TMEM8A
| TMEM8A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PGAP6 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1926283 HomoloGene: 10944 GeneCards: PGAP6 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | n/a | Chr 17: 26.33 – 26.34 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Transmembranski protein 8A je protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM8A (16p13.3.). Evolucijski, ortolozi TMEM8A nalaze se u primata i ostalih sisara te u nekoliko udaljenijih vrsta. TMEM8A sadrži pet transmembranskih domena i jedan EGF-sličan domen, od kojih su svi visoko konzervirani u ortolognom prostoru. Iako ne postoji potvrđena funkcija TMEM8A, analizom ekspresije i eksperimentalnih podataka predviđa se da je TMEM8A adhezijski protein koji ima ulogu u zadržavanju T-ćelija u stanju mirovanja.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 771 aminokiselina, a molekulska težina 84.761 Da [4].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MGRAGTGTGG | EAVAAVVAGP | LLLLLLARPP | PASAGYSGKS | EVGLVSEHFS | ||||
| QAPQRLSFYS | WYGSARLFRF | RVPPDAVLLR | WLLQVSRESG | AACTDAEITV | ||||
| HFRSGAPPVI | NPLGTSFPDD | TAVQPSFQVG | VPLSTTPRSN | ASVNVSHPAP | ||||
| GDWFVAAHLP | PSSQKIELKG | LAPTCAYVFQ | PELLVTRVVE | ISIMEPDVPL | ||||
| PQTLLSHPSY | LKVFVPDYTR | ELLLELRDCV | SNGSLGCPVR | LTVGPVTLPS | ||||
| NFQKVLTCTG | APWPCRLLLP | SPPWDRWLQV | TAESLVGPLG | TVAFSAVAAL | ||||
| TACRPRSVTI | QPLLQSSQNQ | SFNASSGLLS | PSPDHQDLGR | SGRVDRSPFC | ||||
| LTNYPVTRED | MDVVSVHFQP | LDRVSVRVCS | DTPSVMRLRL | NTGMDSGGSL | ||||
| TISLRANKTE | MRNETVVVAC | VNAASPFLGF | NTSLNCTTAF | FQGYPLSLSA | ||||
| WSRRANLIIP | YPETDNWYLS | LQLMCPENAE | DCEQAVVHVE | TTLYLVPCLN | ||||
| DCGPYGQCLL | LRRHSYLYAS | CSCKAGWRGW | SCTDNSTAQT | VAQQRAATLL | ||||
| LTLSNLMFLA | PIAVSVRRFF | LVEASVYAYT | MFFSTFYHAC | DQPGEAVLCI | ||||
| LSYDTLQYCD | FLGSGAAIWV | TILCMARLKT | VLKYVLFLLG | TLVIAMSLQL | ||||
| DRRGMWNMLG | PCLFAFVIMA | SMWAYRCGHR | RQCYPTSWQR | WAFYLLPGVS | ||||
| MASVGIAIYT | SMMTSDNYYY | THSIWHILLA | GSAALLLPPP | DQPAEPWACS | ||||
| QKFPCHYQIC | KNDREELYAV | T |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Gen
[uredi | uredi izvor]Lokus
[uredi | uredi izvor]Ljudski gen TMEM8A nalazi se na hromozomu 16, u pojasu 16p13.3.[5]
Raspon ovog gena na hromosomu 16 proteže se od baznog para 420.773 do 437.113, što čini da ovaj gen ima 16.340 baznih parova. Ovaj gen nalazi se na minus lancu hromosoma.[7] Nema pozmatih izoformi.
Alijasi
[uredi | uredi izvor]TMEM8A je poznat i kao transmembranski protein 8A, transmembranski protein 6, petoslojni transmembranski protein M83, TMEM6, TMEM8, transmembranski protein 8 i M83.[8]
Homologija
[uredi | uredi izvor]Paralozi
[uredi | uredi izvor]- Postoje dva paraloga za TMEM8A pronađena kod ljudi, C9orf127 i TMEM8C. Oba nalaze se na hromosomu 9.[9]
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]- Prostor ortologa TMEM8A prilično je uzak, s većinom kod sisara, a posebno primata, uz samo nekoliko izuzetaka.
