koboで自炊する時はPDFではなく、JPGがオススメです。
画像ならばサクサクです。最低画質でも問題なく読めました。あと動画のように白と少ない線画の漫画のほうが、画面のフラッシュバックは少なくて見やすいです。まあE-INKなので仕方ないですね。
追記 2012/7/24 10:52 こちらでPDFでサクサク見られる設定を紹介されています。とても詳しいです。PDFでもやはり画像を最適化しましょうね、という話。
以下、SCANSNAPの自炊での取り込み設定です。
1.連番になってると自動的にその順番にページ送り。
※たまに画像が90回転してることもあるので、いちおう全部確認はしましょう。
2.画像は高画質でも良いとは思いますが、あまり大きくなると挙動が重くなるというツイートもあり、とりあえず最軽。
3.JPEG保存します。
取り込んだ画像群をまとめてzipに。そして拡張子をcbzにしてMicroSDなどに入れればOKです。
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お手軽自炊端末の完成です。