Ruby科学データ処理ツールの開発 NArrayとPwrake

Ruby科学データ処理ツールの開発
NArrayとPwrake
田中昌宏
筑波大学計算科学研究センター

2011-7-4 東大本郷 1

内容
• 多次元数値配列 NArray
– リリース版
– 開発版
• プロットツール
• 並列分散ワークフローシステム Pwrake

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注意書き
• これまで考えたことの、まとまりのない話
• HPC的とか、学術的な話ではありません
• Ruby言語、Rubyオブジェクトの内部構造（C言
語）に関しての知識が前提

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開発動機
• データ解析のためのツール
• 自分が必要だと思う機能を入れたい
• フリーがいい

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NArrayの手本
• IDL (Interactive Data Language)
• Yorick
• Python Numeric

• あまり知らないもの
– MATLAB, Octave, Scilab
–R
– PDL
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IDL
• 1970年代からあるらしい
• 商用 (Linux版1ライセンス25万円, 年間保守7万円)
• 機能
– 便利な多次元配列
– 数値計算ライブラリが豊富
– 可視化・グラフィックライブラリが豊富
– プラットホーム非依存のGUI
– 天文データ計算ライブラリが公開
• 言語仕様が古い
– フラットネームスペース
– 変数スコープ
• ローカルまたはcommon宣言で共有
– あとづけオブジェクト指向

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IDLで作ったツール

Cross-platform GUI
の作成が容易

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Yorick
• フリーソフト
• C言語に似た言語
• 独特の多次元配列操作記法
– ベクトルの外積： x*y(-,)
– 行列積： A(,+)*B(+,)
• あまり性能はよくなかった
• あまり使われていない

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NumPy
• Numeric → NumArray → NumPy と変遷
• 最近
– 初期にに比べていろいろ改善
– グラフィックライブラリもできた: matplotlib
– コミュニティが増えた
– 実際に幅広く使われている
• 天文データ

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Scientific Ruby に必要なもの

• プログラムが書ける – Ruby
• インタラクティブ – irb
• データ配列操作 – NArray
• 数値計算ライブラリ – Lapack, FFTW, GSL
等のwrapper
• グラフ表示機能 – ?

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Ruby/NArray
• 多次元数値配列
– Numerical N-dimensional Array
• http://narray.rubyforge.org
• http://github.com/masa16/narray

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NArrayバージョン
• 0.3.0 – 1999
• 0.5.0 – 2000
• 0.5.9p9 – 2010 （リリース版）
– 次 0.6.0 ?
• 0.7.1 – 2007 （開発版１）
• 0.9? – 2011 （開発版2）

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NArray 構成要素 (基本部分)

• rank
– 次元数
• shape
– 配列の「形」
• type
– 要素の型
• memory block
– データを格納するメモリーブロック

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メモリーブロック
• Ruby Array :
– VALUE *ptr; → value[0] value[1] value[2] value[3] …

struct RVALUE {
…
}
• NArray
– void *ptr; → double[0] double[1] double[2] double[3] …

– or int[0] int[1] int[2] int[3] …

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NArray（リリース版）のデータ型
（ビルトイン）
• 整数 • 複素数
– BYTE (8bit) – SCOMPLEX (64bit)
– SINT (16bit) – DCOMPLEX (128bit)
– INT (32bit) • Rubyオブジェクト
• 浮動小数点数 – ROBJECT
– SFLOAT (32bit)
– DFLOAT (64bit)

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配列の形：shape
• shape = [4] • shape = [4,4,4]
– 1次元配列 – 3次元配列

a[0] a[1] a[2] a[3]

• shape = [4,4]
a[0,0,0] a[1,0,0] a[2,0,0] a[3,0,0]
– 2次元配列
a[0,1,0] a[1,1,0] a[2,1,0] a[3,1,0]
a[0,0] a[1,0] a[2,0] a[3,0] a[0,2,0] a[1,2,0] a[2,2,0] a[3,2,0]
a[0,1] a[1,1] a[2,1] a[3,1]
a[0,3,0] a[1,3,0] a[2,3,0] a[3,3,0]
a[0,2] a[1,2] a[2,2] a[3,2]
a[0,3] a[1,3] a[2,3] a[3,3]

