魚類分類表

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無頜總綱 Agnatha（並系群）

†昆明魚目 Myllokunmingiida?
- †昆明魚科 Myllokunmingiidae
圓口綱 Cyclostomata
- 七鰓鰻亞綱 Petromyzonida
  - †科 Hardistiellidae
  - †科 Mayomyzonidae
  - †科 Pipisciidae
  - †普利斯鰻屬 Priscomyzon
  - †中生鰻屬 Mesomyzon
  - 七鰓鰻目 Petromyzontiformes
    - 七鰓鰻科 Petromyzontidae
    - 囊口七鰓鰻科 Geotriidae
    - 袋七鰓鰻科 Mordaciidae
- 盲鰻亞綱 Myxini
  - 盲鰻目 Myxiniformes
    - 盲鰻科 Myxinidae
†甲冑魚類 Ostracoderms
- †鰭甲魚綱 Pteraspidomorphi
  - †屬 Anatolepis
  - †阿蘭達甲魚亞綱 Arandaspida
    - †阿蘭達甲魚科 Arandaspididae
  - †異甲亞綱 Heterostracomorphi
    - †星甲魚目 Astraspida
    - †目 Eriptychiida
    - †異甲類 Heterostraci
      - †杯甲魚目 Cyathaspidiformes
        †亞目 Cyathaspidida
        †科 Cyathaspidae
        
        †科 Ctenaspididae
        
        †科 Ariaspidae
        
        †亞目 Amphiaspidida
        †下目 Amphiaspidoidei
        †科 Edaphaspididae
        
        †科 Amphiaspididae
        
        †科 Gabreyaspididae
        
        †科 Olbiaspididae
        
        †下目 Hibernaspidoidei
        †科 Hibernaspididae
        
        †科 Eglonaspididae
        
        †科 Aphataspididae
        
        †下目 Siberiaspidoidei
        †科 Siberiaspididae
        
        †科 Tuxeraspididae
      - †鰭甲魚目 Pteraspidiformes
        †科 Anchipteraspididae
        
        †總科 Psammosteida
        ?†科 Weigeltaspididae
        
        †科 Psammosteidae
        
        †科 Drepanaspididae
        
        †科 Guerichosteidae
        
        †科 Pycnosteidae
        
        †科 Psammolepididae
        
        †科 Obrucheviidae
        
        †科 "Protopteraspididae"
        
        †鰭甲魚亞目 Pteraspidoidei
        †鰭甲魚科 Pteraspididae
        
        †科 Gigantaspididae
        
        †科 Protaspididae
        
        地位未定 incertae sedis
        †屬 Palanasaspis
      - †目 Cardipeltida
        †科 Cardipeltidae
      - †目 Lepidaspidida
      - †目 Corvaspidida
      - †目 Tolypelepidida
        †科 Tolypelepididae
      - †目 Tesseraspidida
      - †目 Traquairaspidiformes
        †科 Traquairaspididae
- †花鱗魚綱 Thelodonti
  - †科 Oeseliidae
  - †花鱗魚目 Thelodontiformes
    - †科 Coelolepidae
    - †科 Eestilepididae
    - †科 Helenolepididae
    - †科 Loganelliidae
    - †科 Longodidae
    - †科 Palaeodontidae
    - †科 Phlebolepididae
    - †科 Shieliidae
    - †科 Talivaliidae
    - †都靈魚科 Turiniidae
  - †叉尾花鱗魚目 Furcacaudiformes
    - †科 Apalolepididae
    - †科 Barlowodidae
    - †科 Drepanolepididae
    - †叉尾花鱗魚科 Furcacaudidae
    - †椎鱗魚科 Lanarkiidae
    - †尼考里維魚科 Nikoliviidae
    - †科 Pezopallichthyidae
  - †目 Archipelepidiformes
    - †科 Archipelepididae
    - †科 Boothialepididae
- †缺甲魚綱 Anaspida
  - †Endeiolepidiformes
    - †Endeiolepididae
  - †長鱗魚目 Birkeniiformes
    - †科 Pharyngolepididae
    - †科 Pterygolepididae
    - †科 Rhyncholepididae
    - †科 Tahulalepididae
    - †科 Lasaniidae
    - †科 Ramsaasalepididae
    - †長鱗魚科 Birkeniidae
    - †科 Septentrioniidae
- †盔甲魚綱 Galeaspida
  - †漢陽魚科 Hanyangaspididae
  - †修水魚科 Xiushuiaspididae
  - †大庸魚科 Dayongaspididae
  - †真盔甲魚目 Eugaleaspidiformes
    - †盾魚屬 Dunyu
    - †曙魚屬 Shuyu
    - †土家魚屬 Tujiaaspis
      - †靈動土家魚Tujiaaspis vividus^[1]
    - †科 Tridensaspididae
    - †中華盔甲魚科 Sinogaleaspididae
    - †真盔甲魚科 Eugaleaspididae
  - †多鰓魚總目 Polybranchiaspidida
    - †昭通魚科 Zhaotongaspididae
    - †多鰓魚目 Polybranchiaspidiformes
      - †古木魚科 Gumuaspididae
      - †秀甲魚科 Geraspididae
      - †五窗魚科 Pentathyraspididae
      - †都勻魚科 Duyunolepididae
      - †科 Hyperaspididae
      - †多鰓魚科 Polybranchiaspididae
    - †華南魚目 Huananaspidiformes
      - †三歧魚科 Sanqiaspididae
      - †三岔魚科 Sanchaspididae
      - †鴨吻魚科 Gantarostraspididae
      - †華南魚科 Huananaspidae
        †大窗魚亞科 Macrothyraspinae
- †茄甲魚綱 Pituriaspida
  - †茄甲魚屬 Pituriaspis
  - †尼亞巴魚屬 Neeyambaspis
- †骨甲魚綱 Osteostraci
  - †目 Atelaspidiformes
    - †科 Ateleaspididae
  - †目 Cephalaspidida
    - †科 Cephalaspidae
  - †禪甲魚目 Zenaspidida
    - †對稱天國魚科 Parameteoraspididae
    - †禪甲魚科 Zenaspididae
  - †目 Benneviaspidida
    - †科 Boreaspididae
  - †目 Thyestiida
    - †科 Tannuaspididae
    - †科 Thyestiidae
    - †萌甲魚科 Tremataspididae
- 有頷類 Gnathostomata

有頜下門 Gnathostomata

†盾皮魚綱 Placodermi

†史天秀魚目 Stensioella
- †史天秀魚科 Stensioellidae
†假瓣甲魚目 Pseudopetalichthyida
- †假瓣甲魚科 Paraplesiobatidae
†布林達貝拉魚目 Brindabellaspis
†棘胸魚目 Acanthothoraci（並系群）
- †科 Weejasperaspididae
- †科 Hagiangellidae
- †古棘甲魚科 Palaeacanthaspidae（並系群）
†硬鮫目 Rhenanida
- †星骨魚科 Asterosteidae
†胴甲魚目 Antiarchi
- †中華魚科 Sinolepidae
- †雲南魚類 Yunnanolepiformes
  - †雲南魚科 Yunnanolepididae
  - †曲靖魚科 Chuchinolepidae
- †真胴甲魚類 Euantiarcha
  - †星鱗魚亞目 Asterolepidoidei
    - †星鱗魚科 Asterolepidae
    - †格爾達鱗魚科 Gerdalepidae
    - †帕布鱗魚科 Pambulaspidae
  - †溝鱗魚亞目 Bothriolepidoidei
    - †溝鱗魚科 Bothriolepididae
    - †江西魚科 Jiangxilepididae
    - †小肢魚科 Microbrachiidae
†瓣甲魚目 Macropetalichthyida
- †瓣甲魚科 Macropetalichthyidae
- †擬瓣甲魚科 Quasipetalichthyidae
†褶齒魚目 Ptyctodontida
- †褶齒魚科 Ptyctodontidae
†節頸魚目 Arthrodira
- †輻紋魚亞目 Actinolepidoidei（並系群）
  - †輻紋魚科 Actinolepidae（並系群）
  - †科 Antarctaspidae（並系群）
  - †葉鱗魚目 Phyllolepida
    - †葉鱗魚科 Phyllolepididae
    - †科 Gavinaspididae
  - †烏塔古納魚科 Wuttagoonaspidae
- †菲里克特魚亞目 Phlyctaenioidei（並系群）
  - †菲里克特魚科 Phlyctaenididae
  - †科 Arctaspididae
  - †科 Arctolepididae
  - †戈爾蘭魚科 Groenlandaspididae
  - †威氏魚科 Williamsaspididae
- †短胸魚亞目 Brachythoraci
  - †異骨魚科 Heterostiidae
  - †科 Holonematidae
  - †等骨魚科 Homosteidae
  - †巴坎魚科 Buchanosteidae
  - †真短胸魚類 Eubrachythoraci
    - †粒骨魚類 Coccosteomorphi
      - †科 Camuropiscidae
      - †粒骨魚科 Coccosteidae
      - †科 Incisoscutidae
      - †科 Plourdosteidae
      - †托羅魚科 Torosteidae
    - †厚甲魚類 Pachyosteomorphi
      - †科 Brachydeiridae
      - †薄骨魚科 Leptosteidae
      - †科 Rachiosteidae
      - †演化支 Aspinothoracidi
        †科 Bungartiidae
        
        †恐魚科 Dinichthyidae
        
        †厚頜魚科 Hadrosteidae
        
        †科 Leiosteidae
        
        †科 Mylostomatidae
        
        †月骨魚科 Selenosteidae
        
        †霸魚科 Titanichthyidae
      - †鄧氏魚總科 Dunkleosteoidea
        †盤溪魚科 Panxiosteidae
        
        †鄧氏魚科 Dunkleosteidae
秀山魚屬 Xiushanosteus
- 奇蹟秀山魚 Xiushanosteus mirabilis^[2]

