Rで解析：生存曲線の作成「survminer」パッケージ

Rの解析に役に立つ記事
スポンサーリンク

生存曲線の作成が大変簡単なパッケージの紹介です。Log-rank検定の結果や生存数のテーブルなどの同時プロットが可能です。非常に簡単で見栄えの良いグラフが作成可能です。

パッケージバージョンは0.4.9。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で動作を確認しています。

スポンサーリンク

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("survminer")



コマンドの紹介

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("survminer")

###データ例の作成#####
#Status:0=alive,1=deadを示す
#自身のデータも生存、死亡を数字に変換してください
n <- 150
set.seed(1234)
TestData <- data.frame(ID = 1:n, Group = rep(c("A", "B"), length = n),
                       Day = sample(0:20, n, replace = TRUE),
                       Status = sample(0:1, n, replace = TRUE))

#survivalパッケージのSurv,survfitコマンドで生存計算
library("survival")
ServResult <- survfit(Surv(Day, Status) ~ Group, data = TestData)

######## #生存曲線の作成:ggsurvplotコマンド
#Surv,survfitコマンドの結果を指定:fitオプション
#Log-rank検定結果を表示:pvalオプション
#生存時間(x軸)の分割数を設定:break.time.byオプション
#信頼区間を表示:conf.intオプション
#信頼区間の表示設定:conf.int.styleオプション;"ribbon"or"step"
#打切り数を棒グラフで表示:ncensor.plotオプション
#50%生存の補助線を表示:surv.median.lineオプション:
#"none","hv"(水平垂直に追加),"h"(水平に追加),"v"(垂直に追加)
ggsurvplot(fit = ServResult, data = TestData,
           #Kaplan-Meier PLOTの表示内容を指定
           palette = c("#bfe6d5", "#df6d68"), pval = TRUE, break.time.by = 3, 
           pval.method = TRUE, risk.table = TRUE,
           conf.int = TRUE, conf.int.style = "step",
           ncensor.plot = TRUE, size = 1.5, linetype = c(1, 3),
           surv.median.line = "h",
           #Kaplan-Meier PLOT部分の体裁を調整
           title = "TEST PLOT", subtitle = "Kaplan-Meier PLOT",
           caption = "KARADA-GOOD", legend.title = "Group",
           font.title = c(15, "bold", "#426617"),
           font.subtitle = c(13, "plain", "#df6d68"),
           font.caption = c(10, "italic", "#f6adad"),
           font.x = c(13, "bold.italic", "red"),
           font.y = c(13, "bold.italic", "green"),
           font.tickslab = c(15, "plain", "#7a430e"),
           legend = c(0.9, 1), font.legend = c(13, "plain", "#7a430e"),
           pval.size = 7,
           #"1","n","sqrtN","S1","S2","FH"が選択可能
           ###それぞれの内容#####
           #1;log-rank, n;Gehan-Breslow (generalized Wilcoxon)
           #sqrtN;Tarone-Ware, S1;Peto-Peto's modified survival estimate
           #S2;modified Peto-Peto (by Andersen), FH ;Fleming-Harrington(p=1, q=1)
           ########
           log.rank.weights = "1",
           #risk.table部分の体裁を調整
           risk.table.title = "risk.table.title", risk.table.y.text.col = TRUE,
           risk.table.y.text = FALSE, fontsize = 7)