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多次元データの順序
• a[i,j]
データが連続する順番
• 左の次元（i）が早く回る
a[0,0] a[1,0] a[2,0] a[3,0]
– Fortran-order 、または
– Row-major order a[0,1] a[1,1] a[2,1] a[3,1]

• 多次元配列を1次元でアクセス a[0,2] a[1,2] a[2,2] a[3,2]
shape=[m,n]のとき、
a[0,3] a[1,3] a[2,3] a[3,3]
a[i,j] == a[i+j*m]

• Rubyの配列：
a[j][i]

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NArrayの生成
NArray.float(3,2) NArray[[1,2,3],[4,5,6]]
=> NArray.float(3,2): => NArray.int(3,2):
[ [ 0.0, 0.0, 0.0 ], [ [ 1, 2, 3 ],
[ 0.0, 0.0, 0.0 ] ] [ 4, 5, 6 ] ]

NArray.float(3,2).indgen! NArray[1..10]
=> NArray.float(3,2): => NArray.int(10):
[ [ 0.0, 1.0, 2.0 ], [ 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,
[ 3.0, 4.0, 5.0 ] ] 9, 10 ]

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配列のスライス
• a[1] a[0] a[1] a[2] a[3]
– 要素参照
• a[1..2] a[0] a[1] a[2] a[3]
– 範囲参照
• a[[1,3]] a[0] a[1] a[2] a[3]

– インデックス配列参照

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部分代入
a = NArray[[0,1],[2,3]]
a[1,true] = [11,22]
=> NArray[[0,11],[2,22]]
a[1,true] = 99
=> NArray[[0,99],[2,99]]

• できれば記号を使いたい
a[1,*] = 99

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NArrayの演算
• 演算は要素ごと (element-wise)

• 演算 a*b= a[0]*b[0] a[1]*b[1] a[2]*b[2] a[3]*b[3]

– 四則演算
• +, -, *, /, %, **
– 統計・ソート
• min, max, sum, mean, stddev, rms, rmsdev, median, sort
– 数学関数演算
• NMath module

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coerce
• a+b
• レシーバ a が b の型を知らない
• coerce で型変換してから演算
a,b = b.coerce(a,b)
• a が Numeric → NArrayScalar
• NArray同士では、coerce は使わない
– 巨大な配列の場合、型変換のコストが大きい
– 行列が絡むと、さらにややこしい

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upcast
• NArrayの演算は、（基本的に）同じ型同士
• 型が異なる場合：UPCASTテーブルに基づい
て型変換する
• DFLOAT + SFLOAT の場合、後者を DFLOAT に
変換してから演算
• a = NArray.sfloat(n) のとき、
• 0.5 * a が返す型は？
– 配列の型を優先：単精度で返す

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サイズ1の繰り返しルール
• ２つの配列が絡む場合
– 演算やスライス代入
• ある次元のサイズが、n対１の場合、
• サイズ１の次元で、データがn回繰り返す
• 例： a = [1,2,3,4]
– a[0..2] = 1 → a[0..2] = [1,1,1]
–a*2 → a * [2,2,2,2]

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繰り返しルールの応用：クロス演算
• x = [[1,2,3]] （shape=[n,1]）
• y = [[4],[5]] （shape=[1,m]）
• x * y = [[4,8,12],[5,10,15]]

x[0,0] x[1,0] x[2,0]

y[0,0] x[0,0]*y[0,0] x[1,0]*y[0,0] x[2,0]*y[0,0]

y[0,1] x[0,0]*y[0,1] x[1,0]*y[0,1] x[2,0]*y[0,1]

• 例：原点からの距離のグリッドデータを作る場合
• NMath.sqrt( x**2 + y**2 )
↑ ここの’＋’で2次元に展開
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条件演算
• 0 or 1 を含むバイト型NArrayを返す
a.eq(b) # ==が使えない…
ne, gt(>), lt(<), ge(>=), le(<=)
• whereメソッド: 非ゼロのインデックスを返す
(a.gt b).where
– 多次元の場合は、1次元のインデックス
• ゼロ未満の部分に０を代入
– a[(a.lt 0).where] = 0
– a[a.lt 0] = 0