軟骨魚綱 Chondrichthyes

†棘魚綱 Acanthodii（並系群）
- †柵棘魚目 Climatiiformes
  - †柵棘魚亞目 Climatiida
    - †巨棘魚科 Gyracanthidae
    - †柵棘魚科 Climatiidae
      - †柵棘魚屬 Climatius
      - †梵淨山魚屬 Fanjingshania
        †復興梵淨山魚 Fanjingshania renovata^[3]
- †雙棘魚目 Diplacanthiformes
  - †科 Gladiobranchidae
  - †雙棘魚科 Diplacanthidae
  - †科 Culmacanthidae
  - †科 Tetanopsyridae
- †銼棘魚目 Ischnacanthiformes
  - †枝棘魚屬 Xylacanthus
  - †銼棘魚科 Ischnacanthidae
  - †多棘魚科 Poracanthidae
- †棘魚目 Acanthodiformes
  - †棘魚科 Acanthodidae
  - †掌棘魚科 Cheiracanthidae
  - †豪伊特棘魚科 Howittacanthidae
  - †中棘魚科 Mesacanthidae
軟骨魚綱 Chondrichthyes
- 黔齒魚屬 Qianodus^[4]
  - 雙列黔齒魚 Qianodus duplicis
- 板鰓亞綱 Elasmobranchii
  - †?蒙古魚目 Mongolepidida
  - †近鯊屬 Plesioselachus
  - †南極鼠鯊屬 Antarctilamna
  - †似扁鯊目 Squatinactiformes
  - †原尖齒鯊目 Protacrodontiformes
  - †異棘鯊下綱 Xenacanthimorpha
    - †異棘鯊目 Xenacanthiformes
      - 未定屬 incertae sedis
        †無齒棘鯊屬 Anodontacanthus
        
        †提基齒鯊屬 Tikiodontus
      - †雙梁鯊科 Diplodoselachidae
      - †垂棘鯊科 Orthacanthidae
      - †異棘鯊科 Xenacanthidae
  - 鯊鰩下綱 Euselachii
    - †櫛棘鯊目 Ctenacanthiformes
      - †屬 Acandylacanthus
      - †屬 Arauzia
      - †櫛棘鯊超科 Ctenacanthoidea
        †星褶鯊屬 Asteroptychius
        
        †長吻鯊科 Bandringidae
        
        †卡林棘鯊屬 Carinacanthus
        
        †屬 Pyknotylacanthus
        
        †菱棘鯊屬 Rhombacanthus
        
        †塔姆鯊科 Tamiobatidae
        
        †窩鯊屬 Wodnika
        
        †櫛棘鯊科 Ctenacanthidae
      - †科 Heslerodidae
      - †古氏鯊屬 Goodrichthys
      - †凱貝伯獵手鯊屬 Kaibabvenator
      - †莫亞棘鯊屬 Moyacanthus
      - †侏劍鯊屬 Nanoskalme
      - †新薩維齒鯊屬 Neosaivodus
      - †屬 Pororhiza
      - †薩維齒鯊屬 Saivodus
    - †亮齒鯊目 Phoebodontiformes
      - †屬 Jalodus
      - †亮齒鯊科 Phoebodontidae
    - †弓鮫目 Hybodontiformes
      - †北極棘鯊屬 Arctacanthus
      - †屬 Dolophonodus
      - †屬 Hamatus
      - †三鋒鮫屬 Tristychius
      - †蹄棘鯊屬 Hopleacanthus
      - †指鰭鯊屬 Onychoselache
      - †弓鮫超科 Hybodontoidea
        †屬 Steinbachodus
        
        †平齒鯊科 Homalodontidae
        
        †無尖齒魚科 Acrodontidae
        
        †弓鮫科 Hybodontidae
        
        †矛鮫科 Lonchidiidae
        
        †多尖齒魚科 Polyacrodontidae
        
        †?皺齒鯊科 Ptychodontidae
    - 新鯊類 Neoselachii
      - †?異時鯊科 Anachronistidae
      - †連齒鯊目 Synechodontiformes
        未定屬 Incertae sedis
        †屬 Rhomphaiodon
        
        †屬 Mucrovenator
        
        †屬 Safrodus
        
        †屬 Polyfaciodus
        
        †楔齒鯊科 Orthacodontidae
        
        †古棘鯊科 Palaeospinacidae
        
        †偽南喙哈那鯊科 Pseudonotidanidae
        
        †副楔齒鯊科 Paraorthacodontidae
      - 鯊總目 Selachimorpha
        六鰓鯊目 Hexanchiformes
        六鰓鯊科 Hexanchidae
        
        皺鰓鯊科 Chlamydoselachidae
        
        †科 Crassonotidae
        
        ?†馬克默多鯊科 Mcmurdodontidae
        
        虎鯊目 Heterodontiformes
        虎鯊科 Heterodontidae
        
        鬚鮫目 Orectolobiformes
        喉須鮫科 Parascylliidae
        
        鯨鯊科 Rhincodontidae
        
        鬚鯊科 Orectolobidae
        
        天竺鯊科 Hemiscylliidae
        
        絞口鯊科 Ginglymostomatidae
        
        豹紋鯊科 Stegostomatidae
        
        長鬚鯊科 Brachaeluridae
        
        鼠鯊目 Lamniformes
        長尾鯊科 Alopiidae
        
        象鮫科 Cetorhinidae
        
        鼠鯊科 Lamnidae
        
        劍吻鯊科 Mitsukurinidae
        
        巨口鯊科 Megachasmdae
        
        錐齒鯊科 Odontaspididae
        
        糙齒鯊科 Pseudicarchariidae
        
        †鷹鼠鯊科 Aquilolamnidae
        
        †阿納渡鴉鯊科 Anacoracidae
        
        †始鼠鯊科 Eoptolamnidae（並系群）
        
        †加勒比鯊科 Cardabiodontidae
        
        †白堊尖吻鯊科 Cretoxyrhinidae
        
        †耳齒鯊科 Otodontidae
        
        †擬鏟吻鯊科 Pseudoscapanorhynchidae
        
        真鯊目 Carcharhiniformes
        真鯊科 Carcharhinidae
        
        皺唇鯊科 Triakidae
        
        雙髻鯊科 Sphyrnidae
        
        貓鯊科 Scyliorhinidae
        
        擬皺唇鯊科 Pseudotriakidae
        
        原鯊科 Proscylliidae
        
        沙條鮫科 Hemigaleidae
        
        鬚狗鮫科 Leptochariidae
        
        角鯊目 Squaliformes
        笠鱗鮫科 Echinorhinidae
        
        棘鮫科 Squalidae
        
        尖鰭鮫科 Centrophoridae
        
        燈籠棘鮫科 Etmopteridae
        
        夢棘鮫科 Somniosidae
        
        粗皮棘鮫科 Oxynotidae
        
        黑棘鮫科 Dalatiidae
        
        扁鯊目 Squatiniformes
        扁鯊科 Squatinidae
        
        鋸鯊目 Pristiophoriformes
        鋸鯊科 Pristiophoridae
        
        †原棘鯊目 Protospinaciformes
      - 鰩總目 Batoidea
        鰩目 Rajiformes
        鰩科 Rajidae
        
        無鰭鰩科 Anacanthobatidae
        
        單鰭鰩科 Arhynchobatidae
        
        吞鰩科 Gurgesiellidae
        
        †硬吻鰩亞目 Sclerorhynchoidei
        †硬吻鰩科 Sclerorhynchidae
        
        †褶鰩科 Ptychotrygonidae
        
        †髖鋸鰩科 Ischyrhizidae
        
        †帆鋸鰩科 Onchopristidae
        
        †裂根鰩科 Schizorhizidae
        
        電鰩目 Torpediniformes
        澳洲睡電鰩科 Hypnidae
        
        雙鰭電鰩科 Narcinidae
        
        單鰭電鰩科 Narkidae
        
        電鰩科 Torpedinidae
        
        犁頭鰩目 Rhinopristiformes
        犁頭鰩科 Rhinobatidae
        
        藍吻犁頭鰩科 Glaucostegidae
        
        圓犁頭鰩科 Rhinidae
        
        南犁頭鰩科 Trygonorrhinidae
        
        鋸鰩科 Pristidae
        
        ?團扇鰩科 Platyrhinidae
        
        ?梳板鰩科 Zanobatidae
        
        燕魟目 Myliobatiformes
        ?團扇鰩亞目 Platyrhinoidei
        ?團扇鰩科 Platyrhinidae
        
        ?梳板鰩亞目 Zanobatoidei
        ?梳板鰩科 Zanobatidae
        
        燕魟亞目 Myliobatoidei
        六鰓魟總科 Hexatrygonoidea
        六鰓魟科 Hexatrygonidae
        
        扁魟總科 Hexatrygonoidea
        近魟科 Plesiobatidae
        
        扁魟科 Urolophidae
        
        巨尾魟總科 Urotrygonoidea
        巨尾魟科 Urotrygonidae
        
        魟總科 Dasyatoidea
        魟科 Dasyatidae
        
        江魟科 Potamotrygonidae
        
        燕魟科 Gymnuridae
        
        鱝科 Myliobatidae
        
        蝠鱝科 Mobulidae
        
        鷂鱝科 Aetobatidae
        
        牛鼻鱝科 Rhinopteridae
- 全頭亞綱 Holocephali
  - †西莫利鯊目 Symmoriida
    - †杜依卡鯊屬 Dwykaselachus
    - †屬 Ferromirum
    - †卡烏鯊屬 Kawichthys
    - †西莫利鯊科 Symmoriidae
    - †胸脊鯊科 Stethacanthidae
    - †鐮鰭鯊科 Falcatidae
    - †裂口鯊科 Cladoselachidae
  - †偽鮫總目 Paraselachimorpha
    - †口鯊目 Orodontiformes
      - †口鯊科 Orodontidae
    - †瓣齒鯊目 Petalodontiformes
      - †朱那鮫科 Janassidae
      - †扁齒鮫科 Pristodontidae
      - †瓣齒鯊科 Petalodontidae
      - †貝蘭特希鮫科 Belantseidae
    - †單疣鮫目 Helodontiformes
      - †單疣鮫科 Helodontidae
    - †枕鰭鯊目 Iniopterygiformes
      - †西布長吻鮫科 Sibyrhinchidae
      - †枕鰭鯊科 Iniopterygidae
    - †戴爾比斯鯊目 Debeeriiformes
      - †戴爾比斯鯊科 Debeeriidae
    - †尤金齒目 Eugeneodontida
      - †剪齒鯊總科 Edestoidea
        †旋齒鯊科 Edestidae
        