| Rod i vrsta[9] | Uobičajeno ime | Razred | Pristup | Postotak identiteta |
|---|---|---|---|---|
| Pan troglodytes | Čimpanza | Mammalia | XP_510709 | 99% |
| Pongo abelii | Orangutan | Mammalia | XP_002825960 | 97% |
| Macaca mulatta | Rezus majmun | Mammalia | XP_001118461 | 93% |
| Callithrix jacchus | Marmozet | Mammalia | ABZ80344 | 93% |
| Rattus norvegicus | Pacov | Mammalia | XP_001070176 | 43% |
| Bos taurus | Govedo | Mammalia | NP_001092377 | 69% |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | Mammalia | EFB17134 | 78% |
| Canis familiaris | Pad | Mammalia | XP_003639163 | 74% |
| Equus caballus | Konj | Mammalia | XP_001915452 | 78% |
| Felis catus | Mačka | Mammalia | XP_003999121 | 75% |
| Monodelphis domestica | Oposum | Mammalia | XP_001378110 | 44% |
| Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | Mammalia | XP_001512398 | 50% |
| Gallus gallus | Kokoš | Aves | XP_003643243 | 56% |
| Anolis carolinensis | Gušter | Reptilia | XP_003230229 | 53% |
| Xenopus tropicalis | Žaba | Amphibia | XP_002943473 | 43% |
| Takifugo rubripes | Pufer-riba | Actinopterygii | XP_003975883 | 44% |
| Danio rerio | Zebrica | Acrinoptergii | XP_00139040 | 44% |
| Strongylacentrotus putputatus | Moprski jež | Echinoidea | XP_795452 | 29% |
| Drosophila melanogaster | Vinska mušica | Insecta | NP_651350 | 36% |
Protein
[uredi | uredi izvor]Primarna sekvenca
[uredi | uredi izvor]Gen kodira protein koji se naziva i TMEM8A. Ovaj protein dug je 771 aminokiselinu, ali pokazalo se da ima peptidni signal od aminokiselina 1 do 34; zreli oblik proteina je dugačak samo 737 aminokiselina. Oblik prekursora s netaknutim peptidnim signalom ima molekulsku težinu od 84.780 kilodaltona, a zreli oblik s cijepanim signalnim peptidom ima molekulsku težinu od 81.624 kilodaltona.[10] TMEM8A has an isoelectric point of the mature form of pI=7.3.[11]
Domeni i motivi
[uredi | uredi izvor]TMEM8A je transmembranski protein sa pet transmembranskih domena, što ga čini jednim od samo tri proteina koji se nalaze u ljudskom tijelu s pet domena; druga dva su CD47 i AC133. Protein također sadrži EGF-slični domen, koji je sekvenca od oko trideset do četrdeset aminokiselinskih ostataka, u sekvenci epidermnog faktora rasta (EGF), za koju se pokazalo da je prisutna u više ili manje konzerviranom obliku u velikom broju drugih, uglavnom životinjskih, proteina. Funkcionalni značaj EGF domena u onome što se čini kao nepovezani proteini još nije jasan. Međutim, zajednička karakteristika je da se ova ponavljanja nalaze u vanćelijskim domenu membranski vezanih proteina ili u proteinima za koje se zna da se luče. EGF domen uključuje šest ostataka cisteina za koje je dokazano (u EGF-u) da su uključeni u disulfidne veze. Glavna struktura je dvolančani beta-list, praćen petljom do kratkog dvo-lančanog C-terminala. Poddomeni između konzerviranih cisteina variraju u dužini.[12]
- Pokazalo se da protein posttranslacijski prolazi glikozolaciju na aminokiselinama 144, 407 i 431. Postoje i tri disulfidne veze između aminokiselina 498 i 508, 502 i 521 i 523 i 532. Sve ove disulfidne veze su karakteristične za proteine s domenom sličnim EGF-u.