出力例

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！

',b.captions&&s){var u=J("figcaption");u.id="baguetteBox-figcaption-"+t,u.innerHTML=s,l.appendChild(u)}e.appendChild(l);var c=J("img");c.onload=function(){var e=document.querySelector("#baguette-img-"+t+" .baguetteBox-spinner");l.removeChild(e),!b.async&&n&&n()},c.setAttribute("src",r),c.alt=a&&a.alt||"",b.titleTag&&s&&(c.title=s),l.appendChild(c),b.async&&n&&n()}}function X(){return M(o+1)}function D(){return M(o-1)}function M(e,t){return!n&&0<=e&&e=k.length?(b.animation&&O("right"),!1):(q(o=e,function(){z(o),V(o)}),R(),b.onChange&&b.onChange(o,k.length),!0)}function O(e){l.className="bounce-from-"+e,setTimeout(function(){l.className=""},400)}function R(){var e=100*-o+"%";"fadeIn"===b.animation?(l.style.opacity=0,setTimeout(function(){m.transforms?l.style.transform=l.style.webkitTransform="translate3d("+e+",0,0)":l.style.left=e,l.style.opacity=1},400)):m.transforms?l.style.transform=l.style.webkitTransform="translate3d("+e+",0,0)":l.style.left=e}function z(e){e-o>=b.preload||q(e+1,function(){z(e+1)})}function V(e){o-e>=b.preload||q(e-1,function(){V(e-1)})}function U(e,t,n,o){e.addEventListener?e.addEventListener(t,n,o):e.attachEvent("on"+t,function(e){(e=e||window.event).target=e.target||e.srcElement,n(e)})}function W(e,t,n,o){e.removeEventListener?e.removeEventListener(t,n,o):e.detachEvent("on"+t,n)}function G(e){return document.getElementById(e)}function J(e){return document.createElement(e)}return[].forEach||(Array.prototype.forEach=function(e,t){for(var n=0;n","http://www.w3.org/2000/svg"===(e.firstChild&&e.firstChild.namespaceURI)}(),m.passiveEvents=function i(){var e=!1;try{var t=Object.defineProperty({},"passive",{get:function(){e=!0}});window.addEventListener("test",null,t)}catch(n){}return e}(),function a(){if(r=G("baguetteBox-overlay"))return l=G("baguetteBox-slider"),u=G("previous-button"),c=G("next-button"),void(d=G("close-button"));(r=J("div")).setAttribute("role","dialog"),r.id="baguetteBox-overlay",document.getElementsByTagName("body")[0].appendChild(r),(l=J("div")).id="baguetteBox-slider",r.appendChild(l),(u=J("button")).setAttribute("type","button"),u.id="previous-button",u.setAttribute("aria-label","Previous"),u.innerHTML=m.svg?f:"<",r.appendChild(u),(c=J("button")).setAttribute("type","button"),c.id="next-button",c.setAttribute("aria-label","Next"),c.innerHTML=m.svg?g:">",r.appendChild(c),(d=J("button")).setAttribute("type","button"),d.id="close-button",d.setAttribute("aria-label","Close"),d.innerHTML=m.svg?p:"×",r.appendChild(d),u.className=c.className=d.className="baguetteBox-button",function n(){var e=m.passiveEvents?{passive:!1}:null,t=m.passiveEvents?{passive:!0}:null;U(r,"click",x),U(u,"click",E),U(c,"click",C),U(d,"click",B),U(l,"contextmenu",A),U(r,"touchstart",T,t),U(r,"touchmove",N,e),U(r,"touchend",L),U(document,"focus",P,!0)}()}(),S(e),function s(e,a){var t=document.querySelectorAll(e),n={galleries:[],nodeList:t};return w[e]=n,[].forEach.call(t,function(e){a&&a.filter&&(y=a.filter);var t=[];if(t="A"===e.tagName?[e]:e.getElementsByTagName("a"),0!==(t=[].filter.call(t,function(e){if(-1===e.className.indexOf(a&&a.ignoreClass))return y.test(e.href)})).length){var i=[];[].forEach.call(t,function(e,t){var n=function(e){e.preventDefault?e.preventDefault():e.returnValue=!1,H(i,a),I(t)},o={eventHandler:n,imageElement:e};U(e,"click",n),i.push(o)}),n.galleries.push(i)}}),n.galleries}(e,t)},show:M,showNext:X,showPrevious:D,hide:j,destroy:function e(){!function n(){var e=m.passiveEvents?{passive:!1}:null,t=m.passiveEvents?{passive:!0}:null;W(r,"click",x),W(u,"click",E),W(c,"click",C),W(d,"click",B),W(l,"contextmenu",A),W(r,"touchstart",T,t),W(r,"touchmove",N,e),W(r,"touchend",L),W(document,"focus",P,!0)}(),function t(){for(var e in w)w.hasOwnProperty(e)&&S(e)}(),W(document,"keydown",F),document.getElementsByTagName("body")[0].removeChild(document.getElementById("baguetteBox-overlay")),w={},h=[],o=0}}})
タイトルとURLをコピーしました