        †剪齒鯊科 Helicoprionidae
      - †卡士尼鯊總科 Caseodontoidea
        †坎普鯊屬 Campodus
        
        †屬 Chiastodus
        
        †卡士尼鯊科 Caseodontidae
        
        †尤金齒鯊科 Eugeneodontidae
  - 全頭總目 Holocephalimorpha
    - †砂齒鯊目 Psammodontiformes
      - †砂齒鯊科 Psammodontidae
    - †寇氏鯊目 Copodontiformes
      - †寇氏鯊科 Copodontidae
    - †似鮫目 Squalorajiformes
      - †似鮫科 Squalorajidae
    - †軟鱔鮫目 Chondrenchelyiformes
      - †軟鱔鮫科 Chondrenchelyidae
    - †頰甲鮫目 Menaspiformes
      - †三角褶鮫科 Deltoptychiidae
      - †頰甲鮫科 Menaspidae
      - †特拉奎爾鮫科 Traquairiidae
    - †殼齒鮫目 Cochliodontiformes
      - †科 Psephodontidae
      - †殼齒鮫科 Cochliodontidae
    - 銀鮫目 Chimaeriformes
      - †棘托銀鮫亞目 Echinochimaeroidei
        †棘托銀鮫科 Echinochimaeridae
      - †多棘鮫亞目
        †多棘鮫科 Myriacanthidae
        
        †科 Chimaeropsidae
      - †原銀鮫亞目 Protochimaeroidei
        †原銀鮫科 Protochimaeridae
      - 短鼻銀鮫亞目 Chimaeroidei
        †屬 Eomanodon
        
        葉吻銀鮫總科 Callorhynchoidea (Callorhinchoidea)
        葉吻銀鮫科 Callorhynchidae
        
        短鼻銀鮫總科 Chimaeroidea
        短鼻銀鮫科 Chimaeridae
        
        長吻銀鮫科 Rhinochimaeridae

硬骨魚總綱 Osteichthyes

輻鰭魚綱 Actinopterygii
- ?†阿薩羅魚目 Asarotiformes
- ?†目 Discordichthyiformes
- ?†目 Paphosisciformes
- ?†目 Scanilepiformes
- †鱈鱗魚目 Cheirolepiformes
- †目 Paramblypteriformes
- †目 Rhadinichthyiformes
- †古鱈目 Palaeonisciformes
  - †古鱈科 Palaeoniscidae
  - 地位未定 incertae sedis（曾一度被歸為古鱈目）
    - †科 Acropholidae
    - †科 Atherstoniidae
    - †巴西魚科 Brazilichthyidae
    - †中鱗魚科 Centrolepididae
    - †粒鱗魚科 Coccolepididae
    - †科 Commentryidae
    - †科 Cryphiolepididae
    - †杜依卡魚科 Dwykiidae
    - †科 Holuridae
    - †伊戈恩魚科 Igornichthyidae
    - †科 Irajapintoseidae
    - †科 Monesedeiphidae
    - †科 Rhabdolepididae
    - †科 Stegotrachelidae
    - †科 Thrissonotidae
    - †科 Tienshaniscidae
    - †科 Turseodontidae
    - †科 Uighuroniscidae
    - †科 Urosthenidae
- †鰻鱈目 Tarrasiiformes
  - †鰻鱈科 Tarrasiidae
- †褶鱗魚目 Ptycholepiformes
  - †錐體魚科 Boreosomidae
  - †重慶魚科 Chungkingichthyidae
  - †褶鱗魚科 Ptycholepididae
- †雷氏魚目 Redfieldiiformes
  - †屬 Atopocephala
  - †屬 Brookvalia
  - †屬 Calaichthys
  - †喬恩魚屬 Cionichthys
  - †屬 Daedalichthys
  - †?登伍德魚屬 Denwoodichthys
  - †屬 Dictyopyge
  - †?屬 Endemichthys
  - †屬 Geitonichthys
  - †屬 Helichthys
  - †雷氏魚屬 Hiascoactinus
  - †硬鱗魚屬 Ischnolepis
  - †拉薩爾魚屬 Lasalichthys
  - †?雷氏魚屬 Leighiscus
  - †毛里塔魚屬 Mauritanichthys
  - †鉬魚屬 Molybdichthys
  - †?帕科爾魚屬 Pacorichthys
  - †屬 Phlyctaenichthys
  - †雷氏魚屬 Redfieldius
  - †?薩卡曼魚屬 Sakamenichthys
  - †裂網魚屬 Schizurichthys
  - †?新疆魚屬 Sinkiangichthys (疑難名)
  - †?屬 Synorichthys
- †疏鰭魚目 Haplolepidiformes
- †目 Aeduelliformes
  - †科 Aeduellidae
- †扁體魚目 Platysomiformes
  - †寧夏扁體魚屬 Ningxiaplatysomus
  - †扁體魚科 Platysomidae
- †古鯧目 Bobasatraniiformes
  - †古鯧科 Bobasatraniidae
  - †槍鰭魚科 Dorypteridae
- †目 Eurynotiformes
- 腕鰭亞綱 Cladistia
  - †吉爾戴魚目 Guildayichthyiformes
    - †吉爾戴魚科 Guildayichthyidae
  - 多鰭魚目 Polypteriformes
    - 多鰭魚科 Polypteridae
- 演化支 Actinopteri
  - †目 Elonichthyiformes
  - †顯吻魚目 Phanerorhynchiformes
  - †龍魚目 Saurichthyiformes
    - †夜郎魚科 Yelangichthyidae
    - †龍魚科 Saurichthyidae
  - 軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
    - †比耶魚目 Birgeriiformes
      - †比耶魚科 Birgeriidae
    - 鱘形目 Acipenseriformes
      - †屬 Hesperopsephurus
      - †新查拉魚屬 Neochallaia
      - †擬白鱘屬 Psephuroides
      - †迷鱘科 Errolichthyidae
      - †?軟骨硬鱗亞目 Chondrosteoidei
        †?軟骨硬鱗魚科 Chondrosteidae
      - †北票鱘亞目 Peipiaosteoidei
        †北票鱘科 Peipiaosteidae
        †屬 Gualolepis
        
        †蝶鱘亞科 Spherosteinae
        
        †北票鱘亞科 Peipiaosteinae
      - 鱘亞目 Acipenseroidei
        匙吻鱘科 Polyodontidae
        †原白鱘亞科 Protopsephurinae
        
        †古白鱘亞科 Paleopsephurinae
        
        匙吻鱘亞科 Polyodontinae
        
        鱘科 Acipenseridae
        †屬 Dinectus
        
        †原鏟鱘屬 Protoscaphirhynchus
        
        鱘亞科 Acipenserinae
        
        鏟鱘亞科 Scaphirhynchinae
        
        †扁鱘亞科 Priscosturioninae
  - 新鰭亞綱 Neopterygii
    - †側鱗魚目 Pholidopleuriformes
      - †側鱗魚科 Pholidopleuridae
    - †肋鱗魚目 Peltopleuriformes
      - †肋鱗魚科 Peltopleuridae
      - †胸鰭魚科 Thoracopteridae
    - †裂齒魚目 Perleidiformes
      - †匙鱗魚科 Cleithrolepididae
      - †頭異魚亞目 Cephaloxenoidei
        †頭異魚科 Cephaloxenidae
      - †裂齒魚亞目 Perleidoidei
        †科 Polzbergiidae
        
        †科 Gabanellidae
        
        †異齒魚科 Aethodontidae
        
        †科 Colobodontidae
        
        †科 Pseudobeaconiidae
        
        †裂齒魚科 Perleididae
    - †目 Platysiagiformes
      - †科 Platysiagidae
    - †硬齒魚目 Pycnodontiformes
      - ?†屬 Acrorhinichthys
      - ?†古硬齒魚屬 Archaeopycnodon
      - ?†屬 Athrodon
      - ?†屬 Callodus
      - ?†屬 Cosmodus
      - ?†屬 Ellipsodus
      - ?†鈎齒魚屬 Grypodon
      - ?†屬 Mercediella
      - ?†噬中齒魚屬 Piranhamesodon
      - ?†偽硬齒魚屬 Pseudopycnodus
      - ?†屬 Tergestinia
      - ?†屬 Thurmondella
      - ?†屬 Uranoplosus
      - ?†屬 Woodthropea
      - ?†科 Hadrodontidae
      - ?†科 Gebrayelichthyidae
      - ?†科 Gladiopycnodontidae
      - †屬 Paramesturus
      - †小硬齒魚屬 Micropycnodon
      - †屬 Arduafrons
      - †始中齒魚屬 Eomesodon
      - †擬鋸脂鯉科 Serrasalmimidae
      - †科 Mesturidae
      - †環角魚科 Gyrodontidae
      - †布倫德齒魚科 Brembodontidae
      - †壓齒魚科 Coccodontidae
      - †硬齒魚科 Pycnodontidae
    - †盧加諾魚目 Luganoiiformes
      - †盧加諾魚科 Luganoiidae
    - 全骨下綱 Holostei
      - 近鯡形類 Halecomorphi
        †副半椎魚目 Parasemionotiformes
        †裴氏魚屬 Peia
        