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マンデルブロ（普通の計算方法）
複素数配列
実部→
2. 配列についてループ
虚 -2.0-1.0i -1.9-1.0i … 1.0-1.0i
部 -2.0-0.9i -1.9-0.9i 1.0-0.9i
↓ … …
-2.0+1.0i -1.9+1.0i … 1.0+1.0i

1. 要素ごとに漸化式ループ
def mandel_pix(cr, ci)
limit = 30
c = Complex(cr,ci)
z = Complex(0.0,0.0)
for i in 1..limit
z = z**2 + c # 漸化式
return i if z.abs>2 # 条件式
end
return limit
end
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マンデルブロ（NArrayでの計算方法）
def mandel_narray(c) for ループの途中経過：
limit = 30 （白い部分が計算途中）
w,h = c.shape
z = NArray.dcomplex(w,h)
a = NArray.int(w,h) i=6
idx = NArray.int(w,h).indgen!

for i in 1..limit
z = z**2 + c # 漸化式（配列ループ）
idx_t,idx_f = (z.abs>2).where2 # 条件式
a[idx[idx_t]] = i
idx = idx[idx_f] i=12
z = z[idx_f]
c = c[idx_f]
end

a[idx] = limit
return a NArrayの使い方のコツ： i=18
end
1. ループの順序を入れ替える
2. 条件分岐にwhere を使う

2011-7-4 東大本郷
i=30 28

NArray speed
• Float Array with 106 elements
• Ruby 1.9.2 :
(0...n).map{|i| a[i]*b[i]}
– elapsed time : 180 ms
• NArray with Ruby 1.9.2 :
a*b
– elapsed time : 6.4 ms
• NArray is ~ 28 times faster

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マンデルブロの計算速度
60

50
Speedup factor

40

30

20 Speedup by NArray

10

0
0.E+00 2.E+05 4.E+05 6.E+05 8.E+05 1.E+06
data size

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Benchmark (2005年)
•CPU: Pentium 4 Prescott, 2.8GHz
•OS: Linux 2.6.14-1.1644_FC4
elapsed time (sec)
array array matrix matrix
add mul dot solve
10^6 elm * 100 500x500 elm * 3
times tiems
Ruby NArray
1.56 1.52 2.10 6.54
1.8.2 0.5.8
Python numarray
5.08 5.06 2.10 3.05
2.4.1 1.5.0
Python Numeric
5.58 5.61 5.34 6.15
2.4.1 23.7-2
Octave 2.1.72
1.43 1.39 2.12 2.96
(i686-pc-linux-gnu)
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バイナリデータとして
• NArrayのメモリーデータを Stringと相互変換
• NArray → String
– narray.to_s
• String → NArray
– NArray.to_na( string, NArray::DFLOAT, nx, ny )

• バイトオーダ変換メソッド
– hton, ntoh, vtoh, htov
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NArray開発状況
• リリース版：
– 0.5.9.9 最新版

• 開発版
– 0.7.0.1 非互換の変更（2007年）
– 0.9 ? 0.7 からさらに仕様変更

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次版の開発動機
• すでにNumPyより大きく出遅れている
• 配列の基本機能として、NumPy で可能なこと
はすべて可能にしたい
• ＋αの機能
• 周辺機能（行列演算、FFT等）は追々。。。

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開発版の変更点
• 次元順序の変更
• 64bit対応
• データ型が追加可能
• 配列スライスのとき、コピーを作らない
• NMatrix, NVector は廃止
– 行列積の記法以外にメリットがない
– クラス変換とかcoerceで複雑になる
– dot メソッドで代用
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開発版の新機能
• inplace 演算
• ビット配列
• 構造体データ型
• mmap

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次元の順序
データが連続する順番
• リリース版：
– a[i,j] a[0,0] a[1,0] a[2,0] a[3,0]
– 左の次元（i）がはやく回る a[0,1] a[1,1] a[2,1] a[3,1]
– 画像や科学データはこちら
a[0,2] a[1,2] a[2,2] a[3,2]
• Rubyのネスト配列と逆：
– a[j][i] a[0,3] a[1,3] a[2,3] a[3,3]

