開放閱讀框
外观
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開放閱讀框(英語:Open reading frame;縮寫:ORF;其他譯名:開放閱讀框架、開放讀架等)是指在給定的閱讀框架中,不包含终止密碼子的一串序列。這段序列是生物個體的基因組中,可能作為蛋白質編碼序列的部分。基因中的ORF包含並位於開始編碼與終止編碼之間。由於一段DNA或RNA序列有多種不同讀取方式,因此可能同時存在許多不同的開放閱讀框架。有一些電腦程式可分析出最有可能编码蛋白质的序列。
例子
[编辑]一段5'-UCUAAAGGUCCA-3'序列。此序列共有3種讀取法:
- UCU AAA GGU CCA
- CUA AAG GUC
- UAA AGG UCC
由於UAA為終止密码子,因此第三種讀取法不具編譯出蛋白質的潛力,故只有前兩者為開放閱讀框架。
找ORF的软件
[编辑]在线寻找ORF的软件:ORF Finder (页面存档备份,存于互联网档案馆)
功能
[编辑]ORF Finder 被用来预测已存在的编码区的小基因序列。也可用于大规模的开放式阅读框寻找。
參見
[编辑]外部連結
[编辑]- Translation and Open Reading Frames (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A Site explaining Open Reading Frames
- NCBI ORF finder (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences.
- ORF finder (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences - hosted at bioinformatics.org
- Sequerome - A Sequence profiling tool that links each BLAST record to the NCBI ORF enabling complete ORF analysis of a BLAST report
- StarORF (页面存档备份,存于互联网档案馆) - 多平台, Java根据,为预言和分析ORFs和得到反向补全序列的GUI工具