小保方晴子のSTAP細胞論文の疑惑

まとめ：不適切なデータ処理・加工・流用、文章剽窃

2014-05-06T23:00:00.000+09:00

１）　データ改ざん・捏造
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature誌のArticle論文とLetter論文の多数の実験画像において不適切なデータ処理・加工（改竄）・流用が疑われています。特に、STAP細胞の多能性を示す図（Fig.2d, Fig.2e）が、STAP細胞とは無関係の小保方氏の博士論文からの流用であることが発覚し、共著者の山梨大の若山教授が論文撤回を呼びかけることとなりました。

２）　剽窃・不実記載
STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「１７行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、「古い実験機器・試薬までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」という疑惑も浮上しています。

３）　特許出願書類での画像流用
2012年4月の特許出願書類(STAP細胞関連）においても博士論文の画像からの不適切な流用が認められます。

４）　杜撰な実験・ES細胞混入疑惑
マウスの性別やstrainを統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。また、ES細胞がSTAP細胞とされているものに混入していたのではないかという疑惑も浮上しています。

５）　博士論文での不正
小保方晴子氏の博士論文の序章の"Background"のほとんどの文章や"References"の部分は剽窃（盗用）によるものです。さらに、実験画像の一部はバイオ系企業のホームページから盗用されたものであり、小保方氏は実験自体を行っておらずデータを捏造していたことが判明しています。また、この博士論文では多数の電気泳動画像の改竄・流用が認められ、同じ改竄データは、Tissue Eng Part A誌論文にも使用されています。

６）　利益相反事項の隠蔽
小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。

７）　不十分な理研の調査
参考→　理研が追加調査すべきSTAP論文疑惑まとめ

特定法人指定を目指して理研は調査項目を６項目だけに絞って早期解決を図ろうとしました。しかし、博士論文からのNature論文への悪質な画像流用（捏造）が暴露され最終調査報告により研究不正も認定されて観念するかと思われた小保方氏がまさかの逆切れ反撃。早期解決の目論見がはずれてしまった今となっては、理研は最早徹底的にNature論文の疑惑を調査して小保方氏の不正の証拠を積み上げるべきなのではないでしょうか。

８）共著者（小島宏司）の論文にもデータ流用
脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導者でした。

９）　ヴァカンティ教授の論文の画像にも盗用疑惑
小保方晴子氏の恩師であるヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文の画像５つにも盗用（剽窃）疑惑が浮上しています。借用元はSoftKey社の"BODYWORKS 5.0"の可能性。小保方氏の盗用癖はヴァカンティ直伝か？

１０）　早稲田大学の学位審査の欠陥
小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏や武岡真司氏の研究室の多数の博士論文において、コピペが認められます。
　当記事の公益目的：　理化学研究所の調査委員会によりSTAP細胞論文における捏造・改ざんの研究不正や他者著作物からの文章のコピペが認定された小保方晴子氏は早稲田大学理工学術院の先進理工学研究科で学位を取得した後、理化学研究所研究員として採用されていました。小保方晴子氏の早稲田大学のおける博士論文についても、冒頭２０ページ近くの文章がNIHのサイトからのコピペであること、各章のリファレンスまでもがコピペであり本文と全く対応しておらず本文中にはリファレンス番号が記載されていないこと、複数の実験画像がバイオ系企業サイトに掲載されている実験画像と類似していることなどの多数の問題点が判明しています。これらの当然気付かれるべき問題点は早稲田大学における博士論文の審査では見過ごされていました。よって、小保方氏のSTAP細胞論文における様々な問題は、小保方氏個人が責められるべきものではなく、早稲田大学の教育環境や学位審査システムの特質性にもその要因が在ります。STAP細胞論文自体の研究や、その研究結果の再現性確認実験には多額の公的研究費や研究者の貴重な時間が費やされました。公益目的の観点から、二度と同様の問題が起こらないように対策をとるためには、早稲田大学の教育環境や学位審査システムを精査する必要があります。その手がかりを得るために、当記事では読者の調査協力の下に、自主的に網羅的調査をしようとしない早稲田大学に代わり、第三者の観点から「他者の著作物からのコピペが博士論文を効率的に書くための一方法として早稲田大学で普及していたのかどうか。」を網羅的に検討することにします。また、コピペが博士論文などの著作物を効率的に執筆するための一方法として認められるのかどうか、推奨されるべきかどうかの問題は社会一般公共の利害に関することから、専ら公益目的の観点から早稲田大学の事例をもとに考えていきたいと思います。

他者著作物との類似性が見られた博士論文 （計２３報）：　
（コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例）

　常田聡 研究室：　小保方晴子、松本慎也、古川和寛、寺原猛、岸田直裕、副島孝一、寺田昭彦（ラボ内コピペ）　（計７名）
　西出宏之 研究室：　義原直、加藤文昭、高橋克行、伊部武史、田中学、小鹿健一郎（計６名）
　武岡真司 研究室：　藤枝俊宣、小幡洋輔、寺村裕治、岡村陽介（ラボ内コピペ）（計４名）

　逢坂哲彌 研究室：　奈良洋希、蜂巣琢磨、本川慎二（計３名）

　平田彰 研究室：　吉江幸子（ラボ内コピペ）、日比谷和明（ラボ内コピペ）（計２名）
　黒田一幸 研究室：　藤本泰弘（計１名）
(早稲田大学リポジトリ）　（その他の早稲田理工の研究室も網羅的に調査中）

適切な引用（コピペ）とは？：　文化庁は、以下の７項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。

ア既に公表されている著作物であること
イ「公正な慣行」に合致すること
ウ報道，批評，研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オカギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ引用を行う「必然性」があること
キ「出所の明示」が必要（コピー以外はその慣行があるとき）

(文化庁長官官房著作権課著作権テキスト平成２２年度版　PDFファイル　の　「§8. 著作物等の「例外的な無断利用」ができる場合 ⑧ ア、「引用」（第32条第1項」　より引用）

１１）　動物実験の倫理に関する疑義
PEACE (Put an End to Animal Cruelty and Exploitation)

STAP細胞の実験計画書について理研に質問書を送付

Ⅰ．承認された動物実験計画書が存在しない期間にSTAP細胞実験が行われていることについて

Ⅱ．理研の動物実験の機関管理について http://animals-peace.net/experiments/stap.html

STAP細胞論文に関する発生・再生科学総合研究センターの動物実験計画書についての質問書(2014年5月9日) http://animals-peace.net/animalexperiments/stap

参考記事：

小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、
若山教授インタビュー（2/27日付け）（by tomozouh)、若山教授インタビュー（3/11日付け、論文撤回提案について）
STAP細胞の非実在について＃1, #2, #3, #4, #5 (kahoの日記)
不自然なテラトーマ画像
ES細胞（接着細胞）を「浮遊細胞塊」（胚様体；EB）のようにして渡した？という議論
理研：STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について

2014年5月8日

不服申立ての審査結果
研究論文の疑義に関する調査委員会による調査結果に対する不服申立ての審査結果について（2014年5月8日）（写し）
不服申立てに関する審査の結果の報告（全文）（2014年5月9日修正※3）（写し）
理事長声明文

小保方晴子氏の不服申立書まとめ＆問題点

小保方氏が理研に提出した不服申立書のスキャン画像　（毎日新聞）
不服申立書の全文　上　（写し）（読売新聞）
不服申立書の全文　下　（写し）（読売新聞）
理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見(Ustream)

矛盾点１） 理研の最終報告書の７ページ目に、小保方氏らがNatureへ論文を初投稿した2012年4月の時点で既に博士論文のsphere細胞の in vitro分化免染画像３枚、テラトーマのH＆E画像３枚＋免染画像３枚が不正流用されていたとある。（この初投稿のものは、"細胞生物学の歴史を愚弄している"と批判されてRejectされた）

ちなみに、2013年3月10日に投稿され2014年1月29日に公開されたNature Article論文では、博士論文の in vitro分化免染画像1枚と、テラトーマの免染画像３枚だけが不正流用されており、理研により捏造と認定された.
つまり、Natureへの初投稿時には９枚の画像を博士論文から流用し、再投稿時にはそのうち４枚だけを選択し流用して、残り５枚は別の画像と入れ替えている（この点においても故意性が疑われる）。
さて、小保方氏は今回の不服申立にて、2012年6月9日に撮影した正しい画像が存在するから捏造ではないとした。しかし、2012年4月の初投稿時において既に９枚もの画像を博士論文から不正流用していたのであるから、この主張は認められない
ちなみに、前述のNature初投稿から再投稿にかけて、新しく入れ替えられた５枚の画像のうちのテラトーマH＆E画像は、綺麗すぎて（見事なほどに分化していて）不自然という指摘もある。つまり、綺麗にしようと入れ替えたが墓穴を掘った感じ。

矛盾点２） 小保方氏はNature Article論文での４枚の流用画像（テラトーマ画像３枚とin vitro分化画像１枚）は、2011年11月24日に作成したラボミーティング用パワーポイント資料から流用したとし、博士論文から流用したものではないと主張した。しかし、この主張にも矛盾点がある。
このパワポ資料の流用元画像が資料内でどのように説明されていたかは明らかにされていない。もし、2011年11月24日の流用元画像が脾臓由来STAP細胞として説明されていたならば、小保方らが2012年6月9日に正しい画像を撮影するまで、パワポ資料の流用元画像が捏造だったことになる。
一方、もし、2011年11月24日の流用元画像がパワポ資料内で骨髄由来のsphere細胞 (博士論文と同じ機械的ストレスによるもの)として説明されていたならば、その画像をNature Article論文へ弱酸誘導STAP細胞として取り違えミスで流用するという状況は考えにくく不自然である。

矛盾点３） 2012年4月のNature初投稿時（細胞生物学の歴史を愚弄しているとしてRejectされた）に、博士論文と同じ９枚の画像を別の実験画像として不正流用していた。その後、小保方は、2012年6月9日に正しい画像を撮影した。しかし、小保方は、2013年3月10日の再投稿時点においても画像を一部流用したままにしていた。
実際に、不正流用されたままとなっていた４枚の画像を訂正したのは、調査委員会立ち上げ後の2014年2月17-19日頃である。なぜ2012年6月9日に正しい画像を撮影したのに2014年2月まで不適切な流用状態を放置していたのかについての合理的理由が、申立書内では説明されていない。

矛盾点４） 小保方氏は、不適切に博士論文から流用された画像を訂正（差し替え）するために、弱酸誘導STAP細胞のin vitro分化細胞の画像を2014年2月19日に撮影し直したと説明し、理研の修正前の中間報告書や最終報告書にその画像らしきものが掲載されていた。しかし、この差替用の画像と類似した画像が2012年4月の特許出願書類に掲載されており、小保方らの説明と齟齬があり、差替用の画像のタイムスタンプが改ざんされている可能性なども考えられる。

そもそも小保方氏の説明・提供する画像・データ等が、実験ノートや実験の生データなどによって裏付けされた確かな証拠であるか否かが申立書では言及されておらず、信憑性に疑問がある。

2014年4月１8日
理化学研究所笹井芳樹副センター長記者会見
会見資料
会見動画　USTREAM, FNNnewsCH:１、２、３、４、５

笹井芳樹氏の会見の問題点まとめ

2014年4月8日

「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見

動画1/3 https://www.youtube.com/watch?v=hYLzHG87yU4

動画2/3 https://www.youtube.com/watch?v=kJyXSJ03-og

動画3/3 https://www.youtube.com/watch?v=83LKlS8h8vI

2014年4月4日
研究不正再発防止改革推進本部の設置について（写し）

2014年4月1日

研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告について（その2）（写し）　（その１）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（全文）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月4日修正）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月1日オリジナル版）（写し：2014年4月1日）

修正版では、「１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違え」のところの写真（「2014年2月20日、正しいデータ（脾臓血液細胞を用いた）に差し替えたい　テラトーマに関しては2012年7月に得られたデータもあるが、 HE染色と同じテラトーマを用いてデータを取り直した」の文章の右の画像）が消されています。この画像の一つ（in vitro分化の画像）は、特許に掲載されていた画像と同一でした。

野依良治理事長声明文（写し）
　　竹市雅俊センター長声明文（写し）
　　研究不正再発防止について（写し）
　　STAP現象の検証の実施について（写し）
　　小保方晴子研究ユニットリーダーコメント（写し）
　　若山照彦山梨大学教授コメント/理研客員主管研究員コメント（写し）
　　笹井芳樹副センター長コメント（写し）
　　丹羽仁史プロジェクトリーダーコメント（写し）

2014年4月1日：「会見動画　4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～前編
2014年4月1日：「会見動画　4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～後編

理研の調査報告まとめ＆問題点
笹井芳樹氏は、STAP細胞のNature論文に不正流用されていた小保方氏の博士論文のテラトーマ画像が、実験条件の全く異なるものだと把握していたはずである。これほどの重要なことを、調査委員会に報告し忘れるという不手際が起こりうるだろうか？不正流用を小保方氏と結託して隠匿したのでは？

2014年3月14日

研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査中間報告について（写し）

野依良治理事長コメント（写し）
　竹市雅俊センター長コメント（写し）
　著者コメント（写し）
　調査委員会調査中間報告書（全文）（写し）
　調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年4月4日修正版）（写し）

　調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月31日修正版）（写し）

　調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月14日未修正版）（写し）

　修正版では、１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違えのところの写真（「正しいデータ（脾臓血液細胞を用いた）に差し替えたい」の右の画像）が消されています。この画像の一つは、特許に掲載されていた画像と同一でした。

また、電気泳動ゲル画像の一部も消されています。削除された電気泳動ゲル画像の一部には、改竄と最終調査報告で認定された件とは別に、新たな改竄疑惑が浮上していました。

2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告発表動画：その１、その２、その３、その４、その５、その６、その７
FNNニュース動画：
2014年3月14日：「STAP細胞」論文理研が中間報告会見小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日：「STAP細胞」論文理研、重大な過誤があったとする中間報告

STAP細胞の特許出願書類における不正疑惑（画像流用疑惑）
PDFファイル：　2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
Document details: Country/Office: US, Number: 61/637,631, Filing date: 24 April 2012 (24.04.2012)
（この特許出願書類は、STAP細胞の特許（WO2013163296: GENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVO）に関するWIPOのサイトのDocumentのタブのページに掲載されている。）

小保方晴子氏の博士論文のChapter 3 (Fig.11とFig.14を含む）

不適切な画像流用１

(2014年4月8日に既に不適切な画像流用が発覚していたようです　追記：2014年4月11日）

小保方晴子氏の博士論文(2011年2月）のFig.11の骨髄sphere（機械的ストレス誘導）由来のin vitro分化画像と、2012年4月の特許出願書類のACCs(弱酸刺激誘導細胞）由来のin vitro分化画像(Fig.9A上段)が、同一で、不適切な流用です。

Animal Callus Cells (ACCs)のcallus は、”《植物》カルス、癒傷組織”　にネーミングを由来しているようです（[00127]や[00132] にplant callus について言及してあります）。Fig.7cには色々な臓器由来なACCsが示されてあります。つまり、ACCsはSTAPの別名と考えればよさそうです。
また、[00137]　には下記ののようにACCs のネーミングの由来が記載されています。

[00137] Stress treated CD45 positive cells were cultured in B27-LIF medium, and within 5 days, GFP expressing spherical colonies were observed while no GFP expressing colonies were observed in the untreated control (Figure 1A). Sphereical colonies grew to approximately 70μm in diameter over the first 7 days, and spherical colonies could be maintained for another 7 days in that culture condition. The configuration of the colonies was slightly baroque, appearing more similar in shape to the callus seen in botany, rather than spheres. A cell colony generated by stress treatment was therefore referred to as an Animal Callus (AC). Cultured cells were dissociated and population analysis was then performed using FACS. The analysis revealed that the application of certain significant stimuli resulted in the generation of stress altered cells, now referred to as Animal Callus Cells (ACCs), that did not previously exist in the CD45 positive cell populations (Figure 1B). ・・・　（略）

特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中において、下記のように説明されています。Fig.9(A)に用いられたACCsは、[00142]において、CD45 positive lymphocytes 由来と記載されています（CD45 positive lymphocytesがどの臓器由来かについては何も記載はないようです）。

[0030] Figures 9A-9E depict differentiaion of ACCs. Figure 9A depicts an in vitro differentiation assay. ACCs were sorted and plated into differentiation medium. ACCs differentiated into cells from three germ layers, and expressed ectoderm specific marker βIII tubulin and GFAP, mesenchymal marker, α-smooth muscle actin, and endoderm marker, α-fetoprotein and cytokeratin 7. （以下略）

[00142] To assess the stemness of ACCs, their self-renewal potency and their differentiation potency were examined. To study their self-renewal potency, ACCs colonies derived from previously mature CD45 positive lymphocytes were dissociated into single cells, and plated into 96 well plates, with one cell per well in an effort to generate clonally derived populations. Ten days after plating, spherical colonies were seen in 12-16h and others divided in 30-34h. ACCs were passaged at least 5 times, with continued expression of Oct4 observed. Consequently, ACCs demonstrated a potential for self-renewal, and the potential to differentiate into cells from all three germ layers in vitro.

[00143] ACs derived from mature GOF lymphocytes were again dissociated into single cells, sorted to contain only a population of cells that expressed GFP and then cultured in differentiation media. At 14-21 days after plating, cells expressed the ectoderm marker, βIII-tubulin and GFAP, the mesoderm marker, α-smooth muscle actin, and the endoderm marker, αfetoprotein and Cytokeratin 7 (Figure 9A). Thus, ACCs differentiated into cells representative of the three germ layers in vitro.00135

また、[00135]には、"Consequently, exposure to low pH was focused upon as the stress treatment of choice for the remainder of the study." という文章があることから、Fig.9(A)に用いられたACCsは、弱酸刺激(low pH)で誘導されたものであると考えれます。

不適切な画像流用２

(2014年3月20日に不適切な画像流用が発覚）

特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中の[00148] において、下記のように説明されています。

[00148] Developmental potential of ACCs. Finally, it was assesed whether ACCs possessed a developmental potential similar to that of plant callus cells. As an initial test for developmental potency, ACCs implanted subcutaneously in immunodeficienct (SCID) mice were studied. Six wees after transplantation, ACCs generated tissues representing all three germ layers (Figure 9B)

小保方晴子氏の博士論文Fig.14からNature誌の論文に不適切に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不適切に流用されていたことが発覚

　Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。

　Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。

疑惑論文１：　Nature Article

論文タイトル：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"

Nature 505, 641–647 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12968
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html

疑惑画像１： 小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。

https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442525724252323840

https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442539625127505920

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その１

小保方、笹井氏らが提出した差し替え予定画像のタイムスタンプに改ざん・捏造の可能性？石井調査委員長の発言では、差し替え画像のタイムスタンプは「論文投稿（2013年3月10日）の数ヶ月前」しかし、差し替え画像の一つが2012年4月の特許出願書類に含まれていることが発覚。

差し替え予定画像の一つ

→http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdfの p15下段のα-SMA画像 2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.)) 　

→　http://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO2013163296　の図9A下段中央

小保方、笹井氏らが提出した差し替え用画像のタイムスタンプ改ざん疑惑の説明図

調査委員会に虚偽証言の可能性？

　小保方晴子氏の博士論文からNature誌の論文に不正に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不正に流用されていたことが発覚

　Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。

　Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その２

小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望　著者氏のブログ記事　”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて”の（２－５）の指摘を参照しましょう。

1) STAP細胞のNature Article論文のPDFをダウンロードする
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf

2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。

3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。

4) 解説画像↓

5) 比較GIF

記者
「Natureに載った画像を調べると博士論文内の文字が浮き出てくる。
これは元の生データを間違えて引っ張ったのではなく、明らかに博士論文を認識して再加工したという証拠ではないですか？」

石井委員長「目下、調査中というです。ご理解ください。」

疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442569716453105664

疑惑画像３： Figure1のi のレーン３と、レーン２，４の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。

Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。

以下、規定の一部を抜粋。

Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.

さらに、下記のような疑惑も上がっています。

254 ：クロ：2014/02/23(日) 19:15:38.10
>>228免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
ＴＣＲのDNA解析でレーン３のＧＬにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのＤＮＡが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなＰＣＲはない。
ＰＣＲを経験した人なら、増えるべきＤＮＡに500bpと2.5kBの２本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。
おれも最初は長いＤＮＡ断片がＰＣＲで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。
ここでＪＥＭ論文中の例（ＧＬバンドが弱いケース）を示す人がいるが
そのＪＥＭ論文でもTCRbeta D-JはＧＬのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので（ゲノム上10kb以上は離れており）、
さすがにＧＬ型のところにno bandだが。
著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のＴ細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、ＴＣＲbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
ＧＬ型の配列をもつはず（よってＪＥＭ論文のようにＧＬにバンドが出るはず）。それを知らずに馬脚を現した。
517 ：PCR：2014/02/23(日) 20:30:00.81
PCRをしたことがある人に質問だが、2.2kBと500bの断片が増幅する
（しかも長いほうがやや多く含まれている）系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのＰＣＲはうまくいっていると思おうか？
ましてやそれをNatureの図に使うか？しかもレーンの切り貼りをしてまで？
>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型（つまりＴＣＲ再編成前の）ゲノムＤＮＡでは2kBちょっとしか離れていない。
それがＰＣＲで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとＪ間でのＰＣＲなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン３以外ではしっかり増えてる。

疑惑画像４： 図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。

疑惑動画：

STAP細胞の動画（Fis-dur日記帳）にて、Nature Article誌論文に掲載されているＳＴＡＰ細胞の動画２は、「細胞が、酸に暴露され、細胞質を噴出して、死細胞と化し、緑の自家蛍光を発し、マクロファージに食べられ引きずり回される動画」ではないのか？という指摘がなされています。

また、理研提供の動画（Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内の動画）の10-11 秒　辺りで、細胞質噴出が確認できます。

この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。

https://pubpeer.com/publications/8B755710BADFE6FB0A848A44B70F7D

疑惑論文２：　Nature Letter
論文タイトル：　"Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"

Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969

著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Mitsutaka Kadota　（門田満隆）, Munazah Andrabi, Nozomu Takata　（高田望）, Mikiko Tokoro, Yukari Terashita　（寺下愉加里）, Shigenobu Yonemura　（米村重信）, Charles A Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）,

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html

小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。

疑惑画像５： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。

↓　Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。

朝日新聞の記事→　共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。　加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）

疑惑画像６： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。

疑惑画像７：

Extended Data Fig 5gは、実験初心者が陥りやすい間違いを犯しています。

蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。

FACSの基本中の基本です。

ぼやきの吉村（TCR再構成(2)）：　"また2報目のExtendedFig.5gのFACSは初心者の学生がやらかしがちな技術的な誤りがあるので注意を喚起しておきたい。単純なことなのでわからないかたはBDなどのメーカーに聞いて下さい。いずれも”酸処理で万能細胞が出来る”という論文の本質には関係ない些細なことかもしれないが、免疫の実験系を勉強してもらうにはよい機会ではないかと思う。"

Contributions

H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.

なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、

Mikiko Tokoro（野老美紀子）氏と、Yukari Terashita（寺下愉加里）氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。

この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。

https://pubpeer.com/publications/24476891

疑惑論文３：　Tissue Eng Part A　
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）

論文タイトル：　 "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"

著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Koji Kojima　（小島宏司）, Karen Westerman, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Teruo Okano　（岡野光夫）, Satoshi Tsuneda　（常田聡）, Charles A Vacant　（チャールズ・ヴァカンティ）, Tissue Eng Part A, 17 (2011)

http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/ten.TEA.2010.0385?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed&
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20883115

Tissue Eng論文（学位業績）は、類似画像の多さからみて、うっかりミスによる貼り間違えなどという弁明は厳しいでしょう。これほどの多数の類似画像は、データ流用の故意性もしくは著者らのデータ管理の杜撰さ、研究内容の信頼性の低さを示唆しています。
東大医の小室氏（元千葉大医）らのように生データを紛失したとして真相をうやむやにし、プロトコルまで変えて再実験し、大量訂正するという逃れ方もできますが、いずにしろ、データ管理が不十分であると、誰も信用しなくなるでしょう。

なお、小保方晴子氏の学位取得に重要であった"Tissue Eng Part A"の論文のデータ流用疑惑については、この研究に科学研究費が使用されているようなので、文部科学省（日本学術振興会）や早稲田大学へ、制度に度づいて、調査を要求することができます。
　→　http://kaken.nii.ac.jp/d/p/08J05089/2010/3/ja.en.html　
（再生医療本格化の為の上皮細胞を中心とした新規組織工学技術の開発 Research Project Number:08J05089）

類似画像８：
Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。

類似画像９：

Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。

類似画像１０：　Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。

追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。

類似画像１１：　
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓　Tissue Eng Part A誌論文のFig.1

↓　博士論文のFig.6

この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/20883115

疑惑論文４：　Nature Protocol　

論文タイトル：　"Reproducible subcutaneous transplantation of cell sheets into recipient mice"

著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Masayuki Yamato,　（大和雅之）, Satoshi Tsuneda, Teruo Okano　（岡野光夫）, Nat Protoc, 6 (2011)

http://www.nature.com/nprot/journal/v6/n7/full/nprot.2011.356.html

小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、（株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした（株式会社セルシード（E24158）の有価証券報告書（S0008294）によると東京女子医大の岡野光夫教授は2010年12月31日の時点で、当社株式138,000株と新株予約権1,010個を所有している）。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。
　詳細は、利益相反事項の未記載問題を参照してください。

この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/21720318

小保方晴子の博士論文の問題ついて

早稲田大学大学院先進理工学研究科博士論文概要
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した万能性体性幹細胞の探索）

小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒　表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae

博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、常田聡　早稲田大学教授　武岡真司　早稲田大学教授　大和雅之　東京女子医科大学教授　 Charles A. Vacanti　（チャールズ・A・ヴァカンティ）　ハーバード大学教授の４人です。

問題1 （博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文：

"Background"のPdfファイル（表紙、目次含む） http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf "Background"の文章のほとんどが http://ＮＩＨの下記サイト（Stem Cell Basics）からの剽窃（盗用）です。 http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx

difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》による比較： http://altair.dbcls.jp/difff/dev/obokata_copypaste.html

青くハイライトされていない部分が剽窃箇所。

最後のイントロ1.5節は自力で書いたように見える（青くハイライトされている）が、これも剽窃（盗用）です。1.5節の第2段落の上記NIHサイトからの剽窃で（文書の順番が変わっているだけ）、1.5節の第2段落は下記文献からの剽窃です。

http://www.docstoc.com/docs/129229958/Paul-her-is-a-little-story-that-mite-interest-you-its-how-cell

さらに、Figure 1も、NIHサイト（Appendix A: Early Development）の

下記の小保方氏の博士論文のFigure 1　を　NIHサイトの元画像と比較してください。

↓

↓　小保方晴子氏の博士論文のFig2は、幹細胞研究会のホームページに掲載の図を切り貼りして作製したものです。（写し）

問題2 （博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。

PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）

↓　

http://stapcells.up.seesaa.net/image/References.pdf

（第３章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている）

剽窃（盗用）元の論文

↓
「2章」

1 ～ 23 は

http://dx.doi.org/doi:10.1089/ten.tea.2010.0385 　(学位論文の構成要素)

っぽい? (要検証)

24 ～は

http://link.springer.com/article/10.1007/s12015-010-9143-4

「3章」

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21176409

http://docserver.ingentaconnect.com/deliver/connect/cog/09636897/v20n6/s9.html?expires=1394555027&id=77480072&titleid=5476&accname=Guest+User&checksum=ECE03F7B15456AB90C1B008E23F8803B

「4章」

1 ～ 49 は

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2888917/　の10から

50 ～ 52 は

http://dx.doi.org/doi:10.1089/ten.tea.2010.0385 　(学位論文の構成要素)の31から33

「5章」

http://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-60761-974-1_3

問題3 （博士論文）：

小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、

コスモ・バイオ株式会社のホームページに掲載の画像から盗用されたものです。
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1394645669/426

さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、

ZenBioのホームページに掲載されている画像（Human skeletal myocytes in culture）から盗用されたものです。（写し）
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1394645669/87

論文本文中やレジェンド（小保方博士論文 pp.49-50, p.53）では、

3.3Results 3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro When representative bone marrow derived spheres were dissociated into single cells and exposed to three different differentiation media, the cells differentiated to express specific genes of the three lineages, Map2 (ectoderm), MyoD (mesoderm) and alpha-fetoprotein (AFP, endoderm) (Fig. 10).

Figure 10 in vitro differentiation of bone marrow spheres After 6 weeks of culture, cells change their figurations into those of cells representative of three germ layers.

と記載されており、 Figure 10の画像は、小保方氏自身が実験を行って得られた実験画像であるとしています。よって、これは、実験画像の盗用だけでなく、実験データの捏造の研究不正にもあたります。

調査中

Fig.10のEctodermのNeuronの画像の出所を調査中です。

問題4 （博士論文）：
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）

問題5 （博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文概要の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が、上がっています（下記参照）。

小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。

特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は費用がかかるので、まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。

国際特許の検索

英語

http://patentscope.wipo.int/search/en/search.jsf

日本語

http://patentscope.wipo.int/search/ja/search.jsf

同様に、小保方晴子氏の博士論文のCurriculum Vitae（履歴書）の項目にも、存在が確認できない特許 (Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells) が記載されています。

問題6　（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。旧　博士論文審査報告書→http://www.peeep.us/044e5d22

新（訂正後）　博士論文審査報告書→http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/36341/5/Shinsa-5627.pdf （写し）

問題7（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig.8とFig.16の電気泳動画像に、上下反転などの不適切な改竄が認められ、さらに、不適切な流用が多岐にわたることから、不注意ミスではなく故意による捏造が疑われています。

↓　Fig.8（博士論文）

↓　Fig.16（博士論文）

なお、この博士論文のFig.8やFig.16は、それぞれ、下記のTissue Eng Part A誌の論文（疑惑論文３）のFig.2とFig.3として、使用されています。

このTissue Eng Part Aの論文は、小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書にも記載されています。

疑惑論文３：　Tissue Eng Part A　
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）

論文タイトル：　 "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"

著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Koji Kojima　（小島宏司）, Karen Westerman, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Teruo Okano　（岡野光夫）, Satoshi Tsuneda　（常田聡）, Charles A Vacant　（チャールズ・バカンティ）, Tissue Eng Part A, 17 (2011)

http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/ten.TEA.2010.0385?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed&
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20883115

類似画像４：
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。

類似画像５：

Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7

類似画像６：　Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7

問題8（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓　博士論文のFig.6

↓　Tissue Eng Part A誌論文のFig.1

問題9（博士論文）：

博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。

さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます

↓　博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像

↓　博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像

↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6

問題10（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig17のspinal由来、muscle由来、lung由来の３画像が、それぞれ、T&E誌論文のFig5では、myo由来(C)、pneumo由来(B)、spinal由来(A)　として間違って使用されている

（博論:spinal→TE:myo, 博論:muscke→TE:pneumo, 博論:lung→TE:spinal)

↓　博士論文のFig.17

↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5

↓　小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5のレジェンド

FIG. 5. Differentiation assay of spheres derived from different adult tissue types into cells representative of the three germ layers. Differentiation assay from spinal spheres (A) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4- expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from pneumospheres (B) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulinexpressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albuminexpressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from myospheres (C) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi) cells, and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desminexpressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Nuclei were stained with 40,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bars: 50mm.

問題11（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像に流用されています。

問題12（博士論文）：

小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。

調査中

Fig.3

本文中におけるFig.3に関する文章：

2. ISOLATION OF SMALL　CELLS

2.1 Introduction

2.1.1 Stem cells and small cells

Generally speaking, stem cells are small. The ratio of cytoplasm and nuclear is one

of remarkable indexes of stem cells. However, the isolation method of only small

cells is yet established.

2.1.2 Stem cells and sphere formation

Sphere formation is recognized as one of the results of stem cell property since stem

cell is recognized that they have strong proliferative potential and self-renewal

potency. Recently, many reports demonstrated that various adult tissues

contained sphere forming cells. Cells derived from many adult tissues, including

retina, brain, cornea, olfactory neuroepithelium, pancreas, skin, muscle and bone

marrow have been propagated as non-adherent clusters or spheres, as have

embryonic stem cells. Cells contained within the spheres described in those reports,

exhibit neural lineage markers and appear to possess varying degrees of stem cell

potency. We believe that adult stem cells described in various reports represent the

same adult stem cells at different stages of development, expressing different

degrees of potency. Sphere forming cells are much more immature than previously

expected. We hypothesized that adult stem cells procured from any tissue,

endoderm, mesoderm or ectoderm, could demonstrate a wide multipotency and

cross germ layers when maintained in appropriate environments.

Therefore, we first investigated how to isolate small cells. And then we examined if

they had sphere forming potency in the serum-free condition.

2.2 Experimental

2.2.1 Isolation of small cells

Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to

4-week-old C57BL/6J mice as described below. Bone marrow was acquired by

flushing femur and tibia with culture media using an insulin syringe. Cells

were plated at 1x10^ cells/cm" in F12/DMEM (1:1, v/v) supplemented with 2% B27,

20ng/ml bFGF and lOng/ml EGF

To isolate small cells from murin bone marrow, the following three types of methods

were examined.

A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less
than 8 micro meters in diameter cells were isolated.
B. Optimistic pressure
Bone marrow cells were exposed to low optimistic pressure
liquid to destroy mature cells.
C. Trituration using thin-glass pipette
Standard glass pipettes were burned and stretched out to
make thin tips. Mature cells were passed through thin glass
pipettes many times and destroyed by mechanical stress.
Obtained small cells were cultured in serum free medium, and appeared spheres
were counted as a number of stem cells.

2.2.2 Characterization of small cells

Immunohistochemistry. Protein expression was assessed using

immunohistochemical techniques as described below. Each slide was incubated with

anti-c-kit rat monoclonal antibody, anti-Sca-1 rat monoclonal antibody or

anti-E-cadherin rat monoclonal antibody. After washing with PBS, the cells were

incubated with goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated antibodies and goat anti-rat

IgG Fluorescein-conjugated antibodies. SSEA-1 and Alkaline phosphatase (AP)

staining was performed using the ES cell detection Kit

Single sphere RT-PCR. Single spheres were individually collected under the

microscope. Total RNA was extracted from each single sphere, and then subjected to

oligo-dT-primed reverse transcription (RT). RT-PCR was performed using TaqDNA

polymerase on an iCycler for 35 cycles.

2.3 Results

2.3.1 Sphere forming from isolated cells

Trituration and optimistic pressure produced spheres. Whereas, cell sorter did not

produced any spheres. Trituration produced most number of spheres. Therefore, we

utilized trituration as the isolation method of small cells.

2.3.2 Effect of trituration

After the trituration, the population of small cells was increased comparing to

native bone marrow cells (Fig. 3A and B). However not all of cells over 8 micro

meters in diameter disappeared. Triturated cells formed spheres during culture.

Interestingly, spheres were consisted of only small cells (Fig. 3C). Thus, it was

demonstrated that trituration enabled to culture and grow only small cells.

調査中

Fig.12

↓　Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。

Figure 12 Mesenchymal lineage differentiation.
Dissociated spheres were plated into serum-containing medium and cultured for
14*21 days. Plated cells differentiated into mesenchymal lineage cells even plated
cells were from spheres derived from endoderm or ectoderm tissues.
Marrow spheres differentiated into condrocytes (A), adipocytes (B) and osteocytes
(C). Pnemospheres differentiated into condrocytes (D), adipocytes (E) and osteocytes
(F). Spinalspheres differentiated into condrocytes (G) and adipocytes (H).

利益相反事項の未記載問題

利益相反問題１

　小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、（株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。

　ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項（論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など）は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定（Nature journals' competing financial interests policy）で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。

↓　Nature Protocolの論文より引用

Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.

以下の３項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反（Competing financial interests）"として定義された具体的項目です。

1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.

（日本語訳）
１）　研究資金：　論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織（団体）からの研究補助（給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費）
２）　雇用：　論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近（研究プロジェクトに従事している間）、現在、あるいは将来的に雇用されること
３）　個人的な金銭的利益：　論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。

利益相反問題２

2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.

Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.

Pirraco RP1, Obokata H　（小保方晴子）, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M　（大和雅之）, Reis RL, Okano T　（岡野光夫）.

1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.

東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。

なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。

利益相反問題３

　小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
　問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。
　しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文（疑惑論文２）において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
　

↓　Nature Articleの論文より引用

Competing financial interests

The authors declare no competing financial interests.

他研究者の論文からの文章拝借疑惑

疑惑論文１：　Nature Article　や特許における文章剽窃（盗用）疑惑　１件目

小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。

Guo Jianliらの論文との比較

赤く太文字でハイライトされている部分が同一

小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"

Karyotype analysis

Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described⁴¹. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.

Guo Jらの論文：　Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.

In Vitro Cell Dev Biol Anim. 2005 Sep-Oct;41(8-9):278-83.
Guo J1, Jauch A, Heidi HG, Schoell B, Erz D, Schrank M, Janssen JW.
1Institute of Human Genetics, University of Heidelberg, D-69120 Heidelberg, Germany.

Materials and Methods

Chromosome preparation

Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO₂. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.

Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.

なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA)　と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。

上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？

このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。また、Sensys カメラのウェブサイトには、「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。

(フォトメトリクスのパンフレットによると、このSensys CCD カメラは専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30～200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)

小保方ら論文著者はKC1などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis（核型分析）の実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。

なお、Guo Jianli氏らの原論文では「DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, B ensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). 」と書いてあったのを、小保方氏らの論文ではわざわざメーカーの所在地や国名を削除して書き換えています。もし、実際はもっと新しい機種や他のメーカーの機種を使っていたのなら、わざわざ実際使ったのとは違う機種の名前を残しつつ国名だけ消すのではなく、実際に使用している機種に合わせて記述を直すはずです。（執筆者ではなくてコピーエディターが書き換えた可能性も否定できませんが）。

小保方氏らの特許：　さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（原文ＰＤＦ）中の下記文章の一部においても拝借されています。特許においても、KC1という誤記が見られます。さらに、Guo論文における"imaging"が、特許においては"hanging"という文脈上間違った単語に変換されています。

[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.

Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）との比較

青く太文字でハイライトされている部分が同一　

小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"

Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described⁴¹. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.

Jonathan Landryの博士論文（Dissertation by Jonathan Landry）：

(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)

The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.

Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012

3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)

Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.

さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。

2003;103(1-2):84-8.

Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.

Jentsch I1, Geigl J, Klein CA, Speicher MR.

Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.

（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）

Materials and methods

Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.

Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.

Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.

Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.

Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).

疑惑論文１：　Nature Article　における文章剽窃（盗用）疑惑　２件目

小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。

Robert Blellochらの論文との比較

赤く太文字で強調されている部分が同一

小保方氏らのNature Article論文：　"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"

Nature 505, 641–647 (30 January 2014)
著者：　Haruko Obokata　（小保方晴子）, Teruhiko Wakayama　（若山照彦）, Yoshiki Sasai　（笹井芳樹）, Koji Kojima　（小島宏司）, Martin P. Vacanti　（マーティン・バカンティ）, Hitoshi Niwa　（丹羽仁史）, Masayuki Yamato　（大和雅之）, Charles A. Vacanti　（チャールズ・ヴァカンティ）

Bisulphite sequencing
GFP-positive cells in STAP clusters were collected by FACS Aria. Genomic DNA was extracted from STAP cells and analysed. Bisulphite treatment of DNA was performed using the CpGenome DNA modification kit (Chemicon, http://www.chemicon.com), following the manufacturer’s instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested PCR using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, 5′-GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT-3′; F2, 5′-ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA-3′; R, 5′-CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC-3′). And Nanog (F1, 5′-GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT-3′; F2, 5′-AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT-3′; R, 5′-CCCACACTCATATCAATATAATAAC-3′). PCR was done using TaKaKa Ex Taq Hot Start Version (RR030A). DNA sequencing was performed using a M13 primer at the Genome Resource and Analysis Unit, RIKEN CDB.

Robert Blellochらの論文：　Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.

Stem Cells. 2006 Sep;24(9):2007-13. Epub 2006 May 18.
Blelloch R1, Wang Z, Meissner A, Pollard S, Smith A, Jaenisch R.
1Whitehead Instituteand Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA.

Northern and Bisulfite Sequencing

For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その２

Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。

Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研ができたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。

以下、参考コメントです。

http://stapcells.blogspot.com/2014/02/blog-post_7834.html?showComment=1393627978632#c3044917271497389557

匿名2014年2月28日 14:52

もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？

Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876

Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除

11jigen 2014年2月28日 15:19

Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com)　とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 　の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。

さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa"　となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry　では、
7-AAD　が　Propidium iodide　に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis　は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。

匿名2014年3月4日 3:36

文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。

2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf

現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820

2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？

Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。

理研の野依良治理事長からの戒めの言葉

なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。

研究・出版における不正行為には、明白なデータねつ造だけでなく、別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと指摘します。

参考→　理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿（ワイリー・サイエンスカフェ）

STAP細胞作製の再現性について

小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています（Nature誌記事より）

カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog)　では、まだ再現に成功したという報告はありません。

小保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。

現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。

Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy:　 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）

『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスの『遺伝子再構成』は？

小保方さんの“新”発見は、特殊な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起きる。ということは初期化（別の細胞に変化）した『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文ではそこが分かりません。さらに（第三者も同様の研究結果を得る）『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えませんが、もう一度（実証実験の）やり直しという可能性もあるでしょう」　（日刊ゲンダイの記事より）

慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事（TCR組み換えデータの重要性）にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではない』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできたSTAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス（4Nから作ったものが望ましい）のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。

RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題

小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文（疑惑論文１）には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスＩＤを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日）。

↓　論文中における記述

"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."

ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。

ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者（小保方ら）に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。

追記(2014年2月21日）：米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/?term=SAMN02393426+OR+SAMN02393427+OR+SAMN02393428+OR+SAMN02393429+OR+SAMN02393430+OR+SAMN02393431+OR+SAMN02393432+OR+SAMN02393433+OR+SAMN02393434+OR+SAMN02393435

小島宏司氏の論文における不適切な画像流用

脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件（流用画像１、流用画像２、流用画像３）発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教員でした。少なくとも３度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。

流用画像１（小島宏司）

誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と、同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。

　つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、２つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。

小島疑惑論文１

2002 Jun;123(6):1177-84.

Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.

1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.

http://www.jtcvsonline.org/article/S0022-5223(02)00021-1/abstract

小島疑惑論文２

2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.

1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.

http://www.fasebj.org/content/17/8/823.long

流用画像２（小島宏司）

小島疑惑論文２

2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.

1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.

http://www.fasebj.org/content/17/8/823.long

小島疑惑論文３

2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.

Tissue engineering in the trachea.

Kojima K1, Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine

1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/full

FASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。

流用画像３（小島宏司）

FASEB J.誌の2003年の上記論文のFig.4d（右下）の画像と、Anat Rec (Hoboken)誌の上記論文のFig.2a画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.4dの画像のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2aの画像のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。

小島　宏司　　（こじま・こうじ）　　

1990年　　　聖マリアンナ医科大学医学部　卒業(14回生)

1997年　　　聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科　医長。
1999年　　　バイオ気管の研究をめざし、渡米。
　　　　　　マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。
2002年5月羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。
2004年　　　ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。

http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg

http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）

STAP細胞の特許の問題について

小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：　HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）

　　⇒　この国際特許出願を論文に明記していないことが問題となっている。

チャールズ・バカンティ教授について

・　チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、疑惑論文３： Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。

参考→　Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ：　http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/

このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。

その他参考サイト

●　世界変動展望ブログ：
小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて

小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて（続き）

●　大隅典子の仙台通信：
2014年3月12日：　STAP細胞顛末

●　千日ブログ：
2014年3月13日：　STAP細胞捏造疑惑問題、悪いのは誰？小保方晴子、理研、笹井芳樹など
2014年3月13日：　STAP細胞関連の疑惑・問題点まとめと大手新聞紙の疑惑報道の違い
2014年3月13日：　小保方晴子早稲田大博士論文、大量の盗用コピペ実験の実態なしか？
2014年3月14日：　小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ嫉妬、佐村河内守とは違うなど
2014年3月14日：　博士論文画像流用疑惑知りながら、理研・笹井芳樹が1ヶ月も隠蔽
2014年3月14日：　小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ嫉妬、佐村河内守とは違うなど

●　慶應大学吉村研究室：
雪の朝/STAP論文の疑問、TCR組み換えデータの重要性、TCR再構成(2)、T細胞はSTAP幹細胞になれない

●　生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：
2014年2月20日：　STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）
2014年3月5日：　日経「理研ＳＴＡＰ細胞の作製法公開」論文への批判受け

2014年3月9日：　おさまらないSTAP細胞作成手順のはなし

●　STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士）のhttp://www.ipscell.com/　上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新：　STAP細胞への５つの疑問点：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism

2014年2月18日更新：　STAP細胞への１０の疑問点：Top 10 Oddest Things About The Unfolding STAP Stem Cell Story

2014年2月23日：　Nature ArticleのFig.1に関する疑問点：Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?
2014年2月27日：　論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日：　理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応：Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol

2014年3月9日：　Multiple sources say momentum for STAP paper retraction building in Japan & inside RIKEN
2014年3月10日：　Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日：　STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日：　Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess

●　一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）

2014年2月4日：　分化した体細胞における外部刺激に惹起される多能性の獲得 (STAP)(peeep.us)

2014年2月7日：　STAP細胞は、胚と胎盤へという2方向の分化能を持っている(peeep.us)

●　STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント
広島大学名誉教授の難波紘二氏のメルマガ記事を紹介しているブログ「ある宇和島市議会議員のトレーニング」における STAP 細胞に関するエントリー

小保方事件の経緯

2014年1月29日　STAP論文が発表される。
2014年1月30日　ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間）　　Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日　ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日　古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間）　　STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日　Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日　山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日　小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日　RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日　理化学研究所の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じて監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24 年9 月13 日規程第61 号）」第10 条第3 項に基づき、当該相談を通報に準じて取扱うこととし、規程第11 条に基づき、同日より同年2 月17 日の間、予備調査を実施した。予備調査に当たった者は、石井俊輔、岩間厚志、古関明彦、眞貝洋一、田賀哲也の５名である。研究所は、予備調査の結果の報告を受け、平成26 年2 月 17 日、規程第12 条に基づき本調査を実施することを決定し、石井俊輔を委員長とする本調査委員会（以下、「委員会」という。）が本調査を行うこととなった。（調査報告より）
2014年2月13日　Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日　小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日　理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日　慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日　明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間）　Natureが調査を開始する。
2014年2月17日　Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日　小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日　米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日　小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間）　　RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月20日　理研の調査委員会が、笹井氏と小保方氏より、修正すべき点についての申し出とこれに関する資料の提出を受けた。申し出の内容は、論文１の脾臓の造血系細胞から作製したSTAP 細胞からの分化細胞並びにテラトーマの免疫染色データ画像の一部（Figure 2d 下段中央の１枚とFigure 2e下段の３枚）が、実際には骨髄の造血系細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像であること、正しい画像に訂正することを考えているという２点であり、提出された資料はこれらの画像のファイルであった。小保方氏から、それぞれの実験の過程で、脾臓及び骨髄に由来する血液細胞のサンプルに対し、いずれもhemato（hematopoietic：血液系の意味）というラベルを用いていたため混乱が生じ、同氏において画像の取り違えをしてしまったとの説明を受けた。その後、論文１の画像は、小保方氏の早稲田大学における学位論文に掲載された画像と酷似することが判明した。上記の申し出の際、これらの図が小保方氏の学位論文に掲載されたデータから得られたものであるとの言及はなかった。（途中略）笹井氏は、2月20日の委員会のヒアリングの数日前に小保方氏から画像の取り違え等について知らされ、論文を訂正するための正しいデータを至急取り直すことを小保方氏に指示したと説明した。実際に、訂正のために提出されたテラトーマに関する画像の作成日の表示は2014年2月19日であった。（調査報告より）
2014年2月21日　WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日　利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日　大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日　小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日　Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日　Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日　Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日　脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日　Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日　TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日　日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日　小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日　Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日　不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日　理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日　マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日　小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日　Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日　山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日　小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日　小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日　小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日　笹井、丹羽氏の２名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を２月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
2014年3月14日　理研の調査委員会の中間報告が発表される。
2014年3月15日　小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏の研究室の学生の博士論文や、武岡真司氏の研究室の博士論文にもコピペが大量に発見される。
2014年3月19日　理研の調査委員会が小保方氏から実験ノートを受け取る。
2014年3月25日　小保方晴子氏が「１２９」と呼ばれる系統のマウスから作り出したとしていたＳＴＡＰ細胞２株の遺伝子を、共同研究者の若山照彦教授が調べたところ、細胞は「Ｂ６」というマウスと、Ｂ６と１２９の子どものマウスに由来する細胞とわかった。（朝日新聞より）
2014年4月1日　理研が研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告を発表する。

小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道

不正疑惑に関する報道

2014年2月15日 MAINICHI: Research institute probes 'irregularities' in images associated with STAP cell discovery
2014年2月15日毎日新聞：SＴＡＰ細胞:「不自然な画像」指摘受け理研が論文を調査

2014年2月17日 The San Diego Union-Tribune：Acid test for STAP cells

2014年2月17日 Nature：Acid-bath stem-cell study under investigation Japanese research institute launches inquiry after allegations of irregularities in blockbuster papers.
2014年2月17日 Nature：理化学研究所、STAP細胞論文の調査に着手

2014年2月17日 BioEdge：New STAP stem cells questioned

2014年2月17日日刊ゲンダイ：どこまで広がるのかＳＴＡＰ細胞「小保方論文」の画像疑惑

2014年2月17日スポニチ：ＳＴＡＰ細胞の「データ不自然」外部指摘で理研調査

2014年2月17日 ZAKZAK：理研、ＳＴＡＰ細胞の小保方さん論文調査「データに不自然な点」

2014年2月17日日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞論文で外部から指摘理研、調査を開始

2014年2月17日朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞論文に「不自然な画像」理研が調査

2014年2月17日時事通信：ＳＴＡＰ論文を検証＝「不自然な画像」指摘受け－理化学研究所

2014年2月17日共同通信：ＳＴＡＰ論文を調査理研、外部から指摘

2014年2月17日産経新聞：ＳＴＡＰ細胞論文「データに不自然な点ある」外部指摘、理研が調査

2014年2月17日 SankeiBiz：ＳＴＡＰ細胞論文「データに不自然な点ある」外部指摘で理研調査

2014年2月17日 THE WALL STREET JOURNAL：Japanese Institute Opens Investigation Into Its Stem-Cell Breakthrough Questions Have Been Raised About Images in Study

2014年2月17日 ScienceInsider：High Profile Stem Cell Papers Under Fire

2014年2月17日 The Japan times：Institute opens probe into STAP cell article data

2014年3月14日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:理研、論文撤回要請へ…１４日、中間報告

2014年3月14日 NHK：小保方さんら論文取り下げへ
2014年3月14日 MSN産経：【ＳＴＡＰ細胞】小保方リーダー、論文撤回の意向成果白紙も野依理事長ら午後会見

2014年3月14日 47NEWS：小保方氏ら、論文撤回の意向画像３年前と同じと理研調査委

2014年3月14日 Nature news blog：Confusion as institute releases report on controversial acid-bath stem-cell papers
2014年3月14日日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞論文「混乱招きおわび」小保方氏ら文書

2014年3月14日 THE WALL STREET JOURNAL：「下書きで使った物が残っている」―小保方氏、博士論文巡る疑惑で

2014年3月14日理研CDBセンター長等の公表

2014年3月14日理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの研究室主宰者による声明

2014年3月15日 MSN産経：理研を追い込んだ〝ネット捜索隊〟その1,その2

2014年3月15日読売新聞：誰も問題気づかず…論文チェック態勢不備問う声
2014年3月15日ニッカンスポーツ：小保方さん、博士論文撤回を早大に申し出
2014年3月15日時事通信：ネイチャー誌が論文取り消しも＝「全員同意なしでも証拠ない場合」―STAP問題　
2014年3月15日 MSN産経：「インパクト感じリーダー採用」　理研のチェック機能に限界その1、その2、その3
2014年3月15日 J-CASTニュース：小保方氏、早稲田応用化学会HPから顔写真が消えた！　「絶賛」「擁護」のブログやツイート、削除する有名人も
2014年3月15日日刊ゲンダイ：日刊ゲンダイ|組織的隠蔽か？「ＳＴＡＰ細胞疑惑」にフタする理研の論理その1、その2
2014年3月15日毎日新聞：質問なるほドリ:論文撤回、なぜ増える？
2014年3月15日毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ論文「重大な過誤」　画像改ざん認定、小保方さんら撤回同意－－理研中間報告
2014年3月15日毎日新聞：激震・ＳＴＡＰ細胞:／中　予算獲得に勇み足　理研、ヒロイン作り上げ　
2014年3月15日東京新聞：実在？不正歯切れ悪く　ＳＴＡＰ疑惑　理研が謝罪
2014年3月15日日刊ゲンダイ：小保方さんをタレント扱いマスコミの罪と早大の赤っ恥その1,　その2
2014年3月15日中日新聞：ＳＴＡＰ疑惑底なし　メディア戦略あだに
2014年3月16日 The Huffington Post ：小保方晴子さんに隠れた理研のキーパーソン　笹井芳樹副センター長とは？【STAP細胞】
2014年3月17日ＡＥＲＡ　3月24日号, p68：リケジョ撤回の危機－「新型万能細胞」は、幻だったのか
2014年3月17日週刊ポスト　3月28日号, p59：オボちゃんはなぜ「やっちまった」のか－第二の森口、佐村河内とまで指弾
2014年3月17日週刊現代3月29日号, p42：小保方晴子さんは、これからどうなるのか？－栄光はあまりに短く、儚かったその1、その2、その3、その4、その5
2014年3月17日読売新聞：「ＳＴＡＰ幹細胞」第三者機関送付へ…若山教授
2014年3月17日 NHK：ＳＴＡＰ細胞の存在理研が独自に調査へ
2014年3月17日朝日新聞：理研ＣＤＢも管理体制を検証へ　ＳＴＡＰ細胞論文問題
2014年3月17日毎日新聞：激震・ＳＴＡＰ細胞:／下　ネットの検証、高度化　告発、科学誌査読を補完
2014年3月18日朝日新聞：ＳＴＡＰとｉＰＳの比較資料を撤回　理研「誤解招く」
2014年3月18日週刊朝日 3月28日号, p15：＜ＳＴＡＰ論文疑惑＞日本科学界の危機招いた小保方晴子さんの「天然」
2014年3月18日サンデー毎日 3月30日号, p20：災いのタネ／理研の＜勇み足＞と追い込まれた「リケジョの星」
2014年3月18日日刊ゲンダイ：博士号剥奪で研究費返還も…小保方さんを待つ「借金地獄」その1,　その2
2014年3月18日 Nature news：Stem-cell method faces fresh questions
2014年3月19日読売新聞：小保方さん筆頭著者論文、米大教授が訂正
2014年3月19日女性セブン 4月3日号, p28：小保方晴子さんを踊らせた＜ケビン・コスナー上司＞の寵愛記事の一部その1、記事の一部その2、記事の一部
2014年3月19日週刊文春 3月27日号, p14：ＳＴＡＰ細胞という＜物語＞－割烹着やムーミンまでも「やらせ」だった？
2014年3月19日週刊新潮　3月27日号, p29：「小保方博士」は実験ノートもなかった！－捏造にリーチ！
2014年3月19日女性自身：小保方晴子さんだけが悪いのか!? 元同僚が語る「理研の裏側」
2014年3月19日朝日新聞：小保方氏の留学中の論文、画像使い回しか　共著者が訂正
2014年3月19日日本学術会議会長　大西隆：STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
2014年3月20日サーチナ：ＳＴＡＰ細胞問題　小保方氏の前途はともかく、日本の女性研究者をさらに苦境へ追いやった＝中国メディア
2014年3月21日 STAP細胞作製手順、ハーバード大バカンティ研が発表：Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells (PDF版)
2014年3月21日読売新聞：ＳＴＡＰ細胞、小保方論文と異なる作製手順公表
2014年3月22日 ZAKZAK：理研、損失１千億円！？　小保方さんショックですべてオジャンにその1、その2
2014年3月23日読売新聞：ＳＴＡＰ論文、掲載１週間前に最終稿…若山教授
2014年3月23日日本経済新聞：論文、医療機構が検証　ＳＴＡＰ細胞問題踏まえ
2014年3月23日 The Huffington Post ：STAP細胞問題から見えた市民と科学者の乖離――後編
2014年3月24日週刊現代 4月5日号, p56：小保方さん問題を見て考えた、すべてをブチ壊す「女子力」の恐怖
2014年3月24日 AERA 3月31日号：裏目に出た理研の思惑－小保方さんの「過誤」生んだ科学界のゆがみ
(1)理化学研究所・小保方晴子、ＳＴＡＰ細胞、早稲田大 p78
(2)大学院重点化、ポスドク、大隈典子・東北大教授、リケジョ p79
(3)今井眞一郎・米ワシントン大教授、ＣＮＳ至上主義 p80
2014年3月24日週刊ダイヤモンド 3月29日号, p67：コラム／ＳＴＡＰ細胞騒動で露呈した早大博士論文審査の手抜き
2014年3月25日 NHK：ＳＴＡＰ細胞実験マウスに新たな疑問
2014年3月25日毎日新聞：ＳＴＡＰ幹細胞:別マウスの遺伝子検出　山梨大の保存分2014年3月25日産経新聞：STAP論文の「大罪」：科学界に拡大する「コピペ疑惑」の地獄その1、その2、その3
2014年3月27日神戸新聞NEXT：ＳＴＡＰ論文　理研に市民からメール４５０件　３月中
2014年3月27日産経新聞：ＳＴＡＰ論文　理研に市民からメール４５０件　３月中
2014年3月27日 Nature NEWS：Mismatch alleged in acid-bath stem-cell experiment　
2014年3月28日フライデー 4月11日号, p26：小保方ユニットリーダーの指導者「ノーベル賞狙い」の歪んだ野望
2014年3月28日 NHK：盗用疑惑相次ぐ早大が調査委
2014年3月28日産経新聞：早大が調査委設置　小保方氏の博士論文
2014年3月28日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:小保方さん論文、早大が調査委設置
2014年4月1日朝日新聞：小保方氏の捏造・改ざん認定　ＳＴＡＰ細胞論文で理研
2014年4月1日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:小保方さん不正認定「日本全般に疑いの目」
2014年4月1日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:小保方さん処分は１カ月後　理研
2014年4月1日毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ論文問題　不正認定　小原雄治・日本分子生物学会研究倫理委員長、山崎茂明・愛知淑徳大教授の話
2014年4月1日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「不正は小保方氏単独で？」会見一問一答その1、その2、その3、その4、その5、その6
2014年4月1日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:理研「研究不正は小保方氏単独で」その1、その2、画像
2014年4月1日毎日新聞：＜ＳＴＡＰ論文＞小保方リーダー代理人「撤回の意向ない」
2014年4月1日産経新聞：３年間で実験ノートが２冊！？　小保方氏の論文問題で調査委　
2014年4月1日日本経済新聞：小保方氏は体調不良で療養中　代理人弁護士
2014年4月1日 THE WALL STREET JOURNAL：Japanese Institute Says It Found Misconduct in Stem-Cell Studies
2014年4月1日朝日新聞：ＳＴＡＰ論文の不正認定　過去にも似た事例、処分は
2014年4月1日朝日新聞：小保方氏、理研と徹底抗戦　論文不正、顔色変え「不服」
2014年4月1日朝日新聞：文科相「調査は不十分」　論文不正、理研に再提出求める　
2014年4月1日ＩＴmediaニュース：3年分の実験ノートは2冊だけ──「不正行為は小保方氏1人」　理研の調査委、STAP細胞自体には踏み込まず
2014年4月1日ＩＴmediaニュース：3年分の実験ノートは2冊だけ──「不正行為は小保方氏1人」　理研の調査委、STAP細胞自体には踏み込まず
2014年4月1日 The Scienctist：Blogger Reports STAP Success
2014年4月1日 REUTERS：Author of ‘game-changing’ stem cell papers accused of misconduct, fraud by Japan’s leading research institute
2014年4月1日 the guardian：Stap cells: research paper on stem cell breakthrough was partly falsified
2014年4月1日 THE WASHINGTON POST：Rising Japanese scientist faked heralded stem cell research, lab says
2014年4月1日 Nature NEWS：Stem-cell scientist found guilty of misconduct
2014年4月2日読売新聞：小保方氏実験ノートずさん、３年で２冊・断片的画像1、画像2
2014年4月2日毎日新聞：ＳＴＡＰ論文:極秘研究…サインだけの共著者　議論どこにその1、その2、画像
2014年4月2日毎日新聞：崩壊・ＳＴＡＰ論文:／上（その１）　密室が生んだ捏造　助言役、責任果たさず
2014年4月2日毎日新聞：崩壊・ＳＴＡＰ論文:／上（その２止）　サインだけの共著者　チーム内も議論少なく
2014年4月2日毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ論文問題　理研、執行部引責も
2014年4月2日 NHK：小保方氏「論文取り下げ同意したことない

2014年1月31日日本経済新聞：ＳＴＡＰ細胞、サルで実験米大「驚くべき結果」脊髄損傷治療で

2014年1月31日 MSN産経：サルで実験ハーバード大、脊髄損傷を治療
2014年1月31日 MSN産経：ＳＴＡＰ細胞中国、韓国も報道「より早く、安く、安全に」世界が称賛
2014年1月31日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞:「人間の生命」に高い関心小保方晴子さん中２時の読書感想文
2014年1月31日毎日新聞：万能細胞:作製の小保方さん、中２から命に関心人間の世界、スバラシイ読書感想文で県最優秀賞

2014年1月31日毎日新聞：社説:ＳＴＡＰ細胞驚きの成果を育てよう - 毎日新聞

2014年1月31日毎日新聞：余録:水の表面が盛り上がる「表面張力」の研究で…

2014年1月31日毎日新聞：ニュース交差点:科学万能細胞「ＳＴＡＰ細胞」初の作製
2014年1月31日毎日新聞：なるほどヒヨコ:細胞の初期化って？ - 毎日新聞
2014年1月31日毎日新聞：万能細胞:人間の世界、スバラシイ小保方さん、中２で「生命」に関心青少年読書感想文で県・最優秀賞
2014年1月31日毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ細胞、研究推進を狙い特定法人指定へ
2014年1月31日毎日新聞：万能細胞:ＳＴＡＰ、国際特許出願理化学研究所など米に
2014年1月31日毎日新聞：Research institutes applied for int'l patent on STAP-cell technology
2014年1月31日毎日新聞：

2014年1月31日 STAP細胞小保方晴子の素顔
2014年2月1日読売新聞：ＳＴＡＰ細胞理系女子の発想が常識覆した（2月1日付・読売社説）
2014年2月1日毎日新聞：万能細胞:くじけなかったハルコＳＴＡＰ細胞、５年前の小保方さんハーバード大時代に研究で壁、悔し涙
2014年2月1日朝日新聞：山梨）「あり得ないこと起きた」小保方さん共同研究者
2014年2月1日朝日新聞：リケジョでグローバル志向？私立中学入試始まる
2014年2月1日朝日新聞：（声）新たな万能細胞生命の神秘
2014年2月2日朝日新聞：キスでお目覚め「お姫様細胞」小保方さん幻の命名案ＳＴＡＰ細胞
2014年2月2日朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞、競争号砲特許出願、昨年４月理研など
2014年2月3日読売新聞：小保方さん、熱意違った…共同研究の若山教授
2014年2月3日毎日新聞：Ｌｉｓｔｅｎｉｎｇ:質問なるほドリ：リケジョってどんな人？＝回答・元村有希子
2014年2月3日毎日新聞：万能細胞:「ＳＴＡＰ細胞」作製に貢献小保方さん支え続けた山梨大・若山教授特殊マウスなど提供
2014年2月3日毎日新聞：サイエンスフェア:科学に関心を、小保方さんに続け研究者の卵、議論熱く神戸で理系高生ら成果発表
2014年2月3日毎日新聞：ニュース再生:再生医療に期待、ＳＴＡＰ細胞人体へ応用焦点
2014年2月3日毎日新聞：News Navigator: Are there many women in science-related fields?
2014年2月3日朝日新聞：（乃木坂Ｃｈｏｉｃｅ：山崎怜奈）ＳＴＡＰ細胞に期待！
2014年2月4日日経：リケジョに繋がる「ふえるわかめ」と「味の素」編集委員田中陽
2014年2月4日朝日新聞：（声）若者よ独自の道切り開け
2014年2月5日日経：理研、新万能細胞「ＳＴＡＰ」で京大と研究
2014年2月5日朝日新聞：（声）若い世代の活躍が私にも刺激
2014年2月6日日経：＜ＪＱ＞リプロセルが一時ストップ高 STAP細胞は「大きなプラス材料」
2014年2月6日読売新聞：「ＳＴＡＰ細胞オールジャパンで」…山中教授
2014年2月6日読売新聞：山中教授、小保方さん称賛…「日本挙げ研究を」
2014年2月6日毎日新聞：独創の系譜:海越え連携、ＳＴＡＰ細胞常識覆した日米トップ研究者
2014年2月6日毎日新聞：独創の系譜:海越え連携、ＳＴＡＰ細胞常識覆した日米トップ研究者小保方晴子・研究ユニットリーダーに
2014年2月6日毎日新聞：小保方晴子さん:万能細胞「ＳＴＡＰ細胞」研究かっぽう着姿で実験「リケジョ」今、注目！
2014年2月6日毎日新聞：万能細胞:人から初のＳＴＡＰ細胞か中辻憲夫・京都大教授の話
2014年2月6日毎日新聞：万能細胞:なぜ「ＳＴＡＰ」と命名？小保方さんに聞く
2014年2月6日毎日新聞：文科省:指導的な女性研究者倍増へ予算拡充を検討
2014年2月6日朝日新聞：（発見ＳＴＡＰ細胞）万能細胞、三様の役割ＥＳ・ｉＰＳと比較
2014年2月6日朝日新聞：理研と京大、ＳＴＡＰ細胞で連携へ
2014年2月6日朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞でがん研究共通する特徴、予防・治療の道探る
2014年2月6日朝日新聞：万能細胞三様の役割ＳＴＡＰ細胞発見
2014年2月6日朝日新聞：ヒトのＳＴＡＰ細胞作製かハーバード大、証明はまだ
2014年2月6日朝日新聞：SCIENCE／ＳＴＡＰ細胞でがん研究共通する特徴、予防・治療の道探る

2014年2月6日 MSN産経：人で初のＳＴＡＰ細胞かハーバード大が写真公表変化する能力を確認中
2014年2月6日日刊スポーツ：人で初のＳＴＡＰ細胞か
2014年2月7日毎日新聞：憂楽帳:かっぽう着
2014年2月7日毎日新聞：みんなの広場:勇気与える女性研究者の執念＝無職・藤田修三・６７
2014年2月7日毎日新聞：発信箱:名もなき科学者に＝青野由利
2014年2月7日毎日新聞：女性研究者:「第２の小保方さん」倍増を文科省が育成策検討
2014年2月7日毎日新聞：なるほどヒヨコ:リケジョってどんな人？
2014年2月7日女性セブン2014年2月20日号：車椅子が要らなくなる？「STAP細胞」で何が実現されるのか
2014年2月8日毎日新聞：山中・京都大教授:ＳＴＡＰまだ小学生、ｉＰＳの蓄積役立つ「協力する」
2014年2月8日毎日新聞：山中伸弥氏:「ＳＴＡＰ研究に協力、小保方さん大歓迎」
2014年2月8日毎日新聞：山中・京都大教授:ＳＴＡＰ細胞、協力したいｉＰＳ研究所長、ノウハウ蓄積役立つ
2014年2月8日毎日新聞：天文学者の日々:／１２４存在しない論文に真の答えがある／愛媛 -
2014年2月8日毎日新聞：子どもたちの伝言:うずしおの地から／２７９リケジョ／四国
2014年2月8日毎日新聞：青少年読書感想文全国コンクール:表彰式文科大臣奨励賞、筑紫女学園中・柳原さん晴れ姿「将来は生物を学びたい」／福岡
2014年2月9日毎日新聞：みんなの広場:小保方さんに触発されて＝塾経営・岩本和彦・６１
2014年2月9日毎日新聞：みんなの広場:若手研究者から学ぶべきこと＝高校生・孫美麗・１７
2014年2月9日毎日新聞：記者と学校交流:いのちを守る科学、元村編集委員講演文京区立音羽中で／東京
2014年2月9日朝日新聞：（声）自然のパズル挑むリケジョ
2014年2月9日朝日新聞：（声）割烹着エプロン派も見直す
2014年2月10日日経：山中教授「ＳＴＡＰ細胞の研究に最大限協力」
2014年2月10日読売新聞：リケジョ紀の国でも奮闘…和歌山
2014年2月10日毎日新聞：私立高入試:関西３府県一斉スタート理系女子に狭き門も
2014年2月10日毎日新聞：山中所長:「ｉＰＳ細胞にがん化リスクなど三つ誤解ある」
2014年2月10日朝日新聞：ＳＴＡＰ細胞「ノウハウ教えて」山中教授が会見で称賛果」
2014年2月11日毎日新聞：ｉＰＳ細胞:「ｉＰＳがん化リスク高い」は誤解ＳＴＡＰ開発受け、山中教授指摘
2014年2月11日毎日新聞：ｉＰＳ細胞:「がん化リスク高い」誤解山中教授が会見
2014年2月11日毎日新聞：Creator of iPS cells decries '3 misconceptions' vs STAP cells
2014年2月12日毎日新聞：ニュース交差点:科学「がん化リスク高い」誤解、ｉＰＳ細胞・山中教授会見
2014年2月13日読売新聞：ＳＴＡＰ細胞…生命の不思議を改めて感じさせる世紀の発見
2014年2月13日毎日新聞：ＳＴＡＰ細胞・私の見方:まだ２０点、本質的な研究を笹井芳樹、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター副センター長
2014年2月13日朝日新聞：（発見ＳＴＡＰ細胞）医療への応用、欧米に遅れるな中辻憲夫・京大教授に聞く
2014年2月14日読売新聞：ｉＰＳ細胞への誤解、山中教授がＨＰで「懸念」
2014年2月14日読売新聞：「ｉＰＳ細胞、がん化リスク克服」山中教授声明
2014年2月14日毎日新聞：総合科学技術会議:革新５テーマ決定マネジャー３月公募
2014年2月14日毎日新聞：小保方晴子さん:科技会議欠席
2014年2月15日読売新聞：簡単な手法で万能細胞
2014年2月15日朝日新聞：（ニュースのおさらい）ＳＴＡＰ細胞って一体何なの？
2014年2月16日毎日新聞：くらしナビ・学ぶ:教えて！デスク「ＳＴＡＰ細胞」とは？
2014年2月16日毎日新聞：京都・読書之森:素顔の山中伸弥記者が追った２５００日／京都
2014年2月18日毎日新聞：黒木華:かっぽう着が幸運運んだ？「みんな使えばいいのに」
2014年2月20日朝日新聞：安全性の差、検証これからＳＴＡＰ細胞
2014年2月21日毎日新聞：季語刻々:東風吹いて日本のリケジョ立ち上る
2014年2月21日毎日新聞：小説:小保方さんが感想文の題材本販売急増
2014年2月21日毎日新聞：毎日ジャーナリズム:【紙面審ダイジェスト】ＳＴＡＰ細胞「リケジョ」の表現はあえて避けた？（その１、その２、その３、その４）
2014年2月25日毎日新聞：大学入試:国公立大２次試験始まるリケジョ志願、増加中「専門知識生かし活躍、すてき」
2014年2月28日毎日新聞：記者有情:リケジョ／福岡

理化学研究所での過去の研究不正事件：血小板に関する論文の捏造事件

理化学研究所は、約１０年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。

STAP論文調査委員に対する調査妨害のための不当な告発文書

石井俊輔氏らSTAP論文調査委員の研究室の論文の疑義に関する考察まとめ

2014-05-06T04:01:00.003+09:00

JBC論文（2004;279:44582-9）の疑義に関する考察まとめ
（不正無しの可能性が高い）:

論文→http://www.jbc.org/content/279/43/44582.full

疑義１)　　図4Bのc-Mybのデータの「＋＋」のバンドが、生データでは見えているのに掲載図では消えている。

疑義２)　　図 1A、図 3B、図4Bにおけるデータ（c-Mybの画像)の使いまわし

JBC論文 疑義１)　　石井氏ラボのJBC論文の疑惑について：「図4Bのc-Mybのデータの「＋＋」のバンドが、生データでは見えているのに，掲載図では消えている。」ことが某記者の間で問題にされていました。
　参考リンク→片瀬氏ブログの比較図 (片瀬氏ブログ記事)。

しかし、そもそも、この図４Bの生データ画像と実際の論文掲載画像では(-)のバンドの強度自体も異なりますね。今回、石井氏らが公開した生データは、(-)のバンドのシグナルが飽和しており、定量比較には向きません。むしろ、論文に掲載された図４Bの画像のほうが好ましい画像です。Increment modeで一つのメンブレンからシグナル強度の異なる画像（露光時間の異なる画像）を何枚も撮影しており、今回公開された生データは、ノートに張り付けてあったシグナル強度が飽和していた分であり、実際論文に掲載されていた画像とは異なっていた可能性があります。あるいは、印刷時や、ノートからのスキャン時などに、シグナル強度が変更してしまった可能性もあります。つまり、”「＋＋」のバンドを消す為に故意にコントラストを弄ったのではないのか？”という疑義は誤解であると思われます。
また、実験条件が異なったり同一実験ではないような全く関係のないバンド画像が切貼りされるなどの不正は決してなく、この疑義が向けられている掲載画像は確かに提示された生データと同じメンブレン由来のものであり、実際、石井氏は自身のホームページ上にて、"３回分の実験画像の印刷物と解析結果"が貼り付けられている実験ノートのスキャン画像を提示して、疑義を払拭されています。さらに、片瀬氏ブログに掲載されている”JBC論文の掲載データで疑義のあったデータと生データの比較.pdf”の３ページ目には、ノートに貼り付けてあった３回分の実験画像のバンドの強度を解析すると論文のFig.４B下段の棒グラフと同等の棒グラフが得られることが既に示されています。

　参考→PDFファイル：石井氏ラボのホームページに掲載された生データ（写し）

JBC論文 疑義２)　　「図 1A、図 3B、図4Bにおけるデータ（c-Mybの画像)の使いまわし」の件について：

石井氏らはラボHPに掲載の弁明PDF資料の中で、「論文に述べているように、図 1A、図 3B、図4B は同じシリーズの実験であり、そのため bar graph は同じで、図 3B、図4B では、それをコントロールとして示しています。」と主張しています。しかし、同一条件の実験シリーズであることは論文から読み取れるのですが、論文のどこに、同じデータを各Figで使いまわしていると述べられているのでしょうか？データ（c-Mybの画像)の使いまわしのことが論文に述べられていないとしたら、各Fig（図）ごとに同じ（同一条件）実験を繰り返して再現が取られていると誤認してしまいますね。こういった例はよくあることですが。手抜き実験といえますが、生データが本当に全て揃っているならば不正とは言えないでしょう。

以上のように、疑義が向けられている石井ラボのJBC誌2004の論文に関しては、不正を強く示唆する証拠は最早何も残っておらず、調査委でも白（不正無し）と結論されるのではないでしょうか？

Oncogene論文（2008;27:1045-54）の疑義に関する考察まとめ:

論文→http://www.nature.com/onc/journal/v27/n8/full/1210727a.html

一方、石井ラボのOncogene論文に関する疑義は状況が異なるようです

　参考リンク→　疑義：告発文書　（片瀬氏ブログ記事）

　参考リンク→　比較図　（片瀬氏ブログ記事）

Oncogene論文では、下記２点が某記者の間で問題とされていました。

疑義１)　図4eのレーン18のGapdhのバンドが，生データでは薄いのに，掲載画像では他のレーンと同じ濃さになっている。

疑義２)　図4eと図5dで同じバンド画像が使い回されている。

石井氏は、この大量の不適切な画像切り貼りについては「some errors occurred.」（悪意のない）間違いが起こっただけでありオリジナルデータも揃っており不正はないと主張しています。

参考リンク→石井氏ラボHPに掲載の弁明PDF

Oncogene論文疑義１) の「図4eのレーン18のGapdhのバンドが生データでは薄いのに掲載画像では他のレーンと同じ濃さになっている。」の件について：
　元の論文に掲載されていた図4eのレーン18のGapdhのバンドは、生データのN7-17のバンド（レーン１６と１８の間のバンド）ではないでしょうか？

　これが、ミスなのか、故意によるものなのかはわかりません。この図4eではAtf-2 +/- p53 +/-マウスの乳腺腫瘍の各遺伝子（Atf-2, Gadd45α, Maspin, p53)の発現量を比較しています。その際に、Gapdhがコントロール遺伝子として用いられています。

　図4eのレーン18のGapdhのバンド画像が生データでは他群と比べて非常に薄かったということは、このレーン１８の乳腺腫瘍の遺伝子発現比較の為のサンプル調整がうまくいっていなかった可能性も示唆され、レーン１８のその他の遺伝子（Atf-2など）の発現量を他群と比較することはできません。

　しかし、石井氏らがOncogene誌に提出したCorrection （論文訂正）の文章には、”これらの変更（適切な画像への差替）は我々の研究のいずれの結果や結論にも影響を与えない”との主張が記載されており、前述した研究結果に関する不適切な文章に関しては訂正する予定がないようです。

　３つの乳腺腫瘍のうち２つ（レーン２と１６）は、Atf-2発現量の減少、Gadd45αとMaspinの発現量の消失が認められますので、論文の主要な結論はそれらデータがある限り揺るがないと思います。ですので、レーン１８のデータを省いた図4eの図を訂正図として差し替えるべきでしたね。

Oncogene論文 疑義２) の「図4eと図5dで同じバンド画像が使い回されている。」の件について：
考察中

ご意見募集中

上記告発とは、別の告発者によって、田賀哲也・東京医科歯科大副学長の論文に対して、「画像捏造（流用）」ではないか？との疑義がかけられました。しかし、その疑義は全くの言いがかり（見当違い）であることが判明しました。

下の画像の青線以下の部分が、理研調査委員に対して検討違い（言いがかり）の指摘をした不当な告発文書の一部です。

細胞画像の縮小版と拡大版を一つのFigure内に掲載しただけなのに、「画像捏造（流用）」ではないか？との言いがかり（見当違い）の不当な告発をされたSTAP論文調査委員の田賀哲也氏が所属する東京医科歯科大学は、予備調査を終えて、不正の証拠はなしとして本調査には進まないと発表しました。

関連ツイート
論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
@piglet2010tiger 各新聞、まんまと小保方氏に近い人物かもしれない告発者に振り回されているようです。「画像の使い回し」の疑義が指摘されている画像が、実験条件が同じで同一実験で得られたものだとしたら、全く問題ないんですけどね。ちゃんと論文を読んで、報道していませんよ。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
@piglet2010tiger 小保方氏に近い人物かもしれない告発者が、「実験条件が同じで同一実験で得られた２画像」だと知りながら、それをあえて、悪意を持って、「画像流用・使いまわしの捏造画像である」と告発している可能性をなぜ各新聞社は考慮しないのでしょうかね。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
同じFigure内で、ある画像の縮小版と一部の拡大版を載せる場合がありますね。それを告発者が不正ではないと知りながら、「画像流用、捏造である」と新聞社に告発文書を悪意を持って送っていたとしたらどうでしょう。メディアはそれを報道し、告発者側のよからぬ意図に加担したことになりますね。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月2日
理研のSTAP論文調査の３委員の論文に対してなされた疑義の一部は「昔は許されていたが今はマナー違反とされているようなグレーゾーンな行為（必要な泳動レーン画像だけを切貼り合成する行為）。電気泳動画像に関しては、不適切な流用の指摘は一つもないので予備調査で不正なしと結論される可能性大

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月2日
毎日新聞やスポーツ報知新聞で、画像使いまわし（流用）の疑義も報道されたが、これが全くの言いがかりで見当違いのトンデモ告発。同じFigure内に掲載された縮小版の細胞画像とその一部の細胞集団の拡大版を載せたもの（互いに同一の実験）を、告発者が「画像流用、捏造である」と指摘していた。

理研が追加調査すべきSTAP論文疑惑まとめ

2014-05-04T02:35:00.007+09:00

理研&CDBが追加調査すべきSTAP論文疑惑（2chまとめの解説、一部改変）

特定法人指定を目指して理研は調査項目を６項目だけに絞って早期解決を図ろうとしました。しかし、博士論文からのNature論文への悪質な画像流用（捏造）が暴露され最終調査報告により研究不正も認定されて観念するかと思われた小保方氏がまさかの逆切れ反撃。早期解決の目論見がはずれてしまった今となっては、理研は最早徹底的にNature論文の疑惑を調査して小保方氏の不正の証拠を積み上げるべきなのではないでしょうか。

（１）　テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕

テラトーマ（一種のがん）実験で、小葉が独立した膵臓（Ext Data Fig.4cのH&E染色画像)や、乳び管を伴う空腸(Fig.2e Endoderm H&E染色画像）など、短期間に高度に分化・組織化したが形成されるのは不自然であり、生データの調査の必要がある。

http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post_5.html

Nature ArticleのExtended Data Fig.4のc(小葉が独立した膵臓)が不自然

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_SF4.html

Nature ArticleのFig.2eのEndodermの上の画像（H&E染色画像）が不自然

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F2.html

（２）ストレス（弱酸）処理により細胞膜が崩壊し、細胞質（cytosol）が流出したため細胞が委縮し、その後に蛍光を発している像（変性･死後の自家蛍光）をもって、”分裂を伴わない細胞容積縮少とそれに引き続く脱分化（Oct4-GFP陽性像）”だと主張する異常さ。
証拠 → http://youtu.be/lVNbwzM2dI0 のキャプチャーと思われるArticle論文Fig. 1f
上記「Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内」の動画の、10sec-11secの時点で細胞が細胞質を噴出して委縮するのが観察できます。その後、その死細胞が緑色の自家蛍光を発しています。

（３）緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験

（４）FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
そもそも、蛍光補正自体を行っておらずFACS関連のデータ全てが信頼できない

Extended Data Fig 5gは、実験初心者が陥りやすい間違いを犯しています。

蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。FACSの基本中の基本です。

（５）CD45+細胞でGLが見えない大発見

仮に切り貼りを認めたとしても、リンパ球に見られるはずのGLバンドが無いのはおかしい

http://ggsoku.com/wp-content/uploads/Contentions-and-Suspicions-about-STAP-1-2.png