• 開発版： Rubyと同じ順序に変更
– a[j,i]
– 説明が省けて混乱しにくい
– フラグによって、オブジェクトごとに次元順序が変えられる

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64bit対応
• リリース版
– データ位置のデータ型: int32_t
– 配列サイズ: 最大2GB
• 開発版
– NArrayに Int64 型を追加
– データ位置のデータ型： sizt_t
– where が返すデータ型：
• 配列サイズによって、Int32 または Int64

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データ型
• リリース版
– NArrayクラスの内部属性
– NArray#typecode で型コードを返す
– NArray::DFLOAT ：型コード定数
– データ型は固定で、追加不可能
• 開発版
– NArrayクラスのサブクラス
– クラス名： NArray::DFloat など
• 前は Num::DFloat だった。まだ悩み中…
– データ型の追加が可能

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データ型一覧
• 既存の型 • 新規の型
– NArray::Int8 – NArray::Int64
– NArray::Int16 – NArray::UInt8
– NArray::Int32 – NArray::UInt16
– NArray::DFloat – NArray::UInt32
– NArray::SFloat – NArray::UInt64
– NArray::DComplex – NArray::Bit
– NArray::SComplex – NArray::NStruct
– NArray::RObject

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型変換
• 演算によって、どの型に変換するか決めたい
– float * int => float * float
– float ** int => float ** int
• coerce は、演算ごとに設定できない
• NArrayでは、UPCASTを導入

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UPCAST
• 例
a = NArray::Int32[1,2,3]
b = NArray::DFloat[4,5,6]
c = a + b
• 演算の擬似コード
tp = NArray::UPCAST[a.class][b.class]
• tp は DFloat 2次元ハッシュ
c = tp.add(a,b)
• a が DFloat にキャストされる
• ハッシュ UPCAST は、追加・変更可能
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NumPy配列スライス
• 「元の配列の一部分を指す配列」が作られる
• データがコピーされない
• スライス配列の値を変えると、元の配列も変わる

a =

b = a[1::2,1::2] =
b [0,0] = 99
a[1,1] #=> 99
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NumPy オブジェクト
typedef struct PyArrayObject {
char *data;
int nd;
npy_intp *dimensions; /* shapeと同じ */
npy_intp *strides;
…
char *data

strides[1]
strides[0]

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リリース版NArray配列スライス
• 値をコピーした新しい配列が作られる
• スライス配列を書き換えても、元の配列の内
容は変更されない
a =

b = a[1..2,1..2] = b [0,0] = 99
a[1,1] #=> 0
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配列スライス
• NumPy式
– スライス配列を書き換える
– スライスだけなら高速
– オブジェクトの構造が複雑
• NArray式
– オブジェクトの構造が簡単

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開発版NArrayの配列スライス
• NumPyの参照方式に変更
• NArrayでは、インデックスも指定可能

• a[1..2] a[0] a[1] a[2] a[3]

– 範囲参照
• a[[1,3]] a[0] a[1] a[2] a[3]

– インデックス配列参照

2011-7-4 東大本郷 47

開発版NArray構造体（抜粋）
{
unsigned char ndim;
size_t size;
VALUE data
size_t *shape;
VALUE data;
size_t offset; offset
stridx_t *stridx; stride[1]
… stride[0]

2011-7-4 東大本郷 48

stridx
• 最下位ビットが1:
– 1ビット下位にシフトした数を stride とみなす
stride = stridx>>1 = 4

• 最下位ビットが0:
– ポインタとみなし、index配列を指す
*stridx = index = [1,2,4,7]

2011-7-4 東大本郷 49

stridx 実装
• インデックスを持つと、実装が複雑に
• ループも遅い
• 本当に必要か？
• まだ悩み中

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inplace
• 元の配列に結果を上書き
– メモリーを確保しなくて済むので、高速
• リリース版
– a.mul!(b).add!(c)
– 演算子が使えない
– メソッドを作る必要がある

2011-7-4 東大本郷 51

inplace
• 開発版
– inplace フラグが付いたオブジェクトに上書き
– Numpy にはない機能
• フラグの伝播
– a.inplace * b + c # すべて a に上書き
• 左側でも上書き
– a + b * c.inplace # すべて c に上書き
• 両側ともinplaceのときは、左側に上書き
– a.inplace * b + c.inplace * d