        †副半椎魚科 Parasemionidae
        
        †科 Promecosominidae
        
        †盤縣魚目 Panxianichthyiformes
        †盤縣魚科 Panxianichthyidae
        
        †預言魚目 Ionoscopiformes
        †亞洲鱗齒魚屬 Asialepidotus
        
        †屬 Placidichthys
        
        †屬 Subortichthys
        
        †科 Ophiopsidae
        
        †預言魚科 Ionoscopidae
        
        †科 Oshuniidae
        
        弓鰭魚目 Amiiformes
        †貴州弓鰭魚屬 Guizhouamia
        
        †斯特莫弓鰭魚屬 Stromerichthys
        
        †金尾魚總科 Caturoidea
        †科 Liodesmidae
        
        †金尾魚科 Caturidae
        
        弓鰭魚總科 Amioidea
        ?†屬 Amiidarum
        
        ?†費爾干納弓鰭魚屬 Ferganamia
        
        ?†雷曼弓鰭魚屬 Lehmanamia
        
        †中華弓鰭魚科 Sinamiidae
        
        弓鰭魚科 Amiidae
        弓鰭魚亞科 Amiinae
        
        †亞科 Amiopsinae
        
        †索倫霍芬弓鰭魚亞科 Solnhofenamiinae
        
        †維氏弓鰭魚亞科 Vidalamiinae
      - 鉸齒魚類 Ginglymodi
        †提契諾鱗魚屬 Ticinolepis
        
        †聖喬治魚屬 Sangiorgioichthys
        
        †?平齒魚目 Dapediiformes
        †平齒魚科 Dapediidae
        
        †拱魚目 Kyphosichthyiformes
        †臘山魚科 Lashanichthyidae
        
        †拱魚科 Kyphosichthyidae
        
        新鉸齒魚類 Neoginglymodi
        †半椎魚目 Semionotiformes
        ?†屬 Orthurus
        
        †屬 Aphanepygus
        
        †側鱗魚科 Pleurolepididae
        
        ?†巨半椎魚科 Macrosemiidae
        
        †半椎魚科 Semionotidae
        
        †科 Callipurbeckiidae
        
        雀鱔目 Lepisosteiformes
        †北渡魚屬 Beiduyu
        
        †阿德里亞娜魚屬 Adrianaichthys
        
        †呵叻魚屬 Khoratichthys
        
        †瀾滄魚屬 Lanxangichthys
        
        †新半椎魚屬 Neoseminotus
        
        †鱗齒魚科 Lepidotidae
        
        雀鱔亞目 Lepisosteoidei
        †阿拉里佩雀鱔屬 Araripelepidotes
        
        †泰雀鱔屬 Thaiichthys
        
        †屬 Pliodetes
        
        雀鱔總科 Lepisosteoidea
        雀鱔科 Lepisosteidae
        
        †奧巴魚科 Obaichthyidae
    - 真骨形類 Teleosteomorpha
      - †目 Prohaleciteiformes
        †科 Prohaleciteidae
      - †針吻魚目 Aspidorhynchiformes
        †針吻魚科 Aspidorhynchidae
      - †厚莖魚目 Pachycormiformes
        †古臘魚科 Archaeomaenidae
        
        †昆瓦拉魚科 Koonwarriidae
        
        †厚莖魚科 Pachycormidae
      - 真骨下綱 Teleostei
        ?†阿勒萊皮鱖目 Araripichthyiformes
        †阿勒萊皮鱖科 Araripichthyidae
        
        ?†目 Ligulelliiformes
        
        ?†塞納命運魚目 Tselfatiiformes
        †始滿齒魚科 Eoplethodidae
        
        †滿齒魚科 Plethodidae
        
        †始烏魴科 Protobramidae
        
        †叉鱗魚目 Pholidophoriformes
        †叉鱗魚科 Pholidophoridae
        
        †目 Dorsetichthyiformes
        †科 Dorsetichthyidae
        
        †薄鱗魚目 Leptolepidiformes
        
        †叉頜魚目 Crossognathiformes
        †叉頜魚亞目 Crossognathoidei
        †叉頜魚科 Crossognathidae
        
        †厚根齒魚亞目 Pachyrhizodontoidei
        †諾特魚科 Notelopidae
        
        †科 Raphiosauridae
        
        †厚根齒魚科 Pachyrhizodontidae
        
        †乞丐魚目 Ichthyodectiformes
        †乞丐魚亞目 Ichthyodectoidei
        †乞丐魚科 Ichthyodectidae
        
        †楚雄魚科 Chuhsiungichthyidae
        
        †異梭鯷科 Allothrissopidae
        
        海鰱高群 Elopocephalai
        海鰱目 Elopiformes
        †阿納魚科 Anaethaliidae
        
        海鰱亞目 Elopoidei
        †原海鰱科 Protelopidae
        
        海鰱科 Elopidae
        
        大眼海鰱科 Megalopidae
        
        北梭魚目 Albuliformes
        †葉齒魚科 Phyllodontidae
        
        北梭魚科 Albulidae
        長背魚亞科 Pterothrissinae
        
        背棘魚目 Notacanthiformes
        海蜥魚科 Halosauridae
        
        背棘魚科 Notacanthidae
        
        鰻鱺目 Anguilliformes
        原鰻鱺亞目 Protanguilloidei
        原鰻鱺科 Protanguillidae
        
        通鰓鰻亞目 Synaphobranchoidei
        通鰓鰻科 Synaphobranchidae
        
        鯙亞目 Muraenoidei
        異蝮鯙科 Heterenchelyidae
        
        軟糯鰻科 Myrocongridae
        
        鯙科 Muraenidae
        鯙亞科 Muraeninae
        
        鰭尾鯙亞科 Uropteryginae
        
        擬鯙亞目 Chlopsoidei
        擬鯙科 Chlopsidae
        
        康吉鰻亞目 Congroidei
        康吉鰻科 Congridae
        康吉鰻亞科 Congrinae
        
        淵油鰻亞科 Bathymyrinae
        
        異康吉鰻亞科 Heterocongrinae
        
        長頸鰻科 Derichthyidae
        
        海鰻科 Muraenesocidae
        
        鴨嘴鰻科 Nettastomatidae
        
        蛇鰻科 Ophichthidae
        油鰻亞科 Myrophinae
        
        蛇鰻亞科 Ophichthinae
        
        倭糯鰻科 Colocongridae
        
        蚓鰻亞目 Moringuoidei
        蚓鰻科 Moringuidae
        
        鰻鱺亞目 Anguilloidei
        鰻鱺科 Anguillidae
        
        線鰻科 Nemichthyidae
        
        鋸鋤鰻科 Serrivomeridae
        
        囊鰓鰻亞目 Saccopharyngoidei
        月尾鰻科 Cyematidae
        
        寬咽魚科 Eurypharyngidae
        
        單頜鰻科 Monognathidae
        
        囊鰓鰻科 Saccopharyngidae
        
        骨舌魚高群 Osteoglossocephalai
        骨舌魚總群 Osteoglossocephala
        †狼鰭魚目 Lycopteriformes
        †狼鰭魚科 Lycopteridae
        
        月眼魚目 Hiodontiformes
        月眼魚科 Hiodontidae
        
        骨舌魚目 Osteoglossiformes
        齒蝶魚亞目 Pantodontoidei
        齒蝶魚科 Pantodontidae
        
        骨舌魚亞目 Osteoglossoidei
        巴西骨舌魚科 Arapaimidae
        
        骨舌魚科 Osteoglossidae
        
        †科 Singidididae
        
        †科 Phareodontidae
        
        弓背魚亞目 Notopteroidei
        †科 Ostariostomidae
        
        †基帕拉魚科 Kipalaichthyidae
        
        †瓦金魚科 Wakinoichthyidae
        
        弓背魚科 Notopteridae
        光背魚亞科 Xenomystinae
        
        弓背魚亞科 Notopterinae
        
        象鼻魚總科 Mormyroidea
        裸臀魚科 Gymnarchidae
        
        象鼻魚科 Mormyridae
        長頜魚亞科 Mormyrinae
        
        岩頭長頜魚亞科 Petrocephalinae
        
        鯡頭魚總群 Clupeocephala
        骨鯡群 Otomorpha
        鯡形亞群 Clupei
        †埃笠姆鯡目 Ellimmichthyiformes
        †副鱭魚科 Paraclupeidae
        
        †科 Armigatidae
        
        鯡形目 Clupeiformes
        齒鯡亞目 Denticipitoidei
        齒頭鯡科 Denticipitidae
        
        鯡亞目 Clupeoidei
        鯷科 Engraulidae
        鯷亞科 Engraulinae
        
        鱭亞科 Coiliinae
        
        鋸腹鰳科 Pristigasteridae
        
        寶刀魚科 Chirocentridae
        
        鯡科 Clupeidae
        西鯡亞科 Alosinae
        
        鯡亞科 Clupeinae
        
        真鰶亞科 Dorosomatinae
        
        多棱圓鯡亞科 Ehiravinae
        
        銀帶鯡科 Spratelloididae
        
        圓腹鯡科 Dussumieriidae
        
        黑頭魚亞群 Alepocephali
        黑頭魚目 Alepocephaliformes
        黑頭魚科 Alepocephalidae
        
        管肩魚科 Platytroctidae
        
        骨鰾亞群 Ostariophysi
        非耳鰾派 Anotophysa
        †目 Sorbininardiformes
        †科 Sorbininardidae
        
        鼠鱚目 Gonorynchiformes
        鼠鱚亞目 Gonorynchoidei
        †科 Apulichthyidae
        
        鼠鱚科 Gonorynchidae
        
        虱目魚亞目 Chanoidei
        †屬 Aethalinopsis
        
        虱目魚科 Chanidae
        
        尼羅魚亞目 Knerioidei
        尼羅魚科 Kneriidae
        
        堅喉魚科 Phractolaemidae
        
        耳鰾派 Otophysa
        鯉形目 Cypriniformes
        鯉亞目 Cyprinoidei
        鯉科 Cyprinidae
        鱊亞科 Acheilognathinae
        
        鯉亞科 Cyprininae
        
        (魚丹)亞科 Danioninae
        
        鮈亞科 Gobioninae
        
        ?野鯪亞科 Labeoninae
        
        細須魮亞科 Leptobarbinae
        
        雅羅魚亞科 Leuciscinae
        
        原䰾亞科 Probarbinae
        
        亞科 Smiliogastrinae
        
        亞科 Tanichthyinae
        
        丁鱥亞科 Tincinae
        
        亞科 Torinae
        
        鯝亞科 Xenocyprinae
        
        鰍亞目 Cobitoidei
        亞口魚總科 Catostomoidea
        亞口魚科 Catostomidae
        亞口魚亞科 Catostominae
        
        長背亞口魚亞科 Cycleptinae
        
        牛胭脂魚亞科 Ictiobinae
        
        胭脂魚亞科 Myxocyprininae
        
        雙孔魚總科 Gyrinocheiloidea
        雙孔魚科 Gyrinocheilidae
        
        鰍總科 Cobitoidea
        頰鬚鰍科 Barbuccidae
        
        蛇鰍科 Serpenticobitidae
        
        沙鰍科 Botiidae
        
        梵條鰍科 Vaillantellidae
        
        鰍科 Cobitidae
        
        爬鰍科 Balitoridae
        
        腹吸鰍科 Gastromyzontidae
        
        低唇魚科 Ellopostomatidae
        
        條鰍科 Nemacheilidae
        
        裸吻魚科 Psilorhynchidae
        
        脂鯉目 Characiformes
        琴脂鯉亞目 Citharinoidei
        二列齒琴脂鯉科 Distichodontidae
        
        琴脂鯉科 Citharinidae
        
        脂鯉亞目 Characoidei
        頂器脂鯉總科 Crenuchoidea
        頂器脂鯉科 Crenuchidae
        溪脂鯉亞科 Characidiinae
        
