NGUIの3.x系ではZ位置を変えても描画順には影響がなくなり、
WidgetやPanelのDepthで制御するようになっています。

これの影響で同じUI Camera内でGUIより手前に配置したパーティクル等が、
GUIの裏側に描画されてしまいます。

NGUIではシェーダのRenderQueue3000+Depthの値が描画順になっているので、
マテリアルのRenderQueueをそれより大きな値にすれば任意のオブジェクトを手前に描画できます。

なので以下の様なスクリプトを手前に描画したいオブジェクトに付ければ、
NGUIよりも手前に描画されます。

参考：Material.renderQueue