SEO対策に無駄なコストをかけないためにも、無料で使えるツールたちは欠かせない存在です。その中でも使えるヤツに限定してまとめておきます。
SEO
サイト分析ツール
SEOチェキ！
URLからサイトの総合的な分析を行う。SEOチェック、Whois情報、順位チェック、HTTPヘッダ情報、ページランク偽装チェックなど。とても軽いのでかなりオススメ。
Website Explorer
インストール型のサイト分析ツール。ウェブサイトの構造を探査・解析し、情報を階層表示。リダイレクト、リンク切れ、404エラーなどの調査が可能。Web型リンク切れチェックツールとしては、リンクチェッカーが便利です。
SEO-Browser
サイト内のイメージやFlash、CSS、JavaScriptなどの視覚効果を排除し、検索エンジンの目線でサイト構造を分析。文字化けする場合はエンコードを指定（IEであれば、表示→エンコード→日本語自動選択でOK）
Open Site Explorer
リンク元ページやドメインの影響力を数値化して表示してくれるツール。どのような基準で数値を出しているのかは不明。ユーザー登録（無料）しないと1日に3回の制限有り。重い。Open Site Explorerについては、Webマーケティングブログさんが解説しています。「被リンク元ページの影響力を確認できるツール」
Image SEO Tool
ページ内のalt属性として記述されているテキストを抽出。文字コードがUTF-8でないサイトは文字化けするみたい。
Internet Archive
ドメイン（サイト）の過去の履歴が確認できる。中古ドメインを購入する際のドメインチェックとしても使える。
タコツボ
YahooとGoogleの簡易ペナルティチェック。全ての項目で1位と表示されない場合は、ペナルティを受けている可能性有り。※Yahooの検索エンジンがGoogleになりましたので不要です。
Fiddler
ブラウザとサーバの間の通信状態チェック。200、404などのHTTPステータス・コードの確認にどうぞ。Fiddlerについては「実はFiddlerがすごすぎたので、機能まとめ紹介」が参考になります。
キーワードツール
Googleキーワードツール
Googleのキーワード月間検索回数や関連キーワードを表示。数値には疑問の余地が残るが、マッチタイプを完全一致にすれば、それなりに信憑性の高い数値が確認できる。
フェレットプラス
Yahoo!のキーワード月間検索回数や関連キーワードを表示。数値の出所は不明。
MyCompetitor
Adwordsの平均クリック単価やクリック率を表示。どこ産か良く分からないがページ内に変な日本語多し。
キーワードツールについては、ウェブ力学さんがまとめ記事を書いています。「SEO/SEMのためのキーワードツール一覧×10」
アクセス解析ソフト
Google Analytics
アクセス解析はこれで決まり。データは2〜3h遅れ、後日数値が修正される場合もあり。訪問者のIPアドレスは取得できない。
リサーチアルチザン
Google Analytics以外で唯一おススメできるアクセス解析ツール。リアルタイム型。広告表示一切なし。Google Analyticsと同時に設置しても良いと思う。「リサーチアルチザンLiteを1つのデータベースで複数サイトに導入する方法」
Arest
Google Analyticsデータを元にレポートを作成してくれる。無料アカウントでは1サイト限定。Arestについては、リアルアクセス解析さんが解説しています。「GoogleAnalyticsデータから、分析レポートが作成出来る」
ランキングチェッカー（検索順位チェック）
フェレットRC
インストール型。キーワード無制限。300位まで。履歴機能、グラフあり。2011年1月現在最強。
トップサーチ1000
インストール型。キーワード無制限。1000位まで。履歴機能なし。
Ranking Checker
ウェブ型。1アカウント20キーワードまで。100位まで。履歴機能あり。重い。
順位チェック 300
ウェブ型。3キーワード同時に300位までチェック。履歴機能なし。
サイト管理者ツール
Googleウェブマスターツール
サイト認証、sitemap.xmlの登録。wwwありなしの設定。検索上位キーワードの確認。metaなどのサイト診断、被リンクチェックなど。SEOスパムに対する警告も行われる。
Bing Webmaster Center
Bingのサイト管理者向けツール。サイト認証、sitemap.xmlの登録。
sitemap.xml Editor
sitemap.xmlの作成サイト。携帯サイト用のモバイルサイトマップ（Google）にも対応。「Google、Yahoo、Bingサイト管理者ツールの使い方」
Web制作
HTML・CSSチェッカー
W3C HTMLチェッカー
W3Cが運営するHTML文法のチェックサイト。緑が合格で赤が不合格。
W3C CSSチェッカー
W3Cが運営するCSS文法のチェックサイト。
Another HTML-lint gateway（ミラー）
完全に正しいHTML文書を目指す人のためのチェックサイト。100点を取らなくてもW3Cの方で合格することは可能。
W3C mobileOK Checker
モバイルサイト用のHTMLチェッカー。
画像編集ソフト
PhotoScape
GIMP
画像加工ソフト。海外ソフトだが日本語対応。詳しくは、かちびとさんが解説しています。「フリーの画像加工ソフト・PhotoScapeの色々な使い方」、「GimpとInkscapeの説明が分かりやすいサイト」
その他の便利ツール
SlickPlan
サイトの構成図（サイトマップ）を作成するオンラインソフト。SlickPlanについてはWebマーケティングブログさんが解説しています。「サイトの構成図をサクッと作れるオンライン ソフト」
.htaccess Editor
URLの正規化、リダイレクト、アクセス制限などの設定を行う.htaccessファイルの作成支援。
@icon変換
ファビコン用の画像変換。「ファビコンの作り方と、表示されない時の原因と対処法」
ID Manager
IDとパスワードを一括管理するツール。
FindIcons
Iconfinder
Mr. Icons
ツールというわけではありませんが、フリーアイコンを検索できるサイトです。