1909年に設立された、スロバキア最古のサッカークラブの一つである。チェコスロバキア時代には4回の昇格と降格を繰り返し、最高でも5年間の最上位リーグ滞在に止まった（1979年-1984年、1986年-1991年）。1962年が最もタイトルに近付いた年であったが、勝ち点3の差でFKデュクラ・プラハに敗れた。しかし、チェコスロバキアで初めてのプロサッカークラブであった。
ビロード離婚によってスロバキアが独立すると同国の一部リーグに所属した。初年度となった1994年に1.リーガの上位となったが、翌年には2.リーガに降格した。その翌年には再び一部に復帰したものの、一年で再降格となった。2001年に昇格に失敗するまでは一部と二部を行き来する形であったが、同年以降は5年間に及んで昇格に失敗し続けた。
ローベルト・ラークが2004-05年度の2.リーガ得点王となると（MFKルジョムベロクのエリク・イェンドリシェクも得点王を獲得した）、2005-06シーズンは5年ぶりに一部に復帰した。同年もラクが得点王を獲得したものの、その次のシーズンにはMFKルジョムベロクに移籍した。二部時代から指揮を執っていたイヴァン・ガラードは彼の移籍に伴ってチームを守備的に構築したものの、成績は不振となり解任された。2007-08シーズンにはチェコのパヴェル・ハパルを監督に据えると成績も回復し3位で終え、チーム史上最高の成績となった。彼はFKムラダー・ボレスラフからのオファーを受けたため、ニトラを去った。その代わりにパヴェル・マルラが監督に就任した。その後、ペタル・クルチュヴィッチが監督に就任した。また2009年にはMFKルジョムベロクからイヴァン・ホデュールを獲得した。
- 1909年: ニトライÖTTSOとして設立
- 1911年: ニトライTVEに改名
- 1919年: ニトライSCに改名
- 1921年: SKニトラに改名
- 1923年: ACニトラに改名
- 1948年: ショコル・ニトラに改名
- 1949年: ZSJショコル・スポイェネ・ザヴォディ・ニトラに改名
- 1949年: ZK KPニトラに改名
- 1953年: DSOスラヴォイ・ニトラに改名
- 1956年: TJスロヴァン・ニトラに改名
- 1966年: AC ニトラに再改名
- 1976年: TJプラスチカ・ニトラに改名
- 1989年: UEFAカップに1989-90で初出場
- 1990年: FCニトラに改名
ミハル・シュチャスニー
Róbert Barborík
アレクサンデル・ヴェンツェル 1977-1979
ジョン・メンサー 2013-2014