シェルを2重起動禁止したい場合、シェル内で禁止処理を実装します。
psコマンドを使用します。
$0はシェル名で、そのシェルプロセスが起動されているかで判断しています。
以下例です。

#!/usr/bin/bash
if (( `ps -ef|grep $0|grep -v grep | wc -l` > 1 ));then
        echo "2重起動です"
        exit 1
fi