Ontologia genei

Ontologia genei (acr. en. GO) este o inițiativă bioinformatică majoră de a unifica reprezentarea genei și și a atributelor produsului genetic pentru toate speciile.^[1] Mai precis, proiectul urmărește: 1) menținerea și elaborarea vocabularului controlat al genelor și atributelor produsului genetic; 2) adnotarea genelor și produșilor genetici și asimilarea și diseminarea datelor de adnotare; și 3) furnizarea uneltelor pentru înlesnirea accesului la toate aspectele informațiilor furnizate de proiect și permiterea interpretării funcționale a datelor experimentale folosind GO.

GO face parte dintr-un efort mai mare de clasificare, Ontologiile Biomedicale Deschise (OBO, en.).^[2]

Deși nomenclatura genelor însăși urmărește să mențină și elaboreze vocabularul controlat al genelor și produșilor genetici, Ontologia genei extinde demersul utilizând un limbaj de marcare pentru a face datele (nu doar ale genelor și produșilor acestora dar și ale tuturor atributelor acestora) citibile de către mașină, într-un mod unificat pentru toate speciile (în timp ce convențiile din nomenclatura genelor diferă de la un taxon biologic la altul).

Exemplu de termen

id: GO:0000016

nume: activitate lactază

clasănume: funcție_moleculară

def: „Cataliza reacției: lactoză + H2O=D-glucoză + D-galactoză.” [EC:3.2.1.108]

sinonim: „activitate hidrolază a lactazei-lofrizinei” BROAD [EC:3.2.1.108]

sinonim: „activitate galactohidrolază a lactozei” EXACT [EC:3.2.1.108]

xref: EC:3.2.1.108

xref: MetaCic:LACTASE-RXN

xref: Reactom:20536

este_o: GO:0004553 ! activitate hidrolază, hidroliza compușilor O-glicozil

Sursa datelor:^[3]

Consorțiu

Consorțiul pentru Ontologia Genei este mulțimea de baze de date biologice și grupuri de cercetare implicate activ în proiectul ontologiei genei.^[4]

Note

^ ((Consorțiul pentru Ontologia Genelor)) (2008). „Proiectul Ontologia Genelor din anul 2008”. Cercetarea acizilor nucleici (en.). 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMID 17984083.
^ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (2007). „Uzina OBO: evoluția coordonată a ontologiilor în sprijinul integrării datelor biomedicale”. Biotehnologia Naturii (en.). 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMID 17989687.
^ Consorțiul GO (en.) (16 martie 2009). „gene_ontology.1_2.obo”. Arhivat din original (OBO 1.2 flat file) la 6 octombrie 2015. Accesat în 20 mai 2018.
^ „Consorțiul GO”. Arhivat din original la 2 iulie 2014. Accesat în 16 martie 2009.

Legături externe

Consorțiul pentru Ontologia Genei - situl oficial (en.)
PlantRegMap - Adnotări GO pentru 165 de specii de plante și Analiza îmbogățirii GO Arhivat în 13 mai 2020, la Wayback Machine. (en.)
SimCT Arhivat în 28 august 2012, la Wayback Machine. (en.) — unealtă internet pentru afișarea relațiilor dintre obiecte biologice adnotate unei ontologii, în forma unui ansamblu arborescent.
Ontologia genei pentru domenii (en.) — bază de date a ontologiilor de domeniu pe funcții, fenotipuri, boli și altele.

[1] ((Consorțiul pentru Ontologia Genelor)) (2008). „Proiectul Ontologia Genelor din anul 2008”. Cercetarea acizilor nucleici (en.). 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMID 17984083.

[2] Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (2007). „Uzina OBO: evoluția coordonată a ontologiilor în sprijinul integrării datelor biomedicale”. Biotehnologia Naturii (en.). 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMID 17989687.

[3] Consorțiul GO (en.) (16 martie 2009). „gene_ontology.1_2.obo”. Arhivat din original (OBO 1.2 flat file) la 6 octombrie 2015. Accesat în 20 mai 2018.

[4] „Consorțiul GO”. Arhivat din original la 2 iulie 2014. Accesat în 16 martie 2009.

[1]

[2]

[3]

[4]