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Dockerfile
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Dockerfile
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# Dockerfile for running igv-jupyter from a pip install
# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks
FROM jupyter/scipy-notebook:2022-02-17
MAINTAINER Thorin Tabor <[email protected]>
EXPOSE 8888
#############################################
## $NB_USER ##
## Install dependencies ##
#############################################
RUN pip install nbtools==22.3.0b2 igv-notebook
#############################################
## $NB_USER ##
## Install nbtools igv-jupyter ##
#############################################
RUN pip install igv-jupyter
# RUN git clone https://github.com/g2nb/igv-jupyter.git
# RUN cd igv-jupyter && pip install -e .
#############################################
## $NB_USER ##
## Add all example notebooks ##
#############################################
RUN mkdir /home/jovyan/examples
COPY ./examples /home/jovyan/examples
#############################################
## $NB_USER ##
## Launch lab by default ##
#############################################
ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
ENV TERM xterm