（６）2006年に消滅した会社の古いバイサルファイトのキットを買ってDNAメチル化解析の実験を行ったタイムマシン論文疑惑

・ 2006年に消滅した会社（Chemicon社）の古いバイサルファイトの試薬キットを買って実験したタイムマシン論文疑惑 http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post.htm
・DNAメチル化解析で実験結果パターンの使い回しがバレないように画像上で細工した疑惑

http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1393789539/218

（７）ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象

Nature LetterのFig.1aに対する指摘

932 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/03/01(土) 16:08:59.92

著者らは「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は胎児だけでなく胎盤や胎児膜にも60％のキメラ胎児において寄与していた
（図１ｂおよび拡大データ図１a）」と主張しており、胎生12.5日のキメラ胎児の解析データを示している。残念なことに、野生型のＥＳ細胞を胚盤胞に注入して作成したキメラ胎児を胎生12.5日に観察すれば、この結果(60％の割合で胎盤への寄与が観察される)は当たり前の事である。なぜなら胎盤内に存在する血管や卵黄嚢の中胚葉系の細胞はＥＳ細胞に由来する胚盤葉上層の細胞から発生してくるからである。より一般的なキメラの形成とキメラ内に存在する細胞の発生学的なリミットと分布について知りたければ、「Mouse phenotypes: a Handbook of mutation analysis（マウスの表現型：ミュータント解析のハンドブック）」
（Cold Spring Harbor Press 第８章の特に囲み記事8.3）を参照してほしい。むしろ私にとって意外なのは、彼らのキメラ（図1aおよび1c）において、GFPを発現するES細胞(Rosa26GFPあるいはCAG-GFＰライン)を胚盤胞に打ち込んだ際にできたキメラにおいて、それらが
全く胎盤（その中の胎児血管）や卵黄嚢（その中の中胚葉組織）に由来する蛍光シグナルを発していない、という点なのである。
GFPシグナルの強さはどれだけキメラへのES細胞の寄与率が高いかによって決まる。私の感覚では、図1aに彼らが見せているようなGFP陽性細胞の寄与率が非常に高いキメラの場合には、胎盤や卵黄嚢に存在する胎児血管に由来するGFPのシグナルが非常に強く出る
はずなのである。私にとって本当に説明が見つからないのは、なぜ対照群のES細胞で作成したキメラ50個の全てにおいて胎児組織のみにES細胞が限局しており、胎児外間葉系組織への寄与が全く起きていないのか、という点である。

丹羽氏の過去の論文におけるES細胞由来キメラでは、胎盤内に存在する胎児血管や卵黄嚢の中胚葉系の細胞も、GFPを発現するES細胞に由来する緑の蛍光を強く発していますね。

一方、小保方、若山らのNature LetterのFig.1aでは、ES細胞由来キメラが、全く胎盤（その中の胎児血管）や卵黄嚢（その中の中胚葉組織）に由来する蛍光シグナルを発していません。

さらに、小保方、若山らのNature LetterのFig1bにあるSTAP細胞由来キメラの胎盤の緑蛍光は非常に弱く、胎盤の赤い自家蛍光が見えるほど長時間露光するとやっと見える程度である。一方、Fig1aのES細胞由来キメラには赤い自家蛍光は観察されず、対照実験として不適切です。

そして極めつけが、Fig1aのES細胞由来キメラの長時間露光写真（Long exposure）の胎盤や胎仔の切れ端の蛍光強度が、短時間露光写真の蛍光強度とほぼ同じという点です。これで、どうして、丹羽、笹井、若山氏らは、STAP細胞が胎盤や卵黄膜内胚葉に貢献すると主張できるのでしょうか？

一方、下に引用のNature LetterのExt Data Fig1のデータが真正だとして、STAP細胞とされるものが胎盤・卵黄嚢に寄与したする丹羽氏、若山氏らの考察が正しいとしても、小保方氏によるES/TS細胞混入の疑惑は払拭されません。

小保方氏は博士課程時からバイオ企業のホームページから画像を盗用して自分の実験画像であるかのように改ざん・捏造するという捏造癖がありますので、小保方氏が作製したNature LetterのExt Data Fig1b,cの切片標本が、正しいデータであるかどうかは不明です。また、若山氏が担当の上に引用のNature LetterのExt Data Fig1a も疑われています。http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397608621/7 で指摘されているように、確かにこの画像は不鮮明ですし、別々の胎仔、胎盤、卵黄嚢が並べられているようにも見えます。

なぜ若山氏はSTAP細胞の胎盤・卵黄嚢への寄与を示すLetterのFig1cの元となるESキメラ５０例とSTAPキメラ１０例の写真を公開して疑惑を払拭しようとしないのでしょうか？チャンピョンデータのFig1aと1bでさえ疑惑だらけなので、その他の写真も公開できる状態にないのでしょうか？

もし若山氏がNature LetterのFig1cの元となるESキメラ５０例とSTAPキメラ１０例の写真を公開し、STAP細胞（とされるもの）が胎盤・卵黄嚢へ寄与したという事実が正しいということがわかれば、疑惑の焦点は小保方氏によるES/TS細胞混入説に絞られます。

ES細胞混入の疑惑が払拭されない理由として、小保方氏がES細胞（接着細胞）を「浮遊細胞塊」（胚様体；EB）のようにして渡したという疑惑が挙げられています。
http://slashdot.jp/comments.pl?sid=626449&cid=2571312　(kaho氏ブログにおけるコメント）

http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/ （大隅氏ブログにおける同コメント）

そして、kaho氏のCNV解析（kahoの日記： STAP細胞の非実在について＃５）によると、小保方氏らがES細胞由来のものをSTAP、STAP-SC、FI-SC細胞として、Chip-seq実験を行っていたことが強く示唆されています( http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602 のkaho氏コメントも参照してください)

（８）露光時間を変えても胎盤の輝度が全く変化しない不可思議カメラ

Fig.1aに対する指摘:

これ若山さんの担当では？ES５０例、STAP１０例分の全ての撮影写真を公開してほしいです。

（９）数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
測定方法、解析方法が不明な定量ＰＣＲ（qPCR）の結果：　http://stapcells.blogspot.com/2011/04/qpcr.html
Hanna J氏らの論文（Cell. 2008 Apr 18;133(2):250-64.）のFig.1Eにも同じような定量ＰＣＲ（qPCR）のデータが掲載されており、おかしなデータではないのかもしれませんね。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2615249/figure/F1/

（１０）　細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
Nature ArticleのFig.5cに対する指摘：　http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F5.html

（１１）大気下にて塩酸で調整した緩衝液（重曹系）をCO2インキュベーターに放り込む画期的pH調整法
３０分間のインキュベーションの間、pHを厳密に調整・維持するのは不可能

（１２）胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC

↑　誰かこの疑惑の詳細の説明をお願いします。

Nature Letterのextended data figure 2bのR6が赤い件?

（１３）細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS

↑　誰かこの疑惑の詳細の説明をお願いします。

匿名2014年5月4日

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_SF2.htmlletter extended data figure 2eかな
2N, 4N, 8Nのピークの下の蛍光値を読んで大雑把ですが
60, 110, 150あれ??
40, 80, 140あれ??
50, 100, 150???
40, 85, 150??
「8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃない」はこの数字がおかしいことですね。
「細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず」っていうのは2Nのピークより下にシグナルがないことでしょうか? これはSCだから「死ぬって言うのに」の根拠がよく分からないので、本文をさらに読み直して検討しないと分かりませんね。

ヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文における画像盗用（剽窃）疑惑

2014-04-21T23:49:00.000+09:00

ヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文（Journal of Cellular Biochemistry誌 2001年）のFig.1の最上段の画像は、SoftKey Multimedia Inc.（SoftKey International Inc.の子会社、現在名はThe Learning Company）の"BODYWORKS VERSION 5.0"に収録されている画像と同一であり、盗用（剽窃）であると推測されます。

ヴァカンティ教授らの論文の画像：

ヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文（Journal of Cellular Biochemistry誌 2001年）のFig.1の最上段の画像
↓

論文タイトル：　Identification and initial characterization of spore-like cells in adult mammals
論文著者：　Martin P. Vacanti, Amit Roy, Joaquin Cortiella, Lawrence Bonassar and Charles A. Vacanti*
C Vacanti氏の所属：　*Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, 55 Lake Avenue, North Worcester, MA 01655.

このFig.1の５つの画像は、SoftKey社の"BODYWORKS Version 5"に収録されている画像と同一であることを確認しました。論文内には引用情報は何も記載されておらず、著作権違反（盗用、剽窃）の可能性があります。

ヴァカンティ教授らが盗用したSoftKey社の"BODYWORKS"の画像例：

SoftKey Multimedia Inc.（SoftKey International Inc.の子会社）の"BODYWORKS VERSION 5.0"に収録されている画像の一部は、STCC、Apotheker Karsten Wolter、あるいは、apomarketing.deのサイトなどで引用・掲載されており、それら画像がヴァカンティ教授らの論文の画像と類似していることがわかります。

↓STCCのサイトに掲載の"Body Works CD"のSpinal Cordの画像へのリンク

http://faculty.stcc.edu/AandP/AP/imagesAP2/ANS/trunks.jpg

↓Apotheker Karsten Wolterのサイトに掲載の"Body Works CD"のLiverの画像へのリンク

http://www.kur-apotheke-wolter.de/images/leber-300.jpg

↓apomarketing.deのサイトに掲載の"Body Works CD"のSpinal Cordの画像へのリンク

http://www.apomarketing.de/mensch1/lunge.jpg

盗用疑惑浮上の経緯

ヴァカンティ教授らのJCB 2001の論文のFig.1のSpinal Cordの図を抽出して、画像類似検索にかけると、
2011 STCC Foundation Pressのサイトの画像がHITしました。STCCのサイトの著者は、"Body Works" CDからこの画像を取ってきたと説明しています（実際に、Body WorksのVersion 5 のCDに収録されていました。）。

↓ヴァカンティ(Vacanti)教授のSpinal Cordの画像

↓STCCのサイトに掲載の"Body Works" CDのSpinal Cordの画像

"Body Works" CDのVersion 5は、1995年発売

"Body Works" CDのVersion 6（The Learning Company）は、1997年発売
(ebayでも売られている、amazonでも売られています。）

Version 6には、類似した画像は掲載されていましたが完全には一致しない画像でした。
そこで、Version 5を調べたところ細部まで一致する画像が収録されており、ヴァカンティ教授らが"Body Works" CDのVersion 5から盗用している可能性が浮上しました。

論文捏造＆研究不正さんがリツイート
Ralf H. Adams ‏@ralfhadams 8時間

@rjgeller @HHS_ORI @pknoepfler No source cited in the paper. All images in top panel of same style. Perhaps all taken from one source?
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論文捏造＆研究不正さんがリツイート
Robert Geller ‏@rjgeller 8時間

@ralfhadams @HHS_ORI @JuuichiJigen @pknoepfler Do you mean these images were used without appropriate citation by Vacanti et al?
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論文捏造＆研究不正さんがリツイート
Ralf H. Adams ‏@ralfhadams 9時間

@rjgeller @HHS_ORI Other images from the 2001 Vacanti paper can be also found online http://bit.ly/1ecdpzE http://bit.ly/1klMhk8
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論文捏造＆研究不正さんがリツイート
Robert Geller ‏@rjgeller 20時間

@HHS_ORI Not just hypothetical. "Spinal cord" fig apparently copied w/o cite. Sorry post (not mine) is in Japanese. http://stapcells.blogspot.jp/2014/04/vacantispore-like-cellsjcb-2001.html …
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論文捏造＆研究不正さんがリツイート
Robert Geller ‏@rjgeller 20時間

@HHS_ORI Tx for reply. But suppose copied w/o cite fig is just standard boilerplate used in intro of paper. Then it's not a "result."
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以下、BodyWorks(R) 5.0 for Windows　のREADME.txtです。

BodyWorks(R) 5.0 for Windows
README.TXT - November 6, 1995

---------------------------------------------------------
NEW!
Check out SoftKey's BodyWorks home page on the Internet:
http://www.softkey.com/bodyworks/
---------------------------------------------------------

1. Introduction
2. System Requirements
3. Installing, Running, and Uninstalling
4. QuickTime for Windows
5. NETCOM's NetCruiser(TM) software and BodyWorks Online
6. Troubleshooting
7. Technical Support for SoftKey products
8. Royalty Free Use of Clip Art
* * * *

1. Introduction

Thank you for purchasing BodyWorks(R) 5.0 from SoftKey International. By
registering this product you are entitled to technical support and a free
copy of the SoftKey Catalog, so please take a moment to send in your
registration card. For your convenience, you can also register by
calling, toll free, 1-800-845-8692, 24 hours a day.

New features in version 5.0 include:
* More new pictures and topics
* Body Basics - an interactive TV-style quiz
* Dr. BodyWorks - fascinating multimedia anatomy lectures
* BodyWorks Online - get the latest information on BodyWorks(R)
and all SoftKey products right from the Internet using NETCOM's
NetCruiser software

* * * *

2. System Requirements

Please be sure that your system meets the following standards:

IBM PC or compatible, 386/25 or higher CPU (486 recommended)
Microsoft Windows(R) 95 or Windows 3.1
4MB of RAM (8Mb recommended)
8MB of available hard disk space
SVGA graphics - 256 color support
Double speed CD-ROM (quad-speed recommended)
MPC compliant 8-bit or 16-bit sound card
Windows compatible mouse or pointing device

* * * *

3. Installing, Running, and Uninstalling

To install BodyWorks(R), run the Install program from the CD-ROM.
If you are using Windows 3.1, choose Run from the Program Manager's File
menu and type D:\INSTALL into the "Command Line" field. If your CD-ROM is
not drive D:, substitute your CD-ROM drive's correct drive letter. If you
are using Windows 95, open the Control Panel and run the Add/Remove
Programs icon, or choose Run from the Start Menu and type D:\INSTALL into
the "Command Line" field. The install program will automatically detect
which version of Windows you are running and install either a 16-bit
version (for Windows 3.1 users) or a 32-bit version (for Windows 95
users).

The installation will first install BodyWorks into a directory on
your hard drive. We suggest you use the default directory of C:\BODY5
(install does support the use of long directory names under Windows 95).
When that process is complete, Install will then run the QuickTime for
Windows installation, followed by NETCOM's NetCruiser software
installation. Once that is complete, the BodyWorks program group and
program icons are created; Windows 95 users will have the group and icons
automatically added to the "Programs" list on the Start Menu.

You can also run BodyWorks directly off the CD-ROM. This will
save a few megabytes of disk space but will decrease program performance.
If you are running Windows 3.1, run the BODY5W16.EXE application from the
\BODY5 directory on the CD-ROM. Windows 95 users can run the BODY5W32
application from the same directory. However, you must install QuickTime
for Windows before you can view any of the videos in the program or use
the 3D Models, Body Basics, or Dr. BodyWorks features. To install
QuickTime for Windows, run QTINSTAL.EXE from the \QTW directory on the
CD-ROM, then restart Windows.

Windows 95 and 3.1 users can also uninstall BodyWorks. From Windows
95, run the Add/Remove Programs icon from the Control Panel (make sure the CD
is in the CD-ROM drive) or run INSTALL from the CD-ROM's root directory.
From Windows 3.1, run the INSTALL.EXE program from the CD-ROM and click the
"Uninstall Program" button at the opening dialog (this method will also work
in Windows 95). Uninstalling BodyWorks will remove all files from the
BodyWorks directory on your hard drive, including program files, medical
records, the program group, and program icons. It will not remove QuickTime
for Windows, NETCOM's NetCruiser software, nor any shortcuts you have placed
on the Desktop.

* * * *

4. QuickTime for Windows

BodyWorks 5.0 will install Apple Computer's QuickTime for Windows
version 2.03 into your \WINDOWS and \WINDOWS\SYSTEM directories,
overwriting any previous version of QuickTime you may have installed.
Please read the "Read Me" file installed into the QuickTime for Windows
program group for hardware compatibility, troubleshooting, and general
information regarding QuickTime.

* * * *

5. NETCOM's NetCruiser Software and BodyWorks Online

BodyWorks 5.0 will also install NETCOM's NetCruiser, which will
allow you to subscribe to NETCOM's full-service Internet host, giving you
full access to the Internet, including the World Wide Web, Usenet
newsgroups, Internet Relay Chat, electronic mail, FTP, and Telnet sites
all over the world. Once you have registered your NETCOM account, point
your WWW browser to http://www.softkey.com for the latest in news and
information about BodyWorks and the whole SoftKey product line. For more
information on the NETCOM service and NetCruiser software, call (408)
983-5970. Selecting "BodyWorks Online" from the Tools menu will launch
NetCruiser, allowing you direct access to the Internet from within
BodyWorks.

To use the NetCruiser software, you must have a modem installed and
properly configured.

* * * *

6. Troubleshooting

If you have Windows 3.1 and an 8-bit sound card, you may not be
able to hear the MIDI music unless you change your MIDI configuration. To
do this, open the MIDI Mapper icon from the Windows Control Panel and
select "AdLib General" as your MIDI device.

If you have Windows 3.1 and the music sounds as though the wrong
instruments were playing the music, open the MIDI Mapper icon from the
Windows Control Panel and select "SB Ext FM" (if you have a Creative Labs
SoundBlaster or 100% compatible). For this same problem with other types
of audio cards, select a different extended FM patch map.

If the BodyWorks 3D Models, Body Basics, Dr. BodyWorks, or videos
cause problems such as error messages like "Cannot open movie file" or
display incorrectly, restart Windows and try again. If that doesn't work,
re-install QuickTime for Windows by running QTINSTAL.EXE from the \QTW
directory on the BodyWorks CD-ROM.

If the video in Body Basics, Dr. BodyWorks, or the movies displays
choppily or gets out of sync with the soundtrack, try turning off virtual
memory in Windows 3.1 (Control Panel, 386 Enhanced, Virtual Memory button).
In Windows 95, try this:

1) Open the Windows 95 Control Panel and double-click on the
"System" application.
2) Click the "Performance" tab.
3) Click the "File System" button.
4) Click the "CD-ROM" tab.
5) Increase the "Supplemental Cache Size" setting to either the
highest or next-to-highest setting.
6) Make sure the "Optimize Access Pattern For" setting is
correctly set to match the speed of your CD-ROM drive. In
initial versions of Windows 95, this setting comes defaulted to
single-speed CD-ROM drives, which may not be correct in many
environments.
7) Close all open windows and restart your computer.

* * * *
7. Technical Support for SoftKey Products

You can reach the SoftKey International Product Support Center via:

*telephone: (770) 428-0008, M-F 9am-8pm ET, excluding holidays
*fax: (770) 427-1150
*CompuServe: GO SOFTKEY

* * * *

Royalty Free Use of Clip Art, Photographs, Text, Video, and Sound

Subject to the restrictions described below, you may resell the clip art,
photo images, or text contained in BodyWorks in printed form and you may
make copies of the images for use in advertisements, public or private
presentations, business communications, multimedia presentations, and
other similar uses. For example, subject to the restrictions described
below, you may use the images to create posters, greeting cards,
invitations, calendars, reports or catalogs.

The restrictions are:

1. You may not resell or distribute the clip art or photo images or text
in any electronic form, including, on any on-line service or the
Internet. For example, you may not include clip art or photos or text
in another software product for resale, or distribute the clip art or
photos or text on any on-line bulletin board service.

2. You may not use photos of identifiable people, trade names or
trademarks in any product for sale, distribution, or in any public
presentation or public display. For example, you may use photos of
people in private presentations, but not in newsletters, advertisements
or public presentations.

3. You may not use photos of people or identifiable entities in any manner
which suggests the endorsement or association of any product or service
or in connection with any pornographic or immoral materials. For
example, you may use a photo of a non-human object such as an animal in
an advertisement, but you may not use a photo of a person in an
advertisement.

4. You may not use any of the video or sound files without the prior
written permission of SoftKey. Address all inquiries to: Legal
Department, SoftKey International, One Athenaeum Street, Cambridge, MA
02142.

5. Users must credit SoftKey and reproduce the following notice in the
publication: "(c) 1993 - 1995 SoftKey Multimedia Inc, a subsidiary of
SoftKey International Inc, all rights reserved."

Disclaimer

BodyWorks is an interactive exploration of human anatomy and physiology.
Any information contained in this program relating to medical conditions
or medication is provided solely for informational purposes and is not
intended for self-diagnostic purposes. BodyWorks is NOT intended to offer
medical advice or diagnosis of medical conditions and the software program
is NOT a substitute for consultation with a physician or other health-care
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笹井芳樹氏の会見の問題点まとめ(調査委に対する不申告問題など)

2014-04-21T15:17:00.000+09:00

2014年4月16日独立行政法人理化学研究所
STAP細胞論文に関する笹井芳樹副センター長の会見時の資料について
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140416_1/
http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf

動画全録：　2014年4月16日 理化学研究所笹井芳樹副センター長記者会見
USTREAM: http://www.ustream.tv/recorded/46208414

FNNnewsCH:

https://www.youtube.com/watch?v=vyzzGgP0_rg (1/5)
https://www.youtube.com/watch?v=9SIBR1QyBj0 (2/5)

https://www.youtube.com/watch?v=WrebFLEjCgE (3/5)
https://www.youtube.com/watch?v=8Vf3KGC-WJA (4/5)
https://www.youtube.com/watch?v=fgBL6ULjak4 (5/5)

笹井氏一問一答:（上）「共著者として沈痛の極み」（毎日新聞）

笹井氏一問一答:（中）「ＳＴＡＰ現象は有望だが検証を」（毎日新聞）

笹井氏一問一答:（下）「将来は小保方さんが決めること」（毎日新聞）

http://www.kobe-np.co.jp/news/iryou/201404/0006867933.shtml （神戸新聞）

笹井氏会見（１）「疑惑を招いたことをおわび申し上げる」
笹井氏会見（２）「生データやノートを見る機会なかった」
笹井氏会見（３）「小保方氏の選考は独創性、準備状況などで評価した」
笹井氏会見（４）「山中先生に申し訳ない」
笹井氏会見（５）「ＥＳ細胞の混入は考えにくい」
笹井氏会見（６）「若山さんがチェックしたと思った」
笹井氏会見（７）「ＳＴＡＰ存在しないと思うなら共著者になっていない」
笹井氏会見（８）「若手の研究のお手伝い」
笹井氏会見（９）「すべてを通しで共同研究者がみるのは難しい」
笹井氏会見（１０）「できた細胞はＳＴＡＰ細胞」
笹井氏会見（１１）「iＰＳとは原理が違う」
笹井氏会見（１２）「小保方さんにはある種のずさんさがあった」
笹井氏会見（１３）「ノートなど客観的なデータからたどれなかった」
笹井氏会見（１４）「より高いレベルの検証で調べる潔さが必要」
笹井氏会見（１５）「彼女の発言には一定の理解はできる」
笹井氏会見（１６）「きょうの一番の目的は謝罪」
笹井氏会見（１７）「自由な情報発信難しかった」
笹井氏会見（１８完）「不適切な関係はありません」

笹井芳樹氏は本当に２月の調査当時、小保方氏の博士論文からのNature誌への画像流用を単なる取り違えミスと本心で判断していたのでしょうか？小保方氏による捏造行為の可能性に気づいてながらも研究不正隠蔽のために調査委員会にあえて申告しなかったの可能性があるのではないでしょうか？生データを確認せずにどうして取り違えミスとして済ませることができるのでしょうか？

参考記事
小保方氏ひとりが悪いのか？（ＷＥＢＲＯＮＺＡ）

2014年04月22日　浅井文和ＳＴＡＰ問題を斬るhttp://astand.asahi.com/magazine/wrscience/2014042100012.html （写し）

「笹井氏　調査委に対する不申告は重大だ」

浅井文和「私が抱いた大きな疑問は、調査委員会が「捏造（ねつぞう）」と判断したＳＴＡＰ論文の画像取り違えについてだ。笹井氏はこの画像が小保方氏の博士論文の画像と酷似するものと知っていながら、２月２０日の調査委員会のヒアリングでは、その事実を委員に申告しなかった。

　取り違えた画像は、ＳＴＡＰ細胞が様々な種類の細胞に分化できる証拠となる画像で、論文の根幹部分だ。幹細胞研究の第一人者である笹井氏が、早稲田大学に提出された２０１１年に博士論文の画像が全く違う実験の画像で、英科学誌ネイチャーの論文に誤って掲載されてはならないことを知らないはずがない。

　単純な「取り違え」では説明しにくい画像がＳＴＡＰ論文に使われていたことを知れば、ふつうの研究者ならば、間違いの深刻さにびっくりして、「何か異常なことが起きている」と感じることだろう。それを調査委員会に申告しないのは不自然で不誠実な態度と受け取られても致し方ないと私は考える。」

参考記事、参考サイト

芳樹の陥穽 - Nature論文リバイズを「企画」した責任者は誰なのか（世に倦む日日）

"笹井芳樹の会見は、多くのマスコミ報道が指摘しているように、責任逃れの言い訳に終始した、論点はぐらかしの官僚答弁だった。頭脳は優秀で、言葉は専門用語を次々と繰り出し、聞く方は煙に巻かれるのだけれど、自分の責任に関わるところでは見苦しく逃げを打ち、若山照彦に責任を押しつけ、理研の組織の所為にする。卑怯で卑劣という印象だけが残ったのは、会見を見ていた全員の感想だろう。"

STAP細胞を前提にしないと説明できない？（大隅典子の仙台通信）

"こちらの２頁目に「ＳＴＡＰ現象（←STAP細胞とは言っていない）を前提にしないと容易に説明できないデータがある」の例として３つ挙げられています。これらについて、「STAP現象」ではなくても説明できるのではないか、という私見を記します。"
"A)　ライブ・セル・イメージング（顕微鏡ムービー）　・・・"
"B）特徴ある細胞の性質　・・・"
"C）胚盤胞の細胞注入実験（キメラマウス実験）の結果　・・・"
"以上のような可能性を総合的に判断すると、「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。"

kaho氏のコメント（「＞Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので」との発現に対し）

"正しくないですよ．今日笹井先生が配られた資料を見てびっくりしました．「遺伝子発現パターンの詳細解析でも、STAP細胞は、ES細胞や他の幹細胞とも一致せず」若山先生もトランスクリプトーム解析でSTAPは他の細胞と違うと仰っていました．ところが，その「トランスクリプトーム解析」で分かることは，STAP細胞と呼ばれるもの同士ですら「遺伝子発現パターン」が様々であることです．"
"トランスクリプトーム解析はOct4-GFP発現を確認した細胞で行っているものではなく細胞塊をつくった細胞で観察したということですが，少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ
別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っ
ているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．"

◆ STAP細胞の番外編（笹井）（Open ブログ）

”「他の万能細胞を混ぜても、一つの塊にならない。実験をやったことのない人の机上の考えだ」　という弁明は、まったく成立しない。コンタミは「混ぜること」によって生じるのではない。「ほんの少しの微量の ES細胞が混じる」ということだけで生じる。そして、そのあとは、ES細胞が急速に増殖するのだ。”

極めて無責任な主張（無知の知ほたるぶくろの日記）

笹井氏「有力な仮説」強調も新事実なく争点には「分からない」（産経新聞）

笹井氏、どこか人ごと…「アドバイザー」何度も繰り返す（産経新聞）

笹井氏と小保方氏水面下で協力? (日刊ゲンダイ 2014年04月18日)

”笹井副センター長が会見で度々、口にしたのは、山梨大の若山教授の名だ。「（実験ノートは）若山研でチェックを受けていた」「世界の若山さんが間違えるワケがない」などと、まるで責任の所在は若山教授にあるような発言を繰り返したのだ。実は、小保方さんも１４日に公表した説明文で＜２０１３年３月までは、私は、神戸理研の若山研究室に所属＞＜ＳＴＡＰ幹細胞は、ＳＴＡＰ細胞を長期培養した後に得られるもの。長期培養を行ったのも保存を行ったのも若山先生＞と、若山教授の名前を挙げていた。理研関係者がこう言う。「笹井さんと小保方さんの２人はミョーに息が合っている気がします。まあ、もともと笹井さんは小保方さんを寵愛し、小保方さんも＜センセー、センセー＞と慕ってた関係です。外から見ると、水面下で２人がタッグを組んで、若山教授をスケープゴートにしようとしているのでは、と疑われてしまうかもしれません」”

笹井氏は小保方氏と同等の責任を…改革委員長（読売新聞 2014年04月18日）

”「実験ノートを知らなかったことを強調すべきでない」。理化学研究所改革委員会の岸輝雄委員長（７４）（東京大名誉教授）が１８日、ＳＴＡＰスタップ細胞論文をめぐる笹井芳樹氏（５２）の発言に不快感を示した。笹井氏は論文の共著者。「（論文の基となる）ノートを見る機会がなかった」と１６日に弁明していた。岸氏は「（筆頭著者と）同等に責任を持つべきだ」と話した。”

「笹井氏の責任、小保方氏と同等」理研改革委員長ＳＴＡＰ論文問題で批判（日本経済新聞 2014年04月18日）

”岸委員長は笹井氏が16日の記者会見で、実験ノートを見ていないと発言したことに関し「一緒に出したことが大事で、ある部分は知ってるが、ある部分は知らないということは普通はあり得ないだろうと思う」と苦言を呈した。その上で「名前を連ねた以上、応分の責任を持ってしかるべきだ」と指摘した。”

参考ツイート

https://twitter.com/KamiMasahiro/status/456322978263736320
上昌広‏@KamiMasahiro

笹井先生の記者会見を聞いています。驚きました。言葉は丁寧なのですが、「若手を抜擢して、徹底的に競わせる。いい結果が出たら、自分の業績としてPRするが、問題が発覚したらけつは拭かない」と言っています。これでは辛いですね。

https://twitter.com/TJO_datasci/status/453065654896058369
TJO ‏@TJO_datasci
理研曰く「樹立済みSTAP（幹）細胞の凍結ストックは検証しない、共著者もOct4蛍光らしきものしか見たことがない、でも1300万円かけてスタッフを新たに2人入れて1年かけて細胞マウス双方の再現実験をする、Nature論文を撤回するか否かは筆頭＆責任著者次第」何ぞこれ。

https://twitter.com/turingpattern/status/456733132952047616
近藤滋 ‏@turingpattern
「魅力的な仮説に戻った」というのは「できたら凄いんだけど証明に失敗しました」ということ。でも、事情を知らない人に与える印象は、全然違う。この辺の言葉遣いが秀逸。国語の勉強にはなる。

https://twitter.com/Yashiro_Y/status/456331046296899584
八代嘉美 ‏@Yashiro_Y 4月16日
ちゃんと死細胞弾いてるFACSパターン見せてくれればよいのに

Jun Seita ‏@jseita 4月16日@Yashiro_Y こんなやつ？http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_SF5.html …

八代嘉美 ‏@Yashiro_Y 4月16日@jseita PI染色してんですよねこれ…

Jun Seita ‏@jseita 4月16日 @Yashiro_Y そもそも話に合う様にサンプルごとにvoltage変えてる時点でアウトです。コンペンセーションもまったく理解してないしね。このFig一点をもって、「FACSで確認した」は全てナンセンスです。

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 4月16日@jseita @Yashiro_Y 前から思ってたんですけど、Extended Data Figure 1のPI染色変じゃないですか？non treatとpH5.7で展開の具合が違いするぎる気がするのですが。

Jun Seita @jseita 4月16日@yoshiyuki_seki @Yashiro_Y ええ、ですから話に合う様にサンプル毎に感度などをいじっていると思います。

仙石慎太郎 | S Sengoku ‏@ssengoku 4月16日余り注目されていませんが、これはかなり悪質ですねえ。 RT @jseita: @yoshiyuki_seki @Yashiro_Y ええ、ですから話に合う様にサンプル毎に感度などをいじっていると思います。

Jun Seita ‏@jseita 4月16日@ssengoku @yoshiyuki_seki @Yashiro_Y 結局「Letterの方は守る」という上意がまずありき、なのでしょう。

https://twitter.com/dpyNonunc/status/457010122301001728
Hitoshi Sawa ‏@dpyNonunc
以下STAPについての私見をまとめて書きます。これで終わりにしたいけどね・・・
→　https://twitter.com/dpyNonunc/status/457010157658976256

理化学研究所の過去の不祥事まとめ

2014-04-18T11:19:00.001+09:00

”2004年の理化学研究所の論文不正事件では、不正には関与していなかった責任著者（男性副主任研究員）も不正を見抜けなかった過失責任を問われ、理研理事者側からの退職勧奨により2004年9月30日に退職した。この前例を踏まえると、理研は笹井芳樹氏にも退職勧奨を行うべき？”

１９９５年頃
理研分子腫瘍学研究室　新しい癌抑制遺伝子を見つけたとして記者発表しNHKで報道されたが、その後データは一切発表されず、虚偽発表、少なくとも見込み発表だった。

１９９８年頃
理研ゲノム科学研究室（当時、筑波研究所にあった）の任期付若手研究員が同室の同僚を殺人。同研究員は逮捕。待遇の不満から殺人した。上司は処分されず。
（報道された）　

１９９８年頃
理研ゲノム科学研究室からNatureに発表した遺伝子配列データに間違いがあったことが指摘されたが、間違いはないとするあり得ない反論を展開した。
（研究者社会では知ってる人は知ってる）

１９９９年６月
理研脳科学研究所でアジ化ナトリウム（毒）がポットに混入されていた事件が発覚　
（報道された）

以下引用（http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/publications/riken88/riken88-2-7.pdf　（写し））

「BSI毒茶事件」　毒物・劇物利用研究の急増と安全管理
1999年（平成11年）6月、当時、脳科学総合研究センター（BSI）の東研究棟にあった「ニューロン機能研究グループ」の研究室で、電気ポットの中にアジ化ナトリウムが混入され、それを飲んだ室員が救急車で入院する騒ぎが起き、マスコミでも大きく報道された。その後、埼玉県警の長期にわたる精力的な捜査にもかかわらず、未だに誰がやったか分からずじまいで、また、その動機も知ることはできなかった。同様の事件は外国でも、また日本の大学や研究所でも起きている。

２０００年９月
理研筑波研究所　遺伝子基盤研究部長（主任研究員）が部下に対するセクハラで辞職
（派手に報道された）

２００１年頃
理研筑波研究所　分子腫瘍学研究室主任研究員　米国大との兼務違反を理由に退職したが、公費で秘書と海外渡航したことが真の理由で、研究室閉鎖と主任研究員辞職
（非公表）

２００４年２月
谷畑勇夫・前理事（５６）の研究費不正流用（約526万円）と、環境型セクシュアル・ハラスメント（部下の特定の女性研究者との交際）が発覚する。”前理事は先月１４日付で依願退職したが、理研は計３６６万円の返還を求めると共に、理事としての約２３０万円の退職金を支給しないことや、今後理研にかかわる研究に従事させないことなどを決めた。”

２００４年６月

海外出張旅費を二重取りしていた元主任研究員に対して、詐欺容疑（約190万円）で告訴状が出される。（結果は不起訴処分）

２００４年１０月
理研脳科学研究所で都合の良いサンプルのデータだけを使用し作為ある結果を論文発表したことが発覚、新聞報道された。理研は事件を隠蔽。理研職員だけが見れるHP上で不正ではないと主張。組織ぐるみで不正疑惑を隠蔽
（報道された）

２００４年１２月
Genes & Development誌論文、ＪＣＢ誌論文における疑義
”この2004年の理化学研究所の論文不正事件では、不正には関与していなかった責任著者（男性副主任研究員）も不正を見抜けなかった過失責任を問われ、理研理事者側からの退職勧奨により2004年9月30日に退職した。この前例を踏まえると、理研は笹井芳樹氏にも退職勧奨を行うべき？”

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 10時間

実験ノートやデータへのアクセスが禁じられると、被告発者側は記憶に頼って反論せざるを得ないという圧倒的に不利益な立場におかれる。２００４年の事件では、調査報告書全文さえも記者発表後に一時的に閲覧が許可されただけであり、被告発者側は訴訟当初は手書きメモに基づき反論せざるを得なかった
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 10時間

理研は、この2004年の理化学研究所の論文不正事件において、実験ノート、データ、調査報告書全文を被告発者側に開示せず、研究不正に関与していない研究者までも不正に関与していたかのように記者発表したため、４年以上の訴訟の結果、記者発表の取り消しをするという和解が成立しています。
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 10時間

また、2004年の理化学研究所の論文不正事件では、被告発者らは出勤禁止とされ、研究室は閉鎖され、研究室員や他の研究職員との接触を禁じられたとのことです。以上、伝聞です。ＳＴＡＰ細胞論文に関する調査とは大きな違いがありますね。
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 10時間

理研は調査終了時には被告発者に対しては調査報告書の概要部分だけを５分程度だけ見せただけであったり、一部を理研が棒読みしただけであった。このような内容も把握できない状態では被告発者側は満足に弁明できなかった。また、理研は調査報告書全文の提出を裁判長に求められても１年以上拒み続けた。
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 10時間

2004年の理化学研究所の論文不正事件では、理研は調査中のみならず訴訟中においても、押収した実験ノートやデータ類を被告発者や裁判所に小出しに開示するという凡そ公正な科学論争とはかけ離れた対応に終始した。また、被告発者側に調査報告書全文は開示されず満足な弁明の機会が与えられなかった
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 11時間

このような過去の事例を踏まえて、今回の小保方事件で理研は実験ノートやデータを押収しなかったのかもしれない。理想的には、研究不正疑義に関する本調査では実験ノートやデータを原則押収し、その際には、被告発者側も調査時や裁判で反論できるように、ノートやデータのコピーの保存が許可されるべき
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論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 11時間

2004年の理化学研究所の論文不正事件では、理研は実験ノートやデータを全て押収し、被告発者らはそれら資料にアクセスできなかった。そのため、調査委員会でも被告発者らには実験ノートやデータなどの記録を示し科学的に反論する手段がなかった。このことが、後の民事裁判に影響することになった。
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２００６年４月
延べ1937名もの職員による放射線業務手当の不正受給（1068万円）が発覚。

２００６年９月
理研横浜研究所　１４４人のDNA情報、個人情報を流出
（報道された）

２００７年３月
研究業務課長のタクシー券私的使用（189件・192万530円分）が発覚。

２００９年９月
主任研究員が架空取引を行い当研究所に損害を与えたとして背任容疑で逮捕

２０１０年４月　事業仕分けにおいて、アシスタントに配偶者を雇用していることを問題視され指摘される

２０１０年４月
２００４年１２月の理研による論文不正の記者発表を、当該研究員による訴訟によって、理研は事実ではなかったことを認め自ら記者発表全文を取消した。(理化学研究所は、約１０年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。)
（朝日新聞：元研究員と理研が和解「論文改ざん」の発表を削除）
（毎日新聞：　＜理研＞論文不正巡り元研究員と和解発表をサイトから削除）

以下、引用

『独立行政法人理化学研究所の研究員による研究論文不正発表について』のHP掲載文の削除について

http://www.riken.go.jp/r-world/info/info/2010/100406/index.html

お知らせ：2004年12月24日付け『独立行政法人理化学研究所の研究員による研究論文不正発表について』のHP掲載文の削除について

平成22年4月6日

独立行政法人理化学研究所　今般、平成１６年１２月２４日付け「独立行政法人理化学研究所の研究員による研究論文不正発表について」及び「Publication of Fraudulent Research Papers by RIKEN Researchers」(以下「HP掲載文」という。)とそれに関連した記者会見に関する、理化学研究所を被告として提起された名誉毀損訴訟において、この度和解が成立し、HP掲載文は削除することとなりました。

HP掲載文の主旨は、「研究員による3篇の研究論文の不正発表について調査した結果、これらの研究論文に改ざんが認められたため、当該研究員(研究論文の責任著者２名：前職員)に対し研究論文の取下げ勧告を行った。」というものであります。

　本件3篇の論文のうち1篇の論文については、実験データの加工などの不適切な処置があったことを原告が認めております。また他の2篇の論文については、本件の訴訟に加え、研究員であった別の者から同様の訴訟が提起されましたが、その裁判において改ざんまたはその可能性が高いことが認められているほか、データの改ざんについてcorresponding authorとして責任があったことを原告は認めております。したがって、理化学研究所としては、3篇の論文に関して論文取下げを勧告したこと及びその発表の主旨に誤りはなかったと考えています。

　しかしながら、記者会見等において、原告が論文不正に積極的に関わったと受け取られかねない表現があったため、当時の一部新聞報道において、原告が不正に直接関わったかのような報道がなされ、そのため本件訴訟が提起されたものではないかと考えています。

　理化学研究所は、今後とも研究不正には厳正に対処する方針であり、同様な事件が発覚した場合は、論文の取下げ勧告やその公表を含む厳しい措置を執ることとしておりますが、記者発表等に際しては誤解を招かないよう、細心の注意を払うことに留意したいと考えています。

以下に、本和解の要旨を掲示いたします。

和解条項要旨

１ (1) 原告は、論文「Proplatelete formation of megakaryocytes is triggered by autocrine-synthesized estradiol（邦題：「血小板は自己合成されたエストラジオール(女性ホルモン)が引き金となって放出産生される」）掲載誌「Genes & Development 17,2864-2869(2003)」以下「本件論文１」という。」において、ＧＦＰ付き３β－ＨＳＤを使用したことを明示した記載をしなかったこと、実験データのバンドを消去する加工を行った図を掲載したことが不適切であったことを認める。

(2) 被告は、原告が、本件論文１の結論に誤りがなかった旨を適宜の方法で公表することに異議を述べない。

２ (1) 原告は、論文「Regulation of APC Activity by Phosphorylation and Regulatory Factors（邦題：「リン酸化と制御因子によるAPC活性の制御」）」（掲載誌「Journal of Cell Biology,146,791-800(1999)」、以下「本件論文２」という。）及び論文「PKA and MPF-Activated Polo-like Kinase Regulate Anaphase-Promoting Complex Activity and Mitosis Progression（邦題：「PKAおよびMPFで活性化されたポロ・リン酸化酵素が分裂中期促進複合体(APC)と分裂期進行を制御する」）」（掲載誌「Molecular Cell, 1,371-380(1998)」、以下「本件論文３」という。）において、実験データの一部に改ざんがあったことにつき、corresponding author としての責任があることを認め、被告に対し、遺憾の意を表する。

(2) 被告は、原告が本件論文２及び３における上記不正に積極的に関わっていたかのような印象を与える記者会見を行い、また、ホームページ上に同様の文章を掲載したことにつき、それらの表現が不適切であったことを認め、原告に対し、遺憾の意を表する。

３ (1) 被告は、その公式ホームページ上に掲載されている平成１６年１２月２４日付け「独立行政法人理化学研究所の研究員による研究論文不正発表について」及び「Publication of Fraudulent Research Papers by RIKEN Researchers」と題する日英両文の文書（ＵＲＬ：http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2004/041224/index.html及びhttp://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2004/041224/index_e.html）を本和解成立後１週間以内に削除する。

(2) 被告は、前項に基づいて上記文書を削除した日から２週間、その公式ホームページのトップページ中に「お知らせ」欄を作成し、同欄に、日本語及び英語で、「平成１６年１２月２４日付け記者発表内容は、削除しました。」と記載するとともに、前項に基づいて上記文書を削除した日から３年間、上記各ＵＲＬに、日本語及び英語で、「１２月２４日付け『独立行政法人理化学研究所の研究員による研究論文不正発表』は、関係当事者間の裁判上の和解に基づき、削除しました。」と掲示する。

（疑義論文１　G&D論文）　（民事訴訟１：東京地方裁判所民事第１６部、平成１９年第５３８７号　における和解にて、原告が不正でないと主張することに対し、理研が異議を唱えないこととなりました。）

http://genesdev.cshlp.org/content/19/15/1823.long
Errata for vol. 17, p. 2864
Genes & Development 17: 2864-2869 (2003)
Proplatelet formation of megakaryocytes is triggered by autocrine-synthesized estradiol
Yuka Nagata, Jun Yoshikawa, Atsushi Hashimoto, Masayuki Yamamoto, Anita H. Payne, and Kazuo Todokoro

（疑義論文２　ＪＣＢ論文）　（民事訴訟２にて、裁判所により研究不正が認定されました。）

JCB Home > 2005 Archive > 11 April > Kotani et al. 169 (1): 205

Published April 11, 2005 // JCB vol. 169 no. 1 205 The Rockefeller University Press, doi: 10.1083/jcb.199901060032505r© 2005 Rockefeller University Press Retraction
Shuji Kotani, Hirofumi Tanaka, Hideyo Yasuda, and Kazuo Todokoro

Vol. 146, No. 4, August 23, 1999. Pages 791–800.Drs. Tanaka, Yasuda, and Todokoro retract the above referenced manuscript. An investigation by RIKEN determined that some of the experimental data had been falsified. Details of the investigation are available at http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2004/041224/index_e.html.

