LARP6
La-srodni protein 6, znan i kao aheron ili član 6 porodice La ribonukleoproteinskog domena (LARP6), je protein koji je kod ljudi kodiran genom LARP6.[5]
Valavanis et al. (2007) utvrdili su da gen ACHN sadrži najmanje dva egzona i obuhvata približno 22,6 kb. Analizom sekvence, mapirali su gen ACHN na hromosomu 15q23.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 491 aminokiselina, a molekulska težina 54.737 Da.[7]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MAQSGGEARP | GPKTAVQIRV | AIQEAEDVDE | LEDEEEGAET | RGAGDPARYL | ||||
SPGWGSASEE | EPSRGHSGTT | ASGGENERED | LEQEWKPPDE | ELIKKLVDQI | ||||
EFYFSDENLE | KDAFLLKHVR | RNKLGYVSVK | LLTSFKKVKH | LTRDWRTTAH | ||||
ALKYSVVLEL | NEDHRKVRRT | TPVPLFPNEN | LPSKMLLVYD | LYLSPKLWAL | ||||
ATPQKNGRVQ | EKVMEHLLKL | FGTFGVISSV | RILKPGRELP | PDIRRISSRY | ||||
SQVGTQECAI | VEFEEVEAAI | KAHEFMITES | QGKENMKAVL | IGMKPPKKKP | ||||
AKDKNHDEEP | TASIHLNKSL | NKRVEELQYM | GDESSANSSS | DPESNPTSPM | ||||
AGRRHAATNK | LSPSGHQNLF | LSPNASPCTS | PWSSPLAQRK | GVSRKSPLAE | ||||
EGRLNCSTSP | EIFRKCMDYS | SDSSVTPSGS | PWVRRRRQAE | MGTQEKSPGT | ||||
SPLLSRKMQT | ADGLPVGVLR | LPRGPDNTRG | FHGHERSRAC | V |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Korištenjem protokola diferencijalnog izbora, Valavanis et al. (2007) identificirali su gen LARP6, koji je povezan s programiranom ćelijskom smrću međusegmentnih mišića moljca Manduca sexta (duhanski sokolova sovica) kada završava metamorfozu od kukuljice do odrasle jedinke. Nazvali su gen aheron (Achn), prema rijeci koja u grčkoj mitologiji vodi u carstvo mrtvih. Pregledavanjem biblioteke cDNK ljudskog hipokampusa sa sekvencom koja pokazuje visoki identitet sekvence na Manduca Achn, praćenim RT-PCR, sastavili su ljudsku ACHN cDNK pune dužine. ACHN kodira izvedeni protein od 491 aminokiseline sa tri ponavljanja N-terminalnog Lupus antigena (La), mjestom amidacije, jedarnim lokalizacijskim i eksportnim signalima, navodnim motivom prepoznavanja RNK, navodnim mjestima fosforilacija i glikozilacija i tri SP ponavljanja. Ljudski protein je 46%, a 94% sličan proteinima Manduce i miša. RT-PCR analiza miševa pokazala je najveću ekspresiju Ahna u mozgu, snažnu ekspresiju u srcu, skeletnim mišićima i sjemenicima, a nižu u timusu, slezeni i bubregu. Studije pokretljivosti na gelu pokazale su da je Achn protein posttranslacijski modificiran.
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Valavanis et al. (2007) citirali su neobjavljene studije koje pokazuju da je Achn ključni regulatorni protein koji kontrolira diferencijaciju u nekoliko loza, a naročito mišića. Gubitak Achn bilo u C2C12 mioblastima in vitro, bilo u embrionima zebrica, rezultirao je neuspjehom u formiranju multijedarnih miocijevi. Zaključili su da je Achn regulatorni protein koji vjerovatno posreduje u različitim razvojnim i homeostatskim procesima.
Funkcionalnom karakterizacijom kvasca, Hussain et al. (2013) pokazali su da ljudski LARP4, LARP6 i LARP7, u punoj dužini nisu supresori posredovani putem tRNK, iako su njihovi La moduli (tj. La motiv (LAM) i susjedni motiv RNK prepoznavanja (RRM)) sami imali aktivnost supresije koja je bila neovisna o stabilnoj 3-prim end-zaštiti pre-tRNK. Umjesto toga, LARP4, LARP6 i LARP7 bili su RNK šaperoni čije su aktivnosti bile neovisne od UUU-3-prim-OH vezivanja i bile su usredotočene oko RRM-a i sekvence neposredno nizvodno od RRM-a. Aktivnost supresije posredstvom tRNK posredovanih La modula povezana je s aktivnošću šaperona, budući da je LAM djelovao kao pomoćna struktura koja je pomogla regrutovanju RNK u susjedni RRM.[8]
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]U nedavnoj studiji povezanosti genoma, gen LARP6 povezan je sa osobinama glukoze natašte, diabetes mellitus tip 2 i gojaznost.[9]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166173 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034839 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: La ribonucleoprotein domain family".
- ^ Valavanis, C., Wang, Z., Sun, D., Vaine, M., Schwartz, L. M. Acheron, a novel member of the lupus antigen family, is induced during the programmed cell death of skeletal muscles in the moth Manduca sexta. Gene 393: 101-109, 2007. PubMed: 17383118
- ^ "UniProt, Q9BRS8". Pristupljeno 15. 7. 2021.
- ^ Hussain, R. H., Zawawi, M., Bayfield, M. A. Conservation of RNA chaperone activity of the human La-related proteins 4, 6 and 7. Nucleic Acids Res. 41: 8715-8725, 2013. PubMed: 23887937
- ^ Strawbridge RJ, Dupuis J, Prokopenko I, et al. (august 2011). "Genome-Wide Association Identifies Nine Common Variants Associated With Fasting Proinsulin Levels and Provides New Insights Into the Pathophysiology of Type 2 Diabetes". Diabetes. 60 (10): 2624–34. doi:10.2337/db11-0415. PMC 3178302. PMID 21873549.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Cai L, Fritz D, Stefanovic L, Stefanovic B (2010). "Binding of LARP6 to the conserved 5' stem-loop regulates translation of mRNAs encoding type I collagen". J. Mol. Biol. 395 (2): 309–26. doi:10.1016/j.jmb.2009.11.020. PMC 2826804. PMID 19917293.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.
- Glenn HL, Wang Z, Schwartz LM (2010). "Acheron, a Lupus antigen family member, regulates integrin expression, adhesion, and motility in differentiating myoblasts". Am. J. Physiol., Cell Physiol. 298 (1): C46–55. doi:10.1152/ajpcell.00387.2009. PMC 2806151. PMID 19889961.
- Valavanis C, Wang Z, Sun D, et al. (2007). "Acheron, a novel member of the Lupus Antigen family, is induced during the programmed cell death of skeletal muscles in the moth Manduca sexta". Gene. 393 (1–2): 101–9. doi:10.1016/j.gene.2007.01.033. PMC 2739619. PMID 17383118.
- Barbe L, Lundberg E, Oksvold P, et al. (2008). "Toward a confocal subcellular atlas of the human proteome". Mol. Cell. Proteomics. 7 (3): 499–508. doi:10.1074/mcp.M700325-MCP200. PMID 18029348.