        鋸唇脂鯉亞科 Crenuchinae
        
        鮭脂鯉總科 Alestioidea
        鱤脂鯉科 Hepsetidae
        
        鮭脂鯉科 Alestidae
        
        虎脂鯉總科 Erythrinoidea
        塔河脂鯉科 Tarumaniidae
        
        虎脂鯉科 Erythrinidae
        
        鋸脂鯉科 Serrasalmidae
        
        犬齒脂鯉科 Cynodontidae
        露斯塔脂鯉亞科 Roestinae
        
        犬齒脂鯉亞科 Cynodontinae
        
        半齒脂鯉科 Hemiodontidae
        
        下口半脂鯉科 Parodontidae
        
        原唇齒脂鯉科 Prochilodontidae
        
        唇齒脂鯉科 Chilodontidae
        
        無齒脂鯉科 Curimatidae
        
        上口脂鯉科 Anostomidae
        
        脂鯉總科 Characoidea
        魣脂鯉科 Ctenoluciidae
        
        鱂脂鯉科 Lebiasinidae
        
        大鱗脂鯉科 Chalceidae
        
        蜥形脂鯉科 Iguanodectidae
        
        狼牙脂鯉科 Acestrorhynchidae
        
        石斧脂鯉科 Triporthidae
        
        石脂鯉科 Bryconidae
        
        胸斧魚科 Gasteropelecidae
        
        脂鯉科 Characidae
        細脂鯉亞科 Aphyocharacinae
        
        紋吸魚亞科 Aphyoditeinae
        
        石脂鯉亞科 Bryconinae
        
        桂脂鯉亞科 Characinae
        
        寶蓮燈魚亞科 Cheirodontinae
        
        裸脂鯉亞科 Gymnocharacinae
        
        蜥形脂鯉亞科 Iguanodectinae
        
        玫瑰脂鯉亞科 Rhoadsiinae
        
        小脂鯉亞科 Salmininae
        
        鋸胸脂鯉亞科 Stethaprioninae
        
        亞科 Stevardiinae
        
        大眼脂鯉亞科 Tetragonopterinae
        
        電鰻目 Gymnotiformes
        裸背電鰻亞目 Gymnotoidei
        裸背電鰻科 Gymnotidae
        
        線鰭電鰻亞目 Sternopygoidei
        大吻電鰻總科 Rhamphichthyoidea
        大吻電鰻科 Rhamphichthyidae
        
        短吻電鰻科 Hypopomidae
        
        線翎電鰻總科 Apteronotoidea
        線鰭電鰻科 Sternopygidae
        
        線翎電鰻科 Apteronotidae
        
        鯰形目 Siluriformes
        †安第斯鯰科 Andinichthyidae
        
        甲鯰亞目 Loricaroidei
        絲鼻鯰科 Nematogenyidae
        
        毛鼻鯰科 Trichomycteridae
        槳齒鯰亞科 Copionodontinae
        
        鰻形腺鰭鯰亞科 Glanapteryginae
        
        肉鼻鯰亞科 Sarcoglanidinae
        
        喜蓋鯰亞科 Stegophilinae
        
        鼻須鯰亞科 Trichogeninae
        
        毛鼻鯰亞科 Trichomycterinae
        
        叉齒毛鼻鯰亞科 Tridentinae
        
        寄生鯰亞科 Vandelliinae
        
        美鯰科 Callichthyidae
        美鯰亞科 Callichthyinae
        
        兵鯰亞科 Corydoradinae
        
        視星鯰科 Astroblepidae
        
        甲鯰科 Loricariidae
        三角下口鯰亞科 Delturinae
        
        下口蜻鯰亞科 Hypoptopomatinae
        
        下口鯰亞科 Hypostominae
        
        石星鯰亞科 Lithogeneinae
        
        甲鯰亞科 Loricariinae
        
        新吸口鯰亞科 Neoplecostominae
        
        耳孔鯰亞科 Otothyrinae
        
        二須鯰亞目 Diplomystoidei
        二須鯰科 Diplomystidae
        
        †巴赫曼鯰科 Bachmanniidae
        
        鯰亞目 Siluroidei
        †高劍鯰總科 Hypsidoroidea
        †高劍鯰科 Hypsidoridae
        
        鯨形鯰總科 Cetopsoidea
        鯨形鯰科 Cetopsidae
        鯨鯰亞科 Cetopsinae
        
        澤鯰亞科 Helogeneinae
        
        鯰總科 Siluroidea
        鯰科 Siluridae
        
        巨鯰科 Pangasiidae
        
        倒立鯰科 Mochokidae
        
        脂鱨科 Claroteidae
        
        北美鯰總科 Ictaluroidea
        鰻鯰科 Plotosidae
        
        北美鯰科 Ictaluridae
        
        塘虱魚總科 Clarioidea
        塘虱魚科 Clariidae
        
        鮡總科 Sisoroidea
        科 Ailiidae
        
        鮡科 Sisoridae
        真鮡亞科 Sisorinae
        
        紋胸鮡亞科 Glyptosterninae
        
        鱨科 Bagridae
        
        骨鮡科 Erethistidae
        
        陶樂鯰總科 Doradoidea
        蝌蚪鯰科 Aspredinidae
        蝌蚪鯰亞科 Aspredininae
        
        丘頭鯰亞科 Bunocephalinae
        
        棘鰻鯰亞科 Hoplomyzontinae
        
        陶樂鯰科 Doradidae
        
        項鰭鯰科 Auchenipteridae
        項鰭鯰亞科 Auchenipterinae
        
        棘杆鮠亞科 Centromochlinae
        
        長鬚鯰總科 Pimelodoidea
        鼬鯰科 Heptapteridae
        
        擬長鬚鯰科 Pseudopimelodidae
        
        長鬚鯰科 Pimelodidae
        
        地位未定 incertae sedis
        矮甲鯰科 Scoloplacidae
        
        粒鯰科 Akysidae
        粒鯰亞科 Akysinae
        
        副粒鯰亞科 Parakysinae
        
        鈍頭鮠科 Amblycipitidae
        
        准海鯰科 Anchariidae
        
        海鯰科 Ariidae
        海鯰亞科 Ariinae
        
        雅首海鯰亞科 Galeichthyinae
        
        海鱨亞科 Bagreinae
        
        平鰭鮠科 Amphiliidae
        平鰭鮠亞科 Amphiliinae
        
        細鱨亞科 Leptoglanidinae
        
        杜鰍鯰亞科 Doumeinae
        
        澳岩鱨科 Austroglanididae
        
        連尾鮡科 Chacidae
        
        錐吻鯰屬 Conorhynchos
        
        扁頭鯰科 Cranoglanididae
        
        囊鰓鯰科 Heteropneustidae
        
        下眼鱨科 Horabagridae
        
        秘鯰科 Kryptoglanidae
        
        石狗鯰科 Lacantuniidae
        
        電鯰科 Malapteruridae
        
        科 Phreatobiidae
        
        屬 Rita
        
        北非鯰科 Schilbeidae
        
        正真骨魚群 Euteleosteomorpha
        鱗南乳魚亞群 Lepidogalaxii
        鱗南乳魚目 Lepidogalaxiiformes
        
        原棘鰭亞群 Protacanthopterygii
        水珍魚目 Argentiniformes
        水珍魚科 Argentinidae
        
        深海鮭科 Bathylagidae
        
        小口兔鮭科 Microstomatidae
        
        後肛魚科 Opisthoproctidae
        
        南乳魚目 Galaxiiformes
        南乳魚科 Galaxiidae
        
        鮭形目 Salmoniformes
        鮭科 Salmonidae
        白鮭亞科 Coregoninae
        
        茴魚亞科 Thymallinae
        
        鱒亞科 Salmoninae
        
        狗魚目 Esociformes
        †古狗魚科 Palaeoesocidae
        
        狗魚科 Esocidae
        
        泥狗魚科 Umbridae
        
        巨口魚亞群 Stomiati
        胡瓜魚目 Osmeriformes
        †科 Spaniodontidae
        
        後鰭魚亞目 Retropinnoidei
        後鰭魚科 Retropinnidae
        
        胡瓜魚亞目 Osmeroidei
        胡瓜魚科 Osmeridae
        
        香魚科 Plecoglossidae
        
        銀魚科 Salangidae
        
        巨口魚目 Stomiiformes
        鑽光魚亞目 Gonostomatoidei
        鑽光魚科 Gonostomatidae
        
        巨口魚亞目 Stomiatoidei
        光器魚科 Phosichthyidae
        
        褶胸魚科 Sternoptychidae
        穆氏暗光魚亞科 Maurolicinae
        
        褶胸魚亞科 Sternoptychinae
        
        巨口魚科 Stomiidae
        
        新真骨魚亞群 Neoteleostei
        辮魚下群 Ateleopodia
        辮魚目 Ateleopodiformes
        辮魚科 Ateleopodidae
        
        寬鰭下群 Eurypterygia
        圓鱗派 Cyclosquamata
        仙女魚目 Aulopiformes
        帆蜥魚亞目 Alepisauroidei
        帆蜥魚科 Alepisauridae
        
        法老魚科 Anotopteridae
        
        齒口魚科 Evermannellidae
        
        錘頜魚科 Omosudidae
        
        魣蜥魚科 Paralepididae
        
        珠目魚科 Scopelarchidae
        
        †多椎魚科 Polymerichthyidae
        
        青眼魚亞目 Chlorophthalmoidei
        深海似蜥魚科 Bathysauroididae
        
        深海九棍魚科 Bathysauropsidae
        
        青眼魚科 Chlorophthalmidae
        
        爐眼魚科 Ipnopidae
        
        大鱗蜥魚科 Notosudidae
        
        †矛齒魚亞目 Enchodontoidei
        †甘松王魚屬 Nardorex
        
        †塞里鱗魚屬 Serrilepis
        
        †耶卜魯德魚屬 Yabrudichthys
        
        †迷鱗魚科 Apateopholidae
        
        †白堊魚科 Cimolichthyidae
        
        †鯨咽魚科 Dercetidae
        
        †層齒魚科 Stratodontidae
        
        †矛齒魚科 Enchodontidae
        
        †科 Halecidae
        
        †科 Ichthyotringidae
        
        †鋸鱗魚科 Prionolepididae
        
        巨尾魚亞目 Giganturoidei
        深海蜥魚科 Bathysauridae
        
        巨尾魚科 Giganturidae
        
        合齒魚亞目 Synodontoidei
        仙女魚科 Aulopidae
        
        副仙女魚科 Paraulopidae
        
        擬毛背魚科 Pseudotrichonotidae
        
        合齒魚科 Synodontidae
        
        櫛鱗派 Ctenosquamata
        燈籠魚亞派 Scopelomorpha
        燈籠魚目 Myctophiformes
        燈籠魚科 Myctophidae
        
