な驚き（1種が14種へ）」から入る構成（発見先行型）の方が、読者や査読者を強く惹きつけます。特に「14種」という数字は非常に強力ですので、これを冒頭で強調しない手はありません。

Canvasのドキュメントを更新し、タイトルを案Aに差し替えるとともに、Introductionの構成アドバイスを、ご提示の草案と新案を融合させた「最強の構成」としてまとめました。＞

 

Canvasの画面上に、すばらしい改訂案が表示されたので、それをGoogle Documentに保存。続いて以下のように依頼しました。

 

＜次のステップ１（文献調査）をお願いします。原稿に使える形で文献リストを作成してください。＞

以下はGemini の回答：

＜文献調査の結果、あなたの研究（1種→14種）と**驚くほど状況が似ている「最強の比較対象」**が見つかりました。また、対比として使うべき「適応放散」の有名事例も整理しました。

これらを用いて、Introductionの第1パラグラフを構成するための資料を作成しました。

文献調査のハイライト： "Hyper-cryptic radiation"

もっとも重要な発見は、アンデス山脈のヤシ科植物（Geonoma undata）の研究で、**"Hyper-cryptic radiation"（超・隠蔽的放散）**という用語が使われていることです。彼らも「単一の種複合体の中から14の遺伝的系統を見つけた」と報告しており、今回のニワトコの発見（14種）と数字まで一致します。これを引用しない手はありません。

原稿に使える文献リスト

1. 今回の発見を支持する「類似事例」（Non-adaptive / Cryptic Radiation）

この文献を「これまでに知られている稀有な例」として挙げ、ニワトコの発見をそれに並ぶものとして位置づけます。

• 文献A（最重要）: ヤシ科での事例
• Citation: Roncal, J., et al. (Preprint/Recent). Hyper-Cryptic Radiation of a Tropical Montane Plant Lineage. (または関連する Geonoma の論文)
• 内容: アンデス山脈の Geonoma undata 複合体において、形態的には区別できないが遺伝的に独立した 14の系統（clades） を発見した。
• 使いどころ: 「熱帯の山地ではこのような "Hyper-cryptic" な例が報告され始めているが、温帯の島嶼地域（日本）では前例がない」と主張する。
• 文献B: チランジア属での事例
• Citation: Granados Mendoza, C., et al. (2022). Multilocus Data Analysis Reveal the Diversity of Cryptic Species in the Tillandsia ionantha (Bromeliaceae: Tillansiodeae) Complex. Plants.
• 内容: Tillandsia ionantha という1つの種複合体から、8つの進化的な系統が見つかり、そのうち5つは隠蔽種（Cryptic species）だった。
• 使いどころ: 「1種が数種〜8種程度に分かれる例はある」という文脈で提示。

2. 対比として使う「適応放散（Adaptive Radiation）」の事例

これらは「短期間で爆発的に種分化した」点ではニワトコと同じですが、「形態が著しく変化した」点がニワトコ（形態が似たまま）と異なります。これらを引用することで、**「ニワトコの放散がいかに "Cryptic"（見えにくい）であったか」**を際立たせます。

• 文献C: アンデスのルピナス（爆発的放散のチャンピオン）
• Citation: Hughes, C., & Eastwood, R. (2006). Island radiation on a continental scale: Exceptional rates of plant diversification after uplift of the Andes. PNAS.
• 内容: アンデス山脈形成後のわずか150万〜200万年で、ルピナス属が 81種 に分化した。
• 使いどころ: 「適応放散の速度としては驚異的だが、これらは形態的にも分化している。対して我々のニワトコは...」という対比。
• 文献D: ハワイのセンダングサ（島嶼適応放散の代表）
• Citation: Ganders, F. R., & Nagata, K. M. (1984). The role of hybridization in the evolution of Bidens on the Hawaiian Islands. (またはこれに基づく Kemei et al. 2011などの分子系統論文)
• 内容: ハワイ諸島で1回の移入から 19種8亜種 に分化。形態や生態が多様化している。
• 使いどころ: 「島嶼での放散の例として有名だが、これも形態分化を伴うものである」という対比。

3. 一般論・概念

• 文献E: 隠蔽種発見のレビュー
• Citation: Bickford, D., et al. (2007). Cryptic species as a window on diversity and conservation. Trends in Ecology & Evolution.
• 使いどころ: 冒頭で「分子データの利用により、隠蔽種の発見が相次いでいる」という一般論を述べる際に引用。

Introduction 第1パラグラフのドラフト案

上記の文献を組み込んだ、Introductionの書き出し案を作成しました。Canvasに追加します。

このドラフトで、発見の**「希少性（Rareness）」と「規模（Scale）」**の両方を効果的にアピールできるはずです。いかがでしょうか？＞

 

いやあ、すばらしい。

文献調査のハイライト： "Hyper-cryptic radiation"

• Citation: Roncal, J., et al. (Preprint/Recent). Hyper-Cryptic Radiation of a Tropical Montane Plant Lineage.