２０１３年９月
研究所から流出した可能性のある過去の情報について

２０１４年４月
ドイツ人教授「理研は“STAP”以前も改ざんあった」（テレビ朝日）

以下引用

"理化学研究所で研究者として働いていたドイツ人の大学教授がANNのインタビューに応じ、「STAP細胞問題の以前にも理研でデータの改ざんなどがあった」と語りました。理化学研究所の元研究者、トーマス・クヌッフェル氏：「（Q.論文の盗用など見たことがあるか？）ええ、見たことがあります。私は、それについて批判しましたが、うまくいかなかった。批判に対する前向きな反応はなく、逆に私の立場が危うくなりました。それは、理化学研究所で育まれた一種の『文化』だと思います」現在、ロンドンの大学で教授として働くクヌッフェル氏は、去年までの15年間、理研の脳科学研究センターのチームリーダーとして働いていました。しかし、データの改ざんを指摘したことなどが原因で理研から契約を更新されなかったということです。クヌッフェル氏は、科学雑誌「サイエンス」のウェブサイトに「理研は研究不正に対して甘い」と告発していました。"

STAP細胞の特許書類における不適切な画像流用まとめ

2014-04-10T08:35:00.003+09:00

PDFファイル：　2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
Document details: Country/Office: US, Number: 61/637,631, Filing date: 24 April 2012 (24.04.2012)
（この特許出願書類は、STAP細胞の特許（WO2013163296: GENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVO）に関するWIPOのサイトのDocumentのタブのページに掲載されている。）

小保方晴子氏の博士論文のChapter 3 (Fig.11とFig.14を含む）

不適切な画像流用１

(2014年4月8日に既に不適切な画像流用が発覚していたようです　追記：2014年4月11日）

[00137] Stress treated CD45 positive cells were cultured in B27-LIF medium, and within 5 days, GFP expressing spherical colonies were observed while no GFP expressing colonies were observed in the untreated control (Figure 1A). Sphereical colonies grew to approximately 70μm in diameter over the first 7 days, and spherical colonies could be maintained for another 7 days in that culture condition. The configuration of the colonies was slightly baroque, appearing more similar in shape to the callus seen in botany, rather than spheres. A cell colony generated by stress treatment was therefore referred to as an Animal Callus (AC). Cultured cells were dissociated and population analysis was then performed using FACS. The analysis revealed that the application of certain significant stimuli resulted in the generation of stress altered cells, now referred to as Animal Callus Cells (ACCs), that did not previously exist in the CD45 positive cell populations (Figure 1B). ・・・　（略）

[0030] Figures 9A-9E depict differentiaion of ACCs. Figure 9A depicts an in vitro differentiation assay. ACCs were sorted and plated into differentiation medium. ACCs differentiated into cells from three germ layers, and expressed ectoderm specific marker βIII tubulin and GFAP, mesenchymal marker, α-smooth muscle actin, and endoderm marker, α-fetoprotein and cytokeratin 7. （以下略）

[00142] To assess the stemness of ACCs, their self-renewal potency and their differentiation potency were examined. To study their self-renewal potency, ACCs colonies derived from previously mature CD45 positive lymphocytes were dissociated into single cells, and plated into 96 well plates, with one cell per well in an effort to generate clonally derived populations. Ten days after plating, spherical colonies were seen in 12-16h and others divided in 30-34h. ACCs were passaged at least 5 times, with continued expression of Oct4 observed. Consequently, ACCs demonstrated a potential for self-renewal, and the potential to differentiate into cells from all three germ layers in vitro.

[00143] ACs derived from mature GOF lymphocytes were again dissociated into single cells, sorted to contain only a population of cells that expressed GFP and then cultured in differentiation media. At 14-21 days after plating, cells expressed the ectoderm marker, βIII-tubulin and GFAP, the mesoderm marker, α-smooth muscle actin, and the endoderm marker, αfetoprotein and Cytokeratin 7 (Figure 9A). Thus, ACCs differentiated into cells representative of the three germ layers in vitro.00135

不適切な画像流用２

(2014年3月20日に不適切な画像流用が発覚）

特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中の[00148] において、下記のように説明されています。

[00148] Developmental potential of ACCs. Finally, it was assesed whether ACCs possessed a developmental potential similar to that of plant callus cells. As an initial test for developmental potency, ACCs implanted subcutaneously in immunodeficienct (SCID) mice were studied. Six wees after transplantation, ACCs generated tissues representing all three germ layers (Figure 9B)

小保方晴子氏の不服申立書の問題点＆矛盾点まとめ

2014-04-09T00:15:00.003+09:00

小保方氏が理研に提出した不服申立書のスキャン画像　（毎日新聞）
不服申立書の全文　上　（写し）（読売新聞）
不服申立書の全文　下　（写し）（読売新聞）
理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見(Ustream)
【会見1】会見冒頭全文、【会見2】弁護士による不服申立て全文、【会見3】質疑応答全文 (logmi)

参考記事

【ＳＴＡＰ問題】小保方氏の説明に矛盾点新証拠示せるか（共同通信）

"　不服申立書によると、正しい画像の撮影日は２０１２年６月。しかし、英科学誌ネイチャーに最初に論文を投稿したのは１２年４月で、それより後に撮影した画像と取り違えようがなく、主張に矛盾がある。この画像が本当に正しいかどうか、代理人弁護士も「はっきりした証拠は、弁護団のところにはない」と述べている。"

小保方氏「基礎的倫理観身に付いていない」(蔵田伸雄・北海道大教授（科学技術倫理）)
"不正な改竄とした理研に対し、同氏が発表した不服申立書などからは、「どこが悪いのか」という思いがありありとうかがえた。科学者としての基礎的倫理観が身に付いていないと断じざるを得ない。"

「不服申立書」の詭弁 - 法曹家の使命と倫理に背く小保方晴子弁護団 (世に倦む日日)

小保方晴子氏の不服申立書の矛盾点
小保方晴子氏の不服申立書には幾つもの矛盾点がありますね。
下記のコメントがとても参考になります。 http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396948648/782 … http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396948648/802 … http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396948648/862 …

不服申立書の疑問点

1. 申立人は、2012年6月9日撮影の画像(画像B)が存在することを持って捏造は無かったとしているが、最終報告書によれば Nature 論文の最初の投稿は2012年4月であり、この原稿にも異なる実験条件の画像(画像A2 またはA1)が流用されていることから、少なくともこの期間 (2012年4月～6月)、論文における実験結果捏造が継続していたということを、申立人自ら述べていることになる。

2. 申立人は、学位論文の画像 (画像A1) を、ミーティング用のパワーポイント資料作成の際に流用して画像 (画像A2) を作成し、この画像A2 を Nature 論文に使用したとしているが、この画像A2が、当該パワーポイント資料内で脾臓由来のSTAP細胞と説明されていたとすると、画像B は2012年6月9日撮影されたものであるから、上記 1 と同様、当該パワーポイント資料の作成日である2011年11月24日から画像Bが撮影されるまで、パワーポイント資料における実験結果捏造が継続していたということを申立人は述べていることになる。

3. 上記 2 において、画像A2が、当該パワーポイント資料内で骨髄由来のSTAP細胞 (学位論文と同じ実験条件) と説明されていたとするなら、 Nature 論文の作成にあたり、誤って画像A2を流用する可能性は低いと考えられ、単なるミスと主張するのであれば、Nature 論文の最初の投稿時期と画像Bの撮影日との差異も念頭に、合理的かつ具体的にミスが発生した状況を説明することが申立人に求められる。

4. 上記 1 に関連して、申立人は2012年6月9日に画像Bを撮影したと説明しているが、この画像Bが2012年4月からの論文の捏造状態を解消するものであると認識したならば、 (画像Bの真偽に関わらず) その時点でこの捏造状態の解消に動いて然るべきであるが、実際に動き始めたのは、早くとも調査委員会の立上げ (2月17、または18日) 後 (2月19日に画像C を撮影したと申立人は述べている) であり、この大きな期間のギャップについて合理的に説明することが申立人に求められる。

5. 申立人は、(そもそも申立書の記述が曖昧であるが) 分化細胞の画像 (画像C)を2014年2月19日に撮影し直したと説明し、修正前の中間報告書・最終報告書に画像Cと思われる画像が掲載されているが、全く同様の画像が2012年4月の特許出願書類に掲載されており、申立人の説明と齟齬がある。

6. そもそも申立人の説明・提供する画像・データ等が、実験ノートや実験の生データなどによって裏付けされた確かな証拠であるか否かが申立書では言及されておらず、信憑性に疑問がある。

上記指摘の解説

「弁解と防御の機会が不十分」との不服申立てについて検証
「反論の機会も不十分」不服申し立ての小保方氏：読売新聞

↓　別の研究不正事件の調査経緯との比較

研究不正告発から調査結果発表までの期間まとめ 理研：約2ヶ月
東北大：約10ヶ月
東大セルカン：約3ヶ月～2年3ヶ月
獨協医大：約1年
名市大：約1年1ヶ月
東京医科歯科：約9ヶ月半-1年1ヶ月
三重大：約２年２ヶ月半
筑波大：約２年1ヶ月半
東大分生研（中間報告）：約１年１１ヶ月半

東京大学分子細胞生物学研究所旧加藤研究室における論文不正に関する調査（中間報告）
（不正追及ブログ）
告発文書受理から調査結果（中間報告）発表までの期間：約１年１１ヶ月半

研究不正に関する申立書（告発文書）受理：　2012年1月10日
予備調査委員会立ち上げ：　2012年1月18日
調査対象（予備調査）：　論文165報
会議における審議回数（予備調査）：　13回
聞き取り調査（予備調査）：　関係者28人に対し聞き取り調査
予備調査報告書：　2013年7月31日
本調査開始決定：　2013年9月30日
中間報告までの会議回数：　6回
中間報告：　2013年12月25-26日

筑波大学の柳澤教授や村山元講師らの研究不正に関する調査
（不正追及ブログ）

告発文書受理から調査結果発表までの期間：約２年１ヶ月半
研究不正に関する情報提供：　2012年2月14日
予備調査の実施の指示、委員会立ち上げ：　2012年2月16日
不正追及ブログで指摘された更なる疑義論文の把握：　2012年2月20日
調査対象（予備調査）：　論文6報
予備調査報告書作成、本調査実施決定：　2012年5月23日
第1回本調査委員会：　2012年7月25日
調査委員会での審議回数：１２回
調査報告書（概要）、調査報告書の公表：　2014年3月31日

三重大学青木直人准教授の研究不正に関する調査
（不正追及ブログ）
告発文書受理から調査結果発表までの期間：約２年２ヶ月半
研究不正に関する申立書（告発文書）受理：　2011年2月25日
予備調査の実施：　2011年2月28日
調査対象：　論文12報
本調査の実施決定、第１回調査委員会：　2011年3月8日

調査委員会の開催回数：　2012年3月26日までに11回開催
被告発人からのヒアリング回数：　３回
青木直人准教授からの弁明の文書を受理：　2011年4月20日

研究不正行為を認定した旨の通知：　2012年12月10日
青木直人准教授から異議申し立て：　2012年12月25日

調査報告書（概要）の公表：　2013年5月10日

東京医科歯科大学の川上明夫氏の研究不正に関する調査（第１次）
告発文書受理から調査結果発表までの期間：約9ヶ月半
研究不正に関する通報：　2011年3月10日
調査対象：　論文3報
調査報告書の公表：　2012年2月24日

調査方法：　

① 関係者からのヒアリング

② 実験現場における実験機器の記録の確認

③ 既往論文における捏造、或いは改竄の有無の調査

④ 研究不正行為の疑いとされた論文の根拠となる実験ノート及びデータの精査

⑤ 公的研究費の活用の有無の確認

東京医科歯科大学の川上明夫氏の研究不正に関する調査（第２次）　（非公表）
（不正追及ブログ）

告発文書受理から調査結果発表までの期間：約1年1ヶ月

新たな研究不正疑義に関して通報（E-mailにて）し、正式に受理される：　2012年3月9日　（非公表）
調査委員会は、2012年3月12日から４回開催
調査結果の公表：　　2013年4月4日

名古屋市立大学の原田直明氏の研究不正に関する調査
（不正追及ブログで公開した疑惑画像一覧）
告発文書受理から調査結果発表までの期間：約1年1ヶ月
追及ブログを見た理事長が調査開始を命じる：　2011年2月25日
第１回研究不正防止対策委員会（名古屋市立大学）：　2011年2月25日
名古屋市立大学宛の研究不正に関する申立書（告発文書）受理：　2011年3月2日
熊本大学宛の研究不正に関する申立書（告発文書）受理,：　2011年3月3日
第２回研究不正防止対策委員会（名古屋市立大学）：　2011年3月7日
熊本大学で本調査開始：　2011年4月12日
調査報告書（概要）、調査報告書の作成、調査結果の公表：　2012年3月19日
調査対象：　論文17報28事項
調査専門委員会での審議回数：　１４回
熊本大学との協議回数：　６回
事情聴取回数：　４回（対象：岡嶋教授、原田准教授ら）
書面による調査：　１回（対象：原田准教授）
研究室訪問：　1回　（2011年11月16日）
関係者への事情聴取回数：　３回

獨協医科大学の服部良之氏の研究不正に関する調査
（不正追及ブログ）
告発文書受理から調査結果発表までの期間：約1年

研究不正に関する申立書（告発文書）受理：　2011年1月31日
予備調査実施：　2012年2月2日
「研究者の不正行為に係る調査委員会」を設置：　2012年2月4日
第1回委員会を開催【研究者への事情聴取実施】：　2012年2月9日
以降、10月までに計8回の委員会を開催し、研究者への事情聴取をはじめとする実態調査を行った。
調査結果の発表：　2012年2月9日

東京大学アニリール・セルカン氏の研究不正・詐欺（経歴詐称等）に関する調査

（不正追及ブログ）

告発文書受理から調査結果発表までの期間：約3ヶ月～2年3ヶ月

研究不正・経歴詐称に関する申立書（告発文書）送付：2009年10月21日

コンプライアンス室に調査委員会を設置：　2009年11月13日

博士論文での不正に関する申立書（告発文書）送付：　2009年11月29日

学位審査の在り方等に関する特別調査委員会を設置：　2010年1月5日

調査委員会が報告書をとりまとめ（悪質な盗用の事実を認定）：　2010年2月10日

アニリール氏から弁明聴取：　2010年2月18日

工学系研究科教育会議を開催し、アニリール氏に関する博士の学位授与認定の取消しを審議・決定、これを受けて保立和夫研究科長が濱田純一総長に対して学位授与の取消しを上申：　2010年2月24日

学位審査の在り方等に関する特別調査委員会を開催し、工学系研究科からの上申内容を確認：　2010年3月1日

博士の学位授与の取消しを決定：　2010年3月2日

博士の学位授与の取消しの発表：　2010年3月25日

アニリール・セルカンに対する懲戒処分の公表：　2010年4月2日

アニリール・セルカン元東京大学工学系研究科助教に係る論文の不正行為に関する調査報告について：　2010年7月23日

記者会見「博士論文に関する不正行為をめぐる問題について」記者発表：　2010年11月26日

研究費の不適切な使用に関する調査結果の報告：　2012年2月29日
松村秀一教授に対する懲戒処分の公表：　2012年2月29日

東北大学歯学研究科における研究不正疑義に関する調査結果の公表

告発文書受理から調査結果発表までの期間：約10ヶ月

日本細菌学会からの申立書（告発文書）受理：　2008年7月1日
（告発内容が具体的かつ詳細であったため予備調査は省略された）
調査報告書作成：　2009年3月12日
調査報告書（関連経費）作成：　2009年3月31日
調査報告書概要作成：　：　2009年4月21日
調査結果の発表：　2009年4月21日
被告発者からの聴取（ヒアリング）回数：　上原助教４回、高田教授１回、菅原教授２回
関係者からの聴取（ヒアリング）回数：３回
その他、書面による被告発者等からの聴取回数：　上原助教６回、高田教授５回、菅原教授２回、関係者１回
被告発者等からのその他の書面送付回数：　上原助教１５回
調査対象：　論文16報35事項
調査委員構成に関して被告発者の上原助教から異議申立て：　2008年7月1日
第１回委員会：　2008年7月18日　委員の自己紹介及び研究担当理事による経過説明、被告発者との利害関係、守秘義務等の確認
第１回証拠資料収集：　2008年8月1日
第２回委員会：　2008年8月20日　外部委員の交替及び証拠保全（８月１日実施）の報告、調査の進め方に関する検討
第３回委員会：　2008年8月21日　証拠資料からの疑義内容の検証
第４回委員会：　2008年8月22日　証拠資料からの疑義内容の検証
第５回委員会：　2008年8月26-27日　追加の証拠資料に係る検討
第２回証拠資料収集：　2008年8月26-27日
第６回委員会：　2008年9月2日　被告発者からの「質問状」に係る検討及び追加の証拠資料（8月26-27日）、被告発者に対する事情聴取の検討
第３回証拠資料収集：　2008年9月2日
第７回委員会：　2008年9月11日　被告発者に対する事情聴取
第８回委員会：　2008年9月12日　被告発者に対する事情聴取
第９回委員会：　2008年9月24日　被告発者からの聴取内容の確認
第１０回委員会：　2008年9月30日　被告発者に対する事情聴取
調査委員の不適切な言動に関して被告発者の上原助教からの抗議書：　2008年10月6日
第１１回委員会：　2008年10月7日　被告発者及び関係者に対する事情聴取
第１２回委員会：　2008年10月14日　関係者に対する事情聴取
第１３回委員会：　2008年11月6日　被告発者及び代理人からの「要望書」等に係る検討
第１４回委員会：　2008年12月3日　報告書の作成に係る検討及び被告発者に対する事情聴取の検討、今後の調査方針等の検討
第１５回委員会：　2008年12月8日　被告発者に対する事情聴取
第１６回委員会：　2008年12月24日　調査期間の延長に係る検討
第１７回委員会：　2009年1月6日　被告発者に対する事情聴取
第１８回委員会：　2009年1月13日　疑義内容の検証及び報告書の作成に係る検討
第４回証拠資料収集：　2009年1月16日
第１９回委員会：　2009年1月22日　疑義内容の検証及び報告書の作成に係る検討
第２０回委員会：　2009年1月27日　疑義内容の検証及び報告書の作成に係る検討
第２１回委員会：　2009年2月3日　疑義内容の検証及び報告書の作成に係る検討
第２２回委員会：　2009年2月16日　疑義内容の検証及び報告書の作成に係る検討
第２３回委員会：　2009年2月27日　報告書の確認
第２４回委員会：　2009年3月9日　報告書の確認　

浅井文和 ‏@asai_fumi 1時間

#ＳＴＡＰ細胞問題。小保方晴子氏の不服申立書を読みました。私もそのとおりと思う指摘は「申立人への聴取が不十分」という点。理研規程には「弁明の機会を与えなければならない」と書いてある。他大学での事例でも、書面か口頭による「弁明の機会」を設けた後に最終報告書の決定という手順です。

開く

in vitro分化画像及びテラトーマ画像の不正流用の件

小保方晴子氏が不服申立書の中で、別の不適切な画像流用を自白：STAP細胞とは全く無関係の博士論文の骨髄sphere由来画像は、（STAP細胞の）共同研究者間で行われるラボミーティングに用いられるパワーポイント資料にも流用されていた。

小保方晴子氏のin vitro分化実験画像及びテラトーマ実験画像の不正流用経路博士論文の骨髄sphere由来テラトーマ画像（オリジナル）
　→　ラボミーティング資料に不正流用（STAP関連と思われる）
　→　Nature誌論文(Article）に脾臓STAP細胞由来のテラトーマ画像として不正流用

↓　読売テレビ（情報ライブミヤネ屋）より

共同研究研究者の山梨大学教授の若山氏のコメント：

毎日新聞より： さらにＳＴＡＰ細胞とは無関係な画像が、ネイチャー論文に使われていた疑惑が浮上。若山教授によると、小保方さんが２０１２年末のセミナーでＳＴＡＰ細胞について発表した際も、この画像を使っていたことが分かったという。若山教授は「私が研究の正当性を信じるためにも、やり直すのが大事」と語った。

朝日新聞より：若山さんは１０日、当時の勉強会の資料を確認して気付いたという。「（画像取り違えのような）単純なミスと説明できなくなった。勉強会はプレッシャーもなく、気軽に話す場。失敗も含めて発表し、議論する。ショックだった」として、「これは撤回するしかないと思った」と話した。

電気泳動画像の改竄の件
小保方晴子の弁明

・泳動度やDNAサイズの科学的な関係性を崩していない

・レーン３を挿入してもSTAP細胞に遺伝子再構成バンドがあるという結果に影響しない

・定量ではなく定性的な事実（あるか、ないか）を示したものなのでコントラストを調整しても、結果に影響しない

↓　読売テレビ（情報ライブミヤネ屋）より

不服申立書の全文

申立人は、平成２６年３月３１日付け「研究論文の疑義に関する調査報告書」について不服であるから、独立行政法人理化学研究所に対し、不服申立を行う。

　＜申立の趣旨＞

　１　研究論文の疑義に関する調査委員会作成にかかる「研究論文の疑義に関する調査報告書」のうち、調査対象項目（１―２）、（１―５）についての調査結果・評価及びまとめについて、再調査を行うことを求める。

　２　申立人は、調査対象項目（１―２）、（１―５）について、研究不正を行っていないとの認定及び報告を求める。

　＜申立の理由＞

　第１　総論

　１　調査の対象

　（１）本規程に基づく調査の必要性

　「科学研究上の不正行為の防止等に関する規程」（以下、「本規程」という。）第１６条は、「調査委員会は、……次の各号に掲げる事項の認定を行うとともに、当該調査の結果をまとめ研究所に報告する。（１）研究不正が行われたか否か、（２）研究不正が行われたと認定したときは、その内容、研究不正に関与した者とその度合、研究不正と認定された研究に係る論文等の各著者の当該論文等及び当該研究における役割（３）研究不正が行われなかったと認定したときは、通報者の悪意に基づくものであったか否か」と規定している。

　すなわち、調査委員会は、何よりも、「研究不正」が行われたか否かについて認定しなければならない。

　そして、ここでいう「研究不正」とは、本規程２条２項に掲げる行為をいう。

　第２条２項

　この規程において、「研究不正」とは、研究者等が研究活動を行う場合における次の各号に掲げる行為をいう。ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は含まないものとする。

　（１）捏造ねつぞう　データや研究結果を作り上げ、これを記録または報告すること

　（２）改ざん　研究資料、試料、機器、過程に操作を加え、データや研究結果の変更や省略により、研究活動によって得られた結果等を真正でないものに加工すること

　（３）盗用　他人の考え、作業内容、研究結果や文章を、適切な引用表記をせずに使用すること

　そうすると、調査委員会は、申立人の行為が本規程２条２項の「研究不正」にあたるか否かを、認定・判断をしなければならないことになる。

（２）本報告書について

　「研究論文の疑義に関する調査報告書」（以下「本報告書」という。）においては、第２以下に詳述するとおり、本規程２条２項の「研究不正」にあたるか否かについて、その要件に該当するかという観点から認定するものではなく、第２条２項の定義とは別の次元で、「研究不正」と結論づけるものであって、妥当でない。

　すなわち、（１―２）については、もともと、「研究活動によって得られた結果等を真正でないものに加工する」という行為態様がなく、「改ざん」が疑われる事案ではなく、論文への掲載方法が適切か否かの問題にすぎないのに、これらを混同して研究不正の認定を行っている点で妥当でない。

　また、（１―５）についても、「存在しないデータや研究結果を作り上げ」るという行為態様がなく、「捏造」が疑われる事案ではなく、論文に掲載する時点で、誤った画像を掲載してしまったという問題にすぎないのに、これらを混同して研究不正の認定を行っている点で妥当でない。

　２　手続保証について

　（１）証拠に基づく合理的理由に基づいた判断の必要性

　調査報告書において「研究不正」と判断されたならば、被通報者（申立人）は多大な不利益を受ける。

　それゆえ、調査委員会が判断をなすにあたっては、合理的理由に基づいて判断されなければならず、恣意しい的判断は許されない。

　合理的理由に基づいた判断がなされるためには、〈１〉その前提となる事実について証拠に基づいた認定が必要であり、〈２〉自然法則、論理則、経験則に合致した認定・判断がなされなければならない。

　本件報告書の（１―５）についての認定・判断は、〈１〉重要な証拠を看過してなされたものであり、また、〈２〉経験則に反するものであり、合理的理由に基づくものではない。

　（２）弁解と防御の機会の不十分

　また、不利益を受ける者に対しては、弁解と防御の機会が、十分に与えられなければならない。どのような点が問題視されており、どのような不利益判断がなされるのかについて告知がなされ、それに対して、防御の機会が与えられないと、不意打ち的に不利益を受けるおそれがある。

　本規程第１５条３項にも「調査においては、被通報者に対して弁明の機会を与えなければならない」と規定されている。

　本件において、申立人への聴取が不十分であったことは明らかである。

　何より、中間報告書の作成（３月１３日）から本報告書の作成（３月３１日）まで、約２週間という短期間の調査であることに加え、申立人に対し１回の聞き取りがあっただけである（なお、この聞き取りとは別に、資料の確認の機会が１回あった）。

　さらに、（１―２）についていえば、申立人によるレーン挿入の手順を正確に聞き取ることなく、調査委員会が独自に検証して（結果的には異なる手順を検討している。）判断をしてしまっている。

　（１―５）についても、申立人が使用したであろう画像がどのような状態で保管されていたのかについて、充実した聞き取りはなされず、調査委員会が独自にＰＤＦ画像を解析して、安直に学位論文の画像を切り貼りしたと推測しているのである。

　このように、本件調査は、あまりにも短期間になされたものであり（本規程第１６条では、調査の開始後概おおむね１５０日と規定されている）、なすべき調査を行うことなく、そして、申立人への反論の機会を十分に与えることなくなされたものであり、その結果、調査委員会は、自らの検証や解析を盲信して、判断を誤ったものと考えられる。

　３　再調査について

（１）再調査の必要性

　本件調査の結果については、申立人に多大な利害関係があるだけでなく、国内はもちろん国外からも注目されていることからすれば、上記のような不十分な調査により、結論を断ずることは許されない。

　再調査を行い、十分な手続保証のもと、丁寧な調査がなされなければならない。

（２）再調査における調査委員会の構成

　再調査にあたっては、公正な判断がなされる必要から、本調査を行った委員以外の者により構成されなければならない。判断する主体が同一であれば、自らの判断を正当化せんとするあまり、偏った見方をするおそれがあり、その結果、公正を害するおそれがあるからである。

　また、本件では、一見すると科学的な紛争のようにも見えるが、現実には、〈１〉本規程についての解釈、〈２〉規程の要件に該当する行為があったといえるか否かの認定が中心であり、科学的部分について先鋭な争いがあるわけではない。

　とすれば、新たに調査委員を選任するにあたっては、少なくとも半数は、上記のような法的思考について熟練した者（元裁判官、元検察官、弁護士）が適任であるものと思料する。

　また、科学的見地からの検討のために、研究者をその構成に加えるとしても、ＳＴＡＰ細胞発見と利害関係のある研究者（同様の研究を行っている者、予算の配分上利害のある者など）は排除されなければならない。

　さらに、理化学研究所内部の研究者が調査委員に入るならば、外部から見ると、派閥争いやトカゲのしっぽ切りなど、様々な憶測が生じることからすれば、全構成員につき外部の委員に委ねるのが妥当であるものと思料する。

　第２（１―２）レーン３の挿入

　論文１：Ｆｉｇｕｒｅ１ｉの電気泳動像においてレーン３が挿入されているように見える点。
　１　事案の特殊性

　本件は、電気泳動ゲルを撮影した画像（ゲル１、ゲル２写真　資料１）が、厳然と存在する点で、通常の「改ざん」が疑われる事案と異なる特殊な事案である。

　すなわち、「改ざん」は、良好な結果を示すデータが存在しないにも関わらず、良好な結果を示すデータが存在するように見せかけるために、データについて変更や省略を行うものである。そのような行為は、研究の成果がなかったのにあったかのように偽装することから「研究不正」とされるのである。

　そのため、「改ざん」が行われた場合、良好な結果を示すデータは実在しておらず、現に存在するデータは架空のものである。言い換えれば、良好な結果を示す架空のデータを作出することに「改ざん」の本質がある。

　ところが、本件では、良好な結果を示すデータが現に存在するのである。

　良好な結果を示すデータが現に存在する以上、良好な結果を示す架空のデータを作出したのではないことは、明らかである。とすれば、そもそも「研究不正」にあたる「改ざん」が疑われる事案ではないのである。

　２　「改ざん」の定義

　次に、より厳密に、「改ざん」の定義にさかのぼって検討する。

　本規程２条２項２号において、「改ざん」とは、「研究資料、試料、機器、過程に操作を加え、データや研究結果の変更や省略により、研究活動によって得られた結果等を真正でないものに加工すること」と定義づけられている。

　ここで、「真正でない」とは、虚偽と同義であり、「真正でないものに加工する」とは、虚偽のものに加工するということである。そして、その虚偽のものに加工する対象は「研究活動によって得られた結果等」であって、「研究資料、試料、機器、過程」や「データや研究結果」ではない。

　いいかえると、「研究資料、試料、機器、過程に操作が加え」られ、「データや研究結果の変更や省略」が行われても、そのために「研究活動によって得られた結果等」が虚偽のものに加工されたのではない場合には、「改ざん」ではない。

　３　本件における「研究活動によって得られた結果等」

　そこで、本件における「研究活動によって得られた結果等」について検討する。

　（１）パルスフィールド電気泳動を行った意味

　Ｔ細胞が成熟していく過程では、ＤＮＡが短くなるという現象が見られる。そこで、成熟したＴ細胞が含まれているか否か（Ｔ細胞受容体再構成が生じた細胞が含まれているか否か）、すなわち、ＤＮＡが短くなるという現象が生じているか否かを「ｓｏｒｔｅｄ―Ｏｃｔ４＋」について見られるかを実証するためにパルスフィールド電気泳動を行った。

　（２）得られた結果

　パルスフィールド電気泳動によって得られた画像データは、ゲル１、ゲル２の写真（資料１）のとおりであり、この研究活動から得られたのは、「ｓｏｒｔｅｄ―Ｏｃｔ４＋」について、「ＤＮＡが短くなった、すなわち、Ｔ細胞受容体再構成がおこった細胞が含まれているという結果」である。

　４　本件において「真正でないものに加工」されたか

　上記の結果は、ゲル１、ゲル２の写真により実証されており、真正なもの（ホンモノの結果）として維持されている。

　申立人が、論文１に掲載するにあたり、画像を見やすいように、このゲル１写真、ゲル２写真に操作を加えたからといって（ポジティブコントロールを見やすいものにする操作を加えたからといって）、この「ＤＮＡが短くなった、すなわち、Ｔ細胞受容体再構成がおこった細胞が含まれているという結果」自体は、何らの影響も受けない。

　事実は事実として厳然と存在するのである。

　このように、申立人の行為は、「研究活動によって得られた結果等」を虚偽にするわけでも、ニセモノにするわけでもなく、すなわち、「真正でないものに加工する」ものではない。

　発表の仕方が不適切であるからといって、研究活動によって得られた結果が虚偽になるわけではない。

　５　「改ざん」にはあたらない

　このように、申立人の行為は、「改ざん」の本質からしても、また、本規程の定義からしても、「改ざん」にあたるものではない。

　報告書の認定・判断は、本件事案の特殊性を看過するとともに、本規程の「改ざん」の定義を基準に判断したものではなく、誤りである。

　上記のとおり、「改ざん」にあたらないことは疑いないが、さらに、報告書の認定・判断は、下記に述べる点について誤りがあるため、これを指摘しておく。

　６　報告書の調査結果
　（１）問題点

　本報告書３頁２１行目以下に、この点についての調査結果が記載されている。

　申立人が、画像を見やすくするために、ゲル１写真のレーン３にゲル２写真のレーン１を挿入し、挿入にあたり両写真の大きさを縦方向に調整し、また、ゲル２写真のレーン１についてコントラスト調整を行った点については、申立人自身が説明したとおりであり、誤りはない（厳密には、本報告書では、ゲル１写真を拡大したと認定するが、申立人は、ゲル２写真を縮小している）。また、申立人による挿入位置の説明についても、誤りはない。

　しかし、レーン３の位置決めについて、調査委員会が検証を行い、その結果、申立人の「説明を裏付けることはできなかった」とする点は、是認できない。

　（２）調査委員会の認定

　本報告書（４頁２行目）では、「検証の結果、ゲル１とゲル２の間には、標準ＤＮＡサイズマーカーの対数値と泳動距離について直線性の保持は見られず、説明どおりに標準ＤＮＡサイズマーカーの位置情報に基づいてレーン３を配置することが無理である」として、ズレが生じているという評価を行っている。

　（３）申立人の行為

　しかし、当該画像の意味からすれば、注目されるのは、ジャームラインバンドの下方から伸びる再構成ＤＮＡバンドの領域である。いいかえると、ジャームラインバンドよりも上方も、また、再構成ＤＮＡバンド領域よりも下方（分子量が小さい）も、当該画像においては注目するものではない。

　そのため、申立人が、標準ＤＮＡサイズマーカーの位置情報に基づいてレーン３を配置するにあたっては、上記の注目すべき領域（ジャームラインバンドの下方から伸びる再構成ＤＮＡバンドの領域）において、ゲル１写真とゲル２の標準ＤＮＡサイズマーカーの位置が一致するように配置した（資料２）。

　より具体的には、申立人は、ゲル１写真とゲル２写真の標準ＤＮＡサイズマーカーのバンドの位置を一致させるために、ゲル２写真の高さを約８０％に縮小した。次に、ゲル２の写真は、左方向に約２度傾いているため、これを修正するために、ゲル２写真を２度右方向に回転した。これにより、ゲル１写真とゲル２写真の標準ＤＮＡサイズマーカーのバンドの位置は、ことごとく一致することを確認した。

　この状態からトリミングを行い、Ｆｉｇｕｒｅ１ｉの画像を作成した。

　このようにして作成した画像は、泳動度やＤＮＡサイズの科学的な関係性を崩すものではない。

　また、ゲル２写真のレーン１画像を、挿入するまえに、申立人は、コントラストを調整した。この画像が示すものは、定量ではなく定性的な事実を示すものなので、コントラストを調整しても、結果に影響はない。

　申立人としては、ゲル１写真では、バンドの様子が見えにくいと感じたので、見やすくするように、上記の操作を行ったのである。

　（４）位置ズレは生じない

　上記のようにして、レーンの挿入をすると、バンドのズレは生じない。

　調査委員会の検証においてズレが生じたのは、２度の傾きの補正を行わなかったことによるものと思料する。

　調査委員会が、申立人に対して、具体的な挿入手順について積極的なヒアリングを行い、弁明の機会を与えたならば、申立人は「２度の傾きの補正」を説明できたにもかかわらず、その機会を与えられないまま、ズレが生じると決めつけられたものである。

　（５）小括

　以上のとおり、ズレが生じることを前提とした調査委員会の評価は、正確ではないものと思料する。

　申立人としては、再調査において上記の点を確認いただいたうえ、研究不正がなかったとの結論を求める次第である。

　７　科学的見地からの掲載方法について

　申立人は、投稿論文へのゲル写真の適切な掲載法について教育を受ける機会に恵まれず、また、ネイチャーの投稿規定も知らずに、見やすいようにするために、上記レーン３の挿入を行った。（なお、ネイチャーの投稿規定を確認したところ、論文１におけるＦｉｇｕｒｅ１ｉの掲載方法は、必ずしも規定に反していると断定することはできない）

　この点については、申立人は、結果的に表示方法において不適切な面があったが、本来ない解釈や間違った結論を導くものではない。しかし、表示法が不適切だったことを反省し、訂正の原稿をネイチャーに提出している。

第３　（１―５）画像取り違えについて

　笹井、小保方両氏から、以下の修正すべき点が見つかったとの申し出を受け、この点についても調査した。論文１：Ｆｉｇｕｒｅ２ｄ、２ｅにおいて画像の取り違えがあった点。また、これらの画像が小保方氏の学位論文に掲載された画像と酷似する点。

　１　画像の整理

　本件では、下記の画像が問題となっているところ、以下では、説明の便宜上、次のように表示することとする。

　画像Ａ１　学位論文の画像

　骨髄の造血系細胞から作成したＳＴＡＰ細胞（当時は、ｓｐｈｅｒｅと呼称）を用いた画像。

　画像Ａ２　パワーポイント資料（資料４）に掲載された画像

　学位論文に用いられた画像Ａ１をパワーポイント資料に掲載するにあたり、文字の色や位置関係を調整した画像。

　パワーポイント資料は、２０１１年１１月２４日、若山教授、バカンティ教授に報告するための資料として作成した（当時、申立人は、ハーバード大学研究員、理化学研究所客員研究員であった）。この当時は、申立人は、ストレストリートメントという観点から研究を進めていた。そのため、この資料では、酸による刺激、ガラスピペットによる物理的刺激を含め、刺激により幹細胞化することが示されている。また、用いる細胞も、骨髄細胞や、脾臓（ひぞう）由来細胞など様々な細胞からＳＴＡＰ細胞が作成できることを示している。

　資料４のＰ６Ｆｉｇｕｒｅ４Ｃに、画像Ａ２がｓｐｈｅｒｅ細胞からの奇形種形成の免疫染色データ画像として掲載されている。当時、ＳＴＡＰ細胞は、ｓｐｈｅｒｅと呼んでいた。

　その後、共同研究者によるラボミーティングのために、何度も、バージョンアップされている。

　画像Ｂ　マウス脾臓由来細胞を酸処理により得られたＳＴＡＰ細胞からの画像

　実験中に撮影したマウス脾臓由来細胞を酸処理することにより得られたＳＴＡＰ細胞からの奇形種形成の免疫染色データの画像。２０１２年６月９日に撮影されたが、フォルダの日付は７月となっている。

　画像Ｃ　撮り直し画像

　ＨＥ染色に使用したサンプルと同じ切片から取り出したサンプルから、２０１４年２月１９日に、再度、画像を撮影した。これは、データの正確性を確保する目的で、念のため撮影したものである。