        新燈籠魚科 Neoscopelidae
        
        棘鰭亞派 Acanthomorphata
        月魚類 Lampridacea
        月魚目 Lampriformes
        †屬 Bathysoma
        
        †巴哈魚屬 Bajaichthys
        
        †甘松旗月魚屬 Nardovelifer
        
        †屬 Palaeocentrotus
        
        †土庫曼魚科 Turkmenidae
        
        旗月魚科 Veliferidae
        
        月魚科 Lamprididae
        
        亞目 Taeniosomi
        冠帶魚科 Lophotidae
        
        異尾帶魚科 Radiicephalidae
        
        粗鰭魚科 Trachipteridae
        
        皇帶魚科 Regalecidae
        
        須鰃類 Polymixiacea
        †目 Pattersonichthyiformes
        
        †櫛棱鯷目 Ctenothrissiformes
        †管鱗魚科 Aulolepidae
        
        †櫛棱鯷科 Ctenothrissidae
        
        須鰃目 Polymixiiformes
        †屬 Cumbaaichthys
        
        †科 Boreiohydriidae
        
        †科 Digoriidae
        
        須鰃科 Polymixiidae
        
        副棘鰭類 Paracanthomorphacea
        鮭鱸目 Percopsiformes
        †屬 Percopsiformorum
        
        †屬 Lateopisciculus
        
        鮭鱸亞目 Percopsoidei
        †科 Libotoniidae
        
        鮭鱸科 Percopsidae
        
        奇肛鱸亞目 Aphredoderoidei
        奇肛鱸科 Aphredoderidae
        
        洞穴魚科 Amblyopsidae
        
        †楔頭鱸目 Sphenocephaliformes
        †楔頭鱸科 Sphenocephalidae
        
        海魴目 Zeiformes
        科 Cyttidae
        
        菱的鯛科 Grammicolepididae
        
        高的鯛科 Oreosomatidae
        
        準的鯛科 Parazenidae
        
        †科 Sorbinipercidae
        
        的鯛科 Zeidae
        
        甲眼的鯛科 Zeniontidae
        
        鞭尾魚目 Stylephoriformes
        鞭尾魚科 Stylephoridae
        
        鱈形目 Gadiformes
        海鰗鰍科 Bregmacerotidae
        
        多絲真鱈科 Euclichthyidae
        
        鱈科 Gadidae
        
        江鱈科 Lotidae
        
        鼠尾鱈科 Macrouridae
        底尾鱈亞科 Bathygadinae
        
        鼠尾鱈亞科 Macrourinae
        
        卵頭鱈亞科 Macrouroidinae
        
        顳孔鱈亞科 Trachyrincinae
        
        黑鱈科 Melanonidae
        
        梭鱈科 Merlucciidae
        
        稚鱈科 Moridae
        
        南極鱈科 Muraenolepididae
        
        褐鱈科 Phycidae
        
        真棘鰭類 Euacanthomorphacea
        金眼鯛亞類 Berycimorphaceae
        金眼鯛目 Beryciformes
        金眼鯛亞目 Berycoidei
        金眼鯛科 Berycidae
        
        大鱗鯛科 Melamphaidae
        
        奇鯛亞目 Stephanoberycoidei
        須仿鯨科 Barbourisiidae
        
        仿鯨科 Cetomimidae
        
        紅口仿鯨科 Rondeletiidae
        
        奇鯛科 Stephanoberycidae
        
        吉伯鯛科 Gibberichthyidae
        
        粗鱗鯛科 Hispidoberycidae
        
        燧鯛目 Trachichthyiformes
        狼牙鯛科 Anoplogastridae
        
        黑銀眼鯛科 Diretmidae
        
        燈眼魚科 Anomalopidae
        
        松球魚科 Monocentridae
        
        燧鯛科 Trachichthyidae
        
        金鱗魚亞類 Holocentrimorphaceae
        金鱗魚目 Holocentriformes
        金鱗魚科 Holocentridae
        
        鱸形亞類 Percomorphaceae
        鼬魚系 Ophidiimopharia
        鼬魚目 Ophidiiformes
        鼬魚亞目 Ophidioidei
        隱魚科 Carapidae
        
        鼬魚科 Ophidiidae
        
        深海鼬魚亞目 Bythitoidei
        深海鼬魚科 Bythitidae
        
        裸鼬魚科 Aphyonidae
        
        副鬚鼬魚科 Parabrotulidae
        
        蟾魚系 Batrachoidimopharia
        蟾魚目 Batrachoidiformes
        蟾魚科 Batrachoididae
        蟾魚亞科 Batrachoidinae
        
        小孔蟾魚亞科 Halophryninae
        
        光蟾魚亞科 Porichthyinae
        
        海蟾魚亞科 Thalassophryninae
        
        蝦虎魚系 Gobiomopharia
        鈎頭魚目 Kurtiformes
        鈎頭魚科 Kurtidae
        
        天竺鯛科 Apogonidae
        天竺鯛亞科 Apogoninae
        
        擬天竺鯛亞科 Pseudaminae
        
        蝦虎魚目 Gobiiformes
        絲鰭鱚亞目 Trichonotoidei
        絲鰭鱚科 Trichonotidae
        
        蝦虎魚亞目 Gobioidei
        溪鱧科 Rhyacichthyidae
        
        沙塘鱧科 Odontobutidae
        
        澳洲大口塘鱧科 Milyeringidae
        
        塘鱧科 Eleotridae（包含舊有的扁頭鰕虎科 Xenisthmidae）
        
        海塘鱧科 Thalasseleotrididae
        
        背眼蝦虎魚科 Oxudercidae
        背眼蝦虎魚亞科 Oxudercinae
        
        近盲蝦虎魚亞科 Amblyopinae
        
        擬蝦虎魚亞科 Gobionellinae
        
        雙盤蝦虎魚亞科 Sicydiinae
        
        蝦虎魚科 Gobiidae（包含原有的蚓鰕虎科 Microdesmidae、沙鰕虎科 Kraemeriidae及辛氏魚科 Schindleriidae）
        瘤蝦虎魚亞科 Benthophilinae
        
        蝦虎魚亞科 Gobiinae
        
        鯖形系 Scombrimopharia
        海龍魚目 Syngnathiformes
        海龍魚亞目 Syngnathoidei
        溝口魚科 Solenostomidae
        
        海龍科 Syngnathidae
        海馬亞科 Hippocampinae
        
        海龍亞科 Syngnathinae
        
        管口魚科 Aulostomidae
        
        煙管魚科 Fistulariidae
        
        蝦魚科 Centriscidae
        
        鷸嘴魚科 Macroramphosidae
        
        䲗亞目 Callionymoidei
        蜥䲗科 Draconettidae
        
        䲗科 Callionymidae
        
        須鯛亞目 Mulloidei
        須鯛科 Mullidae
        
        飛角魚亞目 Dactylopteroidei
        飛角魚科 Dactylopteridae
        
        海蛾魚科 Pegasidae
        
        鯖形目 Scombriformes
        澳洲鮭鱸科 Arripidae
        
        烏魴科 Bramidae
        
        鬣魚科 Caristiidae
        
        叉齒鱚科 Chiasmodontidae
        
        蛇鯖科 Gempylidae
        
        貧骨魚科 Icosteidae
        
        扁鰺科 Pomatomidae
        
        長鰭帶鰆科 Scombrolabracidae
        
        帶魚科 Trichiuridae
        等鰭叉尾帶魚亞科 Aphanopodinae
        
        叉尾帶魚亞科 Lepidopodinae
        
        帶魚亞科 Trichiurinae
        
        鯖科 Scombridae
        腹翼鯖亞科 Gasterochismatinae
        
        鯖亞科 Scombrinae
        
        鯥科 Scombropidae
        
        阿瑪鯧科 Amarsipidae
        
        長鯧科 Centrolophidae
        
        圓鯧科 Nomeidae
        
        無齒鯧科 Ariommatidae
        
        方尾鯧科 Tetragonuridae
        
        鯧科 Stromateidae
        
        鰺形系 Carangimopharia
        攀鱸亞系 Anabantaria
        攀鱸目 Anabantiformes
        南鱸亞目 Nandoidei
        棕鱸科 Badidae
        
        南鱸科 Nandidae
        
        鋸鱗鱸科 Pristolepididae
        
        鱧亞目 Channoidei
        鱧科 Channidae
        
        攀鱸亞目 Anabantoidei
        攀鱸科 Anabantidae
        
        沼口魚科 Helostomatidae
        
        絲足鱸科 Osphronemidae
        格鬥魚亞科 Belontiinae
        
        梭頭鱸亞科 Luciocephalinae
        
        鬥魚亞科 Macropodinae
        
        絲足鱸亞科 Osphroneminae
        
        合鰓目 Synbranchiformes
        甲棘背魚亞目 Indostomoidei
        甲棘背魚科 Indostomidae
        
        棘鰍亞目 Mastacembeloidei
        裸鰍科 Chaudhuriidae
        
        棘鰍科 Mastacembelidae
        
        合鰓魚亞目 Synbranchoidei
        合鰓魚科 Synbranchidae
        
        鰺形亞系 Carangaria
        鰺形目 Carangiformes（並系群）
        鰺科 Carangidae
        
        鱰科 Coryphaenidae
        
        鮣科 Echeneidae
        
        絲帆魚科 Nematistiidae
        
        海鱺科 Rachycentridae
        
        旗魚目 Istiophoriformes
        劍旗魚科 Xiphiidae
        
        旗魚科 Istiophoridae
        
        †海明威魚科 Hemingwayidae
        
        †古喙魚科 Palaeorhynchidae
        
        †波氏魚科 Blochiidae
        
        鰈形目 Pleuronectiformes
        鰜亞目 Psettodoidei
        鰜科 Psettodidae
        
        鰈亞目 Pleuronectoidei
        棘鮃總科 Citharoidea
        棘鮃科 Citharidae
        
        鰈總科 Pleuronectoidea
        菱鮃科 Scophthalmidae
        
        牙鮃科 Paralichthyidae
        
        鰈科 Pleuronectidae
        
        鮃科 Bothidae
        
        鰨總科 Soleoidea
        牙鰈科 Pleuronectidae
        
        瓦鰈科 Poecilopsettidae
        
        菱鰈科 Rhombosoleidae
        
        無臂鮃科 Achiropsettidae
        
        冠鰈科 Samaridae
        
        無臂鰨科 Achiridae
        
        鰨科 Soleidae
        
        舌鰨科 Cynoglossidae
        
        地位未定 incertae sedis
        金梭魚科 Sphyraenidae
        
        鋸蓋魚科 Centropomidae
        
        乳香魚科 Lactariidae
        
        濱鮭科 Leptobramidae
        
        眼眶魚科 Menidae
        
        馬鮁科 Polynemidae
        
        射水魚科 Toxotidae
        
        卵附亞系 Ovalentaria
        銀漢魚總目 Atherinomorphae
        銀漢魚目 Atheriniformes
        銀漢魚科 Atherinidae
        