不覚にも、知りませんでした。このプレプリントをしっかり見つけてくれました。ハイパー・グッジョブ！！

ハワイの例をひとつ引用するなら、BidensよりLobelia類のほうが良いので、ここは引用を入れ替えました。まだ私ができる貢献が多少は残っています。

このような改訂を加え、加筆して、再度Geminiにリクエスト。

＜御提案をもとに、Introductionを改訂しました。この改訂案をさらに改善するためのアドバイスをお願いします。（以下、改訂案をコピペ＞

 

＜素晴らしい改訂案です！

特に最後の「cryptic adaptive radiation（隠蔽的適応放散）」というキーワードで締めくくっている点が非常に優れています。これにより、第1パラグラフで提示した「適応放散（形が変わる）」と「非適応放散（形が変わらない）」の対比を回収し、「形は（一見）変わらないが、生態的には適応放散している」という新しい概念でオチをつけることができています。論文の主題が非常に明確になりました。

ご提示の文章をベースに、論理の接続をよりスムーズにし、英語表現を少し洗練させたブラッシュアップ版をCanvasに作成しました。

主な修正提案のポイントは以下の3点です：

1. "Cryptic" vs "Distinct" の矛盾の解消:

• 第1パラグラフで「形態差がない（Cryptic）」と言っているのに、第2パラグラフで「形態的に区別できる系統を見つけた（Distinct）」と書くと、論理が少し衝突します。
• 修正案では、「多型（polymorphic）だと見なされていた変異の中に、実は地域固有の安定した集団があることに気づいた」というニュアンスにし、**「見過ごされてきた変異（overlooked variation）」**という表現で繋ぎました。

MIG-seq導入の流れ:

• 「発見がMIG-seqを誘発した」という形も良いですが、「複雑な種分化を解き明かすために、強力なツールであるMIG-seqを導入した」という形に整理しました。

用語の微修正:

• formerly describe（以前に記載した）→ formally describe（正式に記載する）
• diverged in life forms → differentiated in life forms / ecological traits

Canvasのドキュメントを更新し、完成形のIntroduction案を掲載しました。＞

 

これで、Introductionが完成しました。この作業に要した時間は、1時間程度。その大部分は、私が改訂・加筆に使った時間。Geminiの思考・出力時間は、5分程度。驚異的です。

 

Google Documentに保存した改訂案の最後に、以下のアドバイスが書かれていました。

 

3. Discussion (考察)の重要ポイント

論文の後半（Discussion）では、Introductionの「Cryptic Adaptive Radiation」という主張を以下の要素で裏付けます。

1. Cryptic yet Adaptive:
   • なぜ「形態」は似たままなのか？（花粉媒介者が同じ？ 制約がある？）
   • 一方で「生態（Life form, Phenology）」はどう適応放散したのか？（雪国適応、低地適応など）
2. Geographic Drivers:
   • 日本列島の地理的要因（日本海側の多雪環境 vs 太平洋側など）が、いかにして14種もの分化を促進したか。
3. Taxonomic Revision:
   • 11新種の記載の正当性（生殖隔離の間接的証拠としてのSNP解析結果）。

・・・的確なアドバイスですねえ。Discussionも、Geminiと相談しながら書けば、さくさくと書けそうです。

 

もはや、Introduction, Discussionを書くのは、簡単になりました。きちんと結果を書くことが、論文執筆でいちばん時間がかかる仕事になりました。

 

いかがでしょう？　まだGeminiを使っていないそこのあなた。すぐに使いましょう。研究ライフが劇的に変わります。

 

Deep Researchを使えば、総説もめっちゃ簡単に書けます（ただし、どのような視点で情報を束ねるかについてのアイデアが必要）。この点については、別の記事で書こうと思います。

 

Gemini 3 が楽しすぎて、2年ぶりにブログを書きました。みなさんのお役に立てれば幸いです。