Gephi Tutorial Visualization (Japanese)

チュートリアル
可視化

* はじめに
Gephi チュートリアル
* ズームとパン
* 選択可視化
*色
* 3-D
* ラベル Gephi チュートリアルへようこそ！このチュートリアルでは、Gephi における可視化の基本設定と
* テキストのサイズ高度な設定について説明しています。ツールを使った選択や操作についても説明しています。
* テキストの色操作の基本を学ぶにはクイックスタートチュートリアルを読んでください。
* ラベルの調整
* 属性のテキストこのチュートリアルの作成には Gephi version 0.7alpha4 を使用しました。
* テキストと選択
* アンチエイリアス Gephi をダウンロードする
* スクリーンショット
* ツール
* テキストの変換
* まとめ
このチュートリアルでは、サンプルとして airlines.gexf データセットを使用しています。
このデータセットは米国内の航空路線を描いたものです。

最終更新: 2010 年 5 月 26 日

可視化
はじめに
* はじめに Gephi は、次に示すような可視化ウィンドウを中心とした構成になっています。ウィンドウの
* ズームとパン各要素の持つ機能についてはこのチュートリアルで順に説明していきます。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* テキストのサイズ
* テキストの色
* 属性のテキスト
* アンチエイリアス
* ツール
* まとめ

可視化
ズームとパン
* はじめに • グラフを移動したり、縮小・拡大したりするにはマウスを使います。
* ズームとパン - ズーム: マウスホイール
* 選択 - パン: 右ボタンでドラッグズーム
*色
* 3-D
* ラベル
* テキストの色 • グラフが見えなくなったら、位置をリセットしてください。
* ラベルの調整パン
* ツール
* まとめ

可視化
選択サイズ
* はじめに Gephi を起動した時点ではドラッグモードが有効になっており、マウスの左ボタンを
* ズームとパン押したままポインタを移動すれば、ノードをドラッグできるようになっています。
* 選択
*色ドラッグの選択サイズは変更できます。
* 3-D
* ラベル
• [Dragging] と書かれている部分をクリックします。
* ツール • スライダを使って [Diameter] を設定します。
* まとめ

可視化
矩形選択
* はじめに矩形選択は、ネットワークの 1 つまたは複数の領域を選択するときに使います。
* 選択 • [Rectangle] 選択ツールをクリックします。
*色
* 3-D
* ラベル
* ラベルの調整 • 可視化ウィンドウでマウスの左ボタンを押し、ボタンを押した
* 属性のテキストまま矩形領域を拡大します。
* アンチエイリアス • 選択をリセットするには、ウィンドウ上のほかの部分をクリックします。
* ツール
* テキストの変換 CTRL キー (Macintosh では Command キー) を押しながら単一のノードをクリックして、
複数のノードを選択することもできます。
* まとめ

可視化
隣接ノードの自動選択
* はじめにこれはネットワークの可読性を高めるのに不可欠な機能です。選択されたノードに隣接する
ノードも自動的に選択されるので、誰が誰につながっているかを簡単に把握することができます。
* 選択
*色 • 可視化設定を開きます。
* 3-D
* ラベル • [Autoselect neighbors] チェックボックスをオンにします。
* ツール
* まとめ

なしの場合ありの場合

可視化
エッジの色
* はじめにデフォルトでは、エッジはそのソースノードと同じ色になっています。エッジの色は設定可能で、
ソースノードとは別の色も設定できます。
* 選択
*色 • 可視化設定を開いて [Edges] タブをクリックします。
* 3-D
* ラベル • [Source node color] チェックボックスをオフにし、[Edge defaut color] を設定します。
* ツール
* まとめ

ソースの色ユーザー指定の色

可視化
背景の色
* はじめに • 可視化設定の最初のボタンをクリックします。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* テキストのサイズ • 色を指定し、[OK] をクリックします。
* ツール
* まとめ