2011-7-4 東大本郷 52

inplace (contd.)
• NMath でも上書き
– NMath.sin(a.inplace)
• スライス配列でも上書き
– a[1..2,1..2].inplace + 1
=> a[1..2,1..2] += 1 と同じだが、配列は作
らない

2011-7-4 東大本郷 53

ビット配列
• 0 or 1 の配列
• 1要素が 1ビット
– バイト配列と比べて、サイズが1/8になる
• 条件演算の結果として使う
– and / or が高速（のはず）
• 多次元スライスも可能

2011-7-4 東大本郷 54

構造体データ型
Foo = NArray::NStruct.new() do
int8 :byte
float64 :float, [2,2]
dcomplex :compl
end
z = Foo.new([2,3])
z.fill([2,[[1,2],[3,4]],0.123])
z.field(:float)
z[1,1..2].field(:float)

2011-7-4 東大本郷 55

mmap
• メモリーをファイルにマップ
– メモリーに全データをロードできない場合に需要あり
• 環境の違いを吸収
– UNIX系 → mmap
– Windows → MapViewOfFile

• 前は ByteData クラスというメモリークラスを作っ
て、そのサブクラスにした
• 今は、NArrayでメモリー管理

2011-7-4 東大本郷 56

メモリー参照の問題
• 他のオブジェクトのメモリーを参照
– ポインタが変わらなければ問題はなさそう
• 今はそうしている
– ポインタが変わる場合
• 配列のサイズを可変にしたい
• データを push したいとか需要あり
• realloc
• 他のオブジェクトでポインタを使っている間に、ポインタ
が変わらないような、ロックの仕組みが必要
• Rubyとしての枠組みはないですよね

2011-7-4 東大本郷 57

NArrayへの協力
• Prince lab https://github.com/princelab/narray/wiki
– チュートリアル英語版

2011-7-4 東大本郷 58

プロットツールについて余談

2011-7-4 東大本郷 59

matplotlib
• Pythonプロットツール
• MATLABのコマンド体
系がベース
• これが出てから、
Numpyが広まったよう
な気がする
• Rubyにもプロットツー
ルがほしい

2011-7-4 東大本郷 60

既存のRubyプロットツール
• Ruby/PGPLOT
– PGPLOTライブラリのラッパー
• Ruby/DCL
– DCLのラッパー
• どちらもFORTRANライブラリで、古い
• GNUPLOT みたいに
plot x,y
と書くだけで、プロットしたい
2011-7-4 東大本郷 61

作りかけのプロットライブラリ
• グラフィックバックエンド
– X11 と Win32 と Postscript に対応
• 2次元プロットはできた
• 「プロット機能」と「装飾機能」を分離したい
– CSS みたいな
• 今だと Cairo と WPF に対応しなきゃ？
• 自分でできる気がしない

2011-7-4 東大本郷 62

Scientific Ruby

• プログラムが書ける – Ruby
• インタラクティブ – irb
• データ配列操作 – NArray
• 数値計算ライブラリ – FFTW, Lapack, GSL
• グラフ表示機能 – ?

2011-7-4 東大本郷 63

並列分散ワークフローシステム
Pwrake（プレイク）
http://github.com/masa16/pwrake

2011-7-4 東大本郷 64

Pwrake開発動機
• Gfarm開発者の建部チームに所属
• 研究テーマ
– Gfarmを使った天文アプリケーションの性能調査

2011-7-4 東大本郷 65

Gfarm 広域分散ファイルシステム
• 各ノードのストレージを統合
• 統一したディレクトリ空間
• 広域でファイルを共有
• http://datafarm.apgrid.org/

Internet
Gfarm File System
Computer nodes /
/dir1 /dir2
Local Local Local Local Local Local
Storage Storage Storage Storage Storage Storage
file1 file2 file3 file4
2011-7-4 東大本郷 66

ローカリティを考慮したタスク実行
• Gfarmでは、計算ノードがとストレージノードを兼ねる
• ファイルが存在するノードで処理すれば、性能が向上
• タスク実行は、ワークフローシステムが行う