        擬銀漢魚科 Atherinopsidae
        
        皮杜銀漢魚科 Bedotiidae
        
        牙銀漢魚科 Dentatherinidae
        
        虹銀漢魚科 Melanotaeniidae
        
        浪花魚科 Notocheiridae
        
        精器魚科 Phallostethidae
        
        似鯔銀漢魚科 Pseudomugilidae
        
        沼銀漢魚科 Telmatherinidae
        
        鱂形目 Cyprinodontiformes
        單唇鱂亞目 Aplocheiloidei
        單唇鱂科 Aplocheilidae（包含假鰓鱂科 Nothobranchiidae、溪鱂科 Rivulidae）
        
        鯉齒亞目 Cyprinodontoidei
        底鱂總科 Funduloidea
        深鱂科 Profundulidae
        
        谷鱂科 Goodeidae
        
        底鱂科 Fundulidae
        
        瓦倫鱂總科 Valencioidea
        瓦倫鱂科 Valenciidae
        
        鯉齒鱂總科 Cyprinodontoidea
        鯉齒鱂科 Cyprinodontidae
        
        花鱂總科 Poecilioidea
        四眼魚科 Anablepidae。
        
        花鱂科 Poeciliidae
        
        鶴鱵目 Beloniformes
        異鱂亞目 Adrianichthyoidei
        異鱂科 Adrianichthyidae
        
        鶴鱵亞目 Belonoidei
        秋刀魚總科 Scomberesocoidea
        鶴鱵科 Belonidae
        
        秋刀魚科 Scomberesocidae
        
        飛魚總科 Exocoetoidea
        飛魚科 Exocoetidae
        
        鱵科 Hemiramphidae
        
        異鱗鱵科 Zenarchopteridae
        
        鯔形總目 Mugilomorphae
        鯔形目 Mugiliformes
        鯔科 Mugilidae
        
        慈鯛總目 Cichlomorphae
        慈鯛目 Cichliformes
        慈鯛科 Cichlidae
        
        裸鰻䲁科 Pholidichthyidae
        
        䲁形總目 Blenniimorphae
        䲁形目 Blenniiformes
        䲁科 Blenniidae
        
        旗䲁科 Chaenopsidae
        
        磯䲁科 Clinidae
        
        柄眼魚科 Dactyloscopidae
        
        新磯䲁科 Labrisomidae
        
        三鰭䲁科 Tripterygiidae
        
        喉盤魚目 Gobiesociformes
        喉盤魚科 Gobiesocidae
        
        地位未定 incertae sedis
        雙邊魚科 Ambassidae
        
        鰻鯛科 Congrogadidae
        
        海鯽科 Embiotocidae
        
        藍紋鱸科 Grammatidae
        
        後頜魚科 Opistognathidae
        
        鮗科 Plesiopidae
        
        葉鱸科 Polycentridae
        
        雀鯛科 Pomacentridae
        
        擬雀鯛科 Pseudochromidae
        
        真鱸形系 Eupercaria
        銀鱸目 Gerreiformes
        銀鱸科 Gerreidae
        
        鰧形目 Uranoscopiformes
        玉筋魚科 Ammodytidae
        
        冬鱚科 Cheimarrhichthyidae
        
        虎鱚科 Pinguipedidae
        
        鰧科 Uranoscopidae
        
        隆頭魚目 Labriformes
        隆頭魚科 Labridae
        
        狼鱸目 Moroniformes
        
        白鯧目 Ephippiformes
        簾鯛科 Drepaneidae
        
        白鯧科 Ephippidae
        
        蝴蝶魚目 Chaetodontiformes
        蝴蝶魚科 Chaetodontidae
        
        鰏科 Leiognathidae
        
        刺尾鯛目 Acanthuriformes
        刺尾鯛科 Acanthuridae
        
        鯕鯖科 Luvaridae
        
        鐮魚科 Zanclidae
        
        笛鯛目 Lutjaniformes
        石鱸科 Haemulidae
        
        笛鯛科 Lutjanidae（包含烏尾鮗科 Caesionidae）
        
        松鯛目 Lobotiformes
        擬松鯛科 Datnioididae
        
        髭鯛科 Hapalogenyidae
        
        松鯛科 Lobotidae
        
        鯛形目 Spariformes
        龍占魚科 Lethrinidae
        
        金線魚科 Nemipteridae
        
        鯛科 Sparidae（包含長身鯛科 Centracanthidae）
        
        金錢魚目 Scatophagiformes
        金錢魚科 Scatophagidae
        
        大眼鯛目 Priacanthiformes
        大眼鯛科 Priacanthidae
        
        赤刀魚科 Cepolidae
        
        菱鯛目 Caproiformes
        菱鯛科 Caproidae
        
        鮟鱇目 Lophiiformes
        鮟鱇亞目 Lophioidei
        鮟鱇科 Lophiidae
        
        躄魚亞目 Antennarioidei
        躄魚科 Antennariidae
        
        四臂躄魚科 Tetrabrachiidae
        
        鱇躄魚科 Lophichthyidae
        
        臂鈎躄魚科 Brachionichthyidae
        
        單棘躄魚亞目 Chaunacoidei
        單棘躄魚科 Chaunacidae
        
        棘茄魚亞目 Ogcocephalioidei
        棘茄魚科 Ogcocephalidae
        
        角鮟鱇亞目 Ceratioidei
        刺鮟鱇科 Centrophrynidae
        
        角鮟鱇科 Ceratiidae
        
        鞭冠鮟鱇科 Himantolophidae
        
        雙角鮟鱇科 Diceratiidae
        
        黑角鮟鱇科 Melanocetidae
        
        奇鮟鱇科 Thaumatichthyidae
        
        夢角鮟鱇科 Oneirodidae
        
        新角鮟鱇科 Neoceratiidae
        
        長鰭鮟鱇科 Caulophrynidae
        
        巨棘角鮟鱇科 Gigantactinidae
        
        須角鮟鱇科 Linophrynidae
        
        魨形目 Tetraodontiformes
        †刺箱魨總科 Plectocretacicoidea
        †白堊三刺魨科 Cretatriacanthidae
        
        †刺箱魨科 Plectocretacicidae
        
        †原三刺魨科 Protriacanthidae
        
        †波卡鱗魨科 Bolcabalistidae
        
        †始辮魨科 Eoplectidae
        
        †始棘魨科 Eospinidae
        
        †科 Moclaybalistidae
        
        †原鱗魨科 Protobalistidae
        
        †棘刺魨科 Spinacanthidae
        
        三齒魨亞目 Triodontoidei
        三齒魨科 Triodontidae
        
        三棘魨亞目 Triacanthoidei
        三棘魨科 Triacanthidae
        
        擬三棘魨亞目 Triacanthodoidei
        擬三棘魨科 Triacanthodidae
        
        四齒魨亞目 Tetraodontoidei
        二齒魨科 Diodontidae
        
        四齒魨科 Tetraodontidae
        
        翻車魨亞目 Moloidei
        翻車魨科 Molidae
        
        鱗魨亞目 Balistoidei
        鱗魨科 Balistidae
        
        單棘魨科 Monacanthidae
        
        箱魨亞目 Ostracioidei
        六棱箱魨科 Aracanidae
        
        箱魨科 Ostraciidae
        
        擬金眼鯛目 Pempheriformes
        發光鯛科 Acropomatidae
        
        扁棘鯛科 Banjosidae
        
        深海鯡科 Bathyclupeidae
        
        鱷齒鱚科 Champsodontidae
        
        沙鱚科 Creediidae
        
        深海天竺鯛科 Epigonidae
        
        葉鯛科 Glaucosomatidae
        
        尖棘鯛科 Howellidae
        
        花鱸科 Lateolabracidae
        
        巨棘鱸科 Ostracoberycidae
        
        擬金眼鯛科 Pempheridae
        
        五棘鯛科 Pentacerotidae
        
        鴨嘴鱚科 Percophidae〔此科為多系群，原模式屬鱸鰧屬（Perchophis）現被歸入鱸形目的南極魚亞目，還有許多屬被歸入雙犁魚科（屬於魨形目）及鯒狀魚科（屬於鱸形目），其餘的屬也將繼續歸入新的科。〕
        
