El-Hadary debuteerde in 1996 in het Egyptisch voetbalelftal waarmee hij vier keer het Afrikaans kampioenschap voetbal won en net zo vaak uitgeroepen werd tot beste doelman van het toernooi. El-Hadary werd op 25 juni 2018 op 45-jarige leeftijd de oudste doelman ooit op een WK, toen hij een basisplaats kreeg tijdens de wedstrijd Saoedi-Arabië - Egypte (2–1) op het WK 2018.[1] Hij nam het record over van Faryd Mondragon. De Colombiaanse doelman was in 2014 bij zijn invalbeurt in de laatste groepswedstrijd tegen Japan (4-1 zege) 43 jaar en 3 dagen oud. El-Hadary stopte na het WK 2018 na 157 of 159 interlands (afhankelijk van definitie) als international.