Slow

Task for Task for
File 1 File 3
Local Local Fast Local Local
Storage Storage Storage
file3 Storage
file4
file1 file2

2011-7-4 東大本郷 67

ワークフローツール
• GXP
– 東大田浦さんらが開発したツール
– Python で記述
– クラスターの各ノードで、一斉にコマンド実行
• GXP make : GNU make の機能
– 始めは GXP make を使用
– ローカリティを考慮した機能がない
– 拡張しようにも、Python なのでよくわからない
• Rakeを拡張しよう
2011-7-4 東大本郷 68

Rakefile におけるタスク記述
タスク定義依存関係
（Rubyメソッド）自身のタスク名 => 依存タスク名

file “prog” => [“a.o”, “b.o”] do
sh “cc –o prog a.o b.o”
end
Ruby コードブロック
タスクのアクションをRuby言語で記述

2011-7-4 東大本郷 69

Rakeを拡張しよう
• Rake の並列実行
multitask “out” => [“in1”, “in2”, “in3”]
• in1..in3 についてスレッドを起動して、タスクを
並列実行
• タスクの数だけスレッドを立ち上げる
– 並列度を制御できない
• 当初の目標：
– 並列度制御、リモート実行機能
2011-7-4 東大本郷 70

最初のPwrake
• multitask => pw_multitask
– スレッドプールを作り、指定の並列数でタスクを実行
• Sshクラス
– ssh コマンドでリモート接続
• sh => t.rsh
– Rake::Task クラスのメソッド
– 実行ノードを知る必要があるため
• これでは互換性がない
– Pwrake用に書いたRakefileが、Rakeで動かない
– Rake用に書いたRakefileが、Pwrakeで並列に走らない

2011-7-4 東大本郷 71

改良したPwrake
• タスク並列性
– Drake を参考にした
• 毎回タスクの依存性を辿って、キューに入れる
– Drake は、1回の探索でタスク1個取得
– Pwrake は、1回の探索で実行可能なタスク全て取得
• sh における接続情報の取得
– Thread.current[:connection] で接続先を渡す
• Rakeで動くRakefileが、Pwrakeで並列分散実行

2011-7-4 東大本郷 72

Pwrake ホストキュー

PwMultitask class SSH connection

Prerequisite HostQueue Thread pool
Tasks for remote
enqueue Queue dequeue executions
Task1 for host1
worker remote
push pop thread1 host1
Queue
Task2 for host2 worker remote
Queue thread2 host2
Task3 for host3 worker
thread3 remote
host3
…

入力ファイル保存ノード自分ノードのキューが空の
のキューに入れるとき、他のキューから盗む
2011-7-4 東大本郷 73

ワークフロー記述言語としての
Rakefile
• 科学ワークフローは、Makefileのルールに収
まらないことが多い
• Rakefileは、Rubyの内部DSLなので、プログラ
ムが書ける

2011-7-4 東大本郷 74

依存関係がファイルに書かれている
場合
• File dependency is given as a list written in a file:
$ cat depend_list
dif_1_2.fits image1.fits image2.fits
...

image1 image2 image3 …

dif_1_2 dif_1_3 dif_2_3 …
•

2011-7-4 東大本郷 75

Dependency is given as a file list
• Make:
– 依存関係を記述したファイルから、Makefile を作
成するプログラムが必要
• Rake: ファイルを読み、タスクを定義
open("depend_list") { |f|
f.readlines.each { |line|
name, file1, file2 = line.split
file name => [file1,file2] do |t|
sh “prog #{t.prerequisites.join(' ')} #{t.name}"
end
}
}

2011-7-4 東大本郷 76

動的なワークフローの生成
• タスクを実行した結果により、それ以降のファ
イル・タスクが定義できる
Task

file1 file2 file3

Task Task

File
2011-7-4 東大本郷 77

Makefileの動的生成
• make実行中にMakefileを生成
• Makefile だけではワークフローを定義できない
Makefile
Makefile.sub: prerequisite
create
awk –f hoge.awk $< > $@ Makefile.sub
target: Makefile.sub
target1: source1
make -f $< target2: source2
invoke …