可視化
ノードの形状と 3-D
* はじめに Gephi は 3-D レンダリングエンジンを使用していますが、ネットワー
* ズームとパンクは一般に 2-D であり、これがデフォルトのモードになっています。
* 選択
*色ここでは 3-D モードを有効にしてみましょう。
* 3-D
• 可視化設定を開いて [Nodes] タブをクリックします。
* ラベル
* テキストのサイズ • [Disk 2d] の代わりに [Sphere 3d] を選択します。
* ツール
ノードの見え方が変わり、3-D 空間で移動させることができるようになります。
* まとめ
マウスの中ボタンを押したまま上下に動かして、表示が変わるようすを
確かめてみてください。

可視化
ラベルの表示
* はじめに • テキストの表示に関連する可視化設定には次のようなものがあります。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* ラベルの調整サイズ
• サイズボタンをクリックし、[Node Size] を選択します。
* テキストと選択 - [Fixed] ラベルのサイズは拡大率に依存しません。
* アンチエイリアス - [Scaled] ラベルのサイズは拡大率に依存します。
* スクリーンショット - [Node size] ラベルのサイズはノードのサイズに依存します。
* ツール色
* テキストの変換 • 色のモードでは、ラベルをノードの色と同じ色にしたり、
独立した色にしたりできます
* まとめ

フォントの品質
フォントレンダリングを向上させるには、フォントのサイズを大きくして、
テキストのサイズを小さくします。

可視化
サイズのモード
* はじめにサイズのモードによるテキスト描画の違いは、次の図に示すとおりです。
右の図ではテキストのサイズがノードのサイズに比例しています。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* ツール
* テキストの変換 [Fixed mode] [Node size]
* まとめ

ヒント - コンパクトなフォントを使う

Libel Suit や Yanone のようなコンパクトなフォントを使うと、テキストが占有する
スペースを小さくすることができます。

可視化
ラベルの色の設定
* はじめに • 可視化設定の中にカラーチューザーがあります。
* 選択
*色
* 3-D
• マウスを左クリックしてパレットを表示し、色を選択します。
* ラベル
* テキストのサイズ (完全なパレットチューザーを表示するには、右クリックします。)
* テキストと選択この操作で設定するのは、ノードのラベルの色です。エッジのラベルの色を設定するには
* アンチエイリアス　　　設定バーを開きます。
* ツール
* まとめ

パレット
Alt、Shift、Ctrl (Macintosh では Command) の各キーを組み合わせて使うと、
即座にパレットを切り替えることができます。

可視化
ラベルの調整
* はじめにサンプルのデータセットにテキストを表示すると、ラベルがしばしば
* ズームとパンオーバーラップして表示されます。[Label Adjust] レイアウトを実行
すると、ラベルがオーバーラップするのを回避することができます。
* 選択
*色
• [Layout] パネルに移動します。
* 3-D
* ラベル • リストから [Label Adjust] レイアウトを選択します。
* テキストの色 • をクリックして処理を実行します。
* ツール
* まとめ

オーバーラップしている状態オーバーラップのない状態

可視化
属性の表示
* はじめにノードとエッジは、ラベルのほかにもさまざまな属性を持っています。たとえば、ソーシャルネット
ワークの場合は、性別、年齢、リレーションのタイプなどです。これらの属性をラベルとともに、
* ズームとパンまたはラベルの代わりに表示することも簡単にできます。
* 選択
*色
• 可視化設定の中の [Attributes] ボタンをクリックします。
* 3-D
* ラベル • ダイアログボックスが表示され、ノードとエッジそれぞれについて、
* テキストのサイズすべての属性の一覧が表示されます。
• 表示する属性のチェックボックスをすべてオンに
します。たとえば、[Code] をオンにします。
* スクリーンショット • 設定を確認して [OK] をクリックします。
* ツール
* まとめ
属性の値が‘-’ を区切り文字として表示されます。

可視化
選択したラベルだけを表示
* はじめに要素が選択されている場合にのみラベルを表示する便利なオプションがあります。
このオプションは、ノードとエッジの両方で使用できます。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* テキストと選択 • 可視化設定を開いて [Labels] タブをクリックします。
* ツール • [Hide non-selected] オプションをオンにします。
* まとめ

