Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

SCP安装于seurat版本搭配问题。 #261

Open
PanSX-Dr opened this issue Oct 12, 2024 · 2 comments
Open

SCP安装于seurat版本搭配问题。 #261

PanSX-Dr opened this issue Oct 12, 2024 · 2 comments

Comments

@PanSX-Dr
Copy link

您好大佬，首先感谢您开发的SCP这个神奇的包。这让我单细胞分析的可视化事半功倍。但是最近我遇到了一个比较棘手的问题。原本我使用的是seurat V5版本，但是发现SCP这个包的groupheatmap函数调用的数据格式是seurat V4 的格式。每次作图的时候我都需要把数据聪哥V5转换到V4.
那么问题来了，当我把seurat降到V4版本再次安装SCP包的时候，又提示我，SCP这个包依赖于Sseurat V5.0.1版本，无法安装。请问这个要怎么解决呢？
@EdmundFieldQIN
Copy link

你可以试试把V5的seurat文件的“RNA”改成以前版本的Assay，然后修改默认Assay为转换后的，这也不影响原来的，要用回原来的可以直接再修改一次默认Assay就好。

seurat_obj[["RNA3"]] <- as(object = seurat_obj[["RNA"]], Class = "Assay")
DefaultAssay(seurat_obj) <- "RNA3"

不过SCP这个包目前确实感觉和seurat v5兼容的不是很好,当然也可能是我安装的时候没安好

@MInsYang
Copy link

MInsYang commented Dec 9, 2024

是seurat 4和seuratObject 5两个包吧

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Assignees
No one assigned
Labels
None yet
Projects
None yet
Milestone
No milestone
Development

No branches or pull requests
3 participants
@MInsYang @PanSX-Dr @EdmundFieldQIN