冷戦の時代。ネイキッド・スネーク―後の"BIGBOSS"は、科学者ソコロフの亡命を幇助すべく、ソ連へと向かう。
だが、スネークの恩師であり、特殊部隊の母と呼ばれる女性兵士"ザ・ボス"の裏切りにより、任務は失敗。
それを手引きしたソ連のヴォルギン大佐は、ザ・ボスが持参した小型核弾頭を発射してしまう。
スネークはザ・ボスの抹殺を命じられ再びソ連へ―。
絶えず変化する"時代（SCENE）"の中で、伝説の起点となる任務が決行される。

メタルギアサーガの起源となる、英雄"BIGBOSS"誕生をめぐる大巨編。

1964年、米ソによる全面核戦争の危機から世界を救ったネイキッド・スネークは真の英雄として“BIGBOSS”の称号をもって迎えられた。しかし、その授与式典を最後にスネークは姿を消した…。

それから10年後。南米・コロンビアにて独自の軍隊を組織していたスネークの前に現れたのは、“軍なき国家”コスタリカからの来訪者。キューバ危機以降、東西のパワーバランスの鍵を握る中南米にて、奇跡的に平和を保っていたコスタリカ。

その各地にて、謎の武装集団が不審な動きを見せているらしい。軍なき国家を守るため動き出したBIGBOSS率いる独自の軍隊。
それは、後にアウターヘブンと呼ばれることになる組織の前身だった―。

1995年、南アフリカ奥地に突如出現した武装要塞国家「アウターヘブン」。
そこで核搭載二足歩行戦車「メタルギア」が開発されていることを掴んだ米国特殊部隊“FOXHOUND”は新入隊員ソリッド・スネークを派遣した。
スネークは激闘の末「メタルギア」を破壊し、アウターヘブンを陥落する。
しかし脱出を図るスネークの前に“FOXHOUND”の総司令官BIGBOSSが立ち塞がった。

1999年、中東の小国ザンジバーランドに軍事政権をが樹立された。
核兵器の保有と共に、彼らは石油を精製する微生物OILIXを開発したキオ・マルフ博士を拉致する。
米国特殊部隊“FOXHOUND”の新司令官となったロイ・キャンベルは退役していたソリッド・スネークを呼び出し、マルフ博士の奪還を依頼。
BIGBOSSとスネーク、宿命に囚われた父と子の最後の戦いが始まる。

2005年、アラスカのシャドー・モセス島にある核兵器廃棄施設が、
特殊部隊“FOXHOUND”によって占拠された。
彼らの要求は伝説の兵士BIGBOSSの遺体。
「24時間以内に要求が受理されない場合は核を発射する」との通告に対し
政府は元“FOXHOUND”隊員であるソリッド・スネークを召集、単独潜入任務を依頼する。
彼はテロの首謀者"リキッド・スネーク"が自らに酷似していることに衝撃を受け、現地へと向かう。
それは同じBIGBOSSの遺伝子を継ぐ者同士による因縁の始まりとなった―。
遺伝子（GENE）と運命をテーマに、陰謀と裏切りが渦を巻く。

核搭載歩行戦車メタルギアが世界に普及した時代。
反メタルギアNGO"フィランソロピー"を結成したソリッド・スネークは謎の新型メタルギアを追うが、FOXHOUNDの元隊員オセロットの罠に落ち、タンカーとともにハドソン湾へと姿を消す。
2年後―。湾内に造られた原油処理施設ビッグ・シェルがテロリストに占拠され、テロの首謀者が死んだはずのソリッド・スネークを名乗る。人質となったアメリカ大統領を救出するために、政府は新生FOXHOUND部隊の新人"雷電"をビッグ・シェルへと派遣する。
MEME（文化的遺伝子）が根底に流れるテーマとなっている。

PMC（民間軍事請負企業）の台頭により、戦争がビジネスへと変貌し、経済活動の推進力となった近未来。
PMC大手5社を裏で束ねる男"リキッド・オセロット"は、戦火をさらに拡大し、"戦士が生の充足を得られる世界"を実現するため、蹶起を目論む。
その理想とはまさに、かつてあのBIGBOSSが目指した世界だった―。
"SENSE"をテーマに、BIGBOSSと同じ遺伝子を持つ男"ソリッド・スネーク"の最後の戦いが繰り広げられる。