　画像Ａ１の元データ及び画像Ｂとともに、調査委員会に提出している。

　２　捏造が疑われる事案ではない

　（１）「捏造」とは

　一般的意味では、「捏造」とは、「事実でない事を事実のようにこしらえていうこと」である（広辞苑　第五版Ｐ２０６８）。

　そして、本規程では、「捏造」とは、「データや研究結果を作り上げ、これを記録または報告すること」と規定されている。ここで、「作り上げ」とは、存在しないものを存在するように作り上げることを意味する。「作り上げる」が単に作成、製作するという意味であるなら、すべての研究活動が「捏造」に該当することになり不当であるからである。

　それゆえ、「捏造」とは、「存在しないデータや研究結果を作り上げ、これを記録または報告すること」と解釈されなければならない。

　なお、平成１８年８月８日付け「研究活動の不正行為への対応のガイドラインについて」と題する文書（科学技術・学術審議会　研究不正行為に関する特別委員会）によれば、ガイドラインでは、捏造は「存在しないデータ、研究結果等を作成すること。」となっている（資料３）。

　（２）本件事案

　本件では、論文１のＦｉｇｕｒｅ２ｄ、２ｅの画像について、画像の取り違えがあった。

　すなわち、掲載すべきであった画像Ｂ（脾臓の造血系細胞から作製したＳＴＡＰ細胞を用いた画像）と異なる画像Ａ２（骨髄の造血系細胞から作製したＳＴＡＰ細胞を用いた画像）が、論文１に掲載された。

　掲載すべき画像Ｂは、現に存在しており、調査委員会に提出されている。

　（３）本来的に捏造ではない

　本件では、掲載すべき画像Ｂが存在している以上、「事実でない事を事実のようにこしらえ」る行為はなく、「存在しないデータや研究結果を作り上げ」た行為も存在しないことは明らかである。

　それゆえ、申立人が、論文掲載にあたり、画像の取り違えがあったことは、本来的に「捏造」にあたるものではない。

　（４）不適切な表現と研究不正は別次元

　論文による公表において、不適切な表現・掲載があったにすぎないものであり、この点は、申立人も深く反省するところであるが、そのことと、研究不正の問題とは次元を異にするものである。

　２　悪意のない間違い

　次に、その画像の取り違えが、悪意によるものか、過失に基づくものかを検討する。（本来的に捏造にあたらないから、悪意によらない間違いであるか否かを検討する必要はない。念のために論じているにすぎない。）

　この点においても、そもそも、掲載すべき画像Ｂが存在する以上、「掲載した画像が、掲載すべき画像Ｂと異なる画像Ａ２であること」を知りながら、あえて掲載する必要は全くない。そのようなことをすべき動機が全くないのである。

　申立人の画像取り違えが、悪意によることは経験則上ありえない。

　３　調査報告書の調査結果の誤り

　（１）申立人の勘違いの対象

　本報告書７頁７行目以下には、「小保方氏は、この条件の違いを十分に認識しておらず、単純に間違えて使用してしまったと説明した。」との記載がある。

　しかし、申立人が説明した内容は、論文１に掲載した画像を、酸処理による実験で得られた画像である画像Ｂと認識して掲載したものであるという説明であり、換言すれば、「異なる画像を誤って掲載した」旨を説明したにすぎない。

　実験条件の違いを勘違いしたのではなく、画像そのものについて勘違いしたのである。

　（２）論文１の画像

　本報告書７頁９行目以下には、「論文１の画像を解析すると学位論文と似た配置の図から画像をコピーして使用したことが認められた。」との記載がある。

　また、本報告書７頁の下から１０行目以下には、「また、論文１の画像には、学位論文と似た配置の図から切り取った跡が見えることから、この明らかな実験条件の違いを認識せずに切り貼り操作を経て論文１の図を作成したとの小保方氏の説明に納得することは困難である。」との記載がある。

　このようなことからすれば、本報告書では、論文に掲載された画像が、学位論文の画像Ａ１とは配置等が異なることから、「学位論文から切り貼りしたはずだ」という推論をもとに、申立人の説明を虚偽と認定しているようである。

　しかし、上記推論は、誤りである。

　（３）申立人からの聴取

　申立人代理人が、申立人から聴取したところによれば、論文に掲載された画像は、共同研究者間で行われるラボミーティングに用いられるパワーポイントの資料に掲載した画像Ａ２を使用したものであり、学位論文に用いられた画像Ａｌから切り貼りしたものではないことが確認された。

　そして、パワーポイントの資料には、論文に掲載された画像の元になった画像Ａ２が掲載されていることを確認した（資料４）。

　この画像Ａ２をもとに、ネイチャー仕様のフォントにするためにキャプションを付け直したものが、論文１に用いられている画像である。

　なお、パワーポイントの資料は、２０１１年１１月２４日以降、何度もバージョンアップがなされているところ、論文に掲載した画像が、どのバージョンのパワーポイント資料から使用されたかについては、特定できていない。

　（４）調査委員会の調査は不十分

　調査委員会は、独自に論文１の画像を解析し、学位論文の画像Ａ１と論文１の画像が配置や文字の色が異なることを検討している（スライドＰ１４～１６）。

　調査委員会が、このような解析をなし、「異なる画像を誤って掲載した」という申立人の説明に疑問を持つに到ったのであれば、改めて、論文の画像は、どのように加工したのか、あるいは、どのような状態で保管していた画像を使用したのかについて、申立人に確認を取るべきであった。

　申立人としても、調査委員会から、そのような質問を受けていたならば、パワーポイントの資料に掲載された画像を使用したことを説明できたのである。

　申立人に対し、反論の機会を与えることもせず、安易に「学位論文から切り貼りしたはずだ」と決めつけたことは、調査委員会の調査が不十分であるとともに手続保証の観点からも問題があると言わざるをえない。

　なお、申立人代理人らは、調査委員会がどのような調査を行ったのかを確認するため、平成２６年４月３日、聴取にあたってなされたヒアリングの報告書等について開示を求めたが、翌４日に、理化学研究所から「開示は差し控えさせていただくことになりました」との回答を受けている。

　４　調査報告書の評価（見解）について

　（１）過失の可能性と悪意の評価について

　本報告書７頁の下から１６行目には、「データの管理が極めてずさんに行われていたことがうかがえ、由来の不確実なデータを科学的な検証と追跡ができない状態のまま投稿論文に使用した可能性もある。」との記載がある。科学的な検証と追跡ができないか否かは別にして、調査委員会も「過失」により異なる画像を使用した「可能性」を認めている。

　ところが、主に〈１〉実験条件の違いを認識していたはずであること、〈２〉学位論文と似た配置の図から切り取った跡が見えること、を根拠に「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない。よって、捏造に当たる研究不正と判断した（７頁の下から７行目）」としている。

　しかし、〈１〉については、申立人は、実験条件の違いを勘違いしたのではなく、画像そのものについて勘違いしたのであって、勘違いの対象がずれている。

　また、〈２〉については、先に述べたように、申立人は、ラボミーティング用のパワーポイント資料の画像を、誤って、使用したのであり、論文１の掲載にあたり、学位論文の画像を切り貼りしたことはない。

　さらに、結論を導くにあたり、「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない。」としているが、画像Ｂ及びＣが存在する以上、「データの信頼性を根本から壊すもの」でないことは明らかである。

　このように、調査委員会の「捏造に当たる」との判断には、何らの合理的根拠も存しない。

　（２）重要な事実の欠落

　また、観点を変えると、本報告書の判断は、重要な事実が判断の前提とされていない。

　すなわち、〈１〉２０１２年６月に撮影された画像Ｂが存在すること、〈２〉この画像取り違えは、申立人自らが発見して、自ら申告したものであるという点、〈３〉共同執筆者全員から、２０１４年３月９日、ネイチャーに対して、訂正原稿を提出しており、その際、画像Ｃを提出していることは、極めて重要な事実である。

　これらの事実は、再調査にあたり、重要な事実として、判断の前提とされなければならない。

　〈１〉画像Ｂが存在する以上、故意に異なる画像を掲載する必要はなく、〈２〉故意に異なる画像を掲載したのであれば、自ら報告するのは不自然であり、〈３〉また、故意に異なる画像を掲載したのであれば、ネイチャーに訂正原稿を提出したりしないはずだからである。

　これらの事実からすれば、「画像を誤って取り違えた。異なる画像を故意に掲載したものではない。」と認定するほかないのである。

　５　再調査において調査されるべき対象

　上記のとおり、本件において、画像Ｂが存在する以上、本来的に「捏造」が問題となる事案ではない。

　また、画像Ｂと画像Ａ２とを、どのようにとり違えたのか、その具体的態様を特定することに意味はない。申立人が、過失で誤っているのであれば、どの過程でどのように誤ったかについて明確な認識はないはずであり、特定することは困難であるだけでなく、もともと捏造にあたらないのに、時間と労力をかけてこれを調査する必要もないからである。

　再調査において調査の対象となるべきは、現に存在する画像Ｂ、Ｃ（調査委員会にも提出されている）が、生後１週齢のマウス脾臓由来の細胞を酸処理することにより得られたＳＴＡＰ細胞が用いられた分化細胞及びテラトーマの免疫染色データの画像であることの確認である。

　６　最後に

　申立人によるデータ管理が十分に整理されていなかったこと、画像の由来を元データにあたって確認しなかったことが、画像の取り違えにつながったことは事実であり、この点については、申立人も深く反省するところである。

　しかし、上述のとおり、調査委員会が行った調査は不十分であり、そして、その結論は誤りであるものと思料する。

　再調査を求めるとともに、再調査においては、申立人から十分な聞き取りを行ったうえ、反論の機会を与え、証拠に基づいた（推測によるものでない）認定判断がなされることを強く希望する。

　以上

　付属資料

　資料１―１　ゲル１の写真（中間報告時スライド９枚目）＝省略

　資料１―２　ゲル２の写真（中間報告時スライド１０枚目）＝省略

　資料２　ゲル１写真にゲル２写真を挿入するにあたっての手順を示す図＝省略

　作成者＝申立人　作成日＝２０１４年４月４日

　資料３　平成１８年８月８日付け「研究活動の不正行為への対応のガイドラインについて」と題する文書＝省略

　作成者＝科学技術・学術審議会　研究不正行為に関する特別委員会

不自然なテラトーマ画像について

2014-04-08T15:57:00.000+09:00

多能性確認実験で、マウスへのＳＴＡＰ細胞移植でできたテラトーマ（一種のがん）で、ここまで立派な（分化・組織化した）、小葉が独立した膵臓(Nature ArticleのExtended Data Fig.4c)や、乳び管を伴う空腸ができるのは不自然だ、という指摘がなされています。

Nature ArticleのExtended Data Fig.4c
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_SF4.html

Nature ArticleのFig.2e
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F2.html

理研ホームページより
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/press/2014/20140130_1/fig4.jpg （写し）

小保方晴子氏の研究不正を追及する上において、in vitro細胞分化画像や、上記のテラトーマ画像の不正流用の件が一番重要であるかと思います。

小保方氏と笹井氏は、in vitro細胞分化画像やテラトーマ画像の一部が間違っていたとして（調査委員会の聞き取り調査では実験条件の異なる博士論文の画像から流用されていたという事実は隠していましたが）、

差し替え用の画像を提出しました。

しかしながら、小保方氏の実験ノートの記載は断片的であり日付の記載も不十分であるようで、この新たに提出された差し替え画像が正しいものかどうかは、だれにも（調査委員会でさえも）わかりません。

また、そもそも、小保方氏らが新たに提出した差し替え用のテラトーマの免疫染色画像は、ヘマトキシリン＆エオジン染色画像と形態が全く類似しておらず、不自然との指摘があります。

さらに、免疫染色に用いられている抗体・抗原の選択（α-smooth muscle actinやα-fetoprotein)も不適切であるという指摘もあります。

（本当に同じテラトーマなら、骨格筋であるのに平滑筋アクチン抗体で染色することはないし、腸管上皮をαフェトプロテイン抗体で染色しない）

https://twitter.com/buvery/status/452431323257262080

さらに、そもそも、冒頭で説明したように、Nature ArticleのFig.2eや、Extended Data Fig.4c,dの、ヘマトキシリン＆エオジン染色画像については、

「多能性確認実験で、マウスへのＳＴＡＰ細胞移植でできたテラトーマ（一種のがん）で、ここまで立派な（分化・組織化した）、小葉が独立した膵臓(Nature ArticleのExtended Data Fig.4c,d)や、乳び管を伴う空腸ができるのは不自然だ」という指摘がなされています。

http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post_5.html

buvery ‏@buvery 4時間

.@cuttingedgevvv 実験の分かる人で、明日質問する機会がある人は、なぜ組織の構造がHEと全然違うのか聞いてみれば良いと思います。今回、自分で同じ切片から切ったと言っているから、写真の取り違えなどではなく意図しての行動です。
会話を表示
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 5時間

@buvery HEは明らかに異常です。Ｄ論の件でFig. 2eがクローズアップされてますが、Extended Data Fig. 4cの膵臓は最高におかしい。もう少し引いてみるとisletすらもあるかも。臓器ができる？まあ、正直にPancreasと書いちゃってるんだけど。
会話を表示
buvery ‏@buvery 5時間

特にこの場合は、テラトーマで、組織像はぐちゃぐちゃだからね。なら、なんでHEはきれいな構造があるのか。私はHEがそもそも嘘である方にかけますね。RT @cuttingedgevvv: 組織像との対比なしに単独で示された蛍光免疫”組織”化学はほとんど意味がないのです。
開く

‏@buvery

それは本当だろうか。本当に同じテラトーマなら、骨格筋であるのに平滑筋アクチン抗体で染色することはないし、腸管上皮をαフェトプロテイン抗体で染色しない。RT @lemonstoism: 最終報告スライドp12の右下3つの訂正用テラトーマを2014年2月19日頃に新しくデータを取った

世界変動展望著者 ‏@lemonstoism 4月5日

@buvery 最終報告では訂正用テラトーマ画像を2014年2月19日頃に新しくデータを取り直して作ったとされてますね。それが本当かは今の段階では我々にはわかりません。
詳細
buvery ‏@buvery 4月5日

@lemonstoism 何年も前のテラトーマの切片をまだ持っていて、もう一度染色することは、ありそうになく、写真を拾ってきただけだと思います。それを『取り直した』と言っているのだと思う。（『同じテラトーマ』だとは信じ難いのは先程述べた通り。）
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世界変動展望著者 ‏@lemonstoism 4月5日

@buvery やはり小保方氏と笹井氏が証拠を捏造した疑いがあるのでは。
詳細
buvery ‏@buvery 4月5日

@lemonstoism あのHE染色を出している切片自体は存在しないだろうと思いますが、データを取り直したという理研の説明もおそらく間違っているだろうと思います。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

小保方らのNature論文の組織像については、それだけではまだ疑惑とはいえないまでも、まだ違和感のあるところはいくつか存在する。後ほどピックアップしてみたい。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

以下提示する違和感は、性善説にたてば、"若干気にはなるが、掲載スペースの都合もあったりで、まあそんな事もあるか"　程度の話だろう。しかし、D論の使い回しが発覚（私見では疑惑を超えたと思っている http://stapcells.blogspot.jp/2014/02/nature-article.html … ）した以上、その目で見ざるを得ない。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その１）テラトーマとは”同一組織内に”三胚葉由来の成分が混在するものである。Nature論文2編を通じて、三胚葉を示した中途半端な拡大の同じような像は何度か提示されているが、”同一組織内に”を示した画像は1枚もみあたらない。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

通常は、混在を示すルーペ拡大像と、そこに各胚葉成分がよく分かる高倍像をインセットで示す方が説得力があるので、そうするだろう。少なくとも同じような画像を何回も示すスペースがあるなら。全体像を示せない合理的な理由が何かあるのか？
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その２）Artticle Fig. 2eのHE像の方。中央のmesodermのものだけ、エオジン色素（ピンク）の色調が異なり、左右のものとは違う標本の可能性がある。エオジンの色調は染色過程でのバリエーション、切片の厚さ、標本作成過程における熱のかかり具合、固定状態などで変わる。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

同一切片上のものなら、通常同じ色調になる。そして同図のlegendでは"骨格筋"と言いながら、免染ではなぜかalpha-smooth muscle actin陽性所見を示している。普通、骨格筋を示したいならdesminだろ？まあこれは免染自体がD論使い回しなので無理もない。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その３）同じくArticle Fig. 2eのHE像の方。右のendodermで腸絨毛を示している。倍率が低いのいでイマイチ不明瞭だが、既に指摘があるように毛細リンパ管をも伴うほど高度に分化しているように見える。このテラトーマは移植後何日目か不明だが、かなり成熟したものなのか？
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

で、免染マーカーがα-fetoprotein。高倍率でみると、まさか腸内細菌の付着がみえたりしないでしょうね？HEで見えなくても、場合によってはHE染色を脱色して組織ギムザ染色等の細菌染色は可能だし、さらに同一切片を樹脂包埋して透過電顕でみることだって可能（破壊的になるけど）。
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cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その４）Article Fig. 5 f-h。唐突に免染蛍光像だけ見せられても...　網膜、心筋というなら、既出ではないし、是非、HEも見たいでしょ？
詳細
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その５）Article Extended Data Fig. 4 a-c。特にcの膵臓。これは既出。 https://twitter.com/cuttingedgevvv/status/441093120424284160 … https://twitter.com/cuttingedgevvv/status/440544653264187392 …
詳細
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

bのstriated muscle (横紋筋）＝骨格筋だが、なぜわざわざ用語を変えた？横紋筋というなら免染もないことだし、高倍率で横紋を見せてよ。筋線維の走行がよく揃っており分化傾向？周囲の上皮様細胞列によく調和しているので平滑筋じゃないの？
詳細
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

Letterの論文のExtended Data Fig. 6bのmesodermのような像だとあまり違和感はない。http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_SF6.html …
詳細

ES細胞（接着細胞）を「浮遊細胞塊」（胚様体；EB）のようにして渡した？という議論

2014-04-05T10:21:00.001+09:00

kahoの日記：オオカミ少年における議論

以下、引用

解析、有り難うございました (スコア:0)

by Anonymous Coward on 2014年03月29日 7時21分 (#2571312)

kahoさん、素晴らしい解析を有り難うございました。私は最初、STAP細胞は桑実胚(Morula)を使った捏造実験ではないかと思っておりましたが（「球状」の形態、「胎児/胎盤の２方向性分化」からそう思いました）、小保方氏にその細工をするだけの技量があると思えず不思議に感じておりました。しかし、Kahoさんの解析により「STAP=ES」であることが強く示唆され、とても納得いたしました。

小保方氏が、若山教授に渡したマウスと異なる系統のマウスに由来する細胞塊をSTAP細胞と称して渡したことが判明した今でも、STAP細胞の存在を信じる声が残っていることには驚きます。さらに若山教授に対して不信感を抱く声まで出ていることを聞くと非常に残念な気持ちです。

若山教授へ不信感を示す声は、教授が「ES細胞キメラの胎盤はGFP陰性、STAP細胞キメラは胎盤がGFP陽性であった」「通常の方法でSTAP細胞のinjectionを何回も繰り返してもキメラは生まれなかったが、細胞をバラバラにせずに小塊に切り分けてinjectionしたらキメラが生まれた」と言われたことにあるようです。つまり、「STAP=ESならば最初からキメラが生まれたはずだし、胎盤でのGFP発現にESキメラとSTAPキメラで差があるという発言は出ないはずだ」ということから若山教授を非難しているようなのです。さらに丹羽氏が保有するES細胞の中には胎盤分化能を持つものもあるという話から（西川氏談）、丹羽氏が捏造に加担したような声まで聞こえてくるのは非常に残念です。

しかし、このことは以下のように考えれば説明ができます。小保方氏がES細胞をSTAP細胞と偽って渡す時には、ES細胞（接着細胞）をそのまま渡すことはできず、「浮遊細胞塊」つまりembryoid body（胚様体；EB）のようにして渡す必要があります（STAP細胞とはそもそも「浮遊した細胞塊」なので）。通常EBはLIFを除いた培地で作製しますが、この場合はLIF存在下で作製したはずです（STAP細胞の培地がLIFを含有するので）。このためEBほどには分化せず、未分化性がそこそこ保持されていたと考えられます。おそらくEpiblast stem cell(Epi-SC)のようになったのではないかと思われます。Epi-SCはキメラ形成能はありませんが、その理由はE-cadherinの発現がES細胞よりも低いためにICM（内部細胞塊）に取り込まれないからだとも言われています（丹羽氏の談）。つまりEpi-SCのようになった細胞浮遊塊（通称STAP細胞）をトリプシン処理により細胞をバラバラしてinjectionすればキメラは形成されなくても不思議ではありません。しかしトリプシン処理をせずに小塊に切り分けてinjectionすれば、トリプシン処理によるE-cadherinの切断が起きないためキメラ形成能が保持される可能性は十分にあります。さらに「マウスEpi-SC」が「ヒトES細胞」と酷似していることはよく知られています。そして、ヒトES細胞はマウスES細胞と異なり「胎盤に分化できる」ことも有名です（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17363553の論文のイントロをご参照下さい）。

つまり、マウスES細胞をLIF存在下で浮遊培養して作製したスフィア（小保方氏がSTAP細胞と呼ぶもの）は、（1)キメラ形成能を保持している、（２）しかしトリプシン処理によりキメラ形成能は消失する、（３）ヒトES細胞のように胎盤への分化能を持つ、と考えることはそれほど無理がないように思われます。

このように考えれば、若山教授はご自身が観察された実験事実を正しく伝えていらっしゃること、また必ずしも丹羽氏が持っている「胎盤に分化しやすい特別なマウスES細胞」を使わなくても今回のような事象が起き得るものと考えられます。つまり、今回の騒動は小保方氏個人の捏造事件と考えるのが一番無理がないと思います。

調査委員会の牛歩的対応には苛立を覚えておりますが、kahoさんの素晴らしい解析結果を基に、今回の事件が一刻も早く解決されることを心から願っております。http://slashdot.jp/comments.pl?sid=626449&cid=2571312

Re:解析、有り難うございました (スコア:0)

by Anonymous Coward on 2014年03月29日 23時57分 (#2571739)

ES細胞をEBのようにして若山氏に渡した、というご発想、たしかにそうかもしれませんね。

胎盤は母体組織の他にtrophoblast由来の胎仔組織、epiblast由来の胎仔組織から構成されます。胎仔側の血管はepiblast由来の細胞で出来ており、胎盤に入り込んでいます。ES細胞は胎仔側の血管に寄与できますので、胎盤組織の一部がGFPを発する事自体は何ら不思議ではないでしょう。現に、理研CDB丹羽研究室のトップページにGFP胎仔の写真が載っていますが、これはCAG-GFP ES細胞由来のキメラ胚の写真です（同じ写真が論文にも使用されています）。この写真をよく見ると、胎盤と臍帯も蛍光を発しています。Nature LetterのFig. 1bの写真とそっくりに見えます（臍帯部分は取り除かれていますが）。また、同じFig.1bの写真にある膜状組織はyolk sacと思われますが、この組織は胚体外組織由来の細胞とepiblast由来の細胞からなる2層の膜組織なので、この組織もESキメラで蛍光を発していてもおかしくありません。Fig. 1aのESキメラの写真の方がむしろ違和感があります。胎仔へのES細胞の寄与率が非常に高いにもかかわらず、yolk sac、臍帯の血管が無蛍光なのですから（胎盤はyolk sacに隠れていて（隠されていて？）よくわからない）。胎仔と胎盤へ同時に寄与できる細胞は存在しないので、STAP細胞は存在する可能性がある、という意見もありますが、上記のことを知っていればその理屈は通らないことがわかると思います。

Re:解析、有り難うございました (スコア:0)

by Anonymous Coward on 2014年03月29日 21時31分 (#2571694)

ねつ造かどうかは別にして、

> ヒトES細胞はマウスES細胞と異なり「胎盤に分化できる」ことも有名です
というのは本当ですか？ヒトES細胞を使って、胎盤に文化できるってことはクローン人間を作ったに等しいことですよ？
そんな実験がなされていたとすれば、現代では倫理的に問題でしょう？

上記の論文では
In contrast, numerous reports have documented the ability of human embryonic stem (hES) cells to differentiate into cells of trophoblast lineage upon appropriate stimulation without genetic manipulation.
となっていますから、trophoblast lineageに分化したと書いてるので、胎盤になるかどうか実験はされていないでしょ。

もし、マウスでこれと同じ現象がおこって、さらに胎盤にまでなったとしたら新発見なのではないでしょうか。
小保方さんはその重要性に気づいてないかもしれませんけれど。

Re:解析、有り難うございました (スコア:0)

by Anonymous Coward on 2014年03月30日 8時58分 (#2571818)

胎盤というのは「胎盤を構成する細胞の元になるtrophoblast」という意味で用いました。ご指摘のように正しい表現ではないので訂正させていただきます（ヒトES細胞でキメラ実験などしないのは常識なので端折った表現をしてしまいました）。　

理研の調査報告＆問題点まとめ　

2014-04-04T23:02:00.002+09:00

2014年4月8日

「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見

動画1/3 https://www.youtube.com/watch?v=hYLzHG87yU4

動画2/3 https://www.youtube.com/watch?v=kJyXSJ03-og

動画3/3 https://www.youtube.com/watch?v=83LKlS8h8vI

2014年4月4日
研究不正再発防止改革推進本部の設置について（写し）

2014年4月1日

研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告について（その2）（写し）　（その１）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（全文）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月4日修正）（写し）
　　研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月1日オリジナル版）（写し：2014年4月1日）

修正版では、「１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違え」のところの写真（「2014年2月20日、正しいデータ（脾臓血液細胞を用いた）に差し替えたい　テラトーマに関しては2012年7月に得られたデータもあるが、 HE染色と同じテラトーマを用いてデータを取り直した」の文章の右の画像）が消されています。この画像の一つ（in vitro分化の画像）は、特許に掲載されていた画像と同一でした。

野依良治理事長声明文（写し）
　　竹市雅俊センター長声明文（写し）
　　研究不正再発防止について（写し）
　　STAP現象の検証の実施について（写し）
　　小保方晴子研究ユニットリーダーコメント（写し）
　　若山照彦山梨大学教授コメント/理研客員主管研究員コメント（写し）
　　笹井芳樹副センター長コメント（写し）
　　丹羽仁史プロジェクトリーダーコメント（写し）

4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～前編
https://www.youtube.com/watch?v=RVp-Rn1ICWM 4/1

4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～後編
https://www.youtube.com/watch?v=9ligK_tIypE

笹井芳樹氏は、STAP細胞のNature論文に不正流用されていた小保方氏の博士論文のテラトーマ画像が、実験条件の全く異なるものだと把握していたはずである。これほどの重要なことを、調査委員会に報告し忘れるという不手際が起こりうるだろうか？不正流用を小保方氏と結託して隠匿したのでは？

2014年3月14日

研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査中間報告について（写し）

野依良治理事長コメント（写し）
竹市雅俊センター長コメント（写し）
著者コメント（写し）
調査委員会調査中間報告書（全文）（写し）
調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年4月4日修正版）（写し）

調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月31日修正版）（写し）

調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月14日未修正版）（写し）

測定方法、解析方法が不明な定量ＰＣＲ（qPCR）の結果

2014-04-03T02:00:00.000+09:00

STAPのNature Article論文のFig.2bやFig.3dの定量PCR（qPCR）の結果を示した図：

測定方法、解析方法が不明な定量ＰＣＲ（qPCR）の結果

追記(2014/5/4)：　Hanna J氏らの論文（Cell. 2008 Apr 18;133(2):250-64.）のFig.1Eにも同じような定量ＰＣＲ（qPCR）のデータが掲載されており、おかしなデータでないかもしれませんね。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2615249/figure/F1/

疑惑の解説

STAPのNature Article論文のFig.5eでしたら、ESの遺伝子発現量が1に調整してあるので、それと比べたSTAP stem cellやTSの発現量の比率・倍差（fold change）を知ることができます。

↓Fig.5e

一方、STAPのNature Article論文のFig.2bについては、遺伝子発現量が１に調整されたコントロール群が見当たりません。この図の縦軸はどのように解釈すればよいのでしょうか？

↓Fig.2b

本文中には縦軸の説明が何も書いてありませんので推測するしかありませんが、"Normalized to GAPDH"とあることから、各細胞のGAPDHの発現量を「１」としていると考えられます。また、mRNAの絶対量（コピー数）を測定したのではなく、リアルタイムPCRで倍々に増えてゆく速度をもとに、試料に含まれていた各遺伝子の相対量を推定し、GAPDHの量と比較していると考えられます。

しかしながら、Fig.2bの図を見ると、例えば、EＳ細胞の各遺伝子発現量の値は全て１０前後ですが、これは、Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1, Esg1, Dax1に関して得られた値が極めて不自然な程にほぼ同じだったということを意味しているのでしょうか？STAPのNature Article論文のFig3dにも同様の指摘ができます。この縦軸の値はどのように測定・計算されて得られたものでしょうか？

↓Fig3d

匿名2014年4月5日 8:26
MethodsによればLightCycler2 (32本キャピラリー）なんだから、全ターゲット同時とかありえません。それぞれのターゲット毎に標準サンプルの希釈系列を増幅して調整するのが、妥当なやり方でしょう。その標準希釈系列に何を使ったか書いていないからなんとも言いがたいです。標準サンプルはPCR産物、プラスミド、いろいろな組織のcDNAを混ぜたものなどが候補になるでしょう。機械のマニュアルは
http://www.roche-applied-science.com/wcsstore/RASCatalogAssetStore/Articles/04624505001_03.05.pdf
にあります。Ct値がほぼ同じであったと推定する理由はどこにもないです。なにをやっているのかわからん記載という不備があるのは明らかですが、疑惑かというと論文全体が信用ならんといっているだけと同じです。

関西学院大学・理工学部生命科学科の関由行准教授ら専門家は、下記のようにコメントされております。

Jun Seita ‏@jseita 20 時間

@yoshiyuki_seki ところでESのOct4やNanogの発現量ってGAPDHの１０倍もあるんですか？http://pbs.twimg.com/media/BkU5h4dCMAE1lAl.jpg …

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 20時間

@jseita いいとこ突っ込みますね。少なくともうちで使っているES細胞（３種類）では、Oct3/4は約1/8、Nanogは1倍程度です。（プライマー増幅効率を計算していないので概算）なので、多能性遺伝子の発現がほとんど変わらないこの結果には最初からずっと違和感がありました。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 20時間@jseita このFig.2bでは、各mRNAの絶対量（コピー数）を測定して比較しているのでしょうか？GAPDH以外の遺伝子は、GAPDHと比べて、偶然にも5-15倍の範囲の発現量に収まっていますが、そういうものなのでしょうか。相対定量だとしても狭い範囲に綺麗におさまっている？

Jun Seita ‏@jseita 20 時間@JuuichiJigen 絶対量（コピー数）ではないです。リアルタイムPCRで倍々に増えてゆく速度からもとの試料に含まれていた相対量を推定しています。全ての遺伝子の発現量が5-15倍の範囲に収まっているのが妥当かどうかは、@yoshiyuki_seki さんが詳しいはずです

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 20 時間@jseita @JuuichiJigen そこなんですよね。少なくともうちのES細胞は６つの遺伝子がこんな範囲には収まりません。。今更ですが。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 20 時間@yoshiyuki_seki @jseita Fig.2bの図は、例えば、EＳ細胞の各遺伝子発現量の値は全て１０前後ですが、これは、Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1, Esg1, Dax1のCt値がほぼ同じだったということを意味するのでしょうか？

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 19 時間@JuuichiJigen @jseita そうやと思います。ただ、Gapdhでノーマライズしているとは書いているのですが、Gapdhを1にしているとは書いていないので、縦軸の意味がはっきりとは分かりません。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 19 時間@yoshiyuki_seki @jseita 本文中には縦軸の説明が何も書いてありませんので推測するしかありませんね。使用するプローブの種類、Ct値の求め方、などにも依存するでしょうが、qPCRにおける６つの遺伝子のCt値がほぼ同じになるという偶然性がとても信じられません。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 19 時間@yoshiyuki_seki @jseita STAPのNature Article論文のFig3dにも同様の指摘ができます。この縦軸はどのように計算されて得られたものでしょうか？5遺伝子のCt値が偶然にもほぼ同じだったのでしょうか pic.twitter.com/b53z3f9jvq

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 19 時間@JuuichiJigen @jseita 私的にはこのFigに一番興味がありました。多能性遺伝子がd3で一気に上がる。この仕組みを知るために実験を始めましたので。

論文捏造＆研究不正 ‏@JuuichiJigen 19 時間@yoshiyuki_seki Fig2bのことですね。qPCRの生データはqPCRの機器のHDDに自動的に保存されているはずです。普通なら小保方氏の個人PCにもコピーされたままのはずです。証拠隠滅していない限り。調査委員会は全ての実験画像と生データの整合性をチェックすべきです。

buvery ‏@buvery 19 時間@JuuichiJigen @jseita @yoshiyuki_seki 同じデータであってもCt自体は任意にとることができる（閾値を勝手に決められる）ので、絶対値は意味がありません。（数字を出した途中経過は分かりませんが）意味があるのは、ESなど比較対象との差だけです。

関由行 ‏@yoshiyuki_seki 19 時間@buvery @JuuichiJigen @jseita おっしゃる通りやと思います。結局計算過程が分からないと何とも言えないですね。ただ、一般的にはこのように同じグラフに横に並べる場合は、同じ閾値で切るかと思います。うちでは２回微分でやっていますけど。

Jun Seita ‏@jseita 19 時間@yoshiyuki_seki @buvery @JuuichiJigen 同じグラフに並べる場合は少なくともある細胞の全ターゲット遺伝子は同時にPCRしてる（と信じたい）。で正確には、同じ閾値を適応した場合、GAPDHとのCt値の差はどの遺伝子も２前後だった、ということで。

Robert Geller ‏@rjgeller 18 時間不正行為を探すことをともかくとして、生データを持っていないと知的財産確保は困難となる恐れもあります。ずさんな管理体制ですね。@jseita @JuuichiJigen @yoshiyuki_seki 理研CDBが生データ持ってるといいですね。

buvery ‏@buvery 17 時間@jseita @yoshiyuki_seki @JuuichiJigen 最大限好意的に解釈すれば、遺伝子ごとのCtが異なればあり得ます。なら、ESで標準化せよ、見せ方が下手である、とは言えますが、不正とは言い切れないというところでしょうか。

TJO ‏@TJO_datasci 15 時間.@yoshiyuki_seki @jseita @JuuichiJigen ポジコンのはずのESのデータがあり得ないくらいおかしいって変な話ですよね。ポジコンのデータを弄る必要なんて思い付きませんし。もしくはポジコン自体実際にはやってなかったり。。。

片瀬久美子 ‏@kumikokatase 15 時間@TJO_datasci @yoshiyuki_seki @jseita @JuuichiJigen やっぱり、生データを確認して欲しいですね。もし残されていないのなら、とても疑わしくなります。

理研の調査委員会の中間報告の問題点

2014-03-26T15:57:00.000+09:00

研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査中間報告について（独立行政法人理化学研究所）
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140314_1/ （写し）

野依良治理事長コメント http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-1.pdf　（写し）竹市雅俊センター長コメント http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-2.pdf　（写し）著者コメント http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-3.pdf　（写し）

調査委員会調査中間報告書（全文）
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-4.pdf　（写し）

調査委員会調査中間報告書（スライド資料）
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdf　（写し）

理研の調査委員会の中間報告発表動画：
その１、その２、その３、その４、その５、その６、その７

FNNニュース動画：
2014年3月14日：「STAP細胞」論文理研が中間報告会見小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日：「STAP細胞」論文理研、重大な過誤があったとする中間報告

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その１
小保方、笹井氏らが提出した差し替え予定画像のタイムスタンプに改ざん・捏造の可能性？石井調査委員長の発言では、差し替え画像のタイムスタンプは「論文投稿（2013年3月10日）の数ヶ月前」しかし、差し替え画像の一つ（in vitro分化画像）が2012年4月の特許出願書類に含まれていることが発覚。

差し替え予定画像の一つ
→http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdfの p15下段のα-SMA画像 2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.)) 　
→　http://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO2013163296　の図9A下段中央

小保方、笹井氏らが提出した差し替え用画像のタイムスタンプ改ざん疑惑の説明図

調査委員会に虚偽証言の可能性？

小保方晴子氏の博士論文Fig.14からNature誌の論文に不正に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不正に流用されていたことが発覚

　Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。

　Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。

↓　(2014年3月20日に不正が発覚）

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その２

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その３

Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。

Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研が設立されたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その４

‏@buvery

今回の理研試料、解像度が高くて、横紋が見えている、これは骨格筋だね。じゃ、なんでα-SMAなんて書いているのか。やっぱりおかしい、これ。

‏@buvery

差し替えると言っている図は、それっぽいのだけれど、やはり、Article Fig 2eのHEは嘘なんじゃないかと思う。そもそも、蛍光と全くあってないよ。（理研試料の１５ページ目）

‏@buvery

@cuttingedgevvv しつこいけど、私はHEの切片自体が無いんじゃないかと疑っています。腸管に血管が走って、粘膜下筋層ができるだろうか、ねえ。

‏@cuttingedgevvv

STAP騒動で免染使い回しが指摘されているNature article論文のFig. 2eのHE染色標本は実在しないと思う。https://twitter.com/buvery/status/444482105200758785 …

‏@cuttingedgevvv

理由はこの一連のツィート https://twitter.com/cuttingedgevvv/status/442709493067968513 …

cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

小保方らのNature論文の組織像については、それだけではまだ疑惑とはいえないまでも、まだ違和感のあるところはいくつか存在する。後ほどピックアップしてみたい。
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

以下提示する違和感は、性善説にたてば、"若干気にはなるが、掲載スペースの都合もあったりで、まあそんな事もあるか"　程度の話だろう。しかし、D論の使い回しが発覚（私見では疑惑を超えたと思っている http://stapcells.blogspot.jp/2014/02/nature-article.html … ）した以上、その目で見ざるを得ない。
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その１）テラトーマとは”同一組織内に”三胚葉由来の成分が混在するものである。Nature論文2編を通じて、三胚葉を示した中途半端な拡大の同じような像は何度か提示されているが、”同一組織内に”を示した画像は1枚もみあたらない。
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

通常は、混在を示すルーペ拡大像と、そこに各胚葉成分がよく分かる高倍像をインセットで示す方が説得力があるので、そうするだろう。少なくとも同じような画像を何回も示すスペースがあるなら。全体像を示せない合理的な理由が何かあるのか？
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

その２）Artticle Fig. 2eのHE像の方。中央のmesodermのものだけ、エオジン色素（ピンク）の色調が異なり、左右のものとは違う標本の可能性がある。エオジンの色調は染色過程でのバリエーション、切片の厚さ、標本作成過程における熱のかかり具合、固定状態などで変わる。
cuttingedge ‏@cuttingedgevvv 3月9日

同一切片上のものなら、通常同じ色調になる。そして同図のlegendでは"骨格筋"と言いながら、免染ではなぜかalpha-smooth muscle actin陽性所見を示している。普通、骨格筋を示したいならdesminだろ？まあこれは免染自体がD論使い回しなので無理もない。ー中

理研の調査委員会の中間報告の問題点　その4

http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1395271650/148 で指摘。

科学研究上の不正行為への基本的対応方針
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2006/20060123_1/20060123_1.pdf

・nature論文は、「2.研究不正―（2）改ざん（falsification）と（3）盗用（plagiarism）」に該当
・小保方氏の適当実験ノートは、「4. 行動規準及び遵守事項
―4-2 遵守事項
（1）-（3）」の
実験ノート作成・管理・開示義務違反に該当
・理研の初期対応は、「6. 研究不正への対応及び措置 ―6-1-3 調査時の措置（1）-（5）」の
ロックアウト条項違反
また、
・ネットへのリークやマスコミ取材が先立ったということは、「6. 研究不正への対応及び措置―
6-1 疑義発生時の対応」の監査・コンプライアンス室への社内通報が機能していなかった。

理研の調査委員会の中間報告　記者会見　質疑応答　抜粋

https://www.youtube.com/watch?v=65g1QnYM-lk … 21:28秒位からの質問

弁護士の方の意見「いわゆる刑法の世界でですね、これ、”違法性の認識”といわれる話になりまして、つまり、違法だというルールは知らなかったと。ただ自分がやっている行為はちゃんと認識していたという状態、なんですね。例えば、コンビニで万引きをした子が、これは違法だと知らなかったと。だけど、自分が物を盗っているという認識はあったと。というのと同じことかなと思われるんですが、そうなると、今回のこのデータの切り貼りについて、小保方さんは故意があったと、言えるんじゃないかと思うんですが。」

「データを綺麗にみせるための電気泳動画像の改ざん（縮尺変更や切り貼り）」については、小保方氏は倫理観が無く研究不正であると意識していなかったが、その改ざん行為自体は認識しており、故意があったといえるということですね。

早稲田大学　常田聡研究室の博士論文のコピペ疑惑

2014-03-21T15:51:00.000+09:00

注：正しい方法で行えば「コピペ」もOK（弁護士ドットコムより）
他者著作物との類似性が見られた博士論文 （計２３報）：　
（コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例）