Sekundarna struktura
[uredi | uredi izvor]- Ekspresija
Utvrđeno je da se TMEM8A sveprisutno ispoljava u čitavom ljudskom tijelu; međutim, pokazalo se da je regulirano tokom CD4 + i CD8 + aktivacije T-ćelija.[13]
Varijante transkripta
[uredi | uredi izvor]Postoje tri prirodne varijante transkripta TMEM8A. Jedan se nalazi na aminokiselini 136, gdje se treonin zamenjuje alaninom. Druga je prisutna u aminokiselini 310, gdje se izoleucin zamjenjuje valinom, a jedna u aminokiselini 567, gdje se arginin zamjenjuje za triptofan. Nijedna od ovih varijanti ne rezultira promjenom ekspresije niti bilo kakvim gubitkom/dobitkom funkcije mutacija.[14]
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Lee et al. (2016) otkrili su da je PGAP6 uključen u obradu GPI-usidrenih proteina (GPI-AP), jer je prekomjerna ekspresija PGAP6 značajno smanjila količinu GPI-AP na površini CHO 3B2A ćelija. CRIPTO, ali ne i član njegove uže porodice CRYPTIC (CFC1), bio je vrlo osjetljiv na PGAP6. Površinska ekspresija CRIPTO-a bila je snažno smanjena, a lučenje CRIPTO-a pojačano, prekomjernom ekspresijom PGAP6, dok je destrukcija PGAP6 imala suprotne efekte. PGAP6 je imao GPI-specifičnu aktivnost fosfolipaze A2, a PGAP6 je obrađivao CRIPTO i oslobađao ga kao oblik koji nosi lizofosfatidilinozitol i koji je dalje cijepan fosfolipazom D (GPLD1). CRIPTO koji eksprimira PGAP6 funkcionirao je kao NODALni koreceptor i modulirao i cis i trans NODAL signalizaciju, a ekspresija PGAP6 također je smanjila aktivnost CRIPTO-a povezanu sa ćelijama. Korištenjem CRIPTO-CRYPTIC himernih proteina, Lee et al. (2020) pokazali su da je CFC domen CRIPTO, posebno regija C-terminala, odredio osjetljivost CRIPTO-a na PGAP6. N-terminalni domen PGAP6 specifično je djelovao s CFC domenom CRIPTO i razlikovo se od domene CRYPTIC za obradu. PGAP6 je pokazao usku specifičnost za ljudske GPI-AP, jer su samo CRIPTO, GPC3, prostazin (PRSS8), SPACA4 i kontaktin-1 (CNTN1) bili osjetljivi na PGAP6. Transfekcija PGAP6 u ćelijema CHO, oštećenih GPI transamidazom , koja veže GPI na proteine, pokazala je smanjeni nivo slobodnog GPI za 88%. Nalazi sugeriraju da PGAP6 pristupa GPI kada proteinski dio ne postoji i da proteinski dijelovi većine GPI-AP, uz nekoliko izuzetaka, sprečavaju pristup PGAP6 GPI dijelu.[15]
Životinjski model
[uredi | uredi izvor]Lee et al. (2016) otkrili su da su miševi s mutacijama u GPI biosintetskim genima Pign i Pgap1, koji imaju neispravnu Cripto signalizaciju i holoprosencefaliju, pokazali oštećenu sekreciju Cripto-ovisnog o Pgap6. Miševi Pgap6 –/– imali su nedostatke u ranom razvoju embriona, posebno u formiranju prednje-zadnje osi, što sugerira da je Pgap6 presudan za funkciju Cripto i regulira stvaranje prednje-stražnje osi u embrionima miša.[16][17]
Interaktivni proteini
[uredi | uredi izvor]Faktori transkripcije
[uredi | uredi izvor]Mnogo je predviđenih mjesta vezivanja faktora transkripcije u promotoru TMEM8A. Ispod je tabela najboljih mogućnosti koje imaju visoke vrijednosti pouzdanosti, evolucijsku konzerviranost i/ili više mogućih mjesta vezivanja u promotoru.
| Transkripcijski faktor | Start | Kraj | Lanac | Sekvenca |
|---|---|---|---|---|
| Insulimom-asocirani faktori | 1 | 13 | + | tggagGGGGtccg |
| Gen 1 plemorfnog adenoma | 3 | 25 | + | gaGGGGgtccgggtggcagtgcg |
| Hipermetiliran u kanceru 1 | 11 | 23 | – | cacTGCCacccgg |
| Cinkov prst sa KRAB i SCAN domenima 3 | 15 | 37 | – | gccatCCCCacccgcactgccac |
| Nedostajući homolog 1 ćelija glije | 18 | 32 | + | ccccaCCCGcactgc |
| Bazni krueppel-oliki faktor (KLF3) | 19 | 35 | + | cagtgcGGGTggggatg |
| Protein cinkovog prste Spalt-2, sal-liki 2, p150(sal2) | 23 | 33 | + | gcgggtGGGGatg |
| MYC-asocirani protein cinkovog prsta srodan transkripcijskom faktoru | 23 | 35 | + | gcgggtGGGGatg |
| Protein MZF1 mijeloidnog cinkovog prsta | 27 | 37 | + | gtGGGGatggc |
| Hipermetilirani u kanceru 1 | 29 | 41 | – | gacTGCCatcccc |
| Yin i Yangovo aktivacijsko mjesto 1 | 38 | 60 | – | gacactgCCATcgccactctgact |
| Y-boks vezujući protein 1, koji ima prednost za vezivanje ssDNK | 41 | 53 | + | cagagTGGCgatg |
| Nedostajući homolog 1 ćelija glije | 54 | 68 | – | cgccaCCCGcactgc |
| Supresor Wilmsovog tumora | 71 | 84 | + | ggcagtgTGGGtggcga |
| Transkripcijski faktor 2 / CBFA1 povezan sa runtom (faktor vezanja jedra, domen runta, alfa podjedinica 1) | 73 | 87 | + | cagtGTGGgtggcga |
| Član GLI3 GLI-Kruppelske porodice | 74 | 88 | – | atcgCCACccacact |
| Cinkov prst sa KRAB i SCAN domenima 3 | 87 | 103 | – | gccatCCCCacccgcactgccat |
Interakcije
[uredi | uredi izvor]
Dokazano je da TMEM8A komunicira sa sljedećim proteinima:
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024180 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q9HCN3". Pristupljeno 10. 7. 2021.