2011-7-4 東大本郷 78

Rakeにおける動的タスク生成（失敗）
task :A do • task A の実行中に
task :B do task B を生成
puts “B” • しかし task B は実行さ
end れない
– task B が生成される前
end に、すでに依存関係が
task :default => :A 決定

2011-7-4 東大本郷 79

Rakeにおける動的タスク生成（成功）
task :A do • 変数 b に、Taskオブ
b = task :B do ジェクトを格納
puts “B” • invoke メソッドにより、
end 明示的に実行
b.invoke • Rake により、動的な
ワークフローが実現
end
task :default => :A

2011-7-4 東大本郷 80

天文データ処理の例
• Montage
– software for producing a custom mosaic image
from multiple shots of images.
– http://montage.ipac.caltech.edu/

2011-7-4 東大本郷 81

Montage Workflow
Input images • 処理内容:
mProjectPP
– 座標変換
– 明るさ補正
– 足し合わせ
mDiff mBackground

• 1 image : 1 process
mFitplane mAdd

a1x+b1y+c1=0 a2x+b2y+c2=0

mBgModel

m1 = a'1x+b'1y+c'1
m2 = a'2x+b'2y+c'2

Final image
2011-7-4 東大本郷 82

Montageワークフローのグラフ
flow

Input
Output
files
file

2011-7-4 東大本郷 83

Montage Workflow 性能評価
• ワークフローを Input images
Rakefileとして記述
mProjectPP

mDiff mBackground

mFitplane mAdd

a1x+b1y+c1=0 a2x+b2y+c2=0

mBgModel

m1 = a'1x+b'1y+c'1
m2 = a'2x+b'2y+c'2

Final image
2011-7-4 東大本郷 84

Montage Workflow の実行時間

1 node
4 cores
2 nodes
8 cores

4 nodes
16 cores
2 sites 筑波大＋
16 nodes
48 cores
産総研の
8 nodes 計算機
1-site 32 cores
クラスタ
筑波大の計算機クラスタ

2011-7-4 東大本郷 85


NFS
1 node
4 cores 並列度を上げ
2 nodes ても処理時間
8 cores
が減らない
4 nodes
16 cores
2 sites
16 nodes
8 nodes 48 cores
1-site 32 cores

2011-7-4 東大本郷 86

Gfarm
1拠点で
スケーラブル
1 node
4 cores
2 nodes
8 cores

4 nodes
16 cores
2 sites
16 nodes
8 nodes 48 cores
1-site 32 cores

ファイルやジョブ
の配置により
約20％性能向上
2011-7-4 東大本郷 87


1 node
4 cores
Gfarmは
2 nodes
8 cores
NFSの約10倍
NFS 倍
の性能向上
4 nodes
16 cores
2 sites
16 nodes
8 nodes 48 cores
1-site 32 cores

2011-7-4 東大本郷 88


Gfarm
2拠点でもス
ケーラブル
1 node
4 cores
2 nodes
8 cores

4 nodes
16 cores
2 sites
16 nodes
8 nodes 48 cores
1-site 32 cores

2011-7-4 東大本郷 89

Pwrake 今後の予定
• 大規模なワークフローの実行
– 100万並列
– 自律分散システム
• 障害対策
– 障害情報の取得
– タスクの再試行
– 故障ノードの判別
• 可用性
– 実行状況の可視化、プロファイリング
2011-7-4 東大本郷 90

階層的自律分散システム
現状将来
接続ごとに
Pwrake Pwrake
Threadが起動
プロセスプロセス

DAGを渡して
自律処理

クラスタクラスタクラスタクラスタ

計算 Pwrake Pwrake
計算
プロセスプロセスプロセス
プロセス
計算計算
計算
計算
プロセス計算計算プロセス

Pwrakeまとめ
• ワークフロー記述言語として、Rakeを採用
• 並列分散ワークフロー処理システムPwarkeを
開発
– URL: http://github.com/masa16/pwrake
• 分散ファイルシステムGfarmを用いることによ
り、スケーラブルな性能向上を達成

2011-7-4 東大本郷 92

Ruby科学データ処理ツールの開発 NArrayとPwrake

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