TSR3
TSR3 ili faktor TSR3 sazrijevanja ribosoma, je hipotetski ljudski protein ćiji je lokus na hromosomu 16.[5] Njegov protein dug je 312 aminokiselina, a njegova cDNK ima 1.214 baznih parova. Ranije je označavan kao C16orf42.
| TSR3 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TSR3 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 617058 MGI: 1915577 HomoloGene: 6922 GeneCards: TSR3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 1.35 – 1.35 Mb | Chr 17: 25.24 – 25.24 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 312 aminokiselina, a molekulska težina 33.596 Da.[6].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MGRRRAARGP | GAEGGRPRHL | PTRSLEAFAE | EVGAALQASV | EPGAADGEGG | ||||
| PGPAALPCTL | AMWELGHCDP | RRCTGRKLAR | LGLVRCLRLG | HRFGGLVLSP | ||||
| VGKQYASPAD | RQLVAQSGVA | VIDCSWARLD | ETPFGKMRGS | HLRLLPYLVA | ||||
| ANPVNYGRPY | RLSCVEAFAA | TFCIVGFPDL | AVILLRKFKW | GKGFLDLNRQ | ||||
| LLDKYAACGS | PEEVLQAEQE | FLANAKESPQ | EEEIDPFDVD | SGREFGNPNR | ||||
| PVASTRLPSD | TDDSDASEDP | GPGAERGGAS | SSCCEEEQTQ | GRGAEARAPA | ||||
| EVWKGIKKRQ | RD |
- Simboli
Funkcija
urediFunkcija C16orf42 je nepoznata. Predviđa se da je to transmembranski protein, ali ćelijska ili potćelijska membrana u kojoj se nalazi je također nepoznata[7]
Espresija
urediC16orf42 se ne ispoljava sveprisutno kod ljudi. Najizrazitiji je i u jajnicima, ali uopće nije eksprimiran u krvi, a vrlo malo u mozgu.[8] Jedan eksperiment s mikro zracima sugerirao je da njegovu ekspresiju u krvi uzrokuje malarija,[8] ali za potkrepljivanje ove tvrdnje potrebno je dodatno eksperimentiranje. Njegova ekspresija u tkivima obično ostaje konstantna i kada je tkivo bolesno.[8] Međutim, kratka analiza njegovih ortologa pokazuje nedosljednosti u ekspresiji po tkivima. To bi moglo biti zbog nedostatka ekspresije kod drugih vrsta.
Struktura
urediStruktura C16orf42 nije poznata. Predviđa se da ima više regija alfa-heliksa i nekoliko kratkih dijelova beta-lanaca.[7] It contains a potential metal binding domain between amino acids 60–90. Ima predviđenu molekulsku masu od 33,6 kdal i izoelektričnu tačku 6,496000, što ga čini lagano kiselim.[7] Compared to other human proteins, C16orf42 is high in the amino acids arginine and alanine, and low in the amino acid threonine.[7] Kratka analiza njegovih striktnih ortologa pokazuje da i oni uglavnom općenito imaju visok sadržaj arginina i nizak teonina, kao i u poređenju sa tipskim proteinima u pripadajućim vrstama.[7]
Homologija
urediC16orf42 se takođe može naći u mnogim drugim organizmima, uključujući sisare, te određene gljive i biljke.[9] Nijer nađen kod bakterija.[9] C16orf42 je visoko konzerviran u mnogim svojim ortolozima, posebno u ortolozima sisara, čak do 95% identiteta u resus makakima.[9] Također ima prilično visoka konzerviranost u udaljenijim homolozima, 53% identiteta u kukuruzu, naprimjer.[9] Ima jedan potencijalni paralog kod ljudi, protein EGFL6.[10]
Analiza ortologa:
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristup bazi NCBI | Dužina | Identitet | Sličnost |
| Macaca mulatta | Rezus maka | XP_001088384 | 312 aa | 95% | 96% |
| Bos taurus | Govedo | NP_001092381 | 315 aa | 82% | 87% |
| Canis familiaris | Pas | XP_537015 | 312 aa | 79% | 85% |
| Equus caballus | Konj | XP_001915599 | 324 aa | 78% | 83% |
| Rattus norvegicus | Pacov | EMD03916 | 324 aa | 73% | 80% |
| Mus musculus | Miš | NP_080952 | 323 aa | 73% | 80% |
| Gallus gallus | Chicken | XP_414890 | 311 aa | 63% | 76% |
| Danio rerio | Zebrica | NP_001002370 | 297 aa | 62% | 75% |
| Tetraodon nigroviridis | Zelens pjrgsvs pufer-riba | CAG04371 | 247 aa | 62% | 74% |
| Trichoplax adhaerens | Trihoplaks | XP_002118089 | 284 aa | 46% | 64% |
| Ciona intestinalis | Morski mlaz | XP_002129931 | 265 aa | 52% | 68% |
| Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | XP_001517034 | 285 aa | 74% | 85% |
| Hydra magnipapillata | Hidra | XP_002161680 | 232 aa | 55% | 71% |
| Aedes aegypti | Žuti groznični komarac | XP_001654463 | 269 aa | 52% | 70% |
| Drosophila melanogaster | Vinska mušica | NP_650441 | 274 aa | 54% | 70% |
| Apis mellifera | Zapadna medonosna pčela | XP_625167 | 258 aa | 50% | 69% |
| Debaryomyces hansenii | Morski kvasac | XP_461733 | 333 aa | 49% | 64% |
| Aspergillus oryzae | Sluzava plijesan | XP_001818982 | 374 aa | 50% | 69% |
| Saccharomyces cerevisiae | Kvasac | NP_014648 | 313 aa | 52% | 68% |
| Zea mays | Kukuruz | ACG47566 | 271 aa | 53% | 69% |
| Caenorhabditis elegans | Obla glista | NP_741332 | 261 aa | 47% | 65% |
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000007520 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000015126 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (decembar 2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- ^ "UniProt, Q9UJK0". Pristupljeno 10. 7. 2021.
- ^ a b c d e Biology Workbench
- ^ a b c UniGene
- ^ a b c d NCBI BLink
- ^ NCBI BLAST
Dopunska literatura
uredi- NCBI Protein. "Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" June 26, 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/47777330
- NCBI Nucleotide. "Homo sapiens chromosome 16 open reading frame 42 (C16orf42), mRNA" June 26, 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/48762675
- NCBI BLink. "Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/blink.cgi?pid=47777330&ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_SingleReportPanel.Sequence_ViewerPanel.Sequence_ViewerGenbankSidePanel.Sequence_DiscoveryDbLinks.DiscoveryDbLinks
- NCBI BLAST. "NP_001001410 Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- UniGene EST Profile. "C16orf42: Chromosome 16 open reading frame 42, mRNA" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.134846
- Biology Workbench. http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!]
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma TSR3 i stranica sa detaljima o genu TSR3 u UCSC Genome Browseru.