保険診療を取り扱う皮膚科では、傷ができたり疾患が生じた部位を「治療する」ことを目的としており、主に湿疹・アトピー・あざ・水虫・巻き爪などの治療がメインです。対して美容クリニックでは気になる部位を治療するというよりも、さらに「よりよい状態にする」ことを目的としている点が皮膚科との大きな違いです。
皮膚科の医療機関としての使命は「悪い箇所を治す」ことですが、美容クリニックは「さらに美しくする」ところまで行うことが使命と言ってもよいかもしれません。そのため美容クリニックでは、ニキビ、あざなどの疾患治療だけでなく、しみ・しわ・毛穴の開き・肌のツヤやハリ感アップなど病気以外の治療も行っています。
このように使命が違うことから、美容クリニックでは公的な保険適用外の施術（自由診療）を行うことが主な役割となります。

たとえばニキビの場合、保険診療の皮膚科では、厚生労働省が規定する抗生剤などの塗り薬や飲み薬を処方して炎症を抑える治療を行います。つまり保険診療の対象となるのは、厚生労働省が定めている病気に対して、定められた治療法を実施する場合です。一方で、美容クリニックなどの自由診療で行っている美肌治療や脱毛などは、保険が適用されません。またニキビ・あざなど厚生労働省が定めている病気の一種であっても、治療法として定められている以外の薬剤やレーザーを使用している場合は自由診療になります。

また、よくある疑問としてエステサロンと美容クリニックの違いについて、簡単にいうとエステサロンでは医療行為を行えないという点です。具体的には、美肌や脱毛など、目的が同じ施術でも、エステサロンでは使用できる機器やパワーに制限があります。これは万が一不具合やトラブル（やけどや皮膚疾患など）が起きた場合、美容クリニックでは医師による治療等の対応が可能ですが、エステサロンでは治療行為が行えないため、ゆるやかな効果の施術になります。短期間での効果を求めるのであれば、美容クリニックということになるでしょう。

美容クリニックは、美容皮膚科と美容外科に分類されます。美容皮膚科は、しみ・しわ・毛穴の開き・ニキビなどの美肌治療のほか、脱毛・薄毛・ダイエット治療などを行っていることが多く、いずれもメスを使用しない（手術を伴わない）レーザー治療や注射による施術が中心となっています。
対して美容外科は、手術を伴う美容医療で二重整形・鼻の整形・豊胸手術・脂肪吸引なども行っています。縫合や切開が必要とされ、施術によっては所要時間やダウンタイムが長くなる場合が多いと考えておきましょう。
同時に、各クリニックで対策を行っていますが、一般的な外科手術と同様に感染症や麻酔を使うことによるリスクもあることを心に留めておいてください。
また、美容外科では専門的なテクニックが求められる手術や施術もあるため、医師によって得手不得手が分かれる場合があります。たとえば二重整形の評判がいい医師でも脂肪吸引が得意とは限りません。特に外科手術が伴う「整形」の分野については、医師の技術、かつ専門的な能力、さらに症例件数による経験値の差があるので、「誰に手術をしてもらうか」という医師の選択が重要です。