　逢坂哲彌 研究室：　奈良洋希、蜂巣琢磨、本川慎二（計３名）

　平田彰 研究室：　吉江幸子（ラボ内コピペ）、日比谷和明（ラボ内コピペ）（計２名）
　黒田一幸 研究室：　藤本泰弘（計１名）
(早稲田大学リポジトリ）　（その他の早稲田理工の研究室も網羅的に調査中）

当記事の公益目的：　理化学研究所の調査委員会によりSTAP細胞論文における捏造・改ざんの研究不正や他者著作物からの文章のコピペが認定された小保方晴子氏は早稲田大学理工学術院の先進理工学研究科で学位を取得した後、理化学研究所研究員として採用されていました。小保方晴子氏の早稲田大学における博士論文についても、冒頭２０ページ近くの文章がNIHのサイトからのコピペであること、各章のリファレンスまでもがコピペであり本文と全く対応しておらず本文中にはリファレンス番号が記載されていないこと、複数の実験画像がバイオ系企業サイトに掲載されている実験画像と類似していることなどの多数の問題点が判明しています。これらの当然気付かれるべき問題点は早稲田大学における博士論文の審査では見過ごされていました。よって、小保方氏のSTAP細胞論文における様々な問題は、小保方氏個人が責められるべきものではなく、早稲田大学の教育環境や学位審査システムの特質性にもその要因が在ります。STAP細胞論文自体の研究や、その研究結果の再現性確認実験には多額の公的研究費や研究者の貴重な時間が費やされました。公益目的の観点から、二度と同様の問題が起こらないように対策をとるためには、早稲田大学の教育環境や学位審査システムを精査する必要があります。その手がかりを得るために、当記事では、自主的に網羅的調査をしようとしない早稲田大学に代わり、読者の調査協力の下に第三者の観点から「他者の著作物からのコピペが博士論文を効率的に書くための一方法として早稲田大学で普及していたのかどうか。」を網羅的に検討することにします。また、コピペが博士論文などの著作物を効率的に執筆するための一方法として認められるのかどうか、推奨されるべきかどうかの問題は社会一般公共の利害に関することから、専ら公益目的の観点から早稲田大学の事例をもとに考えていきたいと思います。

適切な引用（コピペ）とは？：　文化庁は、以下の７項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。

ア既に公表されている著作物であること
イ「公正な慣行」に合致すること
ウ報道，批評，研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オカギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ引用を行う「必然性」があること
キ「出所の明示」が必要（コピー以外はその慣行があるとき）

(文化庁長官官房著作権課著作権テキスト平成２２年度版　PDFファイル　の　「§8. 著作物等の「例外的な無断利用」ができる場合 ⑧ ア、「引用」（第32条第1項」　より引用）

早稲田大学が先進理工学研究科の博士論文について調査開始（2014年4月7日）

2014年4月7日：　皆様のご協力のもと、当ブログにおいて早稲田大学の博士論文のコピペ問題を検証し続けたことにより、早稲田大学が先進理工学研究科の280本の全ての博士論文を調査することを決定しました。また、このことを数多くの大手新聞やNHKを含む大手放送局もニュースとして取り上げました。博士論文のコピペ問題を検証してきたことが、公共性を助成し公益目的を有するということが一般的にも認められました。ご協力ありがとうございました。博士論文の序章（イントロダクション、背景）における他者著作物からの丸ごとコピペが適切な引用にあたるのかどうかについて、早稲田大学がどのように判断するか注目したいですね。

以下、関連ニュースです。

2014年4月7日（朝日新聞）：　早稲田大、博士論文２８０本を調査不正の疑い指摘受け
2014年4月7日（読売新聞）：　小保方氏以外の博士論文２８０本も調査へ…早大
2014年4月7日（毎日新聞）：　早大:先進理工学研究科が全博士論文で調査着手

2014年4月7日（日本経済新聞）：　早稲田大、博士論文280本対象に不正調査小保方氏が学位取得の先進理工学研究科で
2014年4月7日（産経新聞）：　全博士論文を対象に調査小保方氏所属の早大先進理工学研究科
2014年4月7日（The Huffington Post Japan）：　小保方さん問題で早稲田大学、博士論文280本を調査不正あれば学位取り消しも（写し）
NHK：　早大小保方氏出身の研究科論文調査
日テレニュース：　早大他の博士論文２８０本でも不正を調査
ＴＢＳ：早大・小保方氏の所属学科、全博士論文の不正調査へ
2014年4月7日（その他）：　スポニチ、千葉日報、日本海新聞、SankeiBiz、日刊スポーツ、Sanspo、デイリースポーツ、北國新聞、ZAKZAK、財経新聞
2014年4月8日 Retraction Watch: Waseda University checking dissertations for plagiarism in wake of STAP stem cell misconduct finding
2014年4月15日 The Japan News by Yomiuri: Waseda graduate school probes 280 doctorate theses

以下、関連サイトです。
2014年3月14日：　早稲田大学の理工系におけるコピペ文化について
2014年3月26日（日刊ゲンダイ）　：　コピペどころか論文買う学生も…横行する「卒論ゴースト」
2014年3月27日：　早稲田大学の理工系の非コピペ文化について／電気・情報生命工学科の学生から（写し）

小保方晴子氏の博士論文のコピペ問題に関する報道

2014年3月11日（朝日新聞）：　小保方さん博士論文、２０ページ酷似米サイトの文章と

2014年3月12日（朝日新聞）：　小保方さんの博士論文、参考文献リストもコピペか
2014年3月13日（時事通信）：　博士論文、他にも流用か＝企業ＨＰと画像酷似、ＳＴＡＰ小保方氏
2014年3月13日（J-CASTニュース）：　早大博士論文、細胞画像までコピペ？小保方晴子氏の疑惑発覚続く（その２）

2014年3月14日（朝日新聞）：　学内調査「近々発表」コピペ疑惑の小保方さん博士論文
2014年3月14日（Sanspo）：　小保方氏、博士論文画像もコピーか…バイオ系企業サイト画像と酷似
2014年3月16日（日本経済新聞）：　小保方氏が博士論文取り下げの意向博士号取り消しも
2014年3月17日（共同通信）：　博士論文取り下げの意向ＳＴＡＰ細胞の小保方氏

2014年3月18日（J-CASTニュース）：　早大で次々に「論文コピペ疑惑」が浮上小保方氏は先輩の手法を見習った？
2014年3月18日（J-CASTニュース）：　「小保方博士論文」審査員のハーバード大教授「読んでないし頼まれてもいない」
2014年3月20日（日刊工業新聞）：　米ハーバード大教授、小保方氏の博士論文読まず
2014年3月20日（J-CASTニュース）：　ハーバード大教授「小保方氏の博士論文読んでない」衝撃発言に東浩紀氏「本当なら早稲田は終わりだ」
2014年3月20日（朝日新聞）：　小保方さんの博士論文「読んでない」学位審査の米教授
2014年3月21日（東京スポーツ）：　小保方氏「最後の味方」も不穏な発言
2014年3月26日（時事通信）：　早大が本格調査へ＝小保方氏の博士論文
2014年3月27日（弁護士ドットコム）：　小保方さんに教えてあげたい!? 弁護士が伝授する「論文引用」の正しいやり方（写し）
2014年3月27日（弁護士ドットコム）：　小保方さん「コピペ論文」で揺れる早稲田大学――法学部に広がる「モカイ文化」とは？（写し）

2014年3月28日（朝日新聞）：　小保方氏の博士論文、早大が調査委学外専門家らで構成
2014年3月28日（読売新聞）：　小保方さんの博士論文、早大が本格調査開始へ

調査１：松本慎也氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　松本慎也　（早稲田大学特別研究員）
論文題目：　Development of Methodology to Analyze Microbial Ecophysiology in Biofilms by Combining Molecular Biology Techniques and Mathematical Modeling
分子生物学的手法および数学モデルを併用したバイオフィルム微生物生理生態解析方法論の構築
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34631
出版日：　2009年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
Chapter 1 (写し） (写し２） (写し３）(Introduction)
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 （写し）
Chapter 6 (写し） (Summary)
Acknowledgements (写し）

早稲田大学の常田聡研究室の松本慎也氏、博士論文の第1章の文章や図のかなりの部分がコピペ（約50000文字、7400英単語、２０ページ分）です。

Chapter 1　（Introduction）の1.1.の冒頭の第１段落後半の３行分の文章が、"Society for General Microbiology. Symposium"の著作物"Community Structure and Co-operation in Biofilms, 第 59 号"に掲載されているJulian Wimpenny氏の文章からのコピペです。

同一文章１　：黄色でハイライトされた部分が同一文章

They range from growth on the leads of cardiac pacemakers, thorough biofilm attached to the inner surface of water distribution pipes, to the epilimnion of rocks in streams and accumulated plaque on the surface of teeth.

Chapter 1　（Introduction）の1.1.のBIOFILMSの20行文の文章（1.1の冒頭以外）が、オランダの研究者Picioreanu氏らの論文（Bioﬁlms (2004) 1, 1–13）　のIntroductionの文章からのコピペです。(Anonymousさんのコメント（2014年3月15日 2:54）で判明）

同一文章２　：黄色でハイライトされた部分が同一文章

During biofilm development, a large number of phenomena occur simultaneously and interact over a wide range of length and time scales. As a result of nutrient conversions, the biofilm expands on the basis of bacterial growth and production of extracellular polymeric substances (EPS). Chemical species need to be ontinuously transported to and from the biofilm system by physical processes such as olecular diffusion and convection. Fluid flow influences biofilm growth by determining the concentrations of available substrates and products. On the other hand, the flow also shears the biofilm surface, and determines biofilm detachment processes. In the case of multi-species systems, microorganisms of different species interact in complex relationships of competition or cooperation. All these linked phenomena create a dynamic picture of the biofilm three-dimensional (3D) structure. The large number of localized interactions poses an important challenge for experimentalists. Mathematical models can prove useful because they allow testing of hypotheses and, in addition, can direct experimental efforts to complex regions of operation that can easily confound the general intuition. Although the word “modeling” is used for different purposes, the final result is invariably the same: models are no more than a simplified representation of reality based on hypotheses and equations used to rationalize observations. By providing a rational environment, models can lead to deeper and more general understanding. Ultimately, understanding the underlying principles becomes refined to such a state that it is possible to make accurate predictions.

(以下は、Anonymousさんのコメント2014年3月15日 8:36で判明）

1.2.1の項は、Picioreanu氏の著作物"MODELLING AND PREDICTING BIOFILM STRUCTURE"の1および1.1からの大規模なコピペです。

この著作物は、著者が同じなためか下記論文と同一な部分があります。
http://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/1999_WatSciTechnol_3_Noguera-et-al.pdf

同一文章３　：黄色でハイライトされた部分が同一文章（1.Biological heterogenety と、3. Geometrical heterogeneity　の部分の順番が、コピペ元の論文では逆になっているが文章は同一。）（microenvironemtなどのコピペミスも。手入力でコピペか？）

1.2 HETEROGENEITY OF BIOFILM STRUCTURE

1.2.1 Heterogeneity of biofilm

The general view on microenvironemt in biofilm has dramatically changed during the last decade. It has been previously assumed that most of the biofilms are more or less homogeneous layers of microorganisms in a slime matrix. The use of Confocal Scanning Laser Microscopy (CSLM), and computerized image analysis tools revealed a more complex picture of biofilm morphology (Lawrence et al., 1991; Caldwell et al., 1993). CSLM and other optical investigations have shown that some biofilms possess a heterogeneous structure (Costerton et al., 1994; Gjaltema et al., 1994). Cell clusters may be separated by interstitial voids and channels, that create a characteristic porous structure. In some particular cases, biofilms grow in the form of microbial clusters taking a "mushroom" shape (Figure 1.1a, b – reproduced from Stoodley et al., 1999b). In other cases, more compact and homogeneous biofilm layers can be observed.

　In many biofilms the reported nonuniformaties are other than gradients in only one direction, perpendicular to the substratum. Three-dimensional variation of microbial species, biofilm porosity, substrate concentration or diffusivities has been repeatedly reported. It is becoming clear that there are many forms of heterogeneity in biofilms, and a definition of biofilm heterogeneity is needed. According to Bishop and Rittmann (1995), heterogeneity may be defined as "spatial differences in any parameters we think is important". An adapted list from Bishop and Rittmann (1995), summarizes a few examples of possible biofilm heterogeneity:

1. Biological heterogeneity: microbial diversity of species and their spatial distribution, differences in activity (growing cells, EPS producing, dead cells, etc.).

2. Chemical heterogeneity: diversity of chemical solutes (nutrients, metabolic products, inhibitors), pH variations, diversity of reactions (aerobic/anaerobic, etc.).

3. Geometrical heterogeneity: biofilm thickness, biofilm surface roughness, biofilm porosity, substratum surface coverage with microbial biofilms.

4. Physical heterogeneity: biofilm density, biofilm permeability, biofilm visco-elasticity, viscosity, EPS properties, biofilm strength, solute concentration, solute diffusivity, presence of abiotic solids.

It appears that biological heterogeneity causes in a great measure the other kinds of heterogeneity, therefore our attention was primarily focused on this type of heterogeneity.

1.2.2の項は、上記のPicioreanu氏らの論文（Bioﬁlms (2004) 1, 1–13）のMICROBIAL GROWTH IN BIOFILMSからの完全なコピペです。

同一文章４　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
Activity of microbes in biofilms is often notably different from that observed when they are in the suspended planktonic phase. Microbial cells enclosed in a biofilm matrix show significant advantages in relation to their planktonic counterparts, namely in the resistance to aggressive agents, such as increased resistance to disinfectants and antibiotics (Ceri et al., 2001) and to ultraviolet radiation (Elasri &Miller, 1999), drying (EPS are highly hydrated) and protection from grazing by predators such as protozoa.Conversely, there are also notable disadvantages for bacteria when growing in a biofilm, such as an increased competition for limiting resources and increased mass transfer resistance, interference competition by production of antibiotics, overgrowth, and increased pressure from parasites. Most of such observed characteristics of microbial growth in biofilms can be explained by invoking transport phenomena, i.e. the physical implications of growth in densely packed environments where fluid flow is reduced. In sufficiently thick biomass clusters, as are generally the case in biofilms, diffusional distances are long enough that solute transport to inner bacterial cells becomes slow in comparison with the bioconversion kinetics of the microorganisms. In such situations, solute gradients are formed throughout the biofilm and mass transport becomes the rate-limiting process of the various biotransformations occurring (Characklis et al., 1990). In these environments, solute gradients provide favorable conditions for the creation of functional micro-niches. For example, the depletion of oxygen in proportion to depth observed in activated sludge flocs (Schramm et al., 1999; Meyer et al., 2003) and biofilms (de Beer et al., 1993) can create microenvironments suitable for the proliferation of anaerobic organisms, despite the presence of dissolved oxygen in the surrounding liquid phase. Solute gradients in oral biofilms also account for the local acidity that causes caries. In dental plaque, acidogenic and aciduric (acid-tolerating) bacteria rapidly metabolize dietary sugars to acids, which gradually accumulate, creating acidic microenvironments that are at the same time responsible for enamel demineralization (tooth decay) and for inhibiting competition from species associated with enamel health (Marsh, 2003). Mass transport limitations that impede efficient antibiotic penetration in biofilm matrices are frequently appointed as possible mechanisms responsible for the mentioned resistance to antibiotics (for references, see Mah & O’Toole, 2001). In light of these facts, an interpretation of the biofilm behavior from the extrapolation of the planktonic cell is not possible without knowledge of the mass transfer processes, in this complex morphology, responsible for the creation of the microenvironments (de Beer & Schramm, 1999).

1.3.1の項は、Noguera氏らの論文からの大規模なコピペです。

同一文章５　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
1.3.1 Why biofilm modeling?To study the complex interaction between many of the factors acting simultaneously, we need a mathematical model. Besides experimentation, mathematical abstraction of the reality can help understanding interdependence of biofilm processes. The IAWQ International Specialty Conference on Microbial Ecology of Biofilms (Lake Bluff, IL, October 1998) provided updated information on current issues in biofilm research. According to their destination, biofilm models can be broadly classified into two categories:

1. Biofilm models for practical engineering applications, such as design, troubleshooting, real-time operation, and education.

2. Advanced models used as research tools to investigate specific processes occurring within microbial biofilms. The application of these models is primarily intended to fill gaps in our knowledge of biofilm dynamics.

In relation to practical engineering applications, the current objectives of biofilm modeling include biofilm engineering, real-time control, and applications in education. These objectives are briefly described in the following section:

1. Biofilm Engineering. If more insight is gained on the interactions between processes involved in biofilm formation, then it would be possible to “engineer” the biofilm structure and its function. For example, we may envision the manipulation of the environmental conditions to generate dense biofilm structures that will be easily separated from a liquid phase (e.g., granules in UASB reactors, in fluidized bed or airlift reactors), or rough biofilm structures with high capacity for removal of particulate material.

2. Real-Time Control. The ability to control biofilm systems on-line requires mathematical models that incorporate both the activity of the biofilms and the stochastic behavior of system inputs.

3. Education. Biofilm models are also learning tools. If mathematical models of biofilms are to be used as design and simulation tools, it is essential to teach the fundamentals of these models to scientists and engineers. Moreover, a better understanding of basic physical and computational principles, as well as of the benefits and limitations of existing models, would contribute to an increased appreciation of the mathematical model as a basic tool for research and practical applications.

The current use of biofilm models as research tools has broader objectives, most of them related to gaining a better understanding of 3-D biofilm structure, of population dynamics, and of mechanical factors affecting biofilm formation:

1. Relevance of 3-D heterogeneity. With the abundant experimental evidence showing that biofilm structures are heterogeneous, the simplifying assumptions of 1-D models are in question. As important as the development of useful models for biofilm engineering is the critical evaluation of these original assumptions. It is fundamental to propose and develop unifying parameters to describe biofilm structure and to investigate trends within the biofilms. It is equally significant to evaluate the importance of biofilm heterogeneity on overall biofilm reactor performance.

2. Microbial Ecology. Novel experimental methods are continuously producing more evidence of the heterogeneous nature of multispecies biofilms. Even though it is possible to develop hypotheses on the ecological interactions among different microorganisms based on the experimental observations, mathematical modeling is a key tool to evaluate the adequacy of the hypotheses.

3. Microorganisms as producers. Microbial products of interest include chemical transformation products, soluble organic compounds from autotrophic bacteria, as well as gases, EPS substances, and perhaps quorum sensing factors.

4. Analysis of potential detachment mechanisms. Advanced mathematical modeling of biofilms can be used to understand the effect of hydrodynamic flow and shear forces on the erosion and sloughing mechanisms in biofilms. These mathematical efforts need to be complemented with experimental information on mechanical properties of biofilms, such as elasticity and tensile resistance as a function of EPS and cell content.

1.3.2の項は、Picioreanu氏らの著作物であるhttp://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2000_ChapterBook_2_SGM-Exeter.pdf　からのコピペです。なお、このPicioreanu氏の文章は、"Society for General Microbiology. Symposium"の著作物"Community Structure and Co-operation in Biofilms, 第 59 号"にも一部変更して掲載されています。

同一文章６　：黄色でハイライトされた部分が同一文章

1.3.2 Past and present in biofilm modeling

Mathematical models have been used for the last three decades as tools to simulate the behavior of microbial biofilms. The initial models described biofilms as uniform steady-state films containing a single type of organism (Fig. 1.1a), governed exclusively by one-dimensional (1-D) mass transport and biochemical transformations (Atkinson and Davies, 1974; Rittmann and McCarty, 1980). Later, stratified dynamic models (Fig. 1.1b) able to represent multisubstrate-multispecies biofilms (Wanner and Gujer, 1986; Wanner and Reichert, 1996) were developed. Although these 1-D models were advanced descriptions of multispecies interactions within the biofilm, they were not able to provide the characteristic biofilm morphology. Biofilm morphology is an input in these models, not and output. Structural heterogeneity in biofilms was already known at that time, but it has been recently underlined through numerous experimental observations. New biofilm models are needed now, to provide more complex two- and three-dimensional descriptions of the microbial biofilm (Fig. 1.1c), and incorporate solutes mass transport and transformation, population dynamics and hydrodynamics. This evolution in model complexity has paralleled the advances in computational tools. While hand calculators were the tools used in the 1970's, the biofilm models of today reflect the availability of fast personal computers and advanced parallel processing.

The amount of experimental evidence describing some biofilms as heterogeneous entities in structure and composition contradicts the simplifying assumptions of the original 1-D models. This has challenged engineers to create a more accurate mathematical description of biofilms. The challenge has resulted in an increasing model complexity, derived from the inclusion of an ever increasing number of parameters to explain the biofilm structure. The new generation of structural biofilm models should describe/predict the formation of microcolonies, the development of heterogeneous colonization patterns, the sloughing of large biofilm sections. They could be further expanded to simulate experimentally observed phenomena such as formation of streamers and advective flux through microchannels. Nevertheless, the real challenge to the modeler is not to create models that include as many parameters as possible, but rather, to determine the level of significance of these parameters in the description of the different biofilm processes. Moreover, the mathematical evaluation of parameter significance is essential to define the required level of accuracy of experimental measurements.

Fig.1.1の節は、Picioreanu氏らの著作物であるhttp://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2000_ChapterBook_2_SGM-Exeter.pdfのFig.2からのコピペです。図の説明分もコピペしています。

Figure 1.1 Evolution of biofilm models from (a) uniform biomass distribution and one-dimensional substrate gradient in the 1970’s, to (b) one-dimensional stratified biomass and multispecies biofilms in the 1980’s, to (c) multidimensional distribution of biomass and substrate at the end of 1990’s.

1.3.3の項は、Wanner氏らの論文からの大規模なコピペです。

同一文章７　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です　（コピペ元の"calculates"が"caiculates"となっていたり、"Furthermore"が"Futhermore"となっていたり、"Shaded"が"Shared"となっていたり、"to be"が"tobe"となっていたりなど、コピペ間違いも散見されます。）
1.3.3 Biofilm modeling with AQUASIM (Wanner et al., 2004)

AQUASIM is a computer program for the identification and simulation of aquatic systems. The program includes a 1-D multisubstrate and multispecies biofilm model and represents a suitable tool for biofilm simulation. The program can be used to calculate substrate removal in biofilm reactors for any user specified microbial systems. 1-D spatial profiles of substrates and microbial species in the biofilm can be predicted. The program also caiculates the development of the biofilm thickness and of the substrates and microbial species in the biofilm and in the bulk fluid over time. Detachment and attachment of microbial cells at the biofilm surface and in the biofilm interior can be considered, and simulations of sloughing events can be performed. Futhermore, AQUASIM allows pseudo 2-D modeling of plug flow biofilm reactors by a series of biofilm reactor compartments. The most significant limitation of the model is that it only considers spatial gradients of substrates and microbial species in the biofilm in the direction perpendicular to the substratum.

1.3.3.1 Features of the biofilm model implemented in AQUASIM

For biofilm modeling and simulation, AQUASIM offers a biofilm reactor compartment consisting of three zones: “bulk fluid,” “biofilm solid matrix,” and “biofilm pore water” (Fig. 1.2). For all three zones, AQUASIM calculates the development over time of microbial species and substrates, as well as the biofilm thickness. In the biofilm, spatial gradients perpendicular to the substratum are calculated for microbial species and substrates. The bulk fluid is assumed to be completely mixed, and a liquid boundary layer between the biofilm and the bulk fluid can be considered. The AQUASIM biofilm reactor compartment can be connected to other compartments. Solid arrows in Fig. 1.2 indicate possible mass fluxes across the compartment boundaries. These fluxes include influent, effluent, exchange between the bulk fluid and the atmosphere, and transport across a permeable substratum. Shared arrows indicate mass fluxes between the various zones in the compartment. These fluxes account for detachment and attachment of microbial cells in the biofilm and at the biofilm surfaces and diffusion of soluble and suspended particulate compounds through the liquid boundary layer.

In the AQUASIM dialog box “Edit Biofilm Reactor Compartment”, the properties of the biofilm system tobe modeled are specified. The reactor type is chosen to be “confined” if the volume of the biofilm plus the bulk fluid is constant, as is the case in a closed reactor, and to be “unconfined” if the biofilm can grow freely, as may be the case in a trickling filter. The pore volume can be specified to contain only a liquid phase and dissolved substrate, or it can also contain suspended solids. The biofilm matrix can be assumed to be rigid, i.e., to change its volume due to microbial growth and decay only, or it can be assumed to be diffusive, which means that microbial cells can move within the biofilm matrix also by diffusion. Detachment at the biofilm surface can be described by rates, which are properties of individual microbial species and are specified via the button “Particulate Variables.” Otherwise, it can be described by a global velocity, which means that all species are detached at the same rate.

The option “Variables” serves to activate or inactivate variables, which denote concentrations of substrates and microbial species. For each activated variable, AQUASIM automatically calculates mass balance equations for the substrates and microbial species in both the biofilm and the bulk fluid. The option “Processes” serves to activate or inactivate processes. Only activates processes are included in the calculation, while the value of the rates of inactivated processes is set to zero. This feature makes it possible to easily modify a model and to readily test alternative models. In AQUASIM, the term “Processes” refers to biotic or abiotic conversion reactions. There have to be specified by the user, while the equations describing transport processes are intrinsic parts of AQUASIM. The example shows the rate law and the stoichiometric coefficients of the process “heterotrophic growth.” The options “Initial Conditions” and “Input” serve to provide initial and influent values for the microbial species and substrates, as well as for the water flow rate.

The properties of the microbial species considered are specified via the button “Particulate Variables.” The density, defined as cell mass per unit cell volume, is the only properties that must be specified at all times. AQUASIM is set up such that additional features of the model are omitted if their parameters have a value of zero. These features include attachment of cells to the biofilm surface and to the solid matrix within the biofilm, individual detachment of cells from the biofilm surface or solid matrix, and cell diffusion in the pore water and in the solid matrix. Furthermore, the implementation of the model considers a liquid boundary layer at the biofilm surface that is omitted if the value of its resistance is set to zero. The button “Dissolved Variables” leads to a dialog box in which the properties of the dissolved substrates can be specified. The diffusivity of the substrate in the pore water of the biofilm must be specified, while the boundary layer resistance can be set to zero.

Fig.1.2は、Wanner氏らの論文のFig.1からのコピペです。図の説明分もコピペしています。

Figure 1.2 Setup of the AQUASIM biofilm reactor compartment. Solid arrows indicate possible mass fluxes across compartment boundaries, and shaded arrows indicate mass fluxes within the compartment. Taken from Wanner et al. (2004).

1.3.4の項は、Cristian Picioreanu氏の論文（Appl. Environ. Microbiol. May 2004 vol. 70 no. 5 3024-3040）の名をそのまま章のタイトルにして、内容は、In general, a quantitative representation…widely used in physics部分を「ほぼ」そのまま流用しています（約3,700文字）。文献の参照方法の変更や、単語についての"studied→studies"や、mass(m)→biomass(m)等の一部変更があります。また参照も
Appl. Environ. Microbiol. May 2004vol. 70 >>no. 5<< 3024-3040
↓
2004. Particle-based multidimensional multispecies biofilm model. Appl Environ Microbiol.
70:3024-3040
と号数を落としたりして独特に不正確のようです。

同一文章８　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
1.3.4 Particle-based multidimensional multispecies biofilm model (Picioreanu et al., 2004)

In general, a quantitative representation of the system studies is superior to a merely qualitative picture. This is one of the reasons for expressing hypotheses in mathematical form. A mathematical model consists of the full set of equations abstracting the information required to simulate a system. A rigorous and mechanistic representation of the real system must be based on the fundamental laws of physics, chemistry, and biology, which area also called first principles. The development of models based on first principles enforces systematic and imposes rational methods for approaching a problem. For example, biofilm models based on reaction and transport principles (Wanner et al., 1986) have proven to be useful not only for testing the soundness of different scientific concepts but also for establishing rational strategies for designing bioflm systems. Models based on first principles provide a unified view of microbial growth system, including biofilms. They promote lateral transfer of insight between various scientific domains. Diffusion-reaction models routinely used in chemical engineering are now widely used to simulate biofilm systems (Wanner et al., 1986 and 1996). Fluid mechanics methods have been used to study biofilm theology (Dockery et al., 2001; Stoodley et al., 1999) and hydrodynamic conditions in the liquid environment surrounding a biofilm matrix (Dillon et al, 2000 and 2001; Dupin et al., 2001; Eberl et al, 2001; Picioreanu et al., 2000a, 2000b and 2001). Laws of structural mechanics and finite element analysis method of civil engineering, have been used to study biofilm growth and detachment (Dupin et al., 2001; Picioreanu et al., 2001).

When a quantitative mathematical model of biofilm structure and function is constructed, it is advantageous to construct the model from submodels, each of which describes one of the various ongoing processes in a biofilm, including (1) biomass growth and decay, (2) biomass division and spreading, (3) substrate transport and reactions, (4) biomass detachment, (5) liquid flow past the biofilm, and (6) biomass attachment. Attachment is an important process because it determines the initial pattern of colonization of the substratum and the possible immigration of any type of cell from the liquid phase to various locations in the existing biofilm, The advantages of a modular biofilm model are manifold and include a better understanding of specific phenomena, better validation of individual model components, the possibility of exchanging routines or submodels with other biofilm models, more flexibility in solving decoupled model equations, and reflection of the modular structure of biofilm communities and processes.

For the processes described above, proper representation of biomass division and spreading is one of the most controversial topics. The difficulty in modeling the spreading of microbial cells inside colonies is that there must be a mechanism to release the pressure generated by the growing bacteria. Different solutions have been proposed, but given the lack of experimental evidence, none can claim to be correct. Current models for biofilm structure deal with bacteria in two different ways, depending mostly on the intended spatial scale of the model. One approach, individual-based modeling (IbM), attempts to model the biofilm community by describing the actions and properties of individual bacteria (Kreft et al., 1998 and 2001). IbM allows individual variability and treats bacterial cells as the fundamental entities. Essential state variables are, for example, the cell biomass (m), the cell volume (V) etc. The other approach treats biofilms as multiphase systems and uses volume averaging to develop macroscopic equations for biomass dynamics. These models can be called biomass-based models because they use the mass of cells per unit of volume (density or concentration [CX]) as the state variables for biomass. A comprehensive analysis of conditional tool has been performed (Wood et al., 1998 and 1999). The biomass-based models can be further divided into two classes on the basis of the mechanism used for biomass spreading. One subclass includes discrete biofilm models (i.e., cellular automata), in which biomass can be shifted only stepwise along a finite number of directions according to a set of discrete rules (Hermanowics et al., 1998 and 2001; Noguera et al., 1999; Picioreanu et al., 1998a and 1998b; Pizarro et al., 2001; Wimpenny et al., 1997). The other subclass of biomass-based models treats biomass as a continuum, and biomass spreading is generally modeled by differential equations widely used in physics (Dockery et al., 2001; Dupin et al., 2001; Eberl et al., 2001)

Fig.1.3は、Cristian Picioreanu氏の論文（Appl. Environ. Microbiol. May 2004 vol. 70 no. 5 3024-3040）のFig.1からのコピペです。図の説明分もコピペしています。

Figure 1.3 Model biofilm system. (A) Continuously stirred tank rector containing a liquid phase in contact with a biofilm growing on a planar surface. (B) Rectanglar computational domain (2-D or 3-D) enclosing a small part of the whole biofilm. (C) Rectangular uniform grid used for solution of the partial differential equations for substrate diffusion and reaction. (D) Biofilm biomass contained in spherical particles holding one type of active biomass, as well as inactive biomass. Taken from Picioreanu et al. (2004)

1.4の節は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からの大規模コピペです。（pollution →　pllusion などのコピペ間違いが散見されます。）

同一文章９　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です
1.4 APPLICATION OF BIOFILM TO REACTOR

1.4.1 Origin of nitrogen pollusion

Nitrogen compounds are essential for all living organisms since it is a necessary element of DNA, RNA and proteins. Although it is composed of 78% of the earth’s atmosphere as nitrogen gas, almost all bacteria except a few organisms cannot utilize this form of nitrogen directly. In many situations, fixed nitrogen is the limiting nutrient because its availability is usually much smaller than the potential uptake by, for example, plants (Pynaert, 2003). Hence, the supply of protein food for the global population by agriculture is recently dependent on the use of synthetic nitrogen fertilizer generated from atmospheric N2 by the Haber-Bosch process. The global estimation for biological nitrogen fixation is in the range of 200-240 Mt nitrogen, which indicates that the mass flows for nitrogen have a major impact on the global nitrogen cycle (Gijzen and Mulder, 2001).

The consumption of protein will yield the discharge of organic nitrogenous compounds in wastewater (Van Hulle, 2005). Some nitrogenous compounds derived from fertilizer accumulate and end up in wastewater in the form of ammonium or organic nitrogen. Other polluting nitrogenous compounds are nitrite and nitrate. Nitrate is originally used to make fertilizers, even though it is also used to make glass, explosives and so on. Nitrite is manufactured mainly for use as a food preservative. These nitrogenous compounds, i.e., organic nitrogen, ammonia, nitrite and nitrate, exist ubiquitously.

The discharge of these nitrogenous compounds into water environment results in several environmental and health problems. Essentially, ammonia is a nutrient for plants and it is responsible for eutrophication, i.e., undesirable and excessive growth of aquatic plants and algae. Such excessive growth of the aquatic vegetables would cause a depletion of oxygen since they consumes oxygen in the water, which has a significant impact on viability of fish. Additionally, the growth of the vegetables determines oxygen and pH of the surrounding water. The greater the growth of algae, the wider the fluctuation in levels of dissolved oxygen (DO) and pH will be. This affects metabolic processes in organisms seriously, leading to their death. Besides that, some blue-green algae have a potential to produce algal toxins, which fatally kill fish and livestock that drink the water (Antia et al., 1991). Ammonia itself is also toxic to water environmental organisms at concentration below 0.03 g-NH3-N/L (Solbe and Shurben, 1989). Nitrate pollution impeded the production of drinking water critically. Nitrite and nitrate in drinking water can result in oxygen shortage of newly born, which is alternatively called ‘blue baby syndrome’ (Knobeloch et al., 2001) and, during chlorination of drinking water, carcinogenic nitrosamines may be formed by the interaction of nitrite with compounds containing organic nitrogen. Therefore, nitrogenous compounds need to be removed from wastewater. For the removal of nitrogen, a wide variety of biological removal systems are available (Henze et al., 1995).

1.4.2 Biological nitrogen removal

Inorganic nitrogen, which comes from domestic and industrial wastewater, is normally found in most reduced form, ammonia. In wastewater treatment, nitrogen removal with microorganisms (bacteria) is most widely applied in wastewater treatment plant because biological nitrogen removal is less costly and less harmful to water environment than physicochemical counterpart. In the biological nitrogen removal, complete nitrogen removal is achieved by two successive processes: nitrification and denitrification.

Nitrification process

Nitrification is the aerobic oxidation of ammonia to nitrate (Rittmann and MaCarty, 2001). It is an essential process prior to the actual nitrogen removal by denitrification. The process consists of two sequential steps that are performed by tow phylogenetically unrelated groups of aerobic chemolithoautotrophic bacteria and, to a minor extent, some heterotrophic bacteria. In the first step, ammonia is oxidized to nitrite by ammonia-oxidizing bacterial (AOB) and, in the second step, nitrite-oxidizing bacteria (NOB). Sometimes AOB and NOB are summarized as nitrifiers. The stoichiometry for both reactions is given in equations 1.1 and 1.2, respectively (U.S. Environmental Protection Agency, 1975). In these cases, typical values for AOB and NOB biomass yield are used as follows:

Ammonia oxidation (nitritation)

55NH4 + + 76O2 + 109HCO3 - → C5H7NO2 + 54NO2 - + 57H2O + 104H2CO3 (1.1)

Nitrite oxidation (nitrataion)

400NO2 - + NH4 + + 4H2CO3 + HCO3 - + 195O2 → C5H7NO2 + 3H2O + 400NO3 - (1.2)

Both groups of bacteria are chemolithoautotrophic and obligatory aerobic. Autotrophic means that they definitely fix and reduce inorganic carbon dioxide (CO2) for biosynthesis, which is an energy-expensive process. Such very unique characteristic of nitrifiers makes their yield values lower than that of aerobic heterotrophic bacteria. The fact that they utilize a nitrogen electron donor even lowers their cell yield due to less energy release per electron equivalent compared to organic electron donors. As a consequence, both AOB and NOB are considered slow growing bacteria. Molecular oxygen is utilized for endogenous respiration and conversion of reactant i.e., ammonia or nitrite. It is generally known that nitrifies grow well at slightly alkaline pH (7.2-8.2) and temperature between 25-35°C (Sharma and Ahlert, 1977). At a pH below 6.5, no growth of AOB is observed probably due to limited ammonia availability at such low pH value (Burton and Prosser, 2001). The optimal DO for AOB and NOB is normally 3-4 g-O2/m3 (Barnes and Bliss, 1983), although levels of 0.5 g-O2/m3 (Hanaki et al., 1990) and even 0.05 g-O2/m3 (Abeliovich, 1987) supported significant rates of ammonia oxidation but not nitrite oxidation (Bernet et al., 2001).

1.4.3 Phylogeny of nitrifying bacteria

Nitrifying bacteria (nitrifiers) have minimal nutrient requirements owing to their true chemolithotrophic nature. Nitrifiers are obligate aerobes, and they use oxygen for respiration and as a direct reactant for the initial monooxygenation of ammonia (NH4 +) to hydroxylamine (NH2OH). The most commonly known genus of bacteria that carries out ammonia oxidation is Nitrosomonas; however, Nitrosococcus, Nitrosopira, Nitrosovibrio, and Nitrosolobus are also able to oxidize ammonia to nitrite. The AOB, which all have the genus prefix Nitroso, are genetically diverse, but are related to each other in the β-subdivision of the proteobacteria (Teske et al., 1994). This diversity suggests that neither the Nitrosomonas genus nor any particular species within it (e.g., N. europaea) necessarily is dominant in a given system.

Although Nitrospira, Nitrospina, Nitrococcus, and Nitrocystis are recognized as NOB to sustain themselves from nitrite oxidation, Nitrobacter is the most famous genus of the NOB. Within the Nitrobacter genus, several subspecies are distinct, but closely related genetically within the α-subdivision of the proteobacteria (Teske et al. 1994). Recent findings using oligonucleotide probes targeted to the 16S rRNA of Nitrobacter, which indicates that Nitrobacter is not the most important nitrite-oxidizing genus in most wastewater treatment processes. Nitrospira more often is identified as the dominant NOB (Aoi et al., 2000). Since nitrifiers exist in water environment and wastewater treatment plants where organic compounds are present, such as in wastewater treatment plants, it might seem curious that they have not evolved to use organic molecules as their carbon source. While the biochemical reason that organic-carbon sources are excluded is not known, the persistence of their autotrophic dependence probably is related to their evolutionary link to photosynthetic microorganism (Teske et al., 1994).

1.4.4 Differential behavior of AOB and NOB

Several environment conditions affects the activity AOB and NOB. Generally, the amount of nitrate defines NOB activity under aerobic conditions. By setting optimal conditions, we can theoretically achieve not nitrite but ammonia oxidation since NOB are more sensitive to detrimental environmental conditions, e.g., unusual pH, low DO, temperature, solid retention time and so on, than AOB. Among the most important environmental parameters influencing ammonia and nitrite oxidation are the free ammonia (FA) and free nitrous acid (FNA) concentration, temperature, pH and DO concentration. Engineering challenge is how we can differentiate the activity of AOB with NOB critically.

FA and FNA inhibition of nitrifiers

The uncharged nitrogen forms are considered to be the actual substrate/inhibitor for ammonia and nitrite oxidation. The amount of FA and FNA can be calculated form temperature and pH using following equilibrium equations:

NH4
+ NH3 + H+ (1.3)
With a typical Kb value of 5.68 × 10-10 at 25ºC and pH 7
Kb
HNO2 NO2
- + H+ (1.4)
With a typical Ka value of 4.6 × 10-4 at 25ºC and pH 7

where Kb and Ka are ionization constants of ammonia and nitrous acid, respectively. The NH3 and HNO2 concentrations can be calculated from equations 1.5 - 1.8 proposed by Anthonisen et al. (1976):

(1.5 - 1.8 の式は省略）

where NH4 +-N and NO2 --N are ammonia- and nitrite-nitrogen concentrations, T is temperature in ºC, respectively. For these equilibriums 1.5 and 1.7, T and pH of the solution will determine the concentrations of FA and FNA. The toxicity effect of this FA and FNA on the two groups of nitrifiers has been described regarding a diagram proposed by Anthonisen et al. (1976). The diagram (Fig. 1.4), where the AOB are represented by Nitrosomonas and the NOB by Nitrobacter, indicates that inhibition of AOB by FA is likely in the rage of 10 to 150 g-N/m3 while NOB are likely inhibited at significant lower concentrations of 0.1 to 1 g-N/m3. In case of NOB, the key enzyme, a nitrite oxidoreductase (NOR), loses activity (Yang and Alleman, 1992). This difference in NH3 sensitivity could give rise to nitrite accumulation when wastewater with high ammonia concentration is treated. However, adaptation of NOB to high FA levels is observed by Turk and Mavinic (1989). They reported that NOB appeared capable of tolerating ever-increasing levels of FA concentrations up to 40 g NH3-N/m3. At low pH less than 7, FNA affect the activity of AOB and NOB. According to Figure 1.1, a FNA concentration of 0.2-2.8 g HNO3-N/m3 inhibits NOB.