- ^ Martin J, Han C, Gordon LA, Terry A, Prabhakar S, She X, Xie G, Hellsten U, Chan YM, Altherr M, Couronne O, Aerts A, Bajorek E, Black S, Blumer H, Branscomb E, Brown NC, Bruno WJ, Buckingham JM, Callen DF, et al. (decembar 2004). "The sequence and analysis of duplication-rich human chromosome 16" (PDF). Nature. 432 (7020): 988–94. Bibcode:2004Natur.432..988M. doi:10.1038/nature03187. PMID 15616553. S2CID 4362044.
- ^ Dib C, Fauré S, Fizames C, Samson D, Drouot N, Vignal A, Millasseau P, Marc S, Hazan J, Seboun E, Lathrop M, Gyapay G, Morissette J, Weissenbach J (1996). "A comprehensive genetic map of the human genome based on 5,264 microsatellites". Nature. 380 (6570): 152–4. Bibcode:1996Natur.380..152D. doi:10.1038/380152a0. PMID 8600387. S2CID 28950185.
- ^ Daniels RJ, Peden JF, Lloyd C, Horsley SW, Clark K, Tufarelli C, Kearney L, Buckle VJ, Doggett NA, Flint J, Higgs DR (februar 2001). "Sequence, structure and pathology of the fully annotated terminal 2 Mb of the short arm of human chromosome 16". Hum. Mol. Genet. 10 (4): 339–52. doi:10.1093/hmg/10.4.339. PMID 11157797.
- ^ https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TMEM8A&ortholog=all#orthologs
- ^ a b Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (oktobar 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
- ^ "Tmem8 transmembrane protein 8 [Mus musculus (house mouse)] - Gene - NCBI".
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ Kansas GS, Saunders KB, Ley K, Zakrzewicz A, Gibson RM, Furie BC, Furie B, Tedder TF (februar 1994). "A role for the epidermal growth factor-like domain of P-selectin in ligand recognition and cell adhesion". J. Cell Biol. 124 (4): 609–18. doi:10.1083/jcb.124.4.609. PMC 2119911. PMID 7508943.
- ^ Motohashi T, Miyoshi S, Osawa M, Eyre HJ, Sutherland GR, Matsuda Y, Nakamura Y, Shibuya A, Iwama A, Nakauchi H (septembar 2000). "Molecular cloning and chromosomal mapping of a novel five-span transmembrane protein gene, M83". Biochem. Biophys. Res. Commun. 276 (1): 244–50. doi:10.1006/bbrc.2000.3409. hdl:2241/1570. PMID 11006113.
- ^ Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (januar 2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- ^ Lee, G.-H., Fujita, M., Nakanishi, H., Miyata, H., Ikawa, M., Maeda, Y., Murakami, Y., Kinoshita, T. PGAP6, a GPI-specific phospholipase A2, has narrow substrate specificity against GPI-anchored proteins. J. Biol. Chem. 295: 14501-14509, 2020. PubMed: 32816994
- ^ Lee, G.-H., Fujita, M., Takaoka, K., Murakami, Y., Fujihara, Y., Kanzawa, N., Murakami, K., Kajikawa, E., Takada, Y., Saito, K., Ikawa, M., Mamada, H., Maeda, Y., Kinoshita, T. A GPI processing phospholipase A2, PGAP6, modulates Nodal signaling in embryos by shedding CRIPTO. J. Cell Biol. 215: 705-718, 2016. PubMed: 27881714
- ^ Motohashi, T., Miyoshi, S., Osawa, M., Eyre, H. J., Sutherland, G. R., Matsuda, Y., Nakamura, Y., Shibuya, A., Iwama, A., Nakauchi, H. Molecular cloning and chromosomal mapping of a novel five-span transmembrane protein gene, M83. Biochem. Biophys. Res. Commun. 276: 244-250, 2000. PubMed: 11006113