Sân bay này được xây dựng trong thập niên 1940 làm căn cứ quân sự (F 11 Nyköping) và được chuyển thành sân bay dân sự năm 1984. Năm 1997, sân bay này có tuyến bay quốc tế đầu tiên nối với London Stansted của hãng Ryanair. Năm 2003, hãng Ryanair đã thiết lập một trung tâm hoạt động hàng không tại Stockholm-Skavsta vơi 6 tuyến bay mới. Sau đó, hãng Wizzair đã mở các tuyến bay nối với Đông Âu. Trong một giai đoạn ngắn vào năm 2005, Finnair đã có tuyến bay Boston với Helsinki có điểm trung chuyển ở Skavsta, nhưng hãng này đã chuyển điểm dừng này qua Sân bay Stockholm-Arlanda.[1] Tháng 5 năm 2006, Fritidsresor đã bắt đầu các chuyến bay thuê bao từ sân bay này.