Effect of oxygen

Both AOB and NOB require oxygen for their normal anabolism and catabolism. Low DO concentration will disrupt rates of ammonia and nitrite oxidation, leading to imbalance between the growth of AOB and NOB. The effect of DO on the specific growth rate of nitrifiers is generally governed by the Monod equation, where affinity constant of oxygen KO2 is a determining parameter. Considering the report that the constant for AOB and NOB are 0.6 and 2.2 g-O2/m3, respectively (Wiesmann, 1994), KO2 value for AOB are lower than that for NOB, indicating a higher oxygen affinity of AOB than that NOB at low DO concentrations. In such oxygen-limited systems, this feature could lead to a decrease in the amount of nitrite oxidation and therefore accumulation of nitrite (Bernet et al., 2001; Garrido et al., 1997; Pollice et al., 2002; Terada et al., 2004).

Besides the direct inhibitory effect of low DO, there is also an indirect effect. AOB exposed to low DO levels have been shown to generate higher amounts of the intermediate hydroxylamine, which might be the determinant compound of nitrite build-up (Yang and Alleman, 1992). Kindaichi et al. (2004) clarified that the addition of hydroxylamine decreases the activity of NOB, which alternatively lead to an increase of AOB activity and changes of microbial community in an autotrophic nitrifying biofilm.

Effect of temperature

Temperature is a key parameter in the nitrification process; however, the exact influence has not been clarified because of the interaction between mass transfer, chemical equilibrium and growth rate dependency. Normally, both AOB and NOB have similar temperature ranges for their activities. Both organisms have maximum growth rates at a temperature of 35ºC (Grunditz and Dalhammar, 2001); however, they prefer moderate temperature (20-30ºC). The activities significantly decrease at temperatures below 20ºC and above 40-45ºC because of enzyme disruptions. Generally, AOB grow faster than NOB at temperatures of more than 25ºC, whereas this is reversed at lower temperatures around 15ºC. The SHARON process (Single reactor High activity Ammonia Removal Over Nitrite) employs such principle. In this process, nitritation, oxidation of ammonia to nitrite, is established in chemostat by operating under high temperature conditions (above 25ºC) and maintaining an appropriate sludge retention time (SRT), which is also a selection pressure between AOB and NOB. Such selective operation keeps AOB in the reactor, while NOB are washed out and further nitratation, oxidation of nitrite to nitrate, can be prevented. Nitrite build-up would be very useful when treating low carbon/nitrogen-containing wastewater because subsequent denitrification requires less organic carbon in case via nitrite than in that via nitrate.

　Furthermore, considering the influence of temperature on microbial community between AOB and NOB, increased temperature will increase the ratio of NH3/NH4 +, possibly causing inhibitory effects on the NOB. Additionally, an increase of temperature decrease saturated DO concentration, leading to oxygen-limited conditions disrupting the imbalance of AOB and NOB with possible nitrite accumulation.

Effect of pHI

In spite of a wide divergence of the reported effects of pH on nitrification, it is generally known that the optimum pH range for both AOB and NOB is from 7.2 to 8.2 (Pynaert, 2003). The range is also related to NH3/NH4 + and NO2 -/HNO2 ratios, where FA and FNA can exhibit inhibitory effects starting from certain pH. Ammonia oxidation brings acidifying conditions when it occurs (see equation 1.1). If buffer capacity of this environment is too low, the pH will decrease rapidly. Below pH 7, nitrification rate decrease even though there are some reports of nitrifying activity in acidic environments (Burton and Prosser, 2001; Tarre et al., 2004a, b).

Denitrification process

Denitrification is the dissimilatory reduction of nitrate or nitrite to mainly nitrogen gas. In other words, nitrate or nitrite is the electron acceptor used in energy generation. Denitrification normally occurs among heterotrophic and autotrophic bacteria, many of which can shift between oxygen respiration and nitrogen respiration. Denitrifying bacteria (denitrifiers) are common among the Gram-negative Proteobacteria, such as Pseudomonas, Alcaligenes, Paracoccus and Thiobacillus. Some Gram-positive bacteria, including Bacillus, can also denitrify. Even a few halophilic Archaea, such as Halobacterium, are able to denitrify. The denitrifiers used in environmental biotechnology are chemotrophs that can use organic or inorganic electron donors. Those that utilize organic electron donors are heterotrophs and are widespread among the Proteobacteria. Inorganic electron donors also can be used and gaining popularity (Rittmann and MaCarty, 2001). Hydrogen (H2) is an excellent electron donor for autotrophic denitrification. Its advantages include lower cost per electron equivalent compared to organic compounds, less biomass production than with heterotrophs, and absolutely no reduced nitrogen added. The main disadvantage of H2 in the past has been lack of a safe and efficient H2 transfer system. The recent development of membrane-dissolution devices overcomes the explosion hazard of conventional gas transfer and makes H2 a viable alternative (Lee and Rittmann, 2000, 2002). Reduced sulfur also can drive autotrophic denitrification. The most common source of reduced S is elemental sulfur, S(s), which is oxidized to SO4 2-. The S normally is embedded in a solid matrix that includes a solid base, such as CaCO3, because the oxidation of S(s) generates strong acid.

During biological heterotrophic denitrification, oxidized nitrogen forms are reduced and an organic electron donor is oxidized for energy conservation. This electron donor can be the organic material present in wastewater, or, in case of shortage, an externally added carbon source, e.g., acetate. An example of a denitrification reaction is given in equation 1.9, where nitrate is denitrified to nitrogen gas with acetate as an electron donor.

CH3COOH + 8/5 NO3 - + 4/5 H2O → 4/5 N2 + 2 H2CO3 + 8/5 OH- (1.9)

The pathways of denitrification are composed of four steps (equation 1.10). Each of the reduction steps is catalyzed by respective enzymes, i.e., nitrate reductase, nitrite reductase, nitric oxide reductase and nitrous oxide reductase.

NO3 - → NO2 - → NO (gas) → N2O (gas) → N2 (gas) (1.10)

NO and N2O are gaseous intermediates, which have to be avoided. Since the greenhouse effect of N2O is reported to be 300 times higher than that of CO2 (IPCC, 2001), emission of N2O should be reduced from wastewater (Tsuneda et al., 2005).

1.4.5 Application to novel nitrogen removal

Nitrogen removal via nitrite

As already mentioned in the previous chapters, nitrite is an intermediate in both nitrification and denitrification (Fig. 1.5). Accumulation or discharge of nitrite should be harmful to aqueous environment; hence, nitrite should be removed properly. Normally, ammonia is converted into nitrate by AOB and NOB under aerobic conditions; subsequently the nitrate is converted into nitrogen gas by denitrifiers under anoxic conditions. Such pathway via nitrate requires more oxygen for nitrification and organic carbon for denitrification than that via nitrite. Numerous environmental engineers have been focusing on biological nitrogen removal via not nitrate but nitrite because of economical advantages. Concretely, the nitrification-denitrification via nitrite saves around 25% on oxygen input for nitrification and 40% of organic carbon for denitrification (Abeling and Seyfried, 1992; Bernet et al., 1996; Eum and Choi, 2002; Oh and Silverstein, 1999; Turk and Mavinic, 1986). It also enables required hydraulic retention time (HRT) to decrease, which could achieve a small reactor volume.

Simultaneous nitrification and denitrification with biofilm

Nitrification and denitrification are complementary in many ways: (1) nitrification produces nitrite or nitrate that is a reactant in denitrification; (2) nitrification reduces the pH that is raised in denitrification; and (3) denitrification generates the alkalinity that is required in nitrification (Rittmann and MaCarty, 2001). Therefore, there exists obvious advantage to carry out simultaneous nitrification and denitrification in a single reactor. In that case, it is essential to make redox stratification, i.e. reaction sites for aerobic and anoxic part in a single reactor. In this thesis, the author is focusing on bacterial aggregated layer on surfaces, biofilm. The Biofilms have chemical gradients because of its thickness, leading to creation aerobic and anoxic part inside; therefore, they can theoretically provide such stratification. Engineering challenges are how we can create such redox stratification in biofilms and how we can make robust biofilm. Biofilm itself and its potential toward biofilm reactor will be described in the next chapter.

Fig.1.4、1.5、1.6は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からのコピペです。
Figure 1.4 →寺田Figure 1.1に酷似
Figure 1.5 →寺田Figure 1.2に酷似
Figure 1.6 →寺田Figure 1.4に酷似

1.5の節は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からの大規模コピペです。

同一文章１０　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です
1.5 METHODOLOGY OF BIOFILM MONITORING

1.5.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH)

FISH is highly effective for detecting specific bacteria and analyzing the spatial distribution of a complex microbial community, due to the possibility of detecting specific bacterial cells at the single-cell level by in situ hybridization using phylogenetic markers (16S-rRNA-targeted oligonucleotide probes) labeled with a fluorescent compound (Amann et al., 1990). rRNA is an ideal target for in situ hybridization with oligonucleotide probes because: (i) it is present in all bacteria and the identification of natural populations is based on the phylogenetic classification of 16S rRNA sequences, (ii) a large number of sequences of different organisms are stored in databases, (iii) the high copy number per cell greatly increases detection sensitivity and enables the direct detection and observation of a single cell by using an epifluorescence microscope or a confocal scanning laser microscope (CSLM). FISH-dependent techniques have enabled the observation of the in situ microbial community structure in various types of biofilm communities, including those in natural environments and engineered systems. Generally, FISH is one of the most powerful tools and has become a reliable and commonly used method. Furthermore, the spatial organization of unknown and unculturable bacteria has been analyzed by the combined use of denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) which enables the design of an oligonucleotide probe for FISH following the determination of target bacterial species and their 16S rDNA sequences. Detailed schemes for analyzing complex microbial communities targeting specific but unknown and unculturable bacteria have been described by Amann et al. (1995).

1.5.2 Microsensors combined with FISH

Microsensors employing microelectrodes facilitate the measurement of the concentrations of substrates or products inside biofilms and are powerful tools for the estimation of the spatial distribution of in situ metabolic activity in biofilms. The principle of microsensor mostly relies on diffusion-dependent electrode reactions, scaling down the active surface area and diffusion distances lead to better signal stability, faster response, and practical independence of the microsensor signal on stirring of the external medium (Kühl and Revsbech, 2001). Microsensors for various chemical compounds such as N2O, NH4 +, NO2 -, NO3 -, O2, H2, H2S, and glucose and for pH have been developed and used to investigate chemical gradients in various types of biofilms on a micrometer scale. FISH has recently been combined successfully with microsensor measurements to investigate sulfate reduction (Ramsing et al., 1993), the nitrification in trickling filter biofilms (Schramm et al., 1996), and the nitrification in microbial aggregates (Schramm et al., 1998; 1999), fixed bed biofilms (Okabe et al., 1999), membrane-aerated biofilms (Hibiya et al., 2003; Schramm et al., 2000; Terada et al., 2003). The combination of the two methods provides reliable and direct information on the relationship between in situ microbial activity and the occurrence of specific microorganisms in a biofilm community (Schramm et al., 2003). Furthermore, the spatial distribution of metabolically active areas and active species in the biofilm can be simultaneously estimated.

1.5.3 In situ observation of nitrifying biofilms

Nitrifiers, AOB and NOB, are chemoautotrophs. Although nitrification is one of the most significant steps in biological nitrogen removal processes, this process is rate-limiting in both domestic and industrial wastewater treatment especially after some fluctuations of water quality and temperature. To accomplish high nitrification rate in the process, high concentrations of nitrifiers should be accumulated and retained for stable nitrification. Immobilization of nitrifiers is a quite important strategy to keep nitrification rate high. Effective methods for the immobilization of nitrifiers have been developed, such as the use of biofilms on supporting materials (Tsuneda et al., 2000), entrapment in polymer gels (Sumino et al., 1992), using fibrous net-works (Hayashi et al, 2002) and hollow-fiber membrane which is gas permeable (Semmens et al., 2003). Therefore, a better understanding of the spatial organization, and activities of immobilized nitrifying bacteria is necessary to improve removal performance and process stability. FISH dependent techniques provide reliable information regarding dominant species of nitrifying bacteria, their spatial distribution and activities in biofilms. Numerous researchers revealed that Nitrosomonas exists throughout the biofilm whereas location of Nitrospira sp. (NOB) is restricted to the inner part of the sewage wastewater biofilm as determined by combined analysis with a microelectrode (Okabe et al., 1999; Satoh et al., 2003; Schramm et al., 2000). Combination of a microelectrode with FISH has also made it possible to estimate the in situ cell-specific activity of uncultured nitrifying bacteria in the biofilm-like aggregate after the determination of the volumetric reaction rate calculated from microprofiles measured by microsensors and cell numbers of nitrifying bacteria measured by FISH (Schramm et al., 1999). Illustration for the analysis of the in situ organization of a biofilm community is shown in Fig. 1.6 (partly from Aoi, 2002). The combined information from various approaches would lead to the further clarification of the mechanism underlying treatment activities and highlight unfavorable fluctuations. Moreover, the information will be used to construct a novel and reliable mathematical model for the biofilm reaction based on the microscale activities and spatial organization of biofilm communities that have previously been regarded as a black-box (Aoi, 2002).

一方、寺田論文の第１章、1.3.4.1及び1.3.4.2の文章は
２００２年の青井氏のＤ論　http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/340と
同一です。
レファレンスリストには上がっており、別の場所にある図等には引用表記がありますが、
上の該当部分の文中には表記なし。

さらに、青井氏論文の同じ文章は、２００４年の同大の別の人物のＤ論にもコピペされている可能性があります。

尚、特別研究員のようです。
http://www.waseda.jp/sem-tsuneda/japanese/member.html
（写し：　http://www.webcitation.org/6O6llv3Le）

調査２：古川和寛氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　古川和寛　（現　徳島大学助教）
論文題目：　「生細胞内RNAイメージングを志向した機能性核酸プローブを用いる核酸分子蛍光検出法の開発」
出版日：　2009年2月
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34629（写し）
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

（副査）Humboldt-Universität zu Berlinの教授 Dr. Oliver Seitz

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
論文本文pdfファイル（写し）（写し２）

第一章のイントロがSilverman A氏らの論文（Adv Clin Chem. 2007;43:79-115.）や、
Takuya Terai氏らの論文（Curr Opin Chem Biol. 2008 Oct;12(5):515-21.）の文章とほとんど一致します。合計：約30,000文字（4700単語）を丸ごとコピペしています。

（2014年3月16日 17:38に発覚）

同一文章１　：古川氏の論文の1.1の第一パラグラフ（12行）の文章。黄色でハイライトされた部分がSilverman A氏らの論文との同一文章です。約995文字（145単語）を丸ごとコピペしています。

1.1. Background and objectives

　Identification and classification of cells in environmental and clinical samples can be critical for determining both prophylactic and curative responses. In dealing with contamination of food or water supplies by microorganisms, bacterial infections in tissues, and cancer-causing mutations in biopsy samples, a rapid diagnosis may be a life or death issue. Standard detection of cells in clinical or environmental samples requires any of a number of methods including culture, antigen detection, serology, nucleic acid amplification, and other biochemical assays [1, 2]. Despite the widespread use of these detection strategies, many can be time-consuming, difficult, and yield inconclusive results. As a result, a great deal of research in clinical and environmental chemistry focuses on developing rapid and specific methods to identify cells and gain information about cell type and characteristics. One of the most promising techniques for doing this is in situ detection of nucleic acids.

同一文章２　：古川氏の論文の1.2. ”Oligonucleotide probes for intracellular RNA detection” の項の文章。黄色でハイライトされた部分がSilverman A氏らの論文との同一文章です。（約17000文字（2550単語）を丸ごとコピペしています。）
1.2. Oligonucleotide probes for intracellular RNA detection
1.2.1. Oligonucleotide Probes

FISH probes several hundreds or thousands of nucleotides long complementary to nearly the entire 16S or 23S rRNA and containing multiple fluorophore labels have long been used to detect microorganisms in environmental samples because such lengthy probes offer reliable hybridization and intense signal. These probes are prepared enzymatically, typically by PCR [28] or in vitro transcription [29, 30], at which time multiple fluorophores are incorporated. Although polynucleotide probes allow the visualization of a significantly higher percentage of prokaryotes in a sample compared to singly labeled oligonucleotide probes [31], polynucleotide probes are only able to discriminate between distantly related groups, such as Bacteria, Crenarchaeota, and Euryarchaeota [32], because their sensitivity to small sequence differences is very low. Furthermore, long polynucleotide probes must be produced in the laboratory using costand labor-intensive protocols. Typical problems encountered include nonspecific binding of probe [32], high autofluorescence vs specific fluorescence [33], poor signal-to-background [34], low cellular detection compared to total cell count [35], and enzymatic degradation in situ [36].

More commonly, RNA-targeted FISH probes employ oligonucleotides 15–30 nucleotides long, with a DNA, PNA, or modified nucleic acid backbone, prepared synthetically (Fig. 1.1.A). Fluorescence is typically observed directly, using a fluorophore attached to the 5′-terminus, though in some cases 3′- or internally labeled probes are used. Common fluorophores used in RNA-targeted FISH diagnostics include fluorescein, tetramethylrhodamine (TAMRA), Texas Red, Cy3, and Cy5. Choice of dye is typically determined by its spectral properties and the availability of equipment for imaging. Labeled oligonucleotides are available from a variety of commercial sources, so it is typically not necessary for investigators to synthesize or purify probes.In some applications, indirect sensing is used instead of directly coupling the fluorophore to the probe. Indirect sensing strategies typically involve coupling an enzyme to the oligonucleotide probe, hybridizing to targets, then adding a fluorophore moiety that is recognized by and covalently binds to the enzyme [37]. These approaches can offer the significant advantage of brighter signals, but they tend to have low specificity [38, 39]. The most well-studied approach employs horseradish peroxidase (HRP)-labeled oligonucleotide probes [40-43]. HRP reacts with hydrogen peroxide and tyramide to produce a free radical on the tyramide, which covalently binds to a nearby tyrosine residue (Fig. 1.1.B) [44, 45]. A number of fluorophore-conjugated tyramides are available, thus allowing fluorescence detection of enzymatically deposited tyramide [45].

1.2.2. Standard Oligonucleotide FISH Protocols

Standard FISH protocols consist of four steps: (1) fixation and permeabilization of the sample, (2) hybridization of fluorescent probe, (3) washing away unbound probe, and (4) detection of labeled cells by microscopy or flow cytometry [32]. The first issue when setting up an RNA-targeted FISH experiment is getting the probes into the cells. Cells typically must be fixed so that high stringency washing steps may be performed to remove unbound probes. However, it is usually desirable to select fixatives that will disrupt cellular morphology as minimally as possible. The most common fixatives fall into two classes: cross-linking reagents, such as aldehydes, and precipitants such as methanol and ethanol [46]. Cross-linking reagents like formalin and paraformaldehyde are quite commonly used for permeabilization of gram-negative bacteria [47] and human cells [48], but may be ineffective in permeabilizing the cell walls of gram-positive bacteria [49]. Several possibilities exist to permeabilize gram-positive bacteria, and often different procedures are required for different species. Treatment of paraformaldehyde-fixed bacteria with cell wall-lytic enzymes, such as lysozyme or proteinase K, has been shown to increase the cellular permeability of Lactococci, Enterococci, and Streptococci [50]. Permeabilization by treatment with ethanol/formalin [51], high concentrations of ethanol or methanol [52], or heat [53], also has been successful in many cases.

Hybridization and washing conditions are highly dependent on the probe affinity and Tm and the cell type being examined, and optimal conditions must be determined empirically. Hybridization is performed at a few degrees lower than the probe Tm, typically in the 40–60°C range, in a buffer containing a relatively high salt concentration. For PNA FISH probes, higher hybridization temperatures can be used when the probes have higher Tm's [54]. The advantages to using higher hybridization temperatures are better disruption of target structures and better probe specificity. Washing is carried out in similar temperature ranges, often with the addition of higher concentrations of detergents such as SDS, Triton X, or Tween, or of formamide [32]. More stringent conditions may be required for PNA FISH probes. The washing step is typically difficult to optimize, but the most important in order to minimize false positives from unbound probes.

Insufficiently low signal, on the other hand, can be caused by a number of factors, including low ribosome or mRNA count, poor target accessibility, or impermeability of cells (see above). Low RNA content potentially can be circumvented by using strategies such as tyramide amplification, but this method requires conditions which tend to cause lysis of fixed cells [38, 55]. When target accessibility appears to be an issue, helper probes can be used or a different target site may need to be selected [56]. In some cases, addition of low concentrations of formamide to the hybridization buffer may improve the result, as formamide lowers the Tm of secondary structures (but also lowers the Tm of the probes) [46]. As a result, hybridizations in formamide-containing buffer must be run at lower temperatures.

After washing, cells may be analyzed by fluorescence microscopy or flow cytometry. Microscopy has the advantage of being rapid and simple, but an untrained eye can lead to incorrect reporting of data, and results are usually qualitative. Flow cytometry provides quantitative data on the fluorescence of individual cell populations, but instruments are quite expensive.

The greatest advantages of standard oligonucleotide probes for RNA-targeted diagnostics are that they are commercially available, relatively inexpensive, and well established in the literature for a plethora of applications. However, standard oligonucleotide probes do have several disadvantages. They are typically unable to distinguish related RNA sequences unless there are multiple nucleotide differences [32, 57]. In addition, careful handling is required to avoid nonspecific signals, especially during washing away of unbound probes [58]. The washing step increases the chances of error and nonspecific signal, and prevents application to live cells.

1.2.3. Molecular Beacons

Molecular beacons (MBs) were first developed in 1996 as tools for real-time PCR assays [59, 60]. They have since been developed for multiplex PCR assays [61, 62], solid-phase hybridization assays [63-65], biosensing [66], and FISH applications with both prokaryotic [67] and human cells [68]. Molecular beacons are oligonucleotides, typically with DNA, 2′-OMe RNA, or PNA backbones that have a stem-loop hairpin conformation in their native state, with a fluorophore and quencher at either end such that the probe is quenched while in the hairpin state [69, 70]. The loop region of the probe, or sometimes the loop and part of the stem [71], is complementary to an RNA target site, and upon binding, the hairpin is disrupted, separating the fluorophore and quencher, enhancing fluorescence signal (Fig. 1.2.A). The quenching efficiencies for several quenchers with many different fluorophores have been examined, allowing for the design of optimal fluorophore–quencher pairs [72].

A careful balance must be reached between the stem length and loop length to design optimal molecular beacons for mismatch discrimination. Solution experiments demonstrated that mismatch discrimination increases as the number of bases in the stem increases [73]. However, if the stem is too long, the kinetics of hybridization to target will be slow [74]. MBs with longer loop lengths tend to have lower hairpin Tm's, and thus increased kinetics of hybridization and decreased specificity, and MBs with very short stem lengths have lower signal-to-background ratios [74]. Design of MBs is substantially simplified by software, typically offered by companies that sell custom MBs.

MBs offer several advantages over standard oligonucleotide probes. Because MBs are quenched, no washing steps are required to remove unbound probe, and they may therefore be applicable to living cells assuming the cells can be permeabilized. Second, MBs have higher mismatch sensitivity than standard oligonucleotide FISH probes as a result of their conformational restraints [73]. The main sources of nonspecific signal in MBs are: (1) incomplete quenching, (2) hairpin–hairpin binding between two beacons, (3) nuclease degradation that separates the quencher and the fluorophore, and (4) nonspecific interactions with proteins and other small molecules within the cell that disrupt the hairpin structure [75]. The last may be the biggest problem in cellular diagnostics, since molecular beacons are known to interact with certain nucleic acid-binding proteins, disrupting the MB secondary structure and giving nonspecific signal [76].

Several new approaches to MBs recently have been developed to improve signal-to-background. Most notably, fluorescence resonance energy transfer (FRET) approaches have the potential to decrease background signal if the spectral overlap between the donor and acceptor is minimal [77]. This approach was first examined with the so-called “wavelength shifting molecular beacons,” in which an acceptor fluorophore, such as a rhodamine, was tethered to the fluorescein donor via a linker (Fig. 1.2.B) [78]. Wavelength shifting MBs were found to be useful in multiplex PCR assays, but have not been employed for FISH assays, possibly because the overlap between the donors and acceptors studied is too great to give a substantial signal-to-background advantage. A similar approach uses an acceptor fluorophore instead of a dark quencher, thereby changing the maximum emission wavelength between hairpin and bound states [79]. Going one step further, Bao and coworkers developed “dual FRET MBs,” in which two MBs bind side-by-side, with a donor fluorophore on one beacon thereby being brought into proximity with an acceptor fluorophore on the other beacon (Fig. 1.2.C) [80, 81]. Since both donor and acceptor fluorophores are quenched in their native state, and both need to hybridize adjacently in order for FRET to occur, background from nonspecific hairpin opening is substantially reduced.

1.2.4. Quenched Autoligation Probes

Quenched autoligation (QUAL) probes are a relatively new class of in situ hybridization probes that were developed for detection of sequences with high specificity [82-84]. Whereas molecular beacons rely on a conformational change to initiate fluorescence signal, QUAL probes utilize a chemical reaction [84]. QUAL probes consist of two oligonucleotide strands, the “dabsyl” probe and the phosphorothioate (thioate) probe (Fig. 1.3). The dabsyl probe is short, typically 7–10 nucleotides, while the thioate probe is longer, around 15–20 nucleotides. The dabsyl probe is modified such that it has a dabsyl group at its 5′-terminus, attached through an electrophilic sulfonate ester linkage, and a fluorescein or other fluorophore internally attached to a uridine base. Dabsyl is a dark quencher that efficiently quenches fluorescein, so the background fluorescence of the dabsyl probe is very low [85]. The thioate probe is modified such that it has a phosphorothioate group at its 3′-terminus. The two probes are designed such that they bind adjacently on their target, bringing the nucleophilic 3′-phosphorothioate close to the electrophilic 5′-dabsyl group. The phosphorothioate reacts to displace the dabsyl group, thereby ligating the two strands and unquenching the fluorophore (Fig. 1.3.A and B). It should be noted that both the 3′-terminal phosphorothioate in the nucleophilic probe and the bridging phosphorothioate linkage formed in the ligation product are quite stable to nucleases and hydrolysis [86]. The 5′-dabsyl group, however, is subject to slow hydrolysis in buffer, particularly in basic conditions or at high temperatures [87].

QUAL probes take advantage of the ability of very short oligonucleotides to sense single nucleotide mismatches while avoiding issues of redundancy and lack of affinity. The highest specificity is achieved when the mismatch is placed in the center of the short probe; substantially less discrimination is observed when the mismatch is at the end of the short probe or in the long probe [82]. Thus, specificity of QUAL probes is determined mostly by binding affinity as opposed to geometry of the reaction site, as mismatches in the center of short probe lead to the greatest Tm difference for binding to a matched vs mismatched target [82, 83]. Naturally, probing for sites with multiple mismatches will increase the specificity of QUAL probes.

When very short probes are used, there is a high probability for sequence redundancy. This issue is made moot in QUAL probes by requiring the two probes that bind adjacently. Thus, even if the short probe represents a sequence that has redundancy in the target RNA, no fluorescence is observed unless the longer probe binds adjacent to it. The lack of affinity of very short probes is dealt with by running the hybridization at relatively low temperatures (37°C or lower) and selecting sequences that have a Tm high enough to hybridize under the desired conditions. Since unbound probes are not fluorescent, no washing steps are required, and ligated fluorescent products are typically 20-mers or longer, which have high affinity for their target.

It should be noted, however, that it is not actually necessary that probes remain bound after ligation occurs in QUAL probes, as ligation permanently switches on fluorescent signal. In fact, if ligated probes dissociate from their target and new probes bind and ligate on the same template, signal amplification may occur [88]. Signal amplification by General Introduction 12 turnover is highly desirable for the detection of extremely low abundance targets such as mRNAs. A strategy of using “universal linkers” to attach the quencher to the 5′-terminus of the dabsyl probe yielded turnovers of nearly 100-fold on RNA templates in solution [88], and was used to detect mRNAs in human cells [89]. The product of the ligation reaction using the universal linker is destabilized compared to natural DNA, apparently because the alkane linker adds flexibility to the strand. This decreases product inhibition so that the target RNA can become a catalyst for generating multiple signals per target. Furthermore, the linker has been shown to destabilize the product without destabilizing the transition state of the reaction; in fact, the reaction rate is sped up by a factor of 4–5 [88].

In solution and solid-phase assays, QUAL probes were shown to accurately discriminate between all possible mismatches [84, 87]. QUAL probes offer several advantages over other RNA-targeted diagnostics strategies. Like MBs, unbound probes do not need to be washed out of cells, which reduces experimental time and decreases chances for error. QUAL probes may be less prone to nonspecific signals than MBs because turning on fluorescence requires a chemical reaction; thus, binding to proteins should not lead to nonspecific signals.

Disadvantages of QUAL probes include the slow hydrolysis of quencher leading to nonspecific fluorescence, the requirement that multiple probes be used, and the limited number of systems that they have been applied to thus far. The main sources of nonspecific signal in QUAL probes are: (1) incomplete quenching, (2) nuclease degradation in the 1–3 nucleotides between the fluorophore and quencher, and (3) hydrolysis of the quencher [75]. The last of these appears to be the greatest problem, requiring careful handling and storage of the probe.

Abe and Kool recently described a method to improve signal-to-background by using FRET–QUAL probes (Fig. 1.3.C) [89]. In these specialized QUAL probes, Cy5 was attached internally to the thioate probe. The ligation was monitored by excitation at 488 nm, which gives almost no excitation for Cy5. When the probes ligated, FRET between fluorescein and Cy5 allowed emission to be monitored at 665 nm, beyond the emission wavelength for fluorescein. Thus, background from incomplete quenching or nonspecific hydrolysis of the quencher was minimized, leading to substantially higher sensitivity.

QUAL probes are not yet commercially available, so they have not yet been adopted wide use in diagnostic settings.

同一文章３　：古川氏の論文の1.3. ”Fluorogenic molecule for bioimaging” の項の文章。
黄色でハイライトされた部分がTakuya Terai氏らの論文との同一文章です（丸ごとコピペです。Fig.1-4, 1-5, 1-6のレジェンドもコピペです。本文とレジェンドを合わせて、12,000文字（2000単語）以上をコピペしています。）

Compared to other technologies, such as radioisotope labeling, MRI, ESR, and electrochemical detection, fluorescence imaging has many advantages, as it enables highly sensitive, non-invasive, and safe detection using readily available instruments. Another advantage of fluorescence imaging we should emphasize here is that the fluorescence signal of a molecule can be drastically modulated, so that sensors relying on ‘activation’, not just accumulation, can be utilized. Until the 1980s, however, fluorescence imaging was mainly applied to fixed samples owing to the lack of fluorescent chemosensors, or probes, suitable for imaging in living cells. In this review, ‘fluorescent probes’ are defined as molecules that react specifically with biological molecules to induce a concomitant change of their photochemical properties (fluorescence intensity, excitation/emission wavelength, and so forth). In the past two decades, following pioneering work by Tsien and co-workers on Ca2+ probes [90], there has been an explosive increase in the number of fluorescent probes developed [91, 92]. Today, several design strategies for fluorescent probes, including photoinduced electron transfer (PeT) [91, 93], fluorescence resonance energy transfer (FRET) [94], intramolecular charge transfer (ICT) [91 and 93], and spirocyclization [95], are well established and have been applied to many probes. Recent examples, developed in Nagano laboratory (University of Tokyo), are shown in Figure 1.4 [95-98]. In the 1990s, probes based on fluorescent proteins utilizing the FRET mechanism [94, 99] emerged with great success. More recently, probes based on nanoparticles [100, 101] and conjugated polymers [102] have been introduced, and some of them have already been applied to in vivo imaging [100]. Although we appreciate the significance of these relatively new scaffolds for fluorescent probes, the scope of this review is limited to recent advances of small-molecular probes in two selected categories owing to limitations of space. For more comprehensive information, readers should consult earlier reviews [91, 92, 103] or monographs [104, 105]. In addition, probes for other analytes, including reactive oxygen species (ROS) [106], reactive nitrogen species (RNS) [107], anions [108], and saccharides [109], have recently been reviewed elsewhere, as have probes with near-infrared emission [110].

1.3.1. Fluorescent probes for metal ions Ever since the advent of fluorescent probes, metal ions have been one of the most fruitful targets. The chemical structures of probes for metal ions can generally be divided into two moieties: chelator and fluorophore. The chelator moiety binds to the metals with a certain dissociation constant (Kd) and induces a change of the spectroscopic properties of the fluorophore. To obtain a large spectroscopic response, the structure of this moiety must be carefully selected, because the Kd value should lie between the concentrations of the monitored ion before and after the stimulus. It should be also noted that intracellular Kd is often different from the value in vitro [104]. Up to now, selective chelators for various metal ions, such as BAPTA for Ca2+, TPEN for Zn2+, and APTRA for Mg2+ (Fig. 1.5.A), have been developed and incorporated into fluorescent probes. The fluorophore is the moiety that determines the wavelengths of excitation and emission, as well as the mode of spectral change (turn on/off or ratiometric). For cell imaging, fluorophores excited by visible light (fluorescein, rhodamine, BODIPY, etc.) are desirable owing to their brightness and low phototoxicity, but those requiring UV excitation (benzofuran, etc.) are still used because they are suitable for ratiometric measurements. Ratiometric sensors, which exhibit spectral shift upon reaction or binding to the target, have advantages over turn-on/off sensors, because the results of ratiometric measurements are independent of dye concentration, bleaching, and illumination intensity [90]. Although dozens of probes have already been developed for the detection of Ca2+ [104, 111], Zn2+ [112], and others, improvements are still ongoing. For example, Bradley and co-workers immobilized a Ca2+ probe, Indo-1, on polystyrene beads to develop a cell-permeable microsphere-based sensor (Fig. 1.5.B), and succeeded in real-time calcium sensing in living cells [113]. At present, most of the probes for cations must be loaded into cells in the form of their acetoxymethyl (AM) ester [103], which is subsequently hydrolyzed by intracellular esterases, because the probes themselves often contain free acid moieties that impede cell-permeability. This AM strategy has proved to be powerful and versatile, but it has some disadvantages, such as incomplete hydrolysis, compartmentalization, and leakage over time [113]. The microsphere-based probe developed by Bradley et al. is cell-permeable in the form of acid salts, and reports calcium concentration at the surface of the beads. While further studies are necessary concerning the mechanism of cellular uptake and the control of intracellular localization of the microspheres, the combination of nano/micro-materials and organic fluorescent sensors is a promising approach. These days, growing attention is focused on two-photon microscopy (TPM) [114], which allows non-invasive imaging deep (up to 1 mm) within tissues, with high resolution. Although existing one-photon probes can be used for TPM, high laser power is often required to obtain clear images owing to the small two-photon action cross section (Φδ). To address this problem, Cho and co-workers developed two fluorescent probes, AMg1 [115] and ACa1 [116] (Fig. 1.5.C), which are specific to Mg2+ and Ca2+, respectively. Both probes contain 2-acetyl-6-(dimethylamino)naphthalene, which was shown previously by the authors to be an efficient polarity-sensitive two-photon fluorophore [117]. One-photon fluorescence of AMg1 and ACa1 exhibited a dramatic (>10 fold) increase upon addition of Mg2+ and Ca2+, respectively, presumably as a result of the blocking of PeT upon metal complexation. Two-photon excitation at 780 nm gave similar results, and notably, the probes had Φδ values over 100 GM, more than five fold greater than those of commercial probes (Mag-fura-2 and Oregon Green 488 BAPTA-1) [104]. Interestingly, when the probes were applied to cultured cells via the AM strategy, bright spots with blue-shifted emission were detected in the cells. On the basis of the solvent-dependency of the fluorophore, the authors attributed the spots to membrane-associated organelles, in which uncleaved AM esters accumulated. Hence, the blue-shifted emission was cut off to acquire the ‘true’ signal from the free and metal-bound probes localized in the cytosol. This simple manipulation allowed the precise distributions of the analytes inside the cells to be imaged. To demonstrate the utility of AMg-1, acute hippocampal slices from mice were incubated with the probe. The TPM images clearly revealed the Mg2+ distribution in the pyramidal neuron layer of the CA1 region. ACa-1 was similarly applied to rat hypothalamic slices and spontaneous Ca2+ waves were clearly visualized by TPM. The results, taken together, validate the applicability of these probes for two-photon imaging of the analytes in living tissue. Other recently developed metal ion probes include visible [97] or near-infrared [118] ratiometric fluorescent probes for Zn2+ reported by our group, and selective turn-on probes for Cu+ [119] and Hg2+ [120] developed in Chang’s laboratory.
1.3.2. Fluorescent probes for proteolytic enzymeProteolytic enzymes, or proteases, are enzymes that catalyze hydrolysis of peptide bonds. They are said to occupy approximately 2% of the whole human genome, and are involved not only in many physiological events, but also in major diseases such as cancer, neurodegeneration, inflammation, and others [121]. Although several analytical methods have been established to investigate the biology of proteases [122], assays using fluorogenic substrates [123] are advantageous as they report not the mere expression, but rather the activity of the target enzymes. Another benefit of these substrate-based probes is that the signal is amplified by the catalytic enzyme reaction. Conventional fluorophores, however, are not optimal for applications using biological samples that have high levels of background signal (serum, urine, etc.). Lanthanide complexes with extraordinarily long-lived luminescence [124, 125] are expected to be advantageous for these applications, because the short-lived background fluorescence can be eliminated by time-resolved luminescence measurements. Recently, we have developed a novel long-lived protease probe by designing a method to modulate the PeT process within a lanthanide complex, and applied it to the diagnosis of cancer [126]. Another approach to elucidate the activities of specific enzymes in complex systems, termed activity-based protein profiling (ABPP), is currently attracting attention [127, 128]. In ABPP, samples are treated with small molecules known as activity-based probes (ABPs), which bind covalently to the active site of the target enzymes, and this is followed by analysis (imaging, SDS-PAGE, etc.) or purification of the target using tags (fluorescent molecules, biotin, etc.) attached to the ABPs. Compared with substrate-based Chapter 1 19 fluorescent probes, fluorescent ABPs have the advantage that they can provide direct biochemical evidence concerning the enzyme(s) responsible for the signal. Furthermore, the spatial distribution of the target can be precisely visualized with fluorescent ABPs. These features should be particularly advantageous in complicated systems containing various enzymes, such as living tissues. Hydrolytic enzymes, including proteases, are the most common targets of ABPP, which have been used in proteomic profiling of metalloproteases [129] and for the investigation of cysteine protease activity during tumor formation [130]. Although conventional ABPs are powerful tools with diverse applications, they are not suitable for live-cell or in vivo imaging owing to the lack of a fluorescence on/off switch. In other words, they are not ‘fluorescence probes’ in terms of the definition in this review, and extensive washout is necessary before images can be acquired. To overcome this limitation, Bogyo and co-workers developed ‘quenched’ probes (qABPs), which become fluorescent only after binding to the target [131]. The first qABP they developed (GB117) incorporated an acyloxymethyl ketone (AOMK) reactive moiety that targets cysteine proteases, together with BODIPY-TMR-X as a fluorophore, and QSY 7 as a quencher (Fig. 1.6.A). Before binding covalently to the enzyme, fluorescence of BODIPY-TMR-X was efficiently quenched (>70 fold) presumably via energy transfer to the quencher. When the probe binds to the active site of the enzyme, the quencher moiety is released from the probe, resulting in recovery of fluorescence. After confirming that qABP could successfully label cathepsins in vitro, the authors applied it to living cells. While non-specific staining of entire cells was observed with the unquenched ABP, a discrete labeling pattern that matched the distribution of lysosomes was obtained using GB117, without the need for a washing procedure. This result indicates that qABPs can provide a good signal-to-noise ratio, allowing direct imaging of protease activity in living cells. Interestingly, in an experiment using cell culture models, the probe and anti-cathepsin antibody gave different labeling patterns, illustrating the activity-directed nature of ABPs.
Recently, an improved version of GB117, termed GB137, was reported by the same group [132]. GB137, with Cy 5 as a fluorophore, has excitation/emission in the NIR region, which is favorable for in vivo imaging (Fig. 1.6.B). GB137 was found to specifically label active cathepsins in a number of cancer cell lines, while it is insensitive to serum. After confirming in vivo that the probe with the AOMK ‘warhead’ was retained in cancer cells by covalently binding to cathepsins, the authors compared GB137 with the non-quenched counterpart (GB123). The non-quenched probe stained the whole body until unlabeled probe was completely eliminated from the animal. GB137, however, produced a specific and stable signal in tumors from the earliest time point, demonstrating the clear advantage of qABPs. The signal was reduced in mice treated with a cysteine protease inhibitor, K11777, suggesting the potential utility of the probe for the assessment of therapeutic agents that inhibit proteases.
One possible disadvantage of ABPs over substrate-based approaches is the lack of signal amplification by the target enzymes. Although clear images with sufficient signal-to-noise ratios were acquired in the above cases, it remains yet to be seen whether this strategy is applicable to targets with lower expression levels. Another concern for activity-based imaging is that the inhibition of the target by ABPs might lead to undesirable and non-physiological biological responses. Furthermore, it is no less difficult to find specific activity-based inhibitors for the target enzyme, which are necessary to design ABPs, than to find substrates, which are required to develop substrate-based probes. Considering these points, it seems likely that ABPs and traditional probes will play complementary roles in the field of biological imaging.

