熊本県で16日午前1時25分ごろに震度6強を観測する地震が発生したことを受け、気象庁は同日午前3時半から記者会見を開き、「今回の地震はマグニチュード(M)の大きさなどから見て、14日以降に熊本県などで発生してきた地震の本震だったと考えている」とする見解を示した。今後は、最大震度6弱程度の余震が1週間程度は起きる可能性があるとして注意を呼びかけている。
同庁によると、同日午前1時25分ごろに熊本県などで震度6強の地震が発生。Mは7・3だったと推定される。その後も1時44分ごろと同46分ごろにそれぞれ震度5弱(M5・3)、震度6弱(M6・0)を観測する地震が断続的に発生したほか、3時3分ごろに阿蘇地方で震度5強(M5・8)、3時55分ごろには震度6強(M5・8)を観測する地震が起きた。
気象庁の担当者は1時25分ごろに熊本地方で発生した地震と、3時3分ごろに阿蘇地方で発生した地震の関連について、「力が伝わって発生した可能性はあるが、震源域は別の場所であるため、余震ではなく別の地震だと考えられる」とした。