mixiからのリンク行為を「車からゴミ」というたとえ話にするのは同意できんな

（スラッシュドットJでの過去の書き込みを見ると「科学ニュースあらかると」はアナーキーな更新をしているという事情があるということらしい。http://tsukihito.dip.jp/kpb/archives/2006/06/post_201.htmlも参照）
http://www.mypress.jp/v2_writers/beep/story/?story_id=1425345（すでに削除されている）

• 情報が検索できない場所に閉じこもってしまうという「SNSの弊害」には同意する部分もある
• すべてのネット利用者が、Webに対して貢献しなければいけない。という思想の時期ではないとも思う（メールで友達と会話する代わりの便利ツールは存在してもいいだろう。もしSNSが無かったらメールなどで交流して結局閉じこもってしまうだけだ。そういう閉じこもって交流したい人が居ても良いし。それは自由だ）
• 一番重要なのは、SNSだろうがなんだろうが、単なるリンク行為は決して「迷惑行為」ではない

なんだか気に食わないmixiという場所からリンクされたことを「迷惑行為だ」と強弁しているのか？　もしそうだとしたら、Unixやオープンソースの共同作業の話を引き合いに出している割には「無断リンクは禁止だ」と言っているというねじれた感覚だよなぁ。
アクセス認証がかかって見られない場所や、イントラネットからリンクされることなんて昔からいくらでもあっただろうに。
「SNSからリンクされても自分は会員じゃないから見られない。何を書かれているのかわからん。不気味だ」と感覚的に受け取る心理は想像できなくはないが、公開された場所に文章をアップロードした時点で、どこからリンクされても「迷惑行為だ」と言う筋合いは無いよ。
家のたとえ話（これは誤解されやすいからできればさけた方が良い）で無理に言うのなら「家の中しか見えない場所に文章を掲示したんじゃなくて、公道から見える外壁に文章を掲示したんだから、それを読まれるのは当然」という感じ。んでmixi日記への引用は「○○の壁にこんなことが書いてあったよ」と誰かが家の中でおしゃべりすること。
リファラによって「誰かが家の中で言及（リンク）している」ということだけは分かる。

追記

「Webで公開されたコンテンツ」が、mixiやその他の場所から「リンク」されることが、どうして「私が個人としてリスクをとって、他人の為にデータベースを公開している」ことに対する迷惑行為なのかが分かりません。
ひょっとして公衆送信権的に問題が有るが、情状酌量でアナーキーに記事を公開しているので、リンクをヤメてほしいということでしょうか？
もしそうだとすると、それこそmixi以外の数千人の人が利用できるようなアクセス制限をかけるなりの自衛策を「本人」が取るのが当然だと思います。（著作権的な事は、たぶん私は当事者では無いので何も言う権利は無いでしょうし）
「リンクするのを遠慮してくれ」という「お願い」を個人的に主張するのは自由ですが。
個人的なお願いを聞き入れない企業や人に対して「どうして聞き入れないんだ。とんでもない考えだ」などと言うのは「お願い」では無くて「強要・命令」でしょう。
「検索できるオープンな場所に情報が無い」ということの弊害については、わたしも懸念しています。しかし「リンクするのを遠慮してくれ」という「お願い」を聞き入れて配慮すべきだ。などという間違った情報がデマとして蔓延するのは、そんな懸念よりはるかに困ります。
「公開したひとが法的にも技術的にも自衛する」という正しい情報を広く認識してほしいです。（「アナーキーにでも情報を公開しないとみんな不幸じゃないか」「情報を放流する神を守れよ」という短絡的な思想には反対です。まっとうな手段で公開できるように働きかけるのが正当な手段ですし、それをサボっているのなら法的な責任も覚悟してあえて公開すればいいんです。そしてリンクされて困るのなら自衛手段をとる。「お願い」してもいいが、聞き入れられなくても当然なので無理矢理に批難しない）

私は、mixiの人間がそれを危険にさらす現状を止められない為に
誰も利用できないようにそのデータベースを閉じるべきなのだろうか？
mixi以外の数千人の人が利用しているものを？

具体的な事情がよくわかりませんが、答えは「はい」でしょう。
情報を公開している側が自衛するのが当然ではないですか。
再追記

あなたの文章を読んでいると、
「私が個人としてリスクをとって、他人の為にデータベースを公開している」
今の状態が無意味に思われます。

個人的な感想を書かれても何とも言いがたいですが、別に自分がやりたいことをやっているのであれば無意味ではないのでは？
もし「科学ニュースに関する善い活動を、リスクをとってあえて実行している義賊なんだから、リンクを遠慮するぐらいの心意気を持つべきだ」という意味の事を主張するのであれば、それを主張するのもまた自由だと思います。
ただその主張を誰かが聞き入れないからと言って批難して、さもそれが当然であるかのようなデマをバラまいていれば「それは筋が通っていない」とツッコミを入れられるとは思いますが。
追記
「今日のNature」あらため「科学ニュースあらかると」が外部からリンクされることで「どんな被害を与えたか」と表現するのは、繰り返しに成りますが自分勝手だと思います。
それは客観的には「被害」では有りません。
権利問題や教育問題を考えてあえてやっていて、リンクをされたくないという「お願い」をする事はまったくの自由ですが。それを聞き入れない企業を「被害を考えない」と批難するのはおかしいということです。
ついでにいうと、Permalink時代に「この記事にリンクを貼る人へ」というようなお願い文へのリンクが無い状態でリンクを貼った人を批難するのは信じられません。（たぶんお願いを明記するとヤブ蛇だと考えているのかもしれませんが）