さらに、
古川論文のFig.1-4は、Terai論文のFig.1
古川論文のFig.1-5は、Terai論文のFig.2
古川論文のFig.1-6は、Terai論文のFig.3
からコピペしています。Terai論文に関する引用情報は、どこにも見当たりません。

大量の文章や図をコピペされた米国のSilverman氏の論文や東大の寺井氏の論文の購読費は合計約６０-６５ドル位ですが、無料で公開されている早稲田大学の常田聡研究室の博士論文をダウンロードすれば、購読費無しで、寺井氏の論文やSilverman氏の論文を読めますね。

なお、古川氏は大学院在学中に学振研究員DC2として研究費と研究奨励金を得ています。

調査３：寺原猛氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　寺原猛　（現　東京海洋大学海洋生物資源学部門海洋生物工学講座助教）
論文題目：　「T-RFLP法の環境バイオテクノロジーへの応用」
出版日：　2008年2月
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28664（写し）
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
論文本文pdfファイル（写し）（写し2）

寺原猛氏の博士論文の "1.3 The principles, advantages, and disadvantages of fingerprinting techniques"の項、 pp.8-9はコピペです。一応引用はふっており、導入部分の1文目に(10)として下の文献を引用している。しがって、その文についてのみ参照したかのようですが、実際にはそこから2ページ分ほぼ丸ごとコピペ。

Ikeda, S., N. Ytow, H. Ezura, K. Minamisawa, and T. Fujimura. 2006. Soil microbial community analysis in the environmental risk assessment of transgenic plants. Plant Biotechnol 23:137-151. （被コピペ部分はp.143の最終項からp.144の大部分）

　さらに、脚注番号がふってある導入部分の冒頭の文自体もほぼコピペですが、元の文献で "There are ”four” principal ﬁngerprinting techniques...."となっているのを "There are ”three” principal fingerprinting techniques...."と改ざんした上で脚注番号をつけており、別の違反があります。（anさんによる指摘：　2014年3月17日 8:24）

同じ1.3の最終段落、p.11　
T-RFLP is currently…から...DNA sequencers. まで、2 sentences 50 wordsほどは
以下の論文からのコピペです。
”Terminal restriction fragment"を"T-RFLP"と言い変えるなどしていますが他は同一。

John Dunbar, Lawrence O. Ticknor, and Cheryl R. Kuske,
“Phylogenetic Speciﬁcity and Reproducibility and New Method for　Analysis
of Terminal Restriction Fragment Proﬁles of 16S rRNA Genes from Bacterial
Communities, Appl. Environ. Microbiol. January 2001 vol. 67 no. 1, pp.190-197

この箇所に脚注はなく、また、上の論文はそもそもレファレンスに挙がっていません。

同じ著者の別論文が参考文献リストにありますが、その別論文中にはコピペ箇所と同じ文章は含まれていません。また、その別論文の脚注番号が付いているのは寺原論文のまったく別のページであり上のコピペ箇所とは無関係です。

調査４：岸田直裕氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　岸田直裕　（現　国立保健医療科学院生活環境研究部主任研究官）
論文題目：　「実時間制御法およびグラニュール法を用いた生物学的栄養塩除去プロセスの開発」
Other Titles: Development of biological nutrients removal processes using real-time control strategy and granular sludge
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28454

出版日：　2007年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙
Contents (写し）
Chapter 1 (写し） (写し2）(写し3）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Chapter 7 (写し）
Acknowledgement (写し）
博士論文概要(Appendix) (写し）

岸田直裕氏の博士論文のChapter 1（General Introduction）の1.2.1 の記述が、韓国人研究者のYoung-Ho Ahn氏の論文（Sustainable nitrogen elimination biotechnologies: A review Young-Ho Ahn Process Biochemistry 41 (2006) 1709–1721 ）の2. Conventional nitrification/denitrificationと酷似している？

同一文章　：岸田氏の論文の1.2.1の項の文章。黄色でハイライトされた部分が韓国の研究者Young-Ho Ahn氏らの論文との同一文章。

Nitrification implies a chemolithoautotrophic oxidation of ammonia to nitrate under strict aerobic conditions and is conducted in two sequential oxidative stages: ammonia to nitrite (ammonia oxidation) and nitrite to nitrate (nitrite oxidation). Each stage is performed by different bacterial genera that use ammonia or nitrite as an energy source and molecular oxygen as an electron acceptor, while carbon dioxide is used as a carbon source. The most commonly recognized genus of bacteria that carries out ammonia oxidation is Nitrosomonas; however, Nitrosococcus, Nitrosopira, Nitrosovibrio and Nitrosolobus are also able to oxidize ammonium to nitrite. These ammonium oxidizers are genetically diverse, but related to each other in the beta subdivision of the Proteobacteria. In the nitrite oxidation stage, several genera such as Nitrospira, Nitrospina, Nitrococcus, and Nitrocystis are known to be involved. However, the most famous nitrite oxidizer genus is Nitrobacter, which is closely related genetically within the alpha subdivision of the Proteobacteria (Teske et al., 1994; Rittmann and McCarty, 2001). Equations for synthetic-oxidation using a representative measurement of yield and oxygen consumption for Nitrosomonas and Nitrobacter are as follows (U.S. Environmental Protection Agency, 1975).

Ammonia oxidation (nitritation)

55NH4+ + 76O2 + 109HCO3- → C5H7NO2 + 54NO2- + 57H2O + 104H2CO3 (1)

Nitrite oxidation (nitratation)

400NO2- + NH4+ + 4H2CO3 + HCO3- + 195O2 → C5H7NO2 + 3H2O + 400NO3- (2)

Using Eqs. (1) and (1), the overall synthesis and oxidation reaction in nitrification can be represented as follows:NH4+ + 1.83O2 + 1.98HCO3- → 0.021 C5H7NO2 + 0.98 NO3- + 1.041 H2O + 1.88 H2CO3 (3)

In these equations, yields for Nitrosomonas and Nitrobacter are 0.15 mg cells/mg NH4-N oxidized and 0.02 mg cells/mg NO2-N oxidized, respectively. Oxygen consumption ratios in the equations are 3.16 mg O2/mg NH4-N oxidized and 1.11 mg O2/mg NO2-N oxidized, respectively. Also, it can be calculated that 7.07 mg alkalinity as CaCO3 is required per mg ammonia nitrogen oxidized. Severe pH depression can occur when the alkalinity in the wastewater approaches depletion by the acid produced in the nitrification process. The significance of pH depression in the nitrification process is that the reaction rates are rapidly depressed as the pH is reduced below 7.0. Therefore, in cases where the alkalinity of the wastewater will be depleted by the acid produced by nitrification, the proper alkalinity must be supplemented by a chemical addition, such as lime (U.S. Environmental Protection Agency, 1975). As the second step, denitrification is generally performed by a heterotrophic bioconversion process under anoxic conditions. The oxidized nitrogen compounds (NO2- and NO3-) are reduced to gaseous dinitrogen (N2) by heterotrophic microorganisms that use nitrite and/or nitrate instead of oxygen as electron acceptors and organic matter as carbon and energy source. Denitrifiers are common among the Gram-negative alpha and beta classes of the Proteobacteria, such as Pseudomonas, Alcaligenes, Paracoccus, and Thiobacillus. Some Gram-positive bacteria (such as Bacillus) and a few halophilic Archaea (such as Halobacterium) are also able to denitrify (Zumft, 1992). The process in environmental biotechnology is accomplished with a variety of electron donors and carbon sources such as: methanol, acetate, glucose, ethanol, and a few others (Table 1.1) (Ahn, 2006). Because methanol (CH3OH) was relatively inexpensive, it gained widespread use (Rittmann and McCarty, 2001). Combined dissimilation-synthesis equations for denitrification using methanol as an electron donor are as follows (U.S. Environmental Protection Agency, 1975):

NO3- + 1.08CH3OH + 0.24H2CO3 → 0.056C5H7O2N + 0.47N2 +1.68H2O + HCO3- (4)

In this equation, the theoretical methanol requirement for nitrate is 2.47 mg CH3OH per mg NO3-N. Neglecting synthesis, the requirement is decreased to 1.9.

Ahn氏らの論文における、"Using Eqs. (1) and (2),---" という文章が、
岸田氏の論文では、"Using Eqs. (1) and (1),---" となるなど、一部、意味不明な文章に改変されており、コピペでさえも杜撰であることが判明。
また、 Ahn氏らの論文における、"In these equations,---"という文章が、
岸田氏の論文では、"In this equation,---"となるなどの一部書き換えも見られます。

韓国のAhn氏の論文を購読するには、約３８ドル、費用がかかります。しかし、公に無料で公開されている早稲田大学の常田聡研究室の岸田氏の博士論文を読めば、本来支払うべき購読料を払わずにAhn氏の論文の一部を読めることになりますね。

調査５：副島孝一氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　副島孝一（現　(株)前川製作所技術研究所係長）
論文題目：　「新規生物学的栄養塩除去プロセスの開発および制御手法に関する研究」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28768（日本語、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙（写し）
表紙２（写し）
目次（写し）
第一章（写し）（写し2）
第二章（写し）
以下略・・・

副島孝一氏の博士論文の第一章の1.1 水環境の現状の文章前半は、環境白書からのコピペです（引用情報はあるものの、”あります→ある”など、わずかに改変しただけであり、ほぼ同一の文章です。）

↓　副島孝一氏の博士論文の第一章の1.1 水環境の現状の文章前半

1.1 水環境の現状

　水環境については，水質汚濁の防止，水辺空間の利用の観点からの対策のみならず，水質,水量,水生生物,水辺地等を総合的に捉えた保全対策を推進する必要がある。水は雨となって地上に降り注ぎ森林や土壌・地下水に保水され川をくだり海に注ぎ蒸発して再び雨になるという自然の循環過程の中にあり，その過程で多くの汚濁物質が浄化される。我々の水利用に伴う環境への負荷が自然循環の浄化能力を超えることがないよう，また大気環境や土壌環境を通じた水環境への負荷や水環境の悪化に伴う大気環境や生態系への影響にも配慮した健全な水循環の確保が重要である。また，我々は急峻な地形や狭小な国土という地理的特徴のために生じる，流量の変動の大きな河川等厳しい条件下において水利用を行っている。その水利用は，大気から河川，海域等に向かうまでの間，水資源として開発・供給されること等を通じてさまざまな形で何度も行われ，その後自然の循環に戻される。この過程で水環境に大きな影響を与え，かつ，土壌,生態系等にも影響を与えていることから，これらにも配慮した水環境の保全が必須である。

↓　環境庁の環境白書　第3節 1 水環境、土壌環境、地盤環境の現状の文章

（１）水環境の保全
　水環境については、水質汚濁の防止、水辺空間の利用の観点からの対策のみならず、水質、水量、水生生物、水辺地などを総合的に捉えた保全対策を推進する必要があります。水は雨となって地上に降り注ぎ、森林や土壌・地下水に保水され、川を下り、海に注ぎ、蒸発して再び雨になるという自然の循環過程の中にあり、その過程で多くの汚濁物質が浄化されます。私たちの水利用に伴う環境への負荷が自然循環の浄化能力を超えることがないよう、また大気環境や土壌環境を通じた水環境への負荷や水環境の悪化に伴う大気環境や生態系への影響にも配慮した、健全な水循環の確保が重要です。
　また、私たちは、急峻な地形や狭小な国土という地理的特徴のために生じる、流量の変動の大きな河川等厳しい条件下において水利用を行っています。その水利用は、大気から河川、海域等に向かうまでの間、水資源として開発・供給されること等を通じてさまざまな形で何度も行われ、その後自然の循環に戻されます。この過程で水環境に大きな影響を与え、かつ、土壌、生態系等にも影響を与えていることから、これらにも配慮した水環境の保全が重要です。

調査６：寺田昭彦氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　寺田昭彦（4149）
論文題目：　「バイオフィルムの迅速形成を可能にする材料表面の設計と硝化脱窒逐次反応用の膜曝気型バイオフィルムリアクターへの応用」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/5302（EN、複数分割）
出版日：　2006年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙、Contents (写し）
Chapter 1 (写し）(写し2）(写し3）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Chapter 7 (写し）
Acknowledgement (写し）
博士論文概要 Appendix (写し）

寺田昭彦論文1.3.4.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH)(pp.18-19) (ca.250 words)は
青井議輝論文 1.2.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (pp.3-4)　と、
1段落につき3，4語単語が変わっているのみで他は同一。

寺田昭彦論文 1.3.4.2 Microsensors combined with FISH (pp.19-20)(ca.225 words)は

青井議輝論文 1.2.3 Microsensors combined with FISH(pp.4-5)(ca.155 words)に、70語ほどの別の文章が挿入してあるものの他は同一。

寺田昭彦論文のChap.1のレファレンスには青井議輝論文が挙がっている。

だが、上の疑惑部分に青井議輝論文の参照を示す脚注等なし。

青井議輝論文Chapter1: (写し） (写し2）(写し3）

その他調査対象論文（常田聡氏関連）：「コピペは見つかっていない」

著者：　近藤貴志（4485）
論文題目：　「汚泥減容化工程およびリン回収工程を付加した生物学的栄養塩除去プロセスの開発と微生物生態解析」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28440（EN、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
Contents (写し）
Chapter 1 (写し）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Acknowledgement (写し）
Appendix (写し）
「The stirred ball-mill consists of a cylindrical or conical tank, vertically or horizontally arranged. It has a disc mixer and 0.2–0.3 mm ball-shaped millstones inside. 」で検索すると、韓国の修論（こっちが数ヶ月後にでた）がヒットした。でもマテメソの一部だから良いのかな。ちなみに一致した文章はØdegaard, H.という原著があるようだ。でも、本文(2003)と文献リスト(2004)で年号が違っている一方、韓国の修論には引用は無い。

著者：　井坂和一（4721）
論文題目：　「嫌気性アンモニア酸化反応を活用した高効率窒素除去プロセスの開発」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28722（日本語、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）榊原豊

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
目次 (写し）
第１章 (写し）（日本語）
以下略・・・

著者：　大坂利文（4755）
論文題目：　「排水処理プロセスにおける脱窒細菌群集の分子生態解析と生態制御」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28753（EN、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
Contents (写し）
Chapter 1 (写し）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Acknowledgement (写し）
Appendix (写し）

著者：　谷英典（4766）
論文題目：　「蛍光消光現象を用いた新規核酸定量手法の開発」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28669
出版日：　2008年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉
　（副査）早稲田大学教授博士（工学）東京農工大学竹山春子

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
博士論文本文（写し）

著者：　足立賢(5040)
論文題目：　「アフィニティーキャピラリー電気泳動法を用いた新規核酸解析手法の開発」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34620
出版日：　2009年2月
審査員：　
（主査）早稲田大学教授博士（工学）東京大学常田聡

（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）酒井清孝
（副査）早稲田大学教授工学博士（早稲田大学）平沢泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
博士論文本文（写し）

早稲田大学　武岡真司研究室の博士論文のコピペ疑惑

2014-03-21T15:30:00.000+09:00

　逢坂哲彌 研究室：　奈良洋希、蜂巣琢磨、本川慎二（計３名）

適切な引用（コピペ）とは？：　文化庁は、以下の７項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。

ア既に公表されている著作物であること
イ「公正な慣行」に合致すること
ウ報道，批評，研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オカギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ引用を行う「必然性」があること
キ「出所の明示」が必要（コピー以外はその慣行があるとき）

早稲田大学が先進理工学研究科の博士論文について調査開始（2014年4月7日）

以下、関連ニュースです。

小保方晴子氏の博士論文のコピペ問題に関する報道

2014年3月11日（朝日新聞）：　小保方さん博士論文、２０ページ酷似米サイトの文章と

調査１：藤枝俊宣氏（早稲田大学の武岡真司氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

(丸ごとコピペや一部改変使用された文章や図の一部には、引用情報が示されていません。)

著者：　藤枝俊宣　（Toshinori FUJIE）
　　　　（現　早稲田大学早稲田大学先進理工学研究科生命医科学専攻武岡研究室助教（東北大学より異動））
論文題目：　Construction of Biomacromolecular Nanosheets and Their Biomedical Application as a Wound Dressing Material
生体高分子からなるナノシートの構築と創傷被覆材としての医用応用
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34612 （写し）
出版日：　2009年2月
審査員：　
(主査) 早稲田大学教授工学博士 (早稲田大学)
（副査）武岡真司 (副査) 早稲田大学教授医学博士 (慶応義塾大学)
（副査）合田亘人早稲田大学教授博士(工学) 東京大学常田聡
（副査） Scuola Superire Sant' Anna, Assoc. Prof., Ph.D., Arianna Menciassi
博士論文概要（写し）
博士論文審査報告書（写し）
論文本文（写し）（写し２）（写し３）（写し４）

藤枝俊宣氏の博士論文のIntroductionにおける下記文章は、Stephan Forster氏らの論文からのコピペです（引用元情報は記載。しかし、丸ごとコピペ。）。

文章コピペ元の論文
From Self-Organizing Polymers to Nanohybrid and Biomaterials
Stephan Forster and Thomas Plantenberg
http://www.eng.buffalo.edu/Courses/ce435/Forster02.pdf （写し）

同一文章

The ordered state is distinguished by the fact that individual molecules are located at restricted three-dimensional regions, for example, a lattice site in a crystal or the position in the three-dimensional structure of a protein. A localization is always accompanied by a decrease of the number of realizable states and hence a loss of entropy. Temperature plays always an important role in the case of phase transitions between different order states because of the contribution T'S to the free energy. Besides temperature, further external fields E may influence the degree of order and the phase transitions. The field strength and temperature at which the phase transitions take　place can be depicted schematically in phase diagrams (Fig. 1-4). The critical temperature Tc above which the system is disordered is indicated on the temperature axis. Phase transitions from the disordered phase (U) to different ordered phases (L, H) may take place below the critical temperature. These phase transitions are accompanied by a self-organization of the system. The stability range of the different phases can be taken from the phase diagram. Different ordered structures for one and the same material can be produced by varying the temperature and field strength. This variability has a favorable effect on the production and optimization of materials.

藤枝俊宣氏の博士論文の2-2. Principles of Self-Assemblyの6-7ページ目における下記文章は、Whitesides氏らのScience論文あるいはHeuer氏らのScience論文からのコピペです。Fig.1.3もWhitesides氏のScience論文からのコピペです。

文章コピペ元の論文
Molecular Self-Assembly and Nanochemistry: A Chemical Strategy for the Synthesis of Nanostructures
Whitesides, G.M., et al., Vol. 254, p. 1312 (1991)
http://www.cs.duke.edu/courses/cps296.5/spring06/papers/WMS91.pdf

Innovative Materials Processing Strategies: A Biomimetic Approach A.
H. Heuer, et al. Science, Vol. 255, p. 1098 (1992)
http://www.chemstone.net/Materials/Future.htm
（Heuer氏らも、Whitesides氏らの論文からコピペしています。）

同一文章１ （藤枝論文のpage5-6の文章（文章の途中に引用情報あり、しかし、丸ごとコピペ）、 Whitesides論文のpage1315左中央からの文章）

The single feature common to all of these biological structures is the reliance　upon non-covalent self-assembly of preformed and well-defined subassemblies to obtain the final structure, rather than the creation of a single, large, covalently linked　structure. Biological self-assembly can thus be described by a series of principles that　are often (but not always) obeyed 3:

1) Self-assembly involves association by many weak, reversible interactions to obtain a final structure that represents a thermodynamic minimum. Incorrect structural units are rejected in the dynamic, equilibrium assembly. This equilibration allows high fidelity in the process.
2) Self-assembly occurs by a modular process. The formation of stable subassemblies by sequential covalent processes precedes their assembly into the final structure. This mechanism allows for efficient assembly from the preformed units.
3) Only a small number of types of molecules are normally involved in modular
self-assembly. Consequently, a limited set of binding interactions is required to cause the final structure to form. This principle minimizes the amount of information required for a particular structure.
4) Self-assembly often displays positive co-operativity.
5) Complementarities in molecular shape provide the foundation for the association
between components. Shape-dependent association based on van der Waals and
hydrophobic interactions can be made more specific and stronger by hydrogen bonding and electrostatic interactions.

類似文章（藤枝論文のpage6の文章（文章の後に引用情報なし）、 Whitesides論文のpage1315の右中央の文章）

Because self-assembled structures represent thermodynamic minima, because they are formed by reversible association of a number of individual molecules, an because the enthalpies of the interactions holding molecules together are relatively weak, the interplay of enthalpy and entropy ('H and 'S) in their formation is more important than in synthesis based on formation of covalent bonds (Fig. 1-3).

同一文章２ （藤枝論文のpage6-7の文章（文章の後に引用情報なし）、 Whitesides論文のFig.3のレジェンドの文章）

the values　of 'H vary widely depending on the type of molecular interactions that are involved.　The value for T'Stranslation is based exclusively on considerations of concentration and is provided only as an approximation. The value for T'Sconformation is of smaller magnitude than T'Stranslation but the sum of many contributions, resulting from freezing　conformations around many bonds in a large, flexible molecule, can make loss of　conformational entropy significant in the thermodynamics of self-assembly processes

同一文章３ （藤枝論文のpage7の文章（文章の後に引用情報なし）、Whitesides論文のpage1315の右中央の文章）

If there are a number of particles associating, and if a number of conformationally mobile sections of the participating molecules are frozen on aggregation, the sum of these unfavorable entropic terms can be significant. These considerations suggest that molecules designed for self-assembly should be as rigid as is consistent with achieving good intermolecular contact between the interacting surfaces and that the area of contacting molecular surface be made large. The criteria of rigidity and multipoint contact are also relatively easily met by using networks of hydrogen bonds in non-aqueous solvents, and these systems have, in consequence, been extensively examined as models for self-assembly.

類似画像

↓　　藤枝論文のFig.1-3　（図の説明文に、引用情報はありません）

↓　　Whitesides論文のFig.3

藤枝俊宣氏の博士論文の3-4. Van der Waals Interactionsの14-15ページ目における文章やFig.1-7はIsraelachvili, J.氏の著作物 “Intermolecular and Surface Forces.” Academic Press, New York (1992) (Chapter 11.1, pages 176-179)からのコピペで、ほんの一部を改変したものです。文章中や図の説明文には引用情報は明記してありません。

類似画像

↓　　藤枝論文のFig.1-7　（図の説明文に、引用情報はありません）

↓　　Israelachvili, J.氏の著作物のFig.11.1

藤枝俊宣氏の博士論文のp.62-63の2-1. Structural Colors in Natureの文章は、下記のKinoshitaらの論文のAbstractを丸ごとコピペ（本文には引用無し；Fig3-1のlegendに引用があるのみ）しています。また、page63のFig.3-1とレジェンドの文章は、Kinoshita論文のFig.25を拝借したもので、文章もほぼ丸ごとコピペです。
Structural colors in nature: the role of regularity and irregularity in the structure. Kinoshita S, Yoshioka S. Chemphyschem. 2005 Aug 12;6(8):1442-59. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16015669

同一文章１ （藤枝論文のpage62-63の文章（文章の後に引用情報なし）、Kinoshita論文のAbstractの文章）
p.62-63Coloring in nature mostly comes from the inherent colors of materials, but it sometimes has a purely physical origin, such as diffraction or interference of light. The latter, called structural color or iridescence, has long been a problem of scientific interest. Recently, structural colors have attracted great interest because their applications have been rapidly progressing in many fields related to vision, such as the paint, automobile, cosmetics, and textile industries. As the research progresses, however, it has become clear that these colors are due to the presence of surprisingly minute microstructures, which are hardly attainable even by ultramodern nanotechnology. Fundamentally, most of the structural colors originate from basic optical processes represented by thin-film interference, multilayer interference, a diffraction grating effect, photonic crystals, light scattering, and so on (Fig. 3-1). However, to enhance the perception of the eyes, natural creatures have produced various designs, in the course of evolution, to fulfill simultaneously high reflectivity in a specific wavelength range and the generation of diffusive light in a wide angular range. At a glance, these two characteristics seem to contradict each other in the usual optical sense, but these seemingly conflicting requirements are realized by combining appropriate amounts of regularity and irregularity of the structure.

同一文章２（藤枝論文のpage63のFig.3-1とレジェンドの文章（引用情報はあるが、ほぼ丸ごとコピペ）、Kinoshita論文のFig.26のレジェンドの文章）Fig. 3-1 Hierarchy of the structure is contributing to structural colors1. The most
fundamental scale is that giving the interference of light around 0.2 μm. The regular
structures contributing to the light interference are retained within a range indicated as a gray zone. If this range is narrow, the diffraction of light plays an important role,
whereas if broad, the geometrical optics dominates. In either case, this range helps to produce diffusive light. The hierarchy in a larger scale indicates the irregularity at
various levels and possibly adds the macroscopic texture to the structural color.

同一文章３ （藤枝論文のpage63-64の文章（引用情報はあるが、丸ごとコピペ）やFig.3-2（引用なし）、Kinoshita論文の2.1. Thin-Film Interferenceの文章やFig.1）
Thin-film interference is one of the simplest structural colors and is widely distributed in nature. Consider a plane wave of light that is incident on a thin layer of thickness d and refractive index nb at the angle of refraction θb (Fig. 3-2). Then, the reflected light beams from the two interfaces interfere with each other. In general, thecondition of interference differs whether the thin layer is or is not attached to a material having a higher refractive index. The former is the case for antireflective coatings on glass, while a typical example of the latter is a soap bubble. The condition of interference for light with wavelength λ, under which the reflection is enforced (constructive interference), becomes an equation (1)1:
　 mλ = 2(nbdcos θb) 　(1)
where m is an integer for antireflective coatings, while it is a half integer for the
soap-bubble case. Typical examples of the calculations for both cases are shown in Fig. 3-2. It is clear that the reflectivity is relatively low and changes smoothly with
wavelength. Thus, the thin-film interference shows only weak dependence on the
wavelength. It is easily understood from the eq. (1) that the wavelength showing a
maximum reflectivity changes continuously to a shorter wavelength as the incident
angle is increased. Thus, one of the characteristics of structural colors, that the color changes with viewing angle, is reproduced.

Fig. 3-2 Thin-film interference; (a) configuration, (b) and (c) reflectivity from a thin
film (n = 1.25) with a thickness of 100 nm (b) in air and (c) attached to a material with a higher refractive index (n = 1.5). Solid and dashed limes are the calculated curves.

藤枝俊宣氏の博士論文の第6章の2、Lorenz HPらの Wounds: Biology, Pathology, and Management http://recon.stanford.edu/Articles/LorenzWH.pdf のコピペ

藤枝俊宣氏の博士論文の第7章146ページにも引用表記の無いコピペ

「FT-IR imaging was performed on a Digilab Stingray imaging system consisting of a Digilab FTS 7000 spectrometer, a UMA 600 microscope, and 32 32 mercury cadmium telluride IR imaging focal plane array (MCT-FPA) image detector with an average spatial area of 176 m 176 m in a transmission mode. An 8 cm-1 nominal spectral resolution and an undersampling ratio (UDR) of 4 for the imaging were set up and spectral data was collected with 1240 scans.」で検索すればわかります。

調査２：小幡洋輔氏（早稲田大学の武岡真司氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　小幡洋輔
論文題目：　Efficient intracellular delivery of biomacromolecules by liposomes containing amino-acid based lipids
アミノ酸型脂質を用いたリポソームによる生体高分子の高効率な細胞内運搬
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34612 （写し）
出版日：　2009年2月
審査員：　
(主査) 早稲田大学教授工学博士(早稲田大学) 武岡真司
（副査）早稲田大学教授工学博士(早稲田大学) 西出宏之
（副査）早稲田大学教授工学博士(早稲田大学) 酒井清孝
（副査） Scuola Superire Sant’ Anna, Assoc. Prof., Ph.D. Arianna Menciassi
博士論文概要（写し）
博士論文審査報告書（写し）
論文本文（写し）（写し２）（写し３）（写し４）

コピペ文章１．小幡洋輔氏の博士論文のChapter 1の1. Introductionにおける下記文章は、アリゾナ州立大学のホームページの"Supramolecular Assemblies"の記事からのコピペです（引用元情報は記載されていません）。

同一文章 黄色でハイライトされている部分が同一文章

1. Introduction
The biological world is rich with ordered assemblies of molecules. Indeed, the assembly and function of supramolecular structures resulted from self-assembly or self-organization is central to modern biology. The forces holding together these assemblies are diverse: van der Waals, electrostatic, hydrophobic interactions, and hydrogen bonds, all contribute to specific recognition between members of the assembly. In this chapter, structures and techniques that can be used to fabricate supermolecules created from huge numbers of component molecules are introduced. Furthermore, programmed self-assemblies such as liposomes, micelles, and polymer-based particles are also explained for construction of efficient drug delivery.

コピペ文章２．小幡洋輔氏の博士論文のChapter 1の2-1 における下記文章は、Whitesides氏らのScience論文からのコピペです（引用元情報はコピペ文章の途中にだけ記載しているだけ、丸ごと文章がコピペされています）。

文章コピペ元の論文
著者：　Whitesides, G.M., et al., Vol. 254, p. 1312 (1991)
論文題目：　Molecular Self-Assembly and Nanochemistry: A Chemical Strategy for the Synthesis of Nanostructures
http://www.cs.duke.edu/courses/cps296.5/spring06/papers/WMS91.pdf

同一文章 黄色でハイライトされている部分が同一文章

2. Molecular Self-Assembly Controlled by Intermolecular Interactions 2-1. Definition of Molecular Self-Assembly

　Nanostructures are assemblies of bonded atoms that have dimensions in the range of 1 to 102 nanometers1. Structures in this range of sizes can be considered as exceptionally large, unexceptional, or exceptionally small, depending on one's viewpoint, synthetic and analytical technologies, and interests (Fig. 1-1)2. To solid-state physicists, materials scientists, and electrical engineers, nanostructures are small. The techniques, such as microlithography and deposition from the vapor, that are used in these fields to fabricate microstructures and devices require increasingly substantial effort as they are extended to the range below 102 nm. To biologists, nanostructures are familiar objects. A range of biological structures-from proteins through viruses to cellular organelles-have dimensions of 1 to 102 nm. To chemists, nanostructures are large. Considered as molecules, nanostructures require the assembly of groups of atoms numbering from 103 to 109 and having molecular weights of 104 to 1010 Da. Synthetic techniques that generate well-defined structures at the lower ends of these ranges are only now being developed and the upper ends remain largely unexplored. Developing techniques for synthesizing and characterizing ultra large molecules and molecular assemblies-nanostructures-is one of the grand challenges now facing chemistry. Nanostructures provide major unsolved problems in complexity and require new strategies and technologies for their synthesis and characterization. The solutions to these problems would be both interesting in themselves and essential elements in extending chemistry toward problems in materials science and biology.

コピペ文章３．小幡洋輔氏の博士論文のChapter 1の2-2 における下記文章は、Katsuhiko Ariga氏らの著作物からのコピペです（引用元情報は記載されていません）。

文章や図のコピペ元の論文
著者：　Katsuhiko Ariga、Toyoki Kunitak
著作物題目：　Supramolecular Chemistry - Fundamentals and Applications: Advanced Textbook

同一文章 黄色でハイライトされている部分が同一文章

2-2. Self-Assembly in Biological System
The highly sophisticated functions seen in biological systems originate from their well-designed molecular arrangements, which are formed through self-assembly and self-organization (Fig.1-2). The characteristics of biological supermolecules mean that they provide good targets to aim for and good design rules to use when designing artificial functional systems.

(* ↑　Ariga氏著作物のPage 177よりコピペされた箇所)

In this section, several examples of supermolecules in biology are introducded. The well constructed example of a biological supermolecule is a cellular membrane. Cellular membrane consists mainly of a fluidic lipid bilayer containing proteins (Fig. 1-2). The lipids are self-assembled into the bilayer structure and the proteins float within the lipid bilayer. The whole structure is formed through self-assembly processes. The membrane protein is stably buried in the lipid bilayer due to the amphiphilic nature of the membrane protein. The surfaces of some parts of the protein have mainly hydrophobic amino-acid residues, and hydrophilic residues are located on the other surfaces. The former parts are accommodated in the hydrophobic lipid bilayer and the latter protein regions are exposed to the surface of the water.

(* ↑　Ariga氏著作物のPage 178よりコピペされた箇所)

The major driving force for lipid bilayer formation is hydrophobic interaction. This interaction is much less specific and less directional than the hydrogen bonding and metal coordination interactions that are used in precisely programmed supramolecular assemblies. As shown in cellular membrane, the intermolecular interactions are existed to construct molecular assembly.

(* ↑　Ariga氏著作物のPage 89よりコピペされた箇所)

小幡洋輔氏の博士論文のChapter 1のFig.1-2は、Katsuhiko Ariga氏らの著作物のFig.6-2のコピペです（引用元情報が記載されていません）。

↓　小幡洋輔氏の博士論文のChapter 1のFig.1-2

↓　Katsuhiko Ariga氏らの著作物のFig.6-2

調査３：寺村裕治氏（早稲田大学の武岡真司氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

出版日：　2004年2月
著者：　寺村裕治　（現　東京大学大学院工学系研究科バイオエンジニアリング専攻特任准教授）
論文題目：　Other Titles: bunshi shugo ni yori kochikushita nano soshikitai no tokucho to sono kino seigyo Properties of nano-organizations constructed by molecular assembly and the control of their functions
機能性リポソームとナノシートを用いたナノ医療の展開
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/473 （写し）
博士論文概要（写し）
博士論文審査報告書（写し）
論文本文（写し）

コピペ指摘コメント：　http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1395164308/209

文章や図のコピペ元の著作物
著者：　Peter R. Bergethon
著作物題目：　The Physical Basis of Biochemistry: The Foundations of Molecular Biophysics
発売日： 1998/3/1
http://www.amazon.co.jp/The-Physical-Basis-Biochemistry-Foundations/dp/0387982620/ref=sr_1_cc_1?s=aps&ie=UTF8&qid=1395193086&sr=1-1-catcorr&keywords=The+Physical+Basis+of+Biochemistry%3A+The+Foundations+of+Molecular+Biophysics

同一文章 黄色でハイライトされている部分が同一文章。Peter R. Bergethon氏の上記著作物の341ページからのコピペ。

3-2. Phase transition

　Lipids undergo changes in state just as other compounds do. A distinguishing characteristic of lipids in membranes is the ability to exhibit an intermediate or mesomorphic state called the liquid crystalline or gel state. A liquid crystalline state is intermediate in level of organization between the rigid crystal and the fluid liquid state (Fig. 1-6). The transition of state between the solid crystalline and the liquid crystalline form in lipid bilayer is sensitive to temperature (5).

　In pure lipid bilayer, there is a well-defined melting or transition temperature, Tm, below which the lipid will be in a solid crystalline phase and just above which the lipid will usually assume a less ordered liquid crystalline arrangement. In the pure lipid bilayer, there is significant cooperative in the melting process, which leads to the sharply defined transition temperature. Although we will confine our discussion in this section to the simpler cases of single-component membranes, the heterogeneous composition of real membranes does not give rise to a sharp transition points, and melting will occur over a several degree range of temperature.

　At a temperature below the melting points, the solid crystalline phase exists in which the non-polar hydrocarbon tails are rigidly held in an all-trans configuration; there is little lateral mobility of each molecules. The all-trans arrangement of the nonpolar tails leads to occupation of a minimum volume by the hydrocarbon groups in the membrane. The cis configuration of that results from the presence of unsaturated bonds in the hydrocarbon are more limited, and the transition temperature is lower than that of chains with an all-trans configuration. Below the transition temperature, a saturated　

　　　（↓　続き。　Peter R. Bergethon氏の上記著作物の342ページからのコピペ？ google booksでは見れない。情報求む。）　→　（2014年4月12日追記：探偵ファイル記者の検証記事の証拠画像によると、"thickness"までの文章がコピペとのことです。）

hydrocarbon chain will have a very low frequency of kink or cis-conformation formulation, about one kink per 10 acyl chains. As the temperature of the system is increased, there is increasing disturbance of the tightly packed crystalline structure until the transition temperature is reached, where there will be a kink frequency of about one per acyl chains. Above the melting point, the acyl chains will have two or more kinks per chains. The liquid crystalline phase is characterized by a fairly rigid structure near the polar head groups and considerably more disorganized and flexible region near the central hydrophobic portion of the bilayer. The loosened organization of the liquid crystal allows for lateral diffusion and a freedom of rotation along the long axis of the hydrocarbon chains. The transition from a stretched all-trans conformation to a kinked conformation is accompanied by an increase in membrane volume and a decrease in membrane thickness. The phase transition of the phispholipid membrane can be measured by differential scanning calorimetry (DSC) (6), spin probe method (7), and fluorescence probe method (8), etc.

　In artificial bilayers containing a mixture of phospholipids with varying degrees of saturation (different phase transition points), phase separation can occur with individual phospholipid molecules of the same type forming clusters of gel when their freezing points are reached. Since in biological membranes, both saturated and unsaturated fatty acid chains are usually found in the same lipid molecule, that is, one chain is unsaturated, while the other is not, they cannot separate in this way.　

　Cholesterol is another determinant of membrane fluidity (9). Eucaryotic plasma membranes contain relatively large amounts of cholesterol, as much as one molecule for every phospholipid molecule. In addition to regulating fluidity, cholesterol is thought to enhance the mechanical stability of the bilayer. Cholesterol molecules orient themselves in the bilayer with their hydroxyl groups close to the polar head groups of the phospholipid molecules; their platelike steroid rings interact with – and partly immobilize-those regions of the hydrocarbon chains closest to the polar head groups, leaving the rest of the chain flexible. Cholesterol inhibits temperature-induced phase transitions and therefore prevents the drastic decrease in fluidity that would otherwise occur at low temperature

また、寺村裕治氏の博士論文のFig. 1-6 が、Bergethon氏著作物のFig 21.14からのコピペです。

探偵ファイルの証拠画像→　http://www.tanteifile.com/geinou/scoop_2014/04/08_01/gazou.html　（写し）

探偵ファイルの記事（更新日０４／１２）によると、指摘されている事柄については、特に問題はないと寺村氏は認識されているとのことです。適切なコピペ（引用）ということでしょうか？

調査４：岡村陽介氏（早稲田大学の武岡真司氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

出版日：　Feb-2006

著者：　岡村, 陽介

Title: 分子集合を利用した血小板代替物の構築とin vitro,in vivo止血能評価

Other Titles: Construction of platelet substitutes using molecular assembly and evaluation of their hemostatic effects in vitro and in vivo
Gaiyo-4147.pdf

Shinsa-4147.pdf

Honbun-4147.pdf (Invalid Identifier)
コピペ指摘コメント：　http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1395164308/312
2004年の寺村裕治氏の博士論文のコピペ文章が、2006年の岡村陽介氏の博士論文にも転載されています。ラボ内でのテンプレコピペ？ラボ内での先輩研究者の博士論文からのコピペは適切なコピペ（引用）にあたるということでしょうか。

その他調査対象論文（武岡真司氏関連）：「コピペは見つかっていない」

著者：　武岡真司
論文題目：　赤血球代替物の非酵素的還元システムに関する研究
出版日：　1998
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34024
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34024/1/Kakenhi_Takeoka_3.pdf　（写し１）（写し２）（写し３）

著者：　武岡真司
論文題目：　細胞型酸素輸液の製造工程の確立
出版日：　2003
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34026
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34026/1/Kakenhi_Takeoka_4.pdf　（写し１）（写し２）（写し３）

著者：　武岡真司
論文題目：　界面移行法による血中投与可能なナノ粒子のインテリジェント化
出版日：　2006
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34011
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34011/1/Kakenhi_Takeoka_1.pdf

著者：　武岡真司
論文題目：　機能性リポソームとナノシートを用いたナノ医療の展開
出版日：　2008
TECHNOFAIR2008_Takeoka.pdf

出版日：　Mar-2007

著者：　阿閉友保

論文題目：　メトヘモグロビンのペルオキシターゼ活性を利用したヘモグロビン小胞体のメト化抑制系の構築

Other Titles: Suppression of methemoglobin formation in hemoglobin vesicles using peroxidase activity of methemoglobin
（主査　武岡　真司教授）

http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28485

Gaiyo-4481.pdf
Shinsa-4481.pdf
Honbun-4481.pdf　（写し）（写し２）（写し３）

出版日： Feb-2007

著者：　新井敏

論文題目：　水素結合部位を有するポルフィリン誘導体の合成と集合体形成挙動の解析

Other Titles: Synthesis of porphyrin derivatives bearing hydrogen-bonding units and the analysis of their self-assembling behaviors
（主査　武岡　真司教授）

http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28505

Gaiyo-4380.pdf

Shinsa-4380.pdf

Honbun-4380.pdf （写し）

出版日： Feb-2008

著者：　石原伸輔

論文題目：　カラム構造を有する超分子集合体の構築とその分子認識能の解析

Other Titles: Construction of columnar structured supramolecular assemblies and the analysis of their molecular recognition properties
（主査　武岡真司教授）

http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28653

Gaiyo-4753.pdf
Shinsa-4753.pdf
Honbun-4753.pdf （写し）

出版日：　Feb-2011

著者：　丹羽大輔

論文題目：　表裏で異なる細胞親和性を持つナノシートの調製と癒着防止剤としての応用

Other Titles: Construction of Heterofunctional Nanosheets with Different Cytocompatibilities in Two Sides and Application as an Anti-Adhesion Barrier

http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/36339

Gaiyo-5629.pdf

Shinsa-5629.pdf

Honbun-5629.pdf　（写し１）（写し２）（写し３）

出版日：　Feb-2012

著者：　村田篤