KEGG
バイオインフォマティクス研究用のデータベース
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes：日本語では「京都遺伝子ゲノム百科事典」の意味）は、遺伝子やタンパク質、代謝、シグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースであり、バイオインフォマティクス研究に利用される。このデータベースは、細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を、分子間相互作用ネットワーク（代謝、シグナル伝達、遺伝情報等）の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し (PATHWAY)、これを中心に据えているのが特徴である。さらに遺伝子カタログ情報 (GENES)、既知のタンパク質間の配列相同性情報 (SSDB)、機能的類似性情報 (KO)、生体関連化学物質に関する情報 (LIGAND) などに関する各データベースを統合し、単なるカタログ的データベースではなく、生命の設計図を構築するための知識ベースを目指している。
| 内容 | |
|---|---|
| 生物 | 全て |
| コンタクト | |
| 研究拠点 | 京都大学 |
| 研究所 |
京都大学化学研究所 Kanehisa Laboratories |
| 作者 | 金久實 |
| 主要引用 | PMID 10592173 |
| 公開日 | 1995年 |
| アクセス | |
| ウェブサイト |
www |
| WebサービスURL | RESTはKEGG APIを参照 |
| ツール | |
| ウェブ | KEGG Mapper |
| その他 | |
生物種としては、ヒトのほか動物・微生物を中心とした各種モデル生物が対象とされており、種による異同を調べたり、ネットワークの2要素の間で可能な経路を計算するなどが可能となっている。
KEGG PATHWAY
編集KEGG PATHWAYデータベースは、KEGGのコアとなる分子間相互作用ネットワークの配線図(パスウェイマップ)に関するデータベースである。パスウェイマップには遺伝子、化合物、化学反応、疾患情報など KEGG の他のデータベース内の個々のエントリが関連付けられている。パスウェイマップは、下記に分類される[1]。
- 代謝
- 遺伝情報処理
- 環境情報処理
- 細胞プロセス
- 生体システム
- ヒト疾患
- 医薬品開発
購読モデル
編集2011年7月、KEGG はFTPアクセスによるフラットファイルのダウンロードに対して購読モデルを導入した[2][3]。