        多鋸鱸科 Polyprionidae
        
        愈齒鯛科 Symphysanodontidae
        
        雙犁魚科 Hemerocoetidae
        
        狹視魚科 Leptoscopidae
        
        日鱸目 Centrarchiformes
        日鱸亞目 Centrarchoidei
        太陽魚科 Centrarchidae
        
        倭太陽魚科 Elassomatidae
        
        姥鱸科 Enoplosidae
        
        鱖科 Sinipercidae
        
        䱵亞目 Cirrhitoidei（=䱵總科 Cirrhitoidea）
        單指䱵科 Aplodactylidae
        
        唇指䱵科 Cheilodactylidae
        
        絲鰭䱵科 Chironemidae
        
        䱵科 Cirrhitidae
        
        婢䱵科 Latridae
        
        真鱸亞目 Percichthyoidei
        真鱸科 Percichthyidae
        
        九斑鱸亞目 Percalatoidei
        九斑鱸科 Percalatidae
        
        鯻亞目 Terapontoidei
        雙帆魚科 Dichistiidae
        
        魢科 Girellidae
        
        湯鯉科 Kuhliidae
        
        舵魚科 Kyphosidae
        
        石鯛科 Oplegnathidae
        
        鯻科 Terapontidae
        
        蠍魚科 Scorpididae
        
        真鱸形目 Perciformes
        鯒狀魚亞目 Bembropoidei
        鯒狀魚科 Bembropidae
        
        杜父魚亞目 Cottoidei
        裸蓋魚下目 Anoplopomatales
        裸蓋魚科 Anoplopomatidae
        
        杜父魚下目 Cottales
        八角魚科 Agonidae
        
        杜父魚科 Cottidae
        
        圓鰭魚科 Cyclopteridae
        
        喬氏杜父魚科 Jordaniidae
        
        獅子魚科 Liparidae
        
        隱棘杜父魚科 Psychrolutidae
        
        鈎吻杜父魚科 Rhamphocottidae（包含旋杜父魚科 Ereuniidae）
        
        鮋杜父魚科 Scorpaenichthyidae
        
        毛齒魚科 Trichodontidae
        
        棘背魚下目 Gasterosteales
        管吻魚科 Aulorhynchidae
        
        棘背魚科 Gasterosteidae
        
        裸玉筋魚科 Hypoptychidae
        
        六線魚下目 Hexagrammales
        六線魚科 Hexagrammidae
        
        櫛鰭魚下目 Zaniolepidoales
        櫛鰭魚科 Zaniolepididae
        
        綿䲁下目 Zoarcales
        狼䲁科 Anarhichadidae
        
        深海䲁科 Bathymasteridae
        
        隱棘䲁科 Cryptacanthodidae
        
        錦䲁科 Pholidae
        
        線䲁科 Stichaeidae
        
        船首䲁科 Zaproridae
        
        綿䲁科 Zoarcidae
        
        美冠䲁科 Eulophiidae
        
        翎䲁科 Ptilichthyidae
        
        蝮䲁科 Scytalinidae
        
        諾曼魚亞目 Normanichthyoidei
        諾曼魚科 Normanichthyidae
        
        鱸亞目 Percoidei
        東洋鱸科 Niphonidae
        
        河鱸科 Percidae
        
        鱷鱚科 Trachinidae
        
        牛尾魚亞目 Platycephaloidei（=鯒亞目 Bembroidei）
        赤鯒科 Bembridae
        
        針鯒科 Hoplichthyidae
        
        短鯒科 Parabembridae
        
        牛尾魚科 Platycephalidae
        
        平頭鮋科 Plectrogeniidae
        
        鮋亞目 Scorpaenoidei
        須蓑鮋科 Apistidae
        
        絨皮鮋科 Aploactinidae
        
        前鰭鮋科 Congiopodidae
        
        埃氏絨鮋科 Eschmeyeridae
        
        紅絨鮋科 Gnathanacanthidae
        
        新平鮋科 Neosebastidae
        
        奇矮鮋科 Pataecidae
        
        大吻前鰭鮋科 Perryenidae
        
        鮋科 Scorpaenidae
        
        平鮋科 Sebastidae
        
        囊頭鮋科 Setarchidae
        
        毒鮋科 Synanceiidae
        
        真裸皮鮋科 Tetrarogidae
        
        鐮吻鮋科 Zanclorhynchidae
        
        鮨亞目 Serranoidei
        鮨科 Serranidae
        
        南極魚亞目 Notothenioidei
        阿氏龍鰧科 Artedidraconidae
        
        龍鰧科 Bathydraconidae
        
        牛魚科 Bovichtidae
        
        鱷冰魚科 Channichthyidae
        
        油南極魚科 Eleginopsidae
        
        棘劫魚科 Harpagiferidae
        
        南極魚科 Nototheniidae
        
        擬牛魚科 Pseudaphritidae
        
        鱸鰧科 Percophidae
        
        魴鮄亞目 Triglioidei
        黃魴鮄科 Peristediidae
        
        魴鮄科 Triglidae
        
        地位未定 incertae sedis
        麗花鮨科 Callanthiidae
        
        擬鮋鱸科 Centrogenyidae
        
        諧魚科 Emmelichthyidae
        
        弱棘魚科 Malacanthidae
        
        銀鱗鯧科 Monodactylidae
        
        狼鱸科 Moronidae
        
        蓋刺魚科 Pomacanthidae
        
        金錢魚科 Scatophagidae
        
        石首魚科 Sciaenidae
        
        藍子魚科 Siganidae
        
        鱚科 Sillaginidae
        
        長鰭天竺鯛科 Dinolestidae
        
        洞鱸科 Dinopercidae
        
        擬鱲科 Parascorpididae
肉鰭魚綱 Sarcopterygii
- †鬼魚屬 Guiyu
- †爪齒魚目 Onychodontiformes
  - †爪齒魚科 Onychodontidae
- 腔棘魚亞綱 Actinistia
  - †米瓜夏魚科 Miguashaiidae
  - †重尾魚科 Diplocercidae
  - †科 Hadronectoridae
  - †科 Rhabdodermatidae
  - †前鰭魚科 Laugiidae
  - 腔棘魚目 Coelacanthiformes
    - †蝶柱魚屬 Styloichthys
    - †懷特魚科 Whiteiidae
    - †叛逆腔棘魚科 Rebellatricidae
    - †腔棘魚科 Coelacanthidae
    - 矛尾魚亞目 Latimerioidei
      - †馬索尼亞魚科 Mawsoniidae
      - 矛尾魚科 Latimeriidae
- 扇鰭類 Rhipidistia
  - 肺魚形類 Dipnomorpha
    - †孔鱗魚目 Porolepiformes
      - †孔鱗魚科 Porolepidae
      - †全褶魚科 Holoptychiidae
    - 肺魚亞綱 Dipnoi
      - †惡魔魚科 Diabolichthyidae
      - †總科 Uranolophina
        †科 Uranolophidae
      - †科 Speonesydrionidae
      - †喙肺魚科 Dipnorhynchidae
      - †科 Stomiahykidae
      - †科 Chirodipteridae
      - †全齒魚科 Holodontidae
      - †雙翼魚科 Dipteridae
      - †科 Fleurantiidae
      - †科 Rhynchodipteridae
      - †科 Phaneropleuridae
      - †櫛齒魚科 Ctenodontidae
      - †科 Sagenodontidae
      - †科 Gnathorhizidae
      - 角齒魚目 Ceratodiformes
        †亞洲角齒魚科 Asiatoceratodontidae
        
        †褶角齒魚科 Ptychoceratodontidae
        
        澳洲肺魚科 Neoceratodontidae
      - 美洲肺魚目 Lepidosireniformes
        美洲肺魚科 Lepidosirenidae
        
        非洲肺魚科 Protopteridae
  - 四足形類 Tetrapodomorpha
    - †肯氏魚屬 Kenichthys
    - †根齒魚目 Rhizodontidae
      - †蜥翼魚科 Sauripteridae
      - †根齒魚科 Rhizodontidae
    - 骨鱗魚總目 Osteolepidida
      - †卡南德拉魚科 Canowindridae
      - †骨鱗魚目 Osteolepiformes（或巨魚目 Megalichthyiformes）
        †格格納瑟斯魚屬 Gogonasus
        
        †屬 Gyroptychius
        
        †骨鱗魚科 Osteolepidae
        
        †屬 Medoevia
        
        †巨魚科 Megalichthyidae
      - 始四足類 Eotetrapodiformes
        †三列鰭魚科 Tristichopteridae
        
        †提尼拉魚屬 Tinirau
        
        †扁頭魚屬 Platycephalichthys
        
        希望螈類 Elpistostegalia
        †潘氏魚屬 Panderichthys
        
        堅頭類 Stegocephalia
        †提塔利克魚屬 Tiktaalik
        
        †希望螈科 Elpistostegidae
        
        †散步魚屬 Elginerpeton
        
        †孔螈屬 Ventastega
        
        †棘石螈屬 Acanthostega
        
        †魚石螈屬 Ichthyostega
        
        †海納螈屬 Hynerpeton
        
        †瓦切螈科 Whatcheeriidae
        
        †圓螈科 Colosteidae
        
        †厚蛙螈屬 Crassigyrinus
        
        †斜眼螈總科 Baphetoidea
        
        四足類 Tetrapoda

參考文獻

張彌曼, 朱敏. 中國古脊椎動物志: 第 1 卷–魚類· 第 2 冊 (總第 1 冊)–無頜類[M]. 北京: 科學出版社, 2015. ISBN 978-7-03-042951-3

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[1] Gai, Zhikun; Li, Qiang; Ferrón, Humberto G.; Keating, Joseph N.; Wang, Junqing; Donoghue, Philip C. J.; Zhu, Min. Galeaspid anatomy and the origin of vertebrate paired appendages. Nature. 2022-09, 609 (7929) [2022-10-21]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-022-04897-6. （原始內容存檔於2022-10-19）（英語）.

[2] Zhu, You-an; Li, Qiang; Lu, Jing; Chen, Yang; Wang, Jianhua; Gai, Zhikun; Zhao, Wenjin; Wei, Guangbiao; Yu, Yilun; Ahlberg, Per E.; Zhu, Min. The oldest complete jawed vertebrates from the early Silurian of China. Nature. 2022-09, 609 (7929) [2022-10-21]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-022-05136-8. （原始內容存檔於2022-10-19）（英語）.

[3] Andreev, Plamen S.; Sansom, Ivan J.; Li, Qiang; Zhao, Wenjin; Wang, Jianhua; Wang, Chun-Chieh; Peng, Lijian; Jia, Liantao; Qiao, Tuo; Zhu, Min. Spiny chondrichthyan from the lower Silurian of South China. Nature. 2022-09, 609 (7929) [2022-10-21]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-022-05233-8. （原始內容存檔於2022-10-19）（英語）.

[4] Andreev, Plamen S.; Sansom, Ivan J.; Li, Qiang; Zhao, Wenjin; Wang, Jianhua; Wang, Chun-Chieh; Peng, Lijian; Jia, Liantao; Qiao, Tuo; Zhu, Min. The oldest gnathostome teeth. Nature. 2022-09, 609 (7929) [2022-10-21]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-022-05166-2. （原始內容存檔於2022-10-21）（英語）.

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