可視化
アンチエイリアスオプション
* はじめにアンチエイリアスは、エッジがスムーズに見えるようにするための
* ズームとパンオプションです。デフォルトでは [4x] ですが、[16x] まで増やすことが
できます。
* 選択
*色 • [Tools] メニューの [Options] をクリックします。
* 3-D
[0x]
* ラベル
* テキストのサイズ • [Visualization] パネルを選択し、[OpenGL] タブをクリックします。
* ツール
* まとめ [16x]

• ここで [Antialising] オプションを変更できます。変更内容を有効にするには、
Gephi を再起動します。
最高度のスムーズさが得られる値は [16x] ですが、必ずしもすべてのハードウェアでサポート
されているわけではありません。Gephi で最高のパフォーマンスを発揮できるよう、グラフィック
ドライバをアップデートすることをお勧めします。

可視化
スクリーンショットの作成
* はじめに Gephi では、現在の可視化ウィンドウの高解像度スクリーンショットを作成できます。
* ズームとパンスクリーンショット画像は、PNG 形式でエクスポートされます。
* 選択
*色
• 可視化バーにカメラのアイコンがあります。
* 3-D
* ラベル
* テキストのサイズ • 下向きの矢印をクリックして設定パネルを開きます。
* ラベルの調整高解像度のスクリーンショットは、お使いのコンピュータの性能
* 属性のテキストに左右されます。解像度が高ければ高いほどスクリーンショット
* テキストと選択の見ばえもよくなりますが、ファイルサイズは大きくなります。
* スクリーンショットアンチエイリアスを有効にすると、エッジがよりスムーズに表示
* ツールされます。ただし、[16x] は、必ずしもすべてのハードウェアで
サポートされているわけではありません。
* まとめ高性能のハードウェアでは、幅 16000 で [16x] のアンチエイリ
アスが可能です。

• スクリーンショットを作成するには、アイコンをクリックします。処理作業中、インタフェース
は無反応のような状態になります。これは正常な状態なので、処理が終了するまでそのまま
しばらく待ちます。

可視化
ツール
* はじめにツールバーに用意されている各種ツールを使うと、グラフウィンドウやグラフの要素 (ノード、
* ズームとパンエッジ) に対してさまざまな操作を行うことができます。ツールは、マウスのクリック、選択、
ドラッグ、さらにはボタンを押しながらの移動といった複雑な操作にも対応しています。
* 選択
*色
• 一番上にあるツールの [Painter] 　　をクリックし、色の付いているノードでマウスの
* 3-D ボタンを押したままにしてみてください。
* ラベル
* テキストのサイズツールに関連のあるプロパティは、上部のプロパティバーに表示されます。
* ツール
* テキストの変換 • 今度は鉛筆ツールを使って新しくノードとエッジを作成してみてください。
デフォルトのノードサイズを大きくすると、ノードが見やすくなります。
* まとめ 1 ではなく 10 に設定するとよいでしょう。

可視化
最短経路ツール
* はじめにツールを使うと、2 つのノード間の最短経路を簡単に可視化できます。
* 選択 • ツールバーにある最短経路ツールをクリックします。
*色
• ノード (ソースノード) をクリックし、次にターゲットノードをクリックします。
* 3-D
* ラベル
* アンチエイリアス色の付いた経路が表示され、ノードが選択された状態になります。経路が見つからない場合は、
* スクリーンショットプロパティバーに「No path exists between these two nodes (2 ノード間に経路はありません)」
というメッセージが表示されます。経路が見つかった場合は距離が表示されます。距離はエッジの
* ツールウェイトを考慮している点に注意してください。
• ノードの選択を解除するには、ウィンドウ上のほかの部分をクリック
* まとめ
します。赤い色を消すには、[Reset Color] をクリックします。

無向グラフ
有向グラフと無向グラフでは最短経路は同じではないことに注意してください。

可視化
ヒートマップツール
* はじめにヒートマップも、最短経路ツールのようにネットワーク距離を調べるツールですが、単一のノード
を起点とした距離を調べることができます。ヒートマップでは、到達可能な最も近いノードや最も
* ズームとパン遠いノードを簡単に強調表示できます。
* 選択
*色
• ヒートマップツールをクリックします。
* 3-D
* ラベル • グラデーションを次のように設定します。色を変更するには、三角の上でダブルクリックします。
* ラベルの調整 • 航空路線のデータセットをサンプルとして使用し、どれかノードをクリックします。到達可能な
* 属性のテキスト最も遠い空港が赤で表示されます。プロパティバーには最大距離 (Max distance) の値も表示
* テキストと選択されます。路線が多い Detroit と、路線網からはずれた空港を選んで比較してみてください。
* ツール
* まとめ
Minneapolis 空港からのヒートマップです。

赤いノードは、最大距離の 2 ステップで到達可能
な空港です。

可視化
編集ツール
* はじめに編集ツールは、可視化ウィンドウのデータ、特にラベルを直接編集するときに便利です。
* 選択
*色 • ツールバーにある編集ツールをクリックします。
* 3-D 左にパネルが表示されることに注意してください。
* ラベル
* テキストのサイズ • ラベルまたは属性を編集するノードをクリックします。
* テキストの色値を編集したら必ず [ENTER] キーを押して、変更した
* ラベルの調整値を確定します。
* アンチエイリアス現在のところエッジの編集はできませんが、そのための機能は今後のバージョンで開発される
予定です。
* ツール
* まとめ
その他のツール

開発者は新しいツールを簡単に Gephi に追加できます。利用可能なツールを知るには、Plugins Center を
参照してください。
また、ツールについてのアイデアや提案があったら、ぜひ Gephi フォーラムに投稿してください。

可視化
これまでの操作の応用例
* はじめにテキストの色とサイズを使えば、影響力の強さやその他の特性を視覚的に表現する
* ズームとパンことができます。ここでは、このチュートリアルのしめくくりとして、次のようなグラフ
の作り方を示します。
* 選択
*色
* 3-D
* ラベル
* ツール
* まとめ

可視化
テキストの色とサイズの変換
* はじめに目的のグラフを作成するには、[Ranking] モジュールを使います。
* 選択 • ラベルの色のトランスフォーマをクリックし、ランクパラ
メータを選択します。ここでは、[Degree] を選択します。
*色
* 3-D
• ランク付けの色を指定し、　　　　　　をクリックします。
* ラベル
* テキストの色テキストに色が付いたはずです。今度は、[Degree] の代わりに
* ラベルの調整 [Betweenness Centrality] を選択してみてください。
* テキストと選択 • 次に、ラベルのサイズのトランスフォーマを選択します。
* スクリーンショット • サイズは 0 から 1 の間で選択します。デフォルトの要素の
* ツールサイズに、ここで指定したサイズの値が乗じられます。
• をクリックしてテキストのサイズが変わるのを確認
* まとめしてください。

変換のリセット

テキストの見え方をリセットするには、[Reset label color] と [Reset label size]
をクリックします。

可視化
まとめ
* はじめにこのチュートリアルでは、Gephi の可視化の機能と基本設定についてやや詳しく学びました。
* ズームとパンここで学んだテキスト描画の方法を活用すれば、読みやすくて見ばえのするグラフを作成する
ことができます。また、ツールなどの対話的操作機能とその設定方法についても学びました。
* 選択
*色
* 3-D 将来的には、ツールだけに特化し、ツールのすべてについて細かく説明したチュートリアルを
* ラベル作成することも検討しています。それまでは、知りたいことがあったら遠慮なくフォーラムで
* テキストのサイズ尋ねてください。Gephi コミュニティのメンバーがきっとあなたの疑問に答えてくれるでしょう。
* スクリーンショットこのあとは、次のものを参照してください。
* ツール • Gephi Web サイト
• Gephi Wiki
• Gephi フォーラム